基于网络药理学的三黄泻心汤抗As作用机制研究

目的 探讨三黄泻心汤抗动脉粥样硬化(As)的作用机制。方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP),通过设置口服利用度(OB) ≥30%、类药性(DL) ≥0.18为筛选条件并结合文献得到候选化合物,并通过该数据库检索与活性成分相关的作用靶点;通过比较毒物基因组学数据库(CTD)检索出动脉粥样硬化相关基因;利用Cytoscape 3.6.1生物信息学软件构建成分-靶点网络和成分-靶点-信号通路网络图;通过DAVID进行通路注释和分析,预测该三黄泻心汤抗动脉粥样硬化的作用机制。结果 三黄泻心汤抗动脉粥样硬化的成分-靶点-信号通路网络中包含41种成分,22个靶点及39条信号通路。其度值较高的候选化合物分子为槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、大黄素,度值较高的靶点为前列腺素G/H合成酶2(PTGS2)、细胞黏附分子1(ICAM-1)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素6(IL-6),涉及缺氧诱导因子1信号通路、细胞因子受体相互作用、核因子κB信号通路、血管内皮生长因子信号通路、花生四烯酸代谢及过氧化体增殖物激活受体信号通路等39条信号通路。结论 三黄泻心汤中活性成分可作用于PTGS2、ICAM-1、MMP-9、IL-6等靶点,通过调节花生四烯酸代谢、NF-κB信号通路、血管内皮生长因子信号通路等多条信号通路,协同干预动脉粥样硬化。     

基于网络药理学探究川芎-黄连药对改善动脉粥样硬化的作用机制

目的使用网络药理学和网络分析技术探究川芎-黄连药对改善动脉粥样硬化的潜在活性成分及可能作用机制。方法利用TCMSP平台及文献挖掘收集川芎和黄连的主要活性成分,于PubChem数据库获得主要活性成分的结构式,利用Swiss Target Prediction平台对活性成分的潜在作用靶点进行预测后,与GeneCards数据库中获得的动脉粥样硬化相关靶点基因于Cytoscape中绘制药物-活性成分-疾病-靶点基因网络图,最后利用FunRich软件及Cytoscape中的Clue Go插件分别进行生物学过程和信号通路的基因富集分析。结果经筛选得到主要活性成分共27个,其中川芎成分13个,黄连成分14个,收集到改善动脉粥样硬化的潜在靶点基因170个,主要包括MBNL1、BCHE、ACHE、CHRM1、CHRM4、MBNL3、MBNL2等。基因富集分析结果显示川芎-黄连药对改善动脉粥样硬化的16条信号通路主要包括钙离子信号通路、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、胰岛素抵抗、胰岛素分泌、醛固酮分泌与合成等信号通路。主要生物学进程则包括G蛋白偶联受体介导的信号通路、碳酸氢盐转运、脂氧合酶途径、多不饱和脂肪酸生物合成途径、氧化还原进程等。结论基于网络药理学方法挖掘发现川芎-黄连药对多途径、多靶点改善动脉粥样硬化的作用机制。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的应用网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索五苓散主要成分及对应靶点;检索GeneCards、TTD、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;取疾病与药物交集靶点,构建韦恩图;应用Cytoscape 3.8.0软件建立五苓散药物-活性成分-靶点网络及药物成分-交集靶点网络,获得关键化合物;应用STRING平台构建交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)的网络图,分析网络图得到关键靶点;应用Metascape数据库对交集基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取主要靶点蛋白及关键化合物,应用CB-Dock平台进行分子对接验证。结果通过口服生物利用度(OB)及生物活性分子类药性(DL)筛选得到五苓散共有46个活性成分,共涉及63个作用靶点,与CHF重合的靶点有36个,得到谷甾醇、3β-乙酰氧基-白术酮、二氢槲皮素等10个关键化合物,NOS3、CASP3、PTGS2等10个关键靶点。GO分析得到与循环系统、细胞膜成分及蛋白质相关的注释条目。KEGG通路富集通路主要包括AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,五苓散关键化合物与新型利尿剂托伐普坦,与治疗靶点均具有良好结合活性。结论五苓散包括多个活性成分,作用于多个靶点,通过抑制细胞凋亡、氧化应激、心肌重构、炎症通路等多种机制作用于CHF,体现了中药治疗疾病多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学探讨人参-钩藤药对治疗原发性高血压的作用机制

