基于网络药理学探讨当归补血汤抗心肌缺血再灌注损伤和缺血性卒中“异病同治”的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接技术预测当归补血汤抗心肌缺血再灌注损伤和缺血性卒中"异病同治"的作用机制。方法检索TCMSP和文献资料, 筛选当归补血汤活性成分和靶点;使用OMIM、GeneCards数据库检索心肌缺血再灌注损伤和缺血性卒中对应靶点;利用韦恩图获取当归补血汤与疾病的交集靶点, 通过Cytoscape 3.7.1软件和STRING数据库构建"中药-成分-疾病共同靶点"网络和PPI网络;借助DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路富集分析, 结合Bio GPS数据库获取关键靶点组织分布信息;运用分子对接技术进行验证。结果获取当归补血汤活性成分21个, 有效靶点181个, 与疾病交集靶点93个。其核心成分有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、芒柄花黄素、异鼠李素, 关键靶点为AKT1、TNF、IL6、IL-1β、VEGFA。富集结果显示, 主要作用通路为流体剪切力与动脉粥样硬化、脂质与动脉硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路, 核心靶点大多分布于髓细胞、树突状细胞、平滑肌、前列腺、甲状腺等组织。分子对接验证结果显示, 芒柄花黄素与IL-1β结合效果较好, 槲皮素分别与IL...     

基于网络药理学与分子对接研究当归六黄汤治疗白塞病作用机制

目的:采用网络药理学和分子对接技术,探讨当归六黄汤(DGLHD)治疗白塞病(BD)的作用机制。方法:利用公共数据库(TCMSP和UniProt)检索DGLHD的有效活性成分和相应靶点基因,构建DGLHD活性成分-靶点基因相互作用网络。基于GeneCards、DrugBank、OMIM数据库获取与BD相关靶点,获取DGLHD与BD交集靶点基因。利用STRING数据库进行蛋白互作(PPI)分析,获取核心靶点基因。采用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能注释及KEGG通路富集分析。通过Discovery Studio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用分子基础。结果:共获取112个DGLHD有效活性成分,经筛选得到8个关键活性成分,分别为Quercetin(槲皮素)、Beta-sitosterol(β-谷甾醇)、Stigmasterol(豆甾醇)、Kaempferol(山柰酚)、Wogonin(汉黄芩素)、7-O-methylisomucronulatol(7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇)、Baicalein(黄芩素)、Formononetin(芒柄花黄素)。...     

基于网络药理学和分子对接研究白花蛇舌草和半枝莲药对治疗宫颈癌的作用机制

目的通过网络药理学与分子对接方法探究白花蛇舌草Hedyotis diffusa和半枝莲Scutellaria barbata药对治疗宫颈癌的潜在活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和STITCH数据库搜集白花蛇舌草和半枝莲药对的活性成分和靶点,在DisGeNET网站下载宫颈癌疾病靶点;以String平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建白花蛇舌草和半枝莲药对与宫颈癌共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络;利用CytoHubba筛选信号通路关键基因(hub基因),构建靶点的拓扑网络图;绘制"活性成分-靶点-通路"网络图;采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 "活性成分-靶点-通路"网络显示,白花蛇舌草和半枝莲药对有25个主要活性成分,38个主要靶点,与18个信号通路有关。分子对接结果显示,白花蛇舌草和半枝莲药对25个活性成分与38个靶点部分或全部对接成功。结论白花蛇舌草和半枝莲药对通过多成分、多靶点、多通路参与宫颈癌细胞凋亡。     

网络药理学结合分子对接技术探讨三藤汤降低类风湿性关节炎并发脑卒中机制

目的：以三藤汤的临床疗效为切入点,运用网络药理学和分子对接技术探讨三藤汤降低类风湿性关节炎(RA)并发脑卒中(CVA)发生率的机制。方法：运用TCMSP数据库检索三藤汤中黄芪、淫羊藿、青风藤、鸡血藤、络石藤的活性成分及其靶点,通过GeneCards数据库获取RA和CVA的主要靶点,并将两者靶点基因取交集,得到RA&CVA交集靶点。将药物靶点与疾病交集靶点取交集,得到三藤汤降低RA并发CVA发生率的靶点,利用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),构建PPI网络图,运用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用Cytoscape 3.9.1软件绘制三藤汤药物成分-RA&CVA交集靶点-通路网络图。结果：三藤汤主要活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芪异黄烷苷、芒柄花黄素等,主要靶点为核受体辅激活蛋白2(NCOA2)/原癌基因蛋白质c-akt(AKT1)、环氧化酶2(PTGS2)/环氧化酶1(PTGS1)/AP-1转录因子(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、诱导型一氧化氮合酶(...     

