藿朴夏苓汤治疗早期新型冠状病毒肺炎（COVID-19）湿邪郁肺证物质基础及功效的网络分析

目的筛选藿朴夏苓汤治疗早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)湿邪郁肺证的物质基础,预测其作用机制。方法查阅文献及临床报道分析藿朴夏苓汤与早期COVID-19湿邪郁肺证的方证关系。运用TCMSP数据库筛选藿朴夏苓汤中潜在活性成分,将活性成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接,根据结合能筛选与两者均有较好结合作用的核心成分。借助Cytoscape软件构建关键成分靶点蛋白互作网络,筛选出核心靶点;通过STRING数据库进行核心靶点的GO分析,Cytoscape软件Clue GO插件进行Pathway、KEGG富集分析。结果方证关系分析藿朴夏苓汤用于治疗早期COVID-19湿邪郁肺证,筛选出藿朴夏苓汤中潜在作用成分12个,核心靶点67个。其中通草中的通脱木皂苷元Ⅰ,茯苓、猪苓中的过氧麦角甾醇,半夏中的黄芩苷与SARS-CoV-2 3CL水解酶、ACE2均具有较好的结合活性。GO、Pathway、KEGG富集分析结果显示藿朴夏苓汤中12个潜在作用成分参与调节刺激反应、信号转导、细胞死亡等生物过程以及白介素信号通路、癌症EGFR信号通路、酪氨酸激酶信号转导途径、编程性细胞死亡途径、MAPK信号通路等。结论藿朴夏苓汤以化湿解毒、宣肺透邪治疗早期COVID-19湿邪郁肺证患者,菲酮、黄芩苷、酸枣仁皂苷、啤酒甾醇、常春藤皂苷元、过氧麦角甾醇、柠檬二烯醇、麦角甾-7,22-二烯-3-酮、通脱木皂苷元Ⅰ、泽泻醇B-23-醋酸酯、泽泻醇B、新橙皮苷可能为其主要的物质基础,通过阻断SARS-CoV-2病毒蛋白合成,阻止病毒进入宿主细胞,通过调控白介素信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、T细胞受体信号通路、C型凝集素受体信号通路,抑制相关炎症因子的表达发挥作用。     

柴胡桂枝干姜汤治疗失眠的功效网络研究

目的运用网络药理学分析方法,明确柴胡桂枝干姜汤治疗失眠的作用机制。方法运用TCMSP、TCMID数据库锁定柴胡桂枝干姜汤7味药的药物靶标,TTD、DrugBank、PubMed数据库查找失眠的疾病靶点,构建"疾病-方剂-靶点"网络,用STRING和Cytoscape分析软件对其关键靶点进行富集分析,明确作用机制。结果柴胡桂枝干姜汤蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络包含靶标640个,失眠的PPI网络包括靶标175个,富集分析得29个关键靶标和其间80条互作关系;GO富集分析及KEGG途径分析结果显示柴胡桂枝干姜汤中柴胡皂苷a、柴胡皂苷d、槲皮素、碳酸钙、6-姜辣醇、山柰酚、汉黄芩素等171个活性成分主要通过CACNA1C、GABRA1、GABRA2、GABRB3、GABRA3等29个关键靶标及突触信号传导、膜电位的调节、G蛋白偶联受体信号通路等生物过程,神经递质受体活性、离子门控通道活动、GABA-A受体活性等分子功能,质膜、突触等细胞组成作用于神经活性配体-受体相互作用、逆行内源性大麻素信号传导、5-羟色胺能突触等多条作用通路发挥治疗失眠作用。结论柴胡皂苷a、柴胡皂苷d等171个活性成分是柴胡桂枝干姜汤治疗失眠的药效物质基础,神经活性配体-受体相互作用等通路和CACNA1C等29个靶标构成了其发挥"疏肝健脾、调和阴阳"的功效作用网络,为临床合理运用柴胡桂枝干姜汤治疗失眠提供了网络药理学证据。     