目的基于网络药理学探究人参-钩藤药对治疗原发性高血压有效成分的靶基因及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)中药数据库检索人参-钩藤药对的化学成分和靶基因,以生物利用度(OB)>30%和类药性(DL)>0.18为条件筛选药对的潜在有效成分,并通过TCMSP数据库预测药对的潜在靶点。运用Uniprot数据库寻找到潜在靶点相对应的人类基因名称,通过GeneCards数据库检索原发性高血压的疾病靶点,与药对的潜在靶点相映射,绘制韦恩图,将映射找到的有效成分的靶基因导入Cytoscape 3.7.2构建疾病-药对-成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白互作网络图选出核心靶标,最后将人参-钩藤药对治疗原发性高血压的有效靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获得人参-钩藤药对46个有效成分和176个有效靶点。GO分析发现,主要途径有调控核受体活性、转录因子活性、肾上腺素能受体活性、类固醇激素受体活性、G蛋白偶联胺受体活性等。KEGG通路富集分析发现,主要通路为丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。结论人参-钩藤药对通过多种靶点、多种途径、多种信号通路协同发挥治疗原发性高血压的作用,为进一步药物作用机制的研究提供理论基础,并为指导临床提供依据。     

基于网络药理学探讨左归丸“补肾生髓成肝”的疗效机制

目的:利用网络药理学方法探讨左归丸"补肾生髓成肝"的疗效机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选左归丸的药效活性成分和潜在作用靶点,利用生物学信息注释数据库(DAVID)和KEGG通路数据库(KEGG PATHWAY Database)分析靶点基因功能分类及其涉及的信号通路。利用蛋白质相互作用数据库(STRING Database)构建靶点基因编码蛋白质的相互作用网络模型。结果:通过TCMSP和BATMAN-TCM筛选左归丸药效活性成分65个、潜在靶点基因351个,靶点基因功能包括药物反应、乙醇应答、凋亡过程及正负调控、细胞增殖及正负调控、衰老、信号转导、基因转录调控等生物学过程,涉及癌症相关通路、乙型肝炎、前列腺癌、HIF-1信号通路、TNF信号通路等32条信号通路,根据蛋白质相互作用关系确定45个左归丸药效活性成分关键靶点。结论:左归丸"补肾生髓成肝"的疗效机制可能是其药效活性成分通过靶基因-信号通路网络调节药物、乙醇及病毒因素等引起的肝组织应答,动态调节肝组织细胞增殖/凋亡,多层次、多途径实现减轻组织损伤、优化肝脏再生修复。     

苦参治疗2019新型冠状病毒感染合并心肌炎的网络药理学分析

目的采用网络药理学方法探讨苦参治疗2019新型冠状病毒(2019-nCoV)感染合并心肌炎的活性成分及作用机制。方法利用TCMSP数据库获得苦参的活性成分及其相关靶点,并在GeneCards数据库和OMIM数据库中查找2019-nCoV和心肌炎的靶点;使用R软件预测苦参作用于2019-nCoV感染合并病毒性心肌炎的作用靶点,并利用Cytoscape3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶点"的网络;通过String数据库进行蛋白质相互作用分析,并筛选关键靶点;采用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果筛选得到苦参作用于2019-nCoV心肌炎的活性成分14个,作用靶点34个。富集分析显示,作用靶点主要涉及63个生物学功能和135条通路。结论苦参可能通过多成分、多靶点和多通路的共同作用发挥抗2019-nCoV心肌炎的作用。     

