去分化脂肪肉瘤潜在核心基因的生物信息学预测及分析

目的探讨去分化脂肪肉瘤的潜在核心基因在其恶性生物学行为中的作用。方法获取基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)数据库中GSE21122和GSE52390的芯片数据,通过GEO2R筛选差异表达基因,对差异表达基因进行GO功能、KEGG通路富集分析和蛋白互作分析,并用Cytoscape筛选潜在核心基因。结果筛选出68个差异表达基因(矫正后P<0.05,|LogFC|≥2),10个基因表达上调,58个基因表达下调;GO功能富集分析表明,差异表达基因主要参与的生物过程包括代谢和能量通路;KEGG通路富集分析表明,差异表达基因主要参与脂肪细胞因子信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路和调控脂肪分解信号通路;蛋白互作分析表明,筛选的10个潜在核心基因为LEP、ADIPOQ、SCD、PLIN1、LPL、CAV1、PNPLA2、LIPE、CEBPA和CIDEA。结论潜在核心基因表达下调在去分化脂肪肉瘤的恶性生物学行为中发挥重要作用,为分析去分化脂肪肉瘤的分子机制和治疗靶点奠定基础。     

基于TCGA数据库探究ESCRT相关基因对膀胱癌的潜在预后价值

目的 通过癌症基因图谱(TCGA)分析内吞体分选转运复合体(ESCRT)相关基因对膀胱癌预后的潜在预测价值,构建和评估膀胱癌预后模型。方法 通过访问TCGA数据库获取膀胱癌的临床病例资料和转录组数据。筛选与ESCRT相关基因在膀胱肿瘤组织与正常组织中的差异表达基因进行相关功能学富集分析,构建蛋白相互作用网络,采用Lasso和Cox回归方法,筛选与患者总生存期密切相关的基因,基于这些基因进一步构建出患者预后风险评分模型,并评估其预测能力。结果 从TCGA数据库下载包含405个膀胱癌组织和19个正常组织的RNA-seq信息,通过差异分析筛选出6个重合基因即膀胱癌差异表达的ESCRT家族基因,经过单因素Cox回归分析,发现存在3个基因对膀胱癌患者的预后有显著的影响。通过Lasso和Cox回归筛选分析最终得到2个(MVB12B、CHMP4C)与膀胱癌预后相关的关键基因并以此构建预后模型,预测训练集和验证集的1年、3年和5年ROC曲线下面积分别为0.768、0.694、0.732和0.651、0.720、0.776。结论 成功构建了基于2个关键DEGs表达的膀胱癌预后风险预测模型,该模型可为预测...     

基于TMT标记定量蛋白组学分析SATB1过表达前后鼻咽癌细胞中差异蛋白质及信号富集

目的:分析富含AT序列的特异性核基质区结合蛋白1(SATB1)表达改变对人鼻咽癌(NPC)细胞中蛋白表达谱特征的影响,并采用生物信息学富集分析差异信号通路。方法:利用SATB1过表达慢病毒和阴性对照慢病毒感染CNE1细胞,获得稳定表达细胞系。提取2组细胞的总蛋白,利用TMT标记蛋白定量技术和串联质谱分析技术筛选出差异表达蛋白,采用RT-qPCR对差异蛋白编码基因在mRNA水平进行定量验证;应用GO数据库对差异表达蛋白进行注释和富集分析,应用KEGG数据库对差异蛋白涉及信号通路进行富集分析。结果:SATB1过表达慢病毒感染CNE1细胞后获得稳定表达细胞系。与对照组相比,过表达SATB1的CNE1细胞鉴别出278个差异表达蛋白,其中115个表达上调,163个表达下调;采用RT-qPCR对10个代表性差异蛋白的编码基因进行mRNA水平的验证,其结果与蛋白组学结果具有一致性。GO数据库分析差异表达蛋白主要参与了细胞过程、单有机体过程、生物调控和代谢过程,发挥生物分子结合和催化等分子功能;细胞组件主要存在于细胞部分、细胞以及细胞器上。KEGG数据库分析显示差异表达蛋白参与和肿瘤关系密切的信号通路,主要有MAPK、PI3K-Akt、AMPK、JAK-STAT、p53、PPAR、Hippo和HIF-1通路等。结论:SATB1过表达后明显改变了NPC细胞中蛋白表达谱并影响多条与肿瘤关系密切的信号通路。蛋白组学筛查也为NPC的发病分子机制、治疗和预后标靶筛查提供了可能的宏观手段。     