基于网络药理学与分子对接技术的金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎的潜在药效物质研究

目的探究金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索金花清感颗粒中11味药材所含化学成分与作用靶点。借助Uniprot数据库查询靶点对应基因,采用Cytoscape软件构建"药材-成分-靶点"网络,运用DAVID对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。通过分子对接评价"药材-成分-靶点"网络中核心成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果金花清感颗粒"药材-成分-靶点"网络包含154个化合物和276个相关靶点,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等。GO功能富集分析得到278个条目,主要涉及ATP结合、转录因子活化、细胞凋亡进程调控等。KEGG通路富集得到127条信号通路,涉及TNF、PI3K/Akt及HIF-1等与肺损伤保护相关通路。分子对接显示金花清感颗粒中芒柄花黄素、豆甾醇、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素等核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的亲和作用较好。结论金花清感颗粒可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等靶点调节相关信号通路,从而防治COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接技术的款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中的作用分析

目的采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中发挥的作用。方法基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用SwissTargetPrediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)进行分子对接。结果款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个(P0.05),其中包括生物过程(BP)条目325个、细胞组成(CC)条目44个、分子功能(MF)条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示异绿原酸B(3,4-dicaffeoylquinicacid)和异绿原酸C(4,5-dicaffeoylquinic acid)与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论款冬花中主要化合物能通过与SARS-Co V-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

柴胡桂枝干姜汤加减治疗新型冠状病毒奥密克戎变异株感染的老年患者验案

目的 分析柴胡桂枝干姜汤加减治疗新型冠状病毒奥密克戎变异株感染的老年患者的验案,为疫病的防治提供中医治疗思路。方法 以真实世界运用柴胡桂枝干姜汤加减治疗新型冠状病毒感染(COVID-19)的验案基础为切入点,分别对上海市奥密克戎病毒株的新冠病毒感染特征、中医学对奥密克戎COVID-19病因病机的认识、奥密克戎COVID-19与《伤寒论》六经辨证、柴胡桂枝干姜汤的内涵及历史渊源、柴胡桂枝干姜汤治疗奥密克戎COVID-19老年患者的中医基础以及柴胡桂枝干姜汤治疗奥密克戎COVID-19老年患者的现代依据进行详细论述。结果 柴胡桂枝干姜汤治疗奥密克戎新型冠状病毒感染老年患者具有丰富的中医理论基础,同时现代药理也佐证了治疗靶点和依据,柴胡桂枝干姜汤可提高临床治疗奥密克戎新型冠状病毒感染老年患者疗效。结论 柴胡桂枝干姜汤治疗奥密克戎新型冠状病毒感染老年患者具有重要意义,其治疗机制有待于进一步研究和探索。     

基于网络药理学和分子对接技术芩苏胶囊干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质预测分析

目的运用网络药理学和分子对接技术探究芩苏胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索出芩苏胶囊中4味药材(黄芩、紫苏子、苦参和丹参)所含有效成分与作用靶点;通过UniProt、GeneCards和OMIM数据库,筛选出COVID-19相关靶点,得到与芩苏胶囊有效成分作用的共同靶点,采用String数据库构建PPI网络;借助Cytoscape3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络;运用DAVID数据库对相关靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析;通过分子对接技术评价"中药-成分-靶点"网络中核心成分与COVID-19的3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果芩苏胶囊"中药-成分-靶点"网络121个化合物和274个相关靶点,包含14个核心化合物和33个核心靶点。GO功能富集分析得到527个条目,主要涉及药物应答、炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG路富集共得到111条信号通路,筛选得到20条信号通路,涉及乙型肝炎、甲型流感、肺结核等与病毒感染相关的通路。分子对接表明,芩苏胶囊中14个核心成分与COVID-19的3CL水解酶和ACE2的亲和作用较好。质谱指认出芩苏胶囊中5个成分可能是防治COVID-19的核心成分。黄芩素、汉黄芩素、隐丹参酮、丹参酮ⅡA和木犀草素是芩苏胶囊治疗COVID-19的核心药效物质。结论芩苏胶囊可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于IL-6、TNF和TP53等关键靶点调节多条信号通路,从而对COVID-19起到治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液抑制新型冠状病毒肺炎炎症风暴机制

