实时荧光定量PCR在手足口病肠道病毒快速检测中的应用

目的建立快速检测手足口病肠道病毒的实时荧光定量PCR法,并作出应用分析。方法采用卫生部《手足口病预防控制指南》(2008年版)推荐的RT-PCR法,对丽水市2008年4～5月间发生的172例临床诊断手足口病患者的324份标本进行人肠道病毒、柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒EV71型特异性核酸的检测,同时采用实时荧光定量PCR法进行平行检测,比较两者的实验结果,分析实时荧光定量PCR方法的特异性和灵敏度。结果实时荧光定量PCR检测324份标本,肠道病毒通用核酸阳性70份,柯萨奇A16核酸阳性22份,肠道EV71病毒核酸阳性15份,与RT-PCR结果一致,符合率100%。结论实时荧光定量PCR法具有特异性强、灵敏度高等优点,是一种理想的手足口病肠道病毒的检测方法。     

实时荧光定量PCR在登革热病毒快速检测中的应用

目的应用实时荧光定量PCR快速检测登革热病毒感染。方法采集疑似登革热患者血清,采用实时荧光定量PCR检测登革热病毒,同时采用ELISA检测血清登革热IgM抗体。结果患者发病第7d血清登革热IgM血清抗体A值为0.236和0.237(临界值0.250),高度疑似阳性,第13d血清IgM抗体阳性。患者发病第2d,通用型核酸检测显示血清登革热病毒核酸含量较多,经过治疗,于第7d病毒拷贝下降。发病第2d,核酸检测确定感染病毒为登革热Ⅲ型;发病第13d血清登革Ⅲ型病毒核酸检测阴性。结论实时荧光定量PCR法具有准确性好、灵敏度高等优点,可用于登革热病毒感染的快速检测。     

碱性磷酸酶直接标记核酸探针检测乙型肝炎病毒DNA

目的 建立快速、特异、灵敏的碱性磷酸酶直接(AlkPhos Direc)标记核酸探针检测血清中乙型肝炎病毒核酸(HBV DNA)方法。方法 应用 AlkPhos DirecTM将碱性磷酸酶直接标记在HBV DNA全基因序列上制备探针,与目标核酸杂交后加入CDP-Star化学发光试剂,用胶片放射自显影检测HBV DNA。同时检测探针的灵敏度和特异性。比较AlkPhos Direc标记HBV DNA探针与地高辛标记的HBV DNA探针检测临床血清标本80份结果,并对70份临床血清标本的荧光定量PCR方法检测的结果与AlkPhos Direc标记HBV DNA探针斑点杂交检测的结果作相关性分析。结果 探针灵敏度至少为10pg,与地高辛探针比较,用AlkPhos Direct标记探针检测方法的灵敏度为100％,特异性为100％,符台率为100％,用HBV DNA荧光定量PCR方法和AlkPhos Direct标记探针核酸斑点定量方法检测的结果进行相关性比较,r=0.98,P<0.01。结论 AlkPhos Direc标记 HBVDNA探针检测血清中HBV DNA方法灵敏、特异,与地高辛标记的HBV DNA探针检测结果完全符合,与HBVDNA荧光定量PCR方法硷侧的结果有良好的相关性。     

智能等温扩增方法建立乙肝病毒核酸检测体系及评估

目的:利用智能等温扩增方法(SMAP)建立乙型肝炎病毒(HBV)核酸检测体系。方法:以pGEMX-T-X重组质粒为标准品,应用SMAP、实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对标准品的连续梯度稀释样品和其他几种病毒核酸提取物进行对照试验,测定SMAP对HBV核酸检测的特异性与灵敏度。结果:HBV病毒SMAP检测体系,反应最短时间15min,最优反应时间30min,无特殊仪器要求,特异性好,灵敏度10copies/μl;HBV病毒Real-time PCR检测体系,反应时间约2h,需要实时荧光定量PCR仪,特异性好,灵敏度100copies/μl。结论:SMAP方法检测速度快,无特殊仪器要求,能够提高检查效率,降低诊疗成本,值得推广应用。     