基于网络药理学探讨钩藤-桑寄生治疗原发性高血压的作用机制

目的:基于网络药理学探讨钩藤-桑寄生治疗原发性高血压的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选出钩藤、桑寄生药对的药物活性成分及作用靶点。利用基因名片数据库(GeneCards)及DisGeNET数据库筛选原发性高血压的疾病靶点。利用韦恩平台(Venny)取活性成分作用靶点和疾病靶点交集,得到共同靶点。通过Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络。通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape CentisCape 2.2插件提取核心靶点进行分析,并构建“有效成分-核心靶点”网络图。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并将富集结果可视化。结果:共筛选出钩藤-桑寄生的活性成分32个,作用于原发性高血压的主要靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等;主要集中于晚期糖基化终末产物(AGE)/糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、脂质与动脉粥样...     

基于网络药理学探究灵宝护心丹治疗急性心肌梗死的潜在机制

目的利用网络药理学和分子模拟对接的方法探究灵宝护心丹治疗急性心肌梗死(AMI)的分子机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、中医综合数据库(TCMID)获得灵宝护心丹所含9味中药相关活性化合物和作用靶点;通过人类基因数据库Gene Cards获得AMI相关基因,利用String 11.0数据库获得目标基因;利用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物-靶标网络,根据拓扑学参数筛选灵宝护心丹治疗AMI的核心靶点;利用Cytoscape 3.7.2插件ClueGO+Cluepedia对疾病和药物交集靶点进行基因本体(GO)生物学过程富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释分析。结果灵宝护心丹化合物-AMI靶点网络包含57个疾病靶点和104个活性化合物,核心靶点包括叉头转录因子(FoxO1)、沉默信息调节因子1(Sirt1)、CASP3、白介素-6(IL-6)、AKT1、SOD2、Bcl2等。GO功能富集得到73个条目;KEGG富集到111个通路,并且被分类为16个具有统计学意义的亚组,主要涉及FoxO信号通路、HIF-1信号通路、凋亡信号通路、NF-κB信号通路等。使用GeneMANIA数据库构建核心靶标蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对其进行生物学功能分析。利用分子对接模拟软件Autodock Vina 1.1.2,对关键药效分子与核心靶标进行配体-受体对接模拟计算。结论基于网络药理学预测灵宝护心丹治疗AMI的潜在分子机制,为进一步研究其药效和作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学探究芪芍通脉汤治疗冠心病的作用机制

目的采用网络药理学方法分析芪芍通脉汤治疗冠心病的作用机制,为临床应用提供参考。方法检索TCMSP数据库获取芪芍通脉汤中中药有效成分,运用GeneCards和OMIM数据库筛选冠心病相关的疾病靶点。将有效成分靶点与疾病靶点进行交集,筛选得到有效成分-疾病共同靶蛋白,应用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。应用Cytoscape对活性成分及疾病靶标进行网络拓扑学分析,构建该复方"成分-疾病-药物"网络,将筛选到的数据导入DAVID数据库,进行KEGG通路富集分析及GO功能富集分析。结果经数据库分析共筛选出106个有效成分,作用于453个相关靶点,通过分析"有效成分-靶点-疾病"拓扑网络及生物过程,发现该方剂可能通过白介素-17(IL-17)信号通路、AGEs-RAGE信号通路、调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、EB病毒感染、细胞凋亡、人类巨细胞病毒感染等多条信号通路发挥治疗冠心病的作用。结论初步揭示芪芍通脉汤治疗冠心病的多成分、多靶点的作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参抗放射性心肌纤维化的机制

目的:采用网络药理学和分子对接探讨丹参抗放射性心肌纤维化的分子机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)进行药物成分和相应靶点筛选,疾病靶点通过基因名片数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和治疗靶点数据库(TTD)获得,在Venny 2.1.0平台上提取二者共同靶点。运用STRING数据库与Cytoscype 3.9.1软件建立蛋白互作(PPI)网络,对PPI网络行拓扑学分析得到的核心靶点导入Metascape数据库进行功能富集分析,经Cytoscype 3.9.1软件构建“活性成分-核心靶点-信号通路”网络。最后,利用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接验证,可视化由PyMOL 2.2.0软件完成。结果:共获取药物活性成分59种,相应靶点137个,疾病靶点3 042个,交集靶点100个。PPI网络拓扑学分析所得的蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白p53(TP53)等22个核心靶点,主要通过TNF信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)信号通路等途径发挥功能,与...     