人膀胱癌EJ细胞EZH2基因表达降低后基因表达谱的差异分析

目的 利用基因芯片技术筛选膀胱癌EJ细胞EZH2基因RNA干扰后的差异表达基因，探讨EZH2基因在肿瘤中作用机制。方法 构建EZH2基因的shRNA表达载体，转染膀胱癌EJ细胞，基因芯片筛选差异表达基因并上传passway miner服务器（http:// www. biorag. org. /passway. htm）进行功能分类。结果 差异表达基因436条，下调179条，上调257条，功能聚类分析显示115个差异表达基因定位于已知的生物通路中，有EGF信号传导通路、p53传导通路、细胞增殖、细胞周期通路、Notch、Wnt 通路等。EZH2靶基因WNT1、MYT1、CNR1、WT1表达上调，部分通路及基因与肿瘤干细胞和细胞分化有关。结论 EZH2基因通过多个基因介导参与细胞分化，对EZH2相关基因的研究有助于明确EZH2在细胞癌变过程中的作用机制     

血管肉瘤相关miRNAs的生物信息学预测及分析

目的探讨血管肉瘤相关miRNAs及其靶基因在其恶性生物学行为中的作用。方法从GEO数据库中下载血管肉瘤miRNAs表达谱芯片数据,应用GEO2R筛选出差异表达的miRNAs并进行靶基因预测,对靶基因进行GO及KEGG生物功能富集分析及蛋白互作分析。结果筛选出53个差异表达的miRNAs (P0.05,|log fold-change|≥4),其中上调者51个,下调者2个;GO功能富集分析发现差异表达miRNAs的靶基因主要参与细胞通讯、信号转导等生物学过程;KEGG信号通路富集分析发现靶基因主要参与肿瘤信号通路、代谢通路、环腺苷酸(cAMP)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、PI3K/AKT信号通路、Ras信号通路等重要通路;String蛋白互作分析发现,STAT3、TP53、MAPK1、SRC等在蛋白互作网络中处于核心地位。结论异常表达的miRNAs在血管肉瘤的恶性生物学行为中发挥着关键作用,为进一步探讨血管肉瘤发生、发展的具体分子机制、分子标志物的筛选及靶向药物的开发奠定基础。     

应用表达芯片筛选小鼠肝癌淋巴道转移相关基因

目的采用表达芯片比较高、低淋巴道转移力小鼠肝癌腹水型细胞株Hca—F和Hca—P的基因表达谱,以筛选出与肿瘤淋巴道转移相关的基因。方法分别提取Hca—F和Hca—P细胞的总RNA,反转录合成生物素标记的cRNA探针,并与Affy—metrix GeneChip MOE430A（包括22690个转录本,对应于约14500个小鼠已知基因和4371个EST）杂交,检测结果利用生物信息学进行分析。结果Hca—F和Hca—P相比,在14500个已知基因中,有901个（6．2％）表达上调幅度≥2倍;在4371个EST中,有129个（3％）上调幅度≥2倍。公布了差异表达≥8倍的37个基因并根据Gene Ontology（GO）分类和TreeView分析,按照其参与的生物学过程和具有的分子功能进行了功能分类。其中有19个基因参与了组织发生、细胞黏附、信号转导、细胞生长、分化及代谢等的生物学过程,29个基因分别具有转运、移动、蛋白激酶、蛋白结合及受体活性等分子功能,7个基因的生物学功能尚不清楚。结论表达芯片检测与肿瘤淋巴道转移模型相结合,为肿瘤转移研究提供新方法、新思路,一些过量表达的基因将为肿瘤转移机制的研究提供新线索。     