基于网络药理学与分子对接探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库得到肝乐颗粒中各个药物的有效活性成分及对应的蛋白质靶点,GeneCards数据库获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,利用Venny软件取药物和疾病的交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件创建“药物-化合物-靶点”网络图,并联合String平台对药物-疾病交集靶点进行蛋白质网络互作分析,将筛选过的核心基因导入David数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock和Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:肝乐颗粒中的药物成分作用于非酒精性脂肪性肝病的靶点93个,拓扑分析出83个核心靶点信息,GO分析共包含288条生物过程、55条分子功能、33条细胞组成等376条富集结果,KEGG通路分析发现86个条目,其中主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的主要活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、异鼠李素、芒柄花素等与A...     

仙鱼汤治疗非小细胞肺癌的网络药理学作用机制研究

目的基于网络药理学分析仙鱼汤治疗非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的有效成分及作用机制。方法结合文献检索及TCMSP数据库筛选出仙鱼汤的活性成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点。运用Cytoscape 3.7.0构建中药-活性成分-靶点网络图。通过DisGeNET数据库检索NSCLC的疾病靶点,并在KEGG、Drugbank数据库中检索NSCLC阳性治疗药物的作用靶点。将仙鱼汤、NSCLC、阳性药物的靶点输入R语言3.6.2,绘制韦恩图。将阳性药物的靶点上传至David数据库进行KEGG通路及GO生物学过程富集分析。取仙鱼汤与阳性药物的交集靶点及对应的核心成分进行KEGG通路分析。将核心靶点与活性成分、阳性药物进行分子对接。结果筛选出仙鱼汤活性成分177个、靶点1 317个,NSCLC的疾病靶点2 242个。中药-活性成分-靶点网络图提示44个活性成分对应155个靶点,度值较高的化合物有槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、木犀草素(luteolin)、鞣花酸(ellagic acid)。阳性药物的KEGG通路和GO富集分析涉及18个靶点和26条信号通路。仙鱼汤的KEGG通路提示其核心成分为槲皮素、山奈酚、大豆黄素(glycitein)、鞣花酸,核心靶点为EGFR、VEGFR2、ERBB2、ALK、BRAF、MET、MAPT,作用通路包括NSCLC、VEGF、PI3K-Akt、ErbB、MAPK、Ras、HIF-1、Rap1信号通路、细胞间隙连接、细胞黏附连接、癌症的蛋白聚糖通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性通路等23条通路。分子对接结果提示大豆黄素与EGFR、槲皮素与ALK的结合活性较好。结论仙鱼汤治疗NSCLC的作用机制涉及细胞增殖与凋亡、血管生成、细胞黏附、免疫调节、耐药机制等方面,体现了仙鱼汤多成分、多靶点、多通路的作用特点。     

基于网络药理学的白花蛇舌草-半枝莲药对治疗胃癌前病变作用机制研究

目的 利用网络药理学探析白花蛇舌草-半枝莲治疗胃癌前病变(PLGC)的作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选药对主要活性成分和靶点,利用GeneCards数据库获得PLGC相关靶点;通过映射获得药对-疾病共有靶点,利用Cytoscape软件构建"活性成分-共有靶点"网络;通过STRING平台建立共同靶蛋白互作网络(PPI);通过Metascape数据库将共同靶点进行GO功能分析及KEGG通路富集分析;运用Autodock软件将度值较高的活性成分与核心靶点进行分子对接.结果 预测得到白花蛇舌草-半枝莲药对治疗PLGC的主要活性成分28个,通过230条信号通路作用于133个共同靶点而发挥治疗作用.分子对接表明主要活性成分可与核心靶点自发结合.结论 白花蛇舌草-半枝莲药对中主要活性成分作用于多个PLGC相关靶点,可能通过抑制胃黏膜炎症、抗氧化、调控肿瘤细胞增殖及凋亡、抑制新生血管生成等恢复胃黏膜细胞增殖和凋亡平衡状态,从而治疗PLGC.     

贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病作用机制的网络药理学分析及分子对接验证

目的利用网络药理学方法及分子对接技术分析贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病的分子机制。方法通过TCMSP获取贞芪扶正胶囊组方药物活性成分及作用靶点, 通过GeneCards、OMIM及DrugBank数据库获取艾滋病相关靶点;通过STRING 11.5数据库构建交集靶点PPI网络, 并采用Cytoscape 3.9.1软件进行网络拓扑分析;采用Metascape数据库对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape 3.9.1构建贞芪扶正胶囊成分-靶点-通路网络;利用Autodock Tools软件对核心靶点与活性成分进行分子对接。结果获得贞芪扶正胶囊31个活性成分及180个作用靶点, 确定TNF、IL6、AKT1、IL1B、TP53、VEGFA、RELA、EGFR、CASP3为核心靶点。GO功能富集分析获得生物过程1 436条、细胞组分53条、分子功能117条。KEGG通路富集分析获得167条通路, 与癌症、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等密切相关。分子对接结果显示, AKT1、TNF等核心靶点与槲皮素、山柰酚、木犀草素等成分有良好的结合活性。...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗2型糖尿病有效成分及作用机制

目的:探讨黄芪治疗2型糖尿病(T2DM)的有效成分及潜在靶点。方法:利用中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)筛选黄芪的有效成分,并收集对应的作用靶点;使用Gene Cards、OMIM数据库获取T2DM相关靶点,并筛选黄芪有效成分与T2DM的交集靶点,采用Cytoscape v3.7.2软件和String数据库进行"药物-活性成分-靶蛋白-疾病"及蛋白互作(PPI)网络的构建与分析;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO注释和KEGG通路富集分析。结果:筛选出黄芪有效成分20个,与T2DM交集靶点57个。"药物-活性成分-靶蛋白-疾病"网络中Degree排前5的成分为槲皮素、山萘酚、异鼠李素、刺芒柄花素、毛蕊异黄酮。GO功能注释与KEGG通路富集分析共得到116个GO注释,46条KEGG通路,按P值大小,筛选出靠前20个GO注释和KEGG富集通路。结论:结果显示黄芪治疗T2DM的主要有效成分与潜在作用机制具有多成分、多靶点、多通路等特点,为后续深入探讨其具体机制提供思路和基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

西黄丸治疗非小细胞肺癌作用机制的网络药理学探究和分子对接验证

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探究西黄丸防治非小细胞肺癌（NSCLC）潜在分子机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及BATMAN-TCM数据库中筛选分析西黄丸的有效活性成分及作用靶点。在GeneCards数据库与人类孟德尔遗传数据库（OMIM）中检索获取NSCLC的相关靶点,选取与西黄丸的交集靶点作为研究靶点。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-靶点-疾病可视化互作网络图。使用DAVID数据对筛选分析出的关键靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后运用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：通过筛选得到西黄丸51个主要活性成分,包括槲皮素、β-谷甾醇等,其中作用于NSCLC的靶点有178个,关键靶点有MAPK1、JUN、AKT1、TP53、RELA等。GO和KEGG分析结果显示,西黄丸治疗NSCLC的机制涉及多个生物学过程及PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等多种信号通路。药物有效活性成分与关键靶点对接活性良好。结论：网络药理学分析显示西黄丸治疗NSCLC是多成分、多靶点、多通路协同起效,为后续相关实验提供了充分的理论依据。     

基于网络药理学和细胞实验验证黄芪抗肝癌的作用机制

目的：从细胞实验和网络药理学探讨黄芪对肝癌的作用机制。方法：通过国家知识基础设施数据库（CNKI）、PubMed、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索黄芪和肝癌的相关基因靶点及活性成分。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）和黄芪-肝癌作用网络。以DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析，并以CB-DOCK平台进行分子对接。细胞实验采用MTT法和蛋白质印迹法检测细胞增殖和蛋白表达。结果：筛选出黄芪19个有效成分，250个靶点。GO和KEGG富集分析得549个条目，145条信号通路，主要涉及调节DNA的转录，对细胞增殖和凋亡的调控等。作用通路主要涉及肿瘤相关的通路，如癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、卡波西肉瘤、PI3K-AKT信号通路等。分子对接结果显示黄芪抗肝癌核心成分芒柄花黄素，毛蕊异黄酮，黄芪甲苷与PI3K-AKT信号通路蛋白有较好的结合力。网络药理学分析结果基础上，进一步细胞实验证实黄芪水提液能有效抑制HepG2细胞增殖，下调AKT1、PI3K p110，p-AKT1的蛋白表达水平。结论：黄芪能抑制PI3K-AKT信号通路，发挥对肝癌细胞的抑制作用，为其应用于肝癌临床治疗提供理论支持。     