基于网络药理学探讨太子参、赤芍治疗糖尿病合并冠心病的作用机制

目的应用网络药理学的研究方法挖掘太子参、赤芍治疗糖尿病合并冠心病的物质基础及其作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库检索太子参、赤芍两味中药的化学活性成分,并进行靶点预测。通过TTD、DisGeNET、OMIM数据库分别检索糖尿病和冠心病的相关疾病靶点,将中药靶点与疾病靶点进行交集,筛选得到共同作用靶点。应用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。使用Cytoscape软件对该网络进行拓扑学分析得到核心靶点,并对核心靶点进行GO-BP生物功能富集分析,应用DAVID平台对其进行KEGG通路分析。结果经数据库分析共筛选出6个太子参有效活性成分、25个赤芍有效活性成分和451个潜在作用靶点,与糖尿病合并冠心病共同作用靶点173个。通过对共有靶点的拓扑分析,筛选出49个核心靶点。GO-BP生物功能富集分析发现,太子参、赤芍可通过脂多糖的调节、活性氧物质的代谢过程、血液循环的调节、血管收缩的调节等过程,从而共同发挥治疗糖尿病合并冠心病的作用。KEGG通路富集分析发现,其可通过脂肪细胞因子信号通路、ErbB信号通路、间隙连接通路、焦点黏附通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、促黄体生成素释放激素(GnRH)信号通路等代谢通路起到治疗作用。结论太子参与赤芍可通过多靶点、多通路治疗糖尿病合并冠心病。     

基于网络药理学探讨附子理中汤治疗非酒精性脂肪性肝病作用机制

目的:运用网络药理学方法分析附子理中汤(FZLZD)治疗非酒精性脂肪肝性病(NAFLD)的潜在作用机制。方法:检索TCMSP数据库筛选出FZLZD药物活性成分及作用靶点,并借助Uniprot平台进行靶点蛋白规范化处理。检索GeneCards与OMIM数据库得到NAFLD靶点基因,进一步获取药物和疾病共有靶点,即为FZLZD治疗NAFLD的潜在靶点基因。利用Cytoscape 3.7.2绘制药物活性成分-靶点-疾病网络图,利用Cytoscape 3.7.2结合String数据库构建蛋白互作(PPI)网络,利用Metascape数据库对共有靶点进行GO和KEGG富集分析。结果:最终筛选出80种药物活性成分、43个潜在作用靶点;富集分析获取808个生物学过程及25条与NAFLD相关信号通路。结论:FZLZD通过多成分-多靶点-多信号通路协同调控NAFLD。     

柴胡加龙骨牡蛎汤“异病同治”冠心病和焦虑症的网络药理学作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接方法探讨柴胡加龙骨牡蛎汤“异病同治”冠心病和焦虑症的作用机制。方法 利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库获得柴胡加龙骨牡蛎汤的活性成分及对应靶点,结合GeneCards数据库获取冠心病和焦虑症相关的疾病靶点;对药物与疾病靶点映射得到的柴胡加龙骨牡蛎汤治疗冠心病和焦虑症的共有靶点,通过STRING平台构建蛋白互作网络;运用R语言对共有靶点进行基因本体(GO)富集分析与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用 Cytoscape3.7.1软件构建“活性成分-靶点-通路”网络;应用Auto Dock vina软件对PPI网络中关键靶点与主要活性成分进行分子对接。结果 网络分析结果显示,柴胡加龙骨牡蛎汤中74个有效活性成分参与调控92个共有靶点,通过调节丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、5-羟色胺能突触、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)、蛋白激酶B(Akt)等121条信号通路实现对冠心病和焦虑症“异病同治”的作用。结论 现有研究初步揭示了柴胡加龙骨牡蛎汤“异病同治”冠心病和焦虑症多成分、多靶点、多通路的作用机制,可能为后续深入研究提供新方向。     