MiR-96调控FOXO1基因抑制膀胱癌T24细胞凋亡

目的肿瘤抑制基因FOXO1基因在包括膀胱癌在内的多种肿瘤中表达下调,但其参与肿瘤的分子机制不是很明确,本文探讨Mi R-96是否调控FOXO1基因抑制膀胱癌T24细胞凋亡。方法应用生物学信息软件结合定量PCR和Northern blot预测并验证FOXO1基因靶向mi RNA;通过转染靶向mic RNA的模拟物,Western blot检测FOXO1蛋白的表达,流式细胞仪检测膀胱癌T24细胞的凋亡情况。结果在FOXO1基因的3'端发现一个保守的mi R-96结合位点,其在膀胱癌中表达上调,且能明显抑制FOXO1基因的表达,且mi R-96表达上调能明显抑制膀胱癌T24细胞凋亡。结论 mi R-96靶向调节FOXO1基因参与的细胞凋亡过程可能是其参与膀胱癌发生的分子机制之一。     

应用噬菌体展示技术筛选HMGB1启动子结合蛋白

目的:筛选高迁移率族蛋白B1(HMGB1)启动子结合蛋白。方法:应用噬菌体展示技术,以HMGB1启动子DNA作为固相筛选分子,对噬菌体展示环七肽库进行4轮"吸附-洗脱-扩增"生物筛选,从第4轮洗脱物中随机挑选20个单克隆噬菌体扩增后进行ELISA鉴定。对所筛选克隆进行DNA序列测定和生物信息学分析。结果:经过4轮筛选后,对随机选取的20个噬菌体克隆进行鉴定,其中11个可与HMGB1启动子结合。DNA测序后经过同源性搜索,确定了与HMGB1启动子具有结合作用的蛋白,包括激活蛋白-1(activator protein-1,AP-1)等6种已知功能蛋白和2种未知功能蛋白。结论:筛选到HMGB1启动子的结合蛋白,为研究HMGB1基因的转录调控机制奠定基础。     

基于 GEO 数据库的结肠癌差异基因筛选及其生物信息学分析

目的:筛选结肠癌(Colorectal cancer,CRC)癌组织与正常癌旁组织之间差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),分析结肠癌的发病机制和可能的生物标志物.方法:在基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中以"colon cancer"作为搜索词,检索关于CRC的基因表达芯片数据.采用R语言对获取的芯片数据进行基因的差异表达分析,对所得DEGs进行基因本(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路的富集分析,并对DEGs的编码蛋白进行蛋白互作分析,筛选其中的关键基因(hub gene).结果:在芯片GSE44861中共筛选出241个DEGs,包括74个上调DEGs和167个下调DEGs.GO和KEGG分析显示,DEGs分别在8条生物过程(Biological Process,BP)、5条细胞组成(Cellular Component,CC)、13条分子功能(Molecular Function,MF)注释和2条KEGG通路中富集.所有互作蛋白中筛选出10个hub基因,除P2RY14外,其余主要分布于MF注释的"CXCR趋化因子受体结合"、"趋化因子受体结合"、"趋化因子活性"、"受体配体活性"、"信号受体激活剂活性"、"激素活性",以及BP注释的"抗菌肽介导的抗菌体液免疫应答"、"抗菌体液反应"、"体液免疫反应".结论:CRC的发生可能与CXCR趋化因子受体结合以及肠道感染和免疫应答密切相关,P2RY14有可能成为CRC的筛查、诊断、预后的分子生物标志物.     

2型糖尿病相关基因的生物信息学分析

目的 通过生物信息分析途径,从分子水平揭示2型糖尿病的发病机制,为2型糖尿病的研究提供新的思路.方法 从公共数据库GEO中下载2型糖尿病相关基因芯片数据,利用Qlucore Omics Explorer 3.0软件筛选差异表达基因,STRING、DAVID等在线分析工具对差异表达基因进行下一步的生物信息学分析.结果 共筛选出89个差异基因,其中表达上调67个,下调22个,这些差异表达基因主要涉及到氧化还原反应、葡萄糖代谢过程、磷酸化作用、细胞骨架蛋白结合、核苷酸结合等分子功能和生物学过程.通过STRING分析,发现9个基因处在核心节点位置.结论 通过生物信息学的方法分析得出CDK9、TXN,NDUFS8基因可能为潜在的治疗靶点,需要下一步的分子生物学实验证实.     