基于网络药理学和分子对接探究三拗片治疗急性支气管炎分子作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接方法探究三拗片治疗急性支气管炎的潜在活性成分及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选三拗片活性成分和靶点,与GeneCards、OMIM、DrugBank数据库中急性支气管炎基因集相互映射获取共同靶点;利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点;依托DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)生物学过程及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以了解共同靶点集的生物学作用;通过分子对接结果验证PPI网络核心靶点。结果:获得三拗片活性成分124个;三拗片治疗急性支气管炎靶点103个,其中核心靶点5个;GO生物学过程575条,涉及凋亡过程、炎症反应、细胞增殖、信号转导等生物过程;KEGG通路117条,三拗片可能通过干预磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B (PI3K/Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、流感、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Toll样受体信号通路、缺氧诱导因子1 (HIF-1)信号通路发挥治疗急性支气管炎作用;分子对接结果显示,三拗片中槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、柚皮素、芒柄花黄素、甘草查耳酮A均能较好地与急性支气管炎靶蛋白结合,可能通过作用于细胞肿瘤抗原p53 (TP53)、Akt1、白细胞介素-6 (IL-6)、TNF、血管内皮生长因子A (VEGFA)靶点发挥作用。结论:三拗片活性化合物可能从结构上作用于支气管,共同参与抗炎、平衡细胞因子、免疫调节、抗病毒抑菌而发挥治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液抑制新型冠状病毒肺炎炎症风暴机制

目的:基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)炎症风暴的作用机制。方法:利用TCMSP数据库获取热毒宁注射液的活性成分及对应靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选COVID-19的预测靶点。将药物靶点与疾病靶点映射获取共同靶点,利用String数据库及Cytoscape3.7.2软件构建蛋白质相互作用网络图,通过Metascape数据库进行GO分析及KEGG通路富集分析预测其作用机制。利用Autodock将关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果:热毒宁注射液-成分-靶点网络图中包含活性成分50个,相应靶点127个;关键靶点涉及IL-6、TNF、CCL2、MAPK1等;GO分析及KEGG富集分析通路得到1 367个,其中主要涉及氧化应激反应通路、MAPK信号通路、趋化因子通路等炎症风暴相关通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶均有较好的结合力,槲皮素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇、异鼠李素与ACE2有较好的结合力。结论:热毒宁注射液的槲皮素、山柰酚等关键活性成分通过干预白介素信号通路、趋化因子通路、MAPK信号通路、氧化应激反应等通路发挥抗COVID-19炎症风暴作用。     

基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血(UGIB)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三黄泻心汤活性成分及作用靶点，通过Gene Gards、OMIM、Pharmgkb及DrugBank疾病数据库获取UGIB疾病靶点，并获取二者交集靶点，借助Cytoscape3.9.0软件及STRING数据库构建中药-活性成分-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及挖掘出网络中潜在的蛋白质功能及核心网络，采用R软件对交集靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后通过AutoDock Tools及PyMOL等平台进行分子对接，预测三黄泻心汤加味关键成分与关键靶点的结合度。结果 共得到三黄泻心汤加味有效活性成分87个，UGIB疾病靶点3350个，二者交集靶点141个，富集得到GO中2149个生物过程条目，63个细胞组分条目，179个分子功能条目和168条KEGG通路。三黄泻心汤加味主要通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素、金合欢素等活性成分调节关键靶点ESR1、 MYC、 TP...     