川芎抗动脉粥样硬化作用机制的网络药理学与分子对接技术研究

目的使用网络药理学与分子对接技术探究川芎抗动脉粥样硬化的作用机制。方法运用中药系统药理(TCMSP)数据库筛选川芎的活性成分及质控成分,通过Swiss Target Prediction预测药物靶点。在DrugBank和DisGeNET数据库筛选出动脉粥样硬化的相关靶点。通过STRING构建靶点蛋白互作网络,运用Cytoscape绘制网络并进行拓扑学分析。使用Omicshare对相关靶点进行GO富集分析与KEGG富集分析。运用DockThor进行分子对接。结果获得川芎抗动脉粥样硬化的167个相关治疗靶点,通过网络拓扑分析发现钙敏感受体、丝裂原活化蛋白激酶3等46个靶点为核心靶点。GO富集分析发现川芎在生物过程、分子功能、细胞组成多方面影响动脉粥样硬化的发生发展。KEGG通路富集分析发现,川芎可能通过调节神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等多条代谢通路来发挥抗动脉粥样硬化的作用。结论运用网络药理学的方法证实了川芎抗动脉粥样硬化具有多途径、多靶点作用的特点。预测了川芎抗动脉粥样硬化的可能机制,为其后续基础研究提供了参考和理论依据。     

半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎作用机制的网络药理学分析

目的为了探究半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎作用机制,应用网络药理学方法分析半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎(HAG)的主要活性化合物、潜在靶点和相关通路。方法运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)对半夏泻心汤药物活性化合物及药物作用靶点基因进行筛选。通过GeneCards数据库和OMIM数据库收集HAG疾病相关靶点,对药物作用靶点及疾病相关靶点进行韦恩分析,确定药物作用潜在靶点;应用Cytoscape 3.6.1软件以及String数据库分别构建"药物-化合物-潜在靶点"相互作用网络及蛋白相互作用(PPI)网络图。运用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能,京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果终筛选出槲皮素、山柰酚和汉黄芩素等150种药物活性化合物,涉及SATA3、TP53、MAPK1等109个潜在靶点以及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、FoxO信号通路等96条作用通路。结论半夏泻心汤治疗HAG通过多成分、多靶点、多途径发挥其抑菌、抗炎、调控癌症进展的作用。     

半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎作用机制的网络药理学分析北大核心CSCD

目的为了探究半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎作用机制,应用网络药理学方法分析半夏泻心汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎(HAG)的主要活性化合物、潜在靶点和相关通路。方法运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)对半夏泻心汤药物活性化合物及药物作用靶点基因进行筛选。通过GeneCards数据库和OMIM数据库收集HAG疾病相关靶点,对药物作用靶点及疾病相关靶点进行韦恩分析,确定药物作用潜在靶点;应用Cytoscape 3.6.1软件以及String数据库分别构建"药物-化合物-潜在靶点"相互作用网络及蛋白相互作用(PPI)网络图。运用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)功能,京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果终筛选出槲皮素、山柰酚和汉黄芩素等150种药物活性化合物,涉及SATA3、TP53、MAPK1等109个潜在靶点以及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、FoxO信号通路等96条作用通路。结论半夏泻心汤治疗HAG通过多成分、多靶点、多途径发挥其抑菌、抗炎、调控癌症进展的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨“桑白皮-茯苓皮-香加皮”治疗心力衰竭的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨“桑白皮-茯苓皮-香加皮”治疗心力衰竭(心衰)的作用机制。方法:利用中药系统药理学技术平台数据库(TCMSP)获取桑白皮、香加皮主要化学成分及作用靶点,利用PubChem数据库、SwissTarget Prediction数据库获取茯苓皮作用成分及靶点;基于利用UniProt数据库对获取的作用靶点进行规范化处理;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD、DrugBank、HERB、MalaCards数据库获取心衰相关靶点;利用Venny 2.1.0绘图网站构建Venn图,得到“桑白皮-茯苓皮-香加皮”与心衰的交集靶点;应用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用微生信网站绘制结果气泡图,相关结果采用Cytoscape 3.7.2软件进行可视化研究及网络拓扑结构分析。使用AutoDock Tools 1.5.6进行分子对接研究。结果:经过数据库分析共筛选出“桑白皮-茯苓皮-香加皮”活性成分62个,潜在作用靶点...     