过敏性鼻炎患者总IgE、嗜酸性粒细胞和特异性IgE结果分析

目的 探讨血清总IgE(immunoglobulin E,IgE)水平及外周血嗜酸性粒细胞(eosinophil,EOS)计数在过敏性鼻炎(allergic rhinitis,AR)诊断中的作用,以及两者与血清特异性IgE(specific immunoglobulin E,sIgE)水平之间的关系。方法选择对蒿属花粉过敏的过敏性鼻炎患者60例作为鼻炎组,60例健康人作为对照组。将鼻炎组分为男性组与女性组,青年组(18~40岁)与中年组(41~65岁),将鼻炎组患者根据sIgE结果分为:中低水平(0.35 IU/mL≤sIgE<3.5IU/mL)、高水平(3.5 IU/mL≤sIgE<17.5 IU/mL)与极高水平(sIgE≥17.5 IU/mL)。结果 鼻炎组总IgE水平和EOS计数均高于对照组,差异有统计学意义( P <0.05);鼻炎组、男性组、女性组、青年组和中年组总IgE与sIgE均成正相关( r s =0.541,0.490,0.599,0.566,0.462,均 P <0.05);鼻炎组患者总IgE与sIgE等级成正相关( rs =0.449, P <0.05)。结论 血清总IgE可作为AR诊断辅助指标,联合检测血清总IgE及sIgE可为AR的诊断提供更充分的依据。     

转甲状腺素蛋白在结直肠肿瘤患者血清中的差异表达

目的探讨转甲状腺素蛋白(transthyretin,TTR)与结直肠肿瘤恶性度的相关性。方法收集12例正常人,12例结直肠息肉与47例结直肠恶性肿瘤患者血清。所有受试者均按性别、年龄、肿瘤分期进行分组。利用Western-blot的方法检测转甲状腺素蛋白的差异表达。结果在血清中,TTR在结直肠恶性肿瘤中的表达下调。在正常人与结直肠恶性肿瘤,结直肠息肉与结直肠恶性肿瘤患者中,TTR的表达差异具有统计学意义(P<0.001,P<0.001)。TTR在pT1(Ⅰ期)与pT4(Ⅳ期)血清样本中的表达差异具有统计学意义(P=0.004),其他组别之间的差异无统计学意义(P>0.05)。结论TTR表达与结直肠肿瘤恶性度间存在相关性。     

不同条件保存24小时尿液对生化检测的影响

目的探讨24h尿在不同的保存条件下对生化项目检测结果的影响,探寻一种不影响尿液生化检测结果且留取安全简便的保存方式。方法在同一时间收集20份患者尿液,将每份尿液分装四份,使用不同方法分别处理:冷藏(2~8℃)未添加防腐剂、常温(18~25℃)未添加防腐剂、常温添加浓盐酸以及常温添加硼酸。尿液按上述方法保存24h后进行生化项目检测,包含:总蛋白、钾、钠、氯、钙、磷、尿素、尿酸及肌酐。采用单因素方差分析或Wilcoxon检验比较其他三种与冷藏保存方式间的差异。结果尿液各项生化检测结果在常温保存与冷藏保存相比差异均无统计学意义(P>0.05);使用浓盐酸保存与冷藏保存相比在总蛋白、钾、氯、尿素、尿酸及肌酐检测差异存在统计学意义(P<0.05);使用硼酸保存与冷藏保存相比在钾、尿酸、尿素及肌酐检测差异存在统计学意义(P<0.05)。结论24h尿液在留取过程中,使用常温与冷藏保存方式相比,生化检测结果无明显差异,而添加浓盐酸和硼酸保存尿液会对生化检测结果产生不同程度的影响。     

两款糖化血红蛋白床旁分析仪的正确性评价

目的借助二级参考测量程序(SRMP),探讨两款床旁(point-of-care testing,POCT)糖化血红蛋白(HbA1c)分析仪的正确性。方法依据美国临床和实验室标准化协会(CLSI)Ep9-A2选取40份临床EDTA抗凝静脉全血样本,用比对的方式,分别评价两款POCT HbA1c分析仪与SRMP间的偏倚。结果POCT-1和POCT-2相关方程分别为,Y=1.0424X-0.3144和Y=1.0054X-0.2242相关系数(r)分别为0.9959和0.9469。临床各诊断切点处,偏倚小于美国国家糖化血红蛋白标准化计划(NGSP)和美国病理家协会(CAP)的要求(±6%)。结论两款POCTHbA1c分析仪与溯源到IFCC参考方法的SRMP比对具有良好的正确性,可以满足临床使用。     