目的:基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)炎症风暴的作用机制。方法:利用TCMSP数据库获取热毒宁注射液的活性成分及对应靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选COVID-19的预测靶点。将药物靶点与疾病靶点映射获取共同靶点,利用String数据库及Cytoscape3.7.2软件构建蛋白质相互作用网络图,通过Metascape数据库进行GO分析及KEGG通路富集分析预测其作用机制。利用Autodock将关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果:热毒宁注射液-成分-靶点网络图中包含活性成分50个,相应靶点127个;关键靶点涉及IL-6、TNF、CCL2、MAPK1等;GO分析及KEGG富集分析通路得到1 367个,其中主要涉及氧化应激反应通路、MAPK信号通路、趋化因子通路等炎症风暴相关通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶均有较好的结合力,槲皮素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇、异鼠李素与ACE2有较好的结合力。结论:热毒宁注射液的槲皮素、山柰酚等关键活性成分通过干预白介素信号通路、趋化因子通路、MAPK信号通路、氧化应激反应等通路发挥抗COVID-19炎症风暴作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨参附汤防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分及靶点

目的:基于网络药理学和分子对接研究参附汤防治COVID-19的潜在成分和作用机制。方法:使用TCMSP数据库检索参附汤的主要化学成分和作用靶点。通过Cytoscape构建药物-疾病-靶点网络图;使用DAVID数据库和Cludterirofiler对药物与疾病相同靶蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina软件进行分子对接,选择最佳的结合靶点。结果:参附汤共筛选出51个潜在主要成分和相应靶点126个,其中23个靶点与COVID-19密切相关;靶点通路富集分析显示参附汤主要作用于癌症途径,单纯疱疹感染,甲型流感,乙型肝炎通路等;分子对接结果显示参附汤中的主要成分靛蓝二聚体(bisindigotin)与SARS-CoV-2的ACE2和3CL水解酶有较好的亲和作用。结论:参附汤可能主要通过调节机体免疫和炎症反应等对COVID-19发挥潜在的防治作用。     

小柴胡汤治疗早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)邪热郁肺、枢机不利证功效网络分析与机制预测

目的研究小柴胡汤在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)邪热郁肺、枢机不利证过程中的功效作用网络及潜在机制,分析方剂中抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的活性成分。方法首先查阅文献分析COVID-19邪热郁肺、枢机不利证与小柴胡汤适应证的方证对应关系,继而运用网络药理学技术Cytoscape3.6.0等软件分别构建小柴胡汤"中药方剂-活性成分-关键靶点"功效作用网络,并确认方中抗SARS-CoV-2活性成分,从多方面分析小柴胡汤治疗早期COVID-19邪热郁肺、枢机不利证的功效作用及机制。结果已有文献报道中药潜在抗SARS-CoV-2活性成分48个;共分析出小柴胡汤中治疗肺炎、调节免疫的活性成分140个,其中黄芩素、芒柄花素、槲皮素等12个成分具有潜在抗SARS-CoV-2活性。小柴胡汤中活性成分通过IL-6、NOS2、ESR1等95个关键靶点进行肺炎治疗和免疫调节,涉及TNF信号通路、IL-17信号通路、甲型流感等多条通路。基因共表达和蛋白-蛋白互相作用(PPI)分析发现,血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)仅与上述靶点中NOS2具有共表达,并且在PPI互作网络中也仅与5个靶点有相互作用关系,推测ACE2靶点仅在SARS-CoV-2入侵人体的时候起到重要作用,而在病毒感染后的肺炎治疗中作用甚微。结论小柴胡汤中活性成分在抑制SARS-CoV-2活性、阻断SARS-CoV-2入侵途径、抑制炎症风暴、调节机体免疫等多方面发挥治疗COVID-19的作用;值得注意的是针对ACE2靶点设计药物可阻断病毒入侵,但对肺泡内炎症等病变疗效可能不佳,因此,这也为小柴胡汤对早期COVID-19治疗提供了多靶点、多向性空间。另外,小柴胡汤用于治疗早期COVID-19时尤应注意精准辨证用药,一是避免产生不良反应,二是避免加重COVID-19病情出现细胞因子损伤。     