基于网络药理学和分子对接探讨桂枝茯苓丸“异病同治”多囊卵巢 综合征和子宫内膜异位症的作用机制

探讨桂枝茯苓丸治疗多囊卵巢综合征（PCOS）和子宫内膜异位症（EMT）的异病同治作用机制。【方法】利用 TCMSP获取桂枝茯苓丸组成中药的活性成分及相关靶点。通过GeneCards、PharmGKB、TTD数据库分别筛选PCOS和EMT疾 病靶点。使用R软件中的Venn R包获取药物与疾病的交集靶点后绘制Venn图,在Cytoscape中制作药物-活性成分-潜在靶点 互作网络图,STRING平台中绘制交集靶点蛋白互作网络（PPI）图,Cytoscape对PPI网络进行优化并筛选核心靶点。应用R语 言进行基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,AutoDockTools进行分子对接。【结果】获得桂 枝茯苓丸85个活性成分及191个相应靶点,桂枝茯苓丸治疗PCOS、EMT的潜在靶点77个。桂枝茯苓丸治疗PCOS、EMT的 核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元、黄芩素,核心靶点为AKT1、EGFR、IL-6、TNF、TP53。GO 功能分析获得2 020个生物过程、34个细胞成分、126个分子功能,KEGG富集分析得到165条信号通路。分子对接显示该方 中核心成分与靶点对接良好。【结论】桂枝茯苓丸可能通过槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元、黄芩素,调节脂质 和动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活等信号通路,作用于靶点 AKT1、EGFR、IL-6、TNF、TP53,从而“异病同治”PCOS和EMT。     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制。通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点。使用Cytoscape软件,构建"活性成分-靶点"网络图,利用STRING平台绘制PPI网络,使用MCODE插件进行蛋白聚类分析,利用DAVID数据库与ClueGO插件进行GO富集分析和KEGG通路分析,使用Autodock Vina和Pymol进行分子对接。最终得到血府逐瘀汤活性成分226个,对应靶点257个,心肌梗死相关靶点1 340个,药物与疾病的交集靶点109个。GO分析得到208个生物过程条目,38个分子功能条目,33个细胞成分条目;KEGG通路分析得到NF-κB信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等相关通路。分子对接结果显示,血府逐瘀汤治疗心肌梗死的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、豆甾醇、黄芩素与核心蛋白IL6,ALB,VEGFA,TNF,MAPK3,CASP3有较好的结合性。由此推测,血府逐瘀汤可能通过减少炎症反应,降低氧化应激,抑制细胞凋亡,促进血管新生,从而起到治疗心肌梗死的作用。     

网络药理学联合GEO数据挖掘与分子对接探究桔梗-鱼腥草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学联合 GEO 数据挖掘以及分子对接技术探究桔梗-鱼腥草药对治疗非小细胞 肺癌（NSCLC）的作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库搜集桔梗-鱼腥草 活性成分及其作用靶点,在 Gencards、OMIM 和 GEO 数据库获取疾病相关靶点,将二者靶点取交集获取桔梗- 鱼腥草与 NSCLC 的共同靶点,并使用 Cytoscape3.9.0 软件进行药物-活性成分-靶点互作网络构建获取核心成 分。通过 String 网站对药物-疾病共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析得到核心靶点。使用 Metascape 平 台对共同靶点进行 GO 及 KEGG 富集分析。最后运用 AutoDock 和 PyMol 软件对核心成分和核心靶点进行分子 对接和可视化处理。结果：共获得药物活性成分 7 个,药物-疾病共同靶点 139 个。其中核心活性成分 3 个：槲皮素、木犀草素、山奈酚;核心靶点 5 个：TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR。GO 分析得到 2 281 个 相关条目。KEGG 分析得到 326 条信号通路。分子对接显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与 TP53、AKT1、 JUN、TNF、EGFR 之间均具有较强亲和力。结论：桔梗-鱼腥草药对可能通过 TP53、AKT1、JUN、TNF、 EGFR 等靶点和癌症通路、PI3K-AKT 信号通路等途径发挥抗 NSCLC 的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-丹参治疗射血分数保留型心力衰竭作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-丹参治疗射血分数保留型心力衰竭(HFpEF)的主要化学成分及作用机制。方法:运用TCMSP数据库收集黄芪-丹参有效成分及靶点，Gene Cards、OMIM软件收集HFpEF疾病靶点，通过R语言筛选两者的交集靶点，STRING数据库对交集靶点进行分析，CytoScape软件构建靶点蛋白互作网络图，采用Metascape网页、R语言进行GO功能与KEGG通路富集分析，最后运用AutoDock Tools、Vinna软件进行分子对接。结果:筛选出黄芪-丹参治疗HFpEF的活性成分主要为槲皮素、山柰酚、木樨草素、7-O甲基异微凸剑叶莎醇、丹参酮IIA等化合物；JUN、STAT3、AKT1、RELA、MAPK1等为核心靶点；分子对接提示主要成分与核心靶点具有较低结合能，对接活性良好；GO功能分析显示，黄芪-丹参通过参与细胞增殖与凋亡的调控、炎性反应的调节、活性氧代谢、脂质调节、抑制蛋白质磷酸化等过程在内的多条生物学途径发挥治疗作用；关键通路主要集中于脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt、TNF、HIF-1、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17等信...