乳腺癌伴2型糖尿病的临床特征分析

目的探讨伴有2型糖尿病乳腺癌患者的临床特征,为乳腺癌个体化治疗提供依据。方法回顾性分析2015年6月至2018年12月首都医科大学附属北京世纪坛医院乳腺外科收治的年龄大于55岁的205例浸润性乳腺癌患者临床资料,对伴2型糖尿病组及同期对照组的临床特征进行分析。结果伴2型糖尿病组及对照组均为绝经后女性,伴2型糖尿病组平均年龄高于对照组。与对照组比较,伴2型糖尿病的乳腺癌患者临床分期晚,Ⅱ期患者比例高,差异有统计学意义(P<0.05)。但分子分型及组织学分级差异均无统计学意义。结论伴有2型糖尿病组的乳腺癌患者,年龄偏大,临床分期偏晚,伴2型糖尿病是乳腺癌患者预后不良的危险因素。     

不同程度烧伤患者凝血功能变化及意义

目的探讨不同程度烧伤患者凝血指标包括血浆凝血酶原时间(PT)、凝血酶时间(TT)、活化部分凝血酶时间(APTT)和纤维蛋白原含量(FIB)、D-二聚体(DD)以及血小板(PLT)计数的变化情况,为临床治疗方案的选择提供参考。方法回顾性分析2017年4月至2018年12月第一次烧伤并在我院接受治疗的183例烧伤患者,根据其烧伤程度分为轻度、中度、重度及特重度烧伤组,对各组凝血指标包括PT、APTT、FIB、TT以及DD和PLT进行检测,比较各组患者同类指标水平的差异;根据重度及特重度烧伤患者入院以后是否发生DIC将患者分成DIC组和非DIC组,分析两组患者入院时的FIB、PLT及DD水平,比较两组结果是否有差异。结果随着烧伤程度的加重,从轻度组到特重度组烧伤患者凝血指标及DD水平逐步增高,PLT水平逐步降低。其中特重度组的凝血指标及DD水平最高,轻度组最低,特重度组的PLT水平最低,而轻度组的PLT水平最高。四组之间两两比较结果如下:轻度组与中度组相比,DD结果有显著差异,其他指标不存在差异;与重度组比较,PT、APTT、TT、DD以及PLT有差异,FIB无差异;与特重度组相比,PT、APTT、FIB、TT、DD以及PLT均有差异;中度组与重度组比较,DD有差异,其他指标无差异;与特重度组相比PT、APTT、FIB、TT、DD以及PLT均有差异;重度组与特重度组相比,FIB、DD结果有显著差异,其他指标无差异。DIC组患者的血小板水平低于非DIC组(P<0.05),而FIB及DD水平高于非DIC组(P<0.05)。结论不同程度的烧伤患者的凝血指标、DD及PLT水平存在较大差异,尤其重度及特重度烧伤患者烧伤面积较大,及时监测患者凝血系统及纤溶系统指标,对患者病情判断、预防弥散性血管内凝血(DIC)的发生具有重要临床价值。     