基于网络药理学与分子对接方法的疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制与活性成分研究

目的采用网络药理学与分子对接法探索疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制与活性成分。方法借助TCMSP数据库检索疏风解毒胶囊组成药材板蓝根、虎杖、连翘、芦根、败酱草、马鞭草、柴胡、甘草的化学成分和作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库剔除可能性为0的靶点。以"冠状病毒(coronavirus)""肺炎(pneumonia)""咳嗽(cough)""发热(fever)"为检索词在GeneCards及OMIM数据库中检索疾病相应靶点。通过Uniprot数据库校正靶点名称,取疏风解毒胶囊与疾病靶点交集,进而运用Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化合物-靶点网络进行可视化,通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测交集靶点作用机制,并绘制柱状图及气泡图进行可视化。然后将所有化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行对接,选取结合能最小的前5个化合物与血管紧张素转化酶II(ACE2)进行对接。结果中药-化合物-靶点网络包含了8种中药,157个化合物和相应靶点260个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、AR等。GO功能富集分析得到条目393个(P0.05),KEGG通路富集分析筛选得到139条信号通路。分子对接结果显示6-(3-氧吲哚-2-亚立德)吲哚[2,1-b]喹唑啉-12-酮、荷包牡丹碱、大黄素甲醚葡萄糖苷、双氢轮叶十齿草碱和甘草异黄烷酮5个核心化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的结合能较推荐化学药小。结论疏风解毒胶囊中的化合物能通过与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2结合作用于PTGS2、ESR1、AR等靶点调节人巨细胞病毒感染、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、IL-17信号通路等信号通路、小细胞肺癌等发挥治疗COVID-19作用。     

基于网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在活性成分

目的以网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得肺毒清中木蝴蝶、栀子及苦参3味中药相关的成分和作用靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因;采用STRING平台构建靶点PPI网络;通过DAVID进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,对核心靶点进行网络拓扑分析,运用Cytoscape 3.7.0构建成分-靶点网络,分析预测其作用机制。肺毒清中核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将结合能最低的前3位化合物与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果成分-靶点网络得到269个节点,4204条边,其中包括槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等50个成分,关键靶点有JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等。GO功能富集分析得到GO条目2 187个(P0.05),其中生物过程(biological process,BP)条目1 877个,细胞组成(cellular component,CC)条目105个,分子功能(molecularfunction,MF)条目205个;KEGG富集筛选得到25条信号通路(P0.05),主要有乙型肝炎通路、致癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、胰腺癌、弓形虫病通路等;木犀草素(-26.78 kJ/mol)、槲皮素(-26.36k J/mol)、去甲脱水淫羊藿黄素(-25.94 kJ/mol)作用于SARS-CoV-2 3CL水解酶的分子对接结合能最低。结论肺毒清的活性化合物通过作用于JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等靶点,与ACE2结合,调节多条信号通路,对COVID-19有潜在治疗作用。     

基于网络药理学及高通量分子对接研究金花清感颗粒中结合SARS-CoV-2特定靶蛋白的活性化合物干预COVID-19的潜在分子机制＊

目的 运用网络药理学及高通量分子对接技术,筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体蛋白结合活性较好的有效化合物,并对其干预COVID-19的机制进行预测。方法 本研究利用TCMSP数据库及高通量分子对接技术筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体对接活性较高的的活性化合物,并获取其对应靶标,利用STRING数据库进行靶标的蛋白网络互作,运用数据包进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制。结果 金花清感颗粒共筛选有效活性化合物276种,涉及靶标基因325个。“药物-活性化合物-靶标”网络图中筛选出关键化合物11个,高通量分子对接筛选得到与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体结合活性较好的8个化合物,其靶基因的PPI网络主要涉及AKTI、HSP90AA1、RELA等核心靶蛋白。KEGG富集分析获得94条相关通路,主要包括卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、丙型肝炎、麻疹、人巨细胞病毒感染、EB病毒感染等病毒相关通路以及IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE等途径。结论 金花清感颗粒中3-甲氧基光甘草定、粗毛甘草素C、甘草查尔酮B等活性成分与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体酶结合活性较强,并且通过多种生物学途径及通路发挥干预COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨预防肺疾一号方预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制＊