基于网络药理学及分子对接探讨灵芝的免疫调节机制

［摘要］　目的　通过网络药理学及分子对接探讨灵芝调控免疫功能的作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选灵芝有效成分,使用Swiss Target Prediction数据库预测其潜在作用靶点。从GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB、TDD数据库中获取免疫调控相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用String平台构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白。利用R软件进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果　共获取灵芝活性成分43个,作用靶点499个,免疫相关靶点12 454个,药物与疾病的交集靶点483个。KEGG通路分析显示交集基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、蛋白多糖与癌症等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要参与脂质代谢过程的调节、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白有较好的结合活性。结论　研究构建的灵芝“成分-靶点-通路-疾病”网络,一定程度上揭示了灵芝多成分、多靶点的复杂作用机制,为灵芝的临床应用和产品开发提供理论基础。     

基于网络药理学探讨鸡血藤治疗再生障碍性贫血的潜在作用机制

［摘要］　目的　应用网络药理学探讨鸡血藤治疗再生障碍性贫血（AA）的潜在作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取鸡血藤的活性成分及作用靶点基因,通过GeneCards数据库检索AA的相关靶点基因,通过韦恩图分析其交集。应用R软件对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。应用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-活性成分-关键靶点-通路-疾病网络。结果　通过TCMSP筛选获得24种活性成分,其对应的靶点基因56个。经GeneCards数据库检索,获得AA的疾病靶点基因1 665个。韦恩图分析结果显示其交集靶点基因21个。基于该21个关键靶点基因,GO功能富集分析共获得1 052个富集结果,包括生物过程（BP）1 012个、细胞组分（CC）13个、分子功能（MF）27个。KEGG通路富集分析共获得70条信号通路,主要通路包含细胞凋亡、p53信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路,以及病毒、癌症、传染病等疾病相关通路。结论　鸡血藤通过多成分、多靶点、多通路的相互作用发挥治疗AA的作用,为进一步探讨鸡血藤治疗AA的作用机制提供参考。     

基于网络药理学及分子对接探讨三黄泻心汤治疗脓毒症心功能障碍的作用机制研究

目的:运用网络药理学及分子对接探讨三黄泻心汤对脓毒症心功能障碍治疗的作用机制。方法:通过文献检索搜集三黄泻心汤中相关有效成分;通过Swiss Target Prediction、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、中药系统药理学数据库(TCMSP)预测三黄泻心汤的潜在作用靶点;运用人类基因数据库(GeneCards)和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索脓毒症心功能障碍相关的疾病靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点”网络,使用蛋白质相互作用分析数据库(STRING)构建交集蛋白间相互作用关系网络;借助注释、可视化和综合发现数据库(DAVID)在线工具进行基因的基因本体(GO)功能富集和京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路分析;利用AutoDockVina、PyMOL软件进行有效成分与关键靶点的分子对接。结果:通过筛选获得三黄泻心汤13种主要有效成分和潜在作用靶点511个,有效成分与疾病相关共同靶点51个,主要涉及细胞凋亡、蛋白磷酸化、炎症反应等生物过程,并可能通过磷酸肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)...