血液相关指标与系统性红斑狼疮活动性分析

目的探讨白细胞(white blood cell,WBC)、红细胞(red blood cell,RBC)、血小板(platelet,PLT)、血红蛋白(hemoglobin,HB)、淋巴细胞绝对值(absolute lymphocyte value,Lym#)、平均血小板体积(mean platelet volume,MPV)与系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)病情活动性关系。方法随机收集2017年12月至2018年11月我院风湿免疫科SLE病人样本37例,根据SLE活动指数(systemic lupus erythematosus disease activity index,SLEDAI)分为活动组与非活动组,同时收集同期健康体检者22例作为对照组,检测样本的血常规相关指标Lym#、MPV、WBC、RBC、HB、PLT及血清补体3(serum complement 3,C3),红细胞沉降率(erythrocyte sedimentation rate,ESR),比较各指标之间的相关性。结果 SLE活动组与对照组比较,Lym#、C3、MPV、PLT、RBC、HB均小于对照组,差异具有统计学意义(P<0.05),两组间WBC无差异(P>0.05)。SLE非活动组与对照组间比较,Lym#、RBC、HB差异有统计学意义(P<0.05),二组间WBC、PLT、C3、MPV无差异(P>0.05)。SLE活动组与非活动组比较,活动组MPV、Lym#、C3、WBC、PLT、HB均低于非活动组,差异有统计学意义(P<0.05),ESR高于非活动组(P<0.05),两组间RBC无统计学差异(P>0.05)。WBC、RBC、HB、PLT、Lym#、MPV与SLE活动性指标SLEDAI、ESR呈负相关,与C3呈正相关。结论 WBC、RBC、HB、 PLT、Lym#、MPV可作为系统性红斑狼疮活动性的观察指标。     

4479例不孕夫妻男性患者精液检测结果分析

目的研究近年来云南省男性生殖力的变化。方法使用计算机辅助精子分析(CASA)技术,按照WHO技术规范,对自2012至2016年到我生殖中心就诊的4479例不孕症夫妻男性患者的精液进行精液常规检测,并对其结果进行统计与分析。结果4479位男性患者的平均年龄为34岁;2012~2016年间我省男性精液常规中精液量、快速前向运动精子、前向运动精子及精子活动率4项参数变化不明显;精子密度及精子总数2项参数下降趋势明显。结论我省男性患者精液部分参数下降趋势明显。     

妊娠合并亚甲减孕妇分娩方式对新生儿甲状腺素的影响

目的探讨妊娠合并亚临床甲状腺功能减退孕妇的分娩方式对新生儿甲状腺素的影响。方法随机选择妊娠合并亚临床甲状腺功能减退孕妇活产的足月新生儿107例,包括平产76例,剖宫产31例。测定其脐带血促甲状腺素(thyrotropin,TSH)、总三碘甲腺原氨酸(total triiodothyronine,TT3)和总甲状腺素(total thyroxine,TT4)水平并统计分析。结果妊娠合并亚临床甲状腺功能减退孕妇平产和剖宫产的新生儿脐带血TSH水平的差异有统计学意义(P<0.05),TT3和TT4水平的差异均无统计学意义(P>0.05)。结论剖宫产娩出胎儿未受宫缩及产道挤压的影响,其脐带血TSH水平较平产儿低。     

单侧膝内翻型膝骨关节炎患者足底压力 分布特征研究

目的对比分析单侧膝内翻型膝骨关节炎(knee osteoarthritis,KOA)患者和健康人在步态周期中的足底压力分布特征的差异,为KOA患者的康复治疗评估提供量化参考。方法利用Footscan足底压力测试系统对40名单侧膝内翻型KOA患者(Kellgren-Lawrence评分符合Ⅰ～Ⅲ级KOA,左右膝各20人)及20名健康人自然行走时的步态进行测试,采集受试者足底各区域的压力峰值、受力时间百分比、冲量,及单足支撑期参数和足轴角等参数,并进行对比分析。结果对于足中部区域所受冲量,左KOA患者(左足98. 57 N·s±38. 58 N·s)和右KOA患者(右足65. 11 N·s±32. 52 N·s)均比健康人(左足45. 53 N·s±12. 69 N·s,右足39. 58 N·s±15. 74 N·s)大60%以上(P<0. 05);患者第1趾区域压力峰值比健康人减小40%以上(P<0. 001);患者足跟内外侧压力峰值比健康人减小27%以上(P<0. 001)。与健康人相比,患者足轴角、足底各区域受力时间百分比、整足支撑阶段时间百分比均增大(P<0. 05),足跟着地阶段时间百分比和前足离地阶段时间百分比减小(P<0. 05)。结论单侧膝内翻型膝骨关节炎患者与健康人相比足底压力分布特征有显著差异,足轴角明显增大,整足支撑期阶段时间延长,第1趾和足跟内外侧压力峰值及足中部所受冲量差异尤为显著,这些指标可为KOA患者的康复疗效评估提供量化参考。