目的 从分子层面探讨预防肺疾一号方预防新型冠状病毒肺炎的作用机制，并探索预防肺疾一号方的潜在治疗靶点。方法 利用TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库筛选预防肺疾一号方的化合物成分，在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别，然后使用David软件对靶点进行GO富集及KEGG通路富集分析，利用iGEMDOCK软件进行分子对接分析。结果 通过网络药理学方法分析预防肺疾一号方的6味中药，发现其有效化学成分有58个，对应47个作用靶点；通过GO分析靶点富集出81个生物学过程、26个细胞组成及31个分子功能；通过KEGG分析得出靶点显著富集的信号通路有35条；分子对接分析得出，靶点CAT和化合物Daidzein-4，7-diglucoside的结合度最高。结论 预防肺疾一号方具有多成分、多靶点的作用特点，并通过参与多种生物过程，调控多条信号通路以预防新型冠状病毒肺炎并发挥其药理疗效。     

基于网络药理学与分子对接技术的补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的分子机制研究

目的探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、中国知网(CNKI)和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个(P0.05),相关信号通路93条(P0.05);分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)具有较好的亲和。结论补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨痰热清注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的机制

目的采用网络药理学和分子对接研究痰热清注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制,为临床治疗提供理论依据。方法通过文献检索,并结合TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选痰热清注射液的化学成分及其对应的作用靶点。在Genecards数据库中以"coronavirus"为关键词搜索冠状病毒相关靶点,与痰热清注射液靶点映射筛选出共同靶点作为研究靶点,采用Cytoscape3.2.1软件构建活性成分-靶点网络图。将共同靶点导入STRING数据库中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图。结合上述2个网络图筛选出痰热清注射液的核心靶点。通过Cytoscape 3.2.1的插件"ClueGO 2.5.5"进行GO生物学过程和KEGG信号通路富集分析。结果筛选得到痰热清注射液54个类药性良好的活性成分,对应靶点287个。其中共同靶点54个,关键靶点34个。GO富集分析得出与痰热清注射液治疗作用有关的生物过程29个。KEGG富集分析得到与痰热清注射液治疗作用相关的信号通路70条。分子对接结果显示山柰酚、槲皮素、黄芩素、木犀草素和汉黄芩素与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶具有较好的亲和力。结论痰热清注射液的核心化合物可通过与SARS-CoV-23CL水解酶结合发挥抗病毒作用,其分子机制揭示中药多组分、多靶点和多通路的特点,为进一步阐明痰热清注射液治疗COVID-19的作用机制提供重要的科学依据。     

基于高通量分子对接虚拟筛选SARS-CoV-2 3CL水解酶中药小分子抑制剂及抗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的中药及其复方预测

目的基于中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP,运用计算机虚拟筛选技术寻找新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的中药小分子抑制剂,推测潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中药及中药复方。方法以SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白为靶点,利用Autodock Vina软件和Python脚本实现高通量分子对接,结合"ADME-Lipinski"规则进行再次筛选,以优选活性成分,推测关键中药及复方。基于网络药理学角度,构建成分-靶点-通路网络,推测核心药对的作用机制。结果以SARS-Co V-2原配体为阳性对照,筛选出66个药动学性质良好的天然小分子抑制剂,优选出12味中药单味药,2个中药药对甘草-桑白皮和金银花-连翘,以及桑菊饮、桑菊饮合银翘散加减等12个中药处方作为抗SARS-CoV-2的候选方案。结论基于高通量分子对接技术虚拟筛选SARS-CoV-2 3CL水解酶的中药小分子抑制剂及中药,结合网络药理学分析潜在分子机制,为中药抗击SARS-Co V-2提供了科学指导与理论依据。