贝氏柯克斯体实时荧光定量PCR方法的建立及对云南鼠标本检测

目的 建立贝氏柯克斯体荧光定量PCR方法并应用于云南省鼠标本的检测.方法 根据贝氏柯克斯体ISlllla基因设计引物和探针,以克隆的ISlllla基因片断(485 bp)作标准DNA模板,建立实时荧光定量PCR检测方法,并与普通巢式PCR方法进行比较.采用2种方法对云南玉溪自然界采集的鼠各类标本进行检测分析,计算2种方法的检出率.结果 实时荧光定量PCR标准曲线的循环阈值(cycle threshold,Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=-0.999),重复性测试Ct变异系数(coefficient of variation,CV)为0.25%～3.98%,灵敏度为巢式PCR的10倍.以其他立克次体和常见病原菌共26种DNA为模板进行特异性检测,结果均为阴性.实时荧光定量PCR检测鼠血、肝脏、脾脏中的贝氏柯克斯体,阳性率分别为32.31%、61.29%、85.19%;巢式PCR法检测相应标本阳性率分别为27.69%、11.29%、74.07%;间接免疫荧光试验检测鼠血清中贝氏柯克斯体IgG抗体阳性率为26.15%.结论 本实验建立的实时荧光定量PCR比巢式PCR敏感,且具有良好的特异性,可用于人群和动物贝氏柯克斯体感染监测及临床标本的检测.     

成人重症肺炎患者EB病毒和人鼻病毒混合感染的病原学分子鉴定

目的对1例有禽类接触史的成人重症肺炎患者进行病原学研究,确定其病原体。方法采集患者的下呼吸道标本,应用荧光PCR方法检测禽流感H5N1和SARS病毒及甲型H1N1和季节性流感病毒;应用多重PCR方法检测12种常见呼吸道病毒;应用普通PCR方法检测EB病毒和巨细胞病毒,扩增阳性的病毒基因片段测序后,与GenBank数据库参考序列进行同源性分析。结果荧光PCR法检测禽流感病毒H5N1病毒和SARS病毒核酸阴性,甲型H1N1和季节性流感病毒核酸阴性;多重PCR检测人鼻病毒、EB病毒均阳性;普通PCR检测EB病毒核酸阳性。基因序列比对显示,EB病毒核苷酸序列与GenBank数据库中参考序列同源性为99.5%～100%;人鼻病毒的核苷酸序列与GenBank数据库中A组鼻病毒(73血清型)同源性最高,为94.7%。结论该例重症肺炎患者为EB病毒和A组(73血清型)人鼻病毒混合感染,排除禽流感H5N1和SARS感染。     

不同HIV-1病毒载量定量检测方法的比较研究

目的 评价不同方法检测Ⅰ型艾滋病病毒(HIV-1)病毒载量的相关性及一致性,探讨国产实时荧光核酸定量检测试剂盒用于临床检测HIV-1病毒载量的可行性.方法 收集61份未治疗的HIV感染者/艾滋病(AIDS)病人血浆标本及57份抗病毒治疗后的血浆标本,使用深圳匹基生物工程股份有限公司实时荧光聚合酶链反应(实时荧光-PCR...     

实时荧光定量PCR法分析结核分枝杆菌对异烟肼耐药的分析

目的利用实时荧光定量PCR技术快速检测异烟肼耐药结核分枝杆菌。方法收集到医院就诊的结核病疑似患者痰液样本,提取痰液样本的总DNA,利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术对结核分枝杆菌感染进行快速筛查,并与传统药敏试验进行比较,对两者的灵敏度、特异性、一致性进行比较分析。结果检测346例结核病人临床分离培养样本,药敏试验检出257例异烟肼敏感标本,101例异烟肼耐药标本;实时荧光定量PCR法共检测出异烟肼敏感和耐药标本225例98例,灵敏度为86.64%,特异性为93.92%,一致率为93.12%。结论跟传统药物敏感性实验相比,实时荧光定量PCR法检测速度快速、特异性强、灵敏度较高,可用于结核分枝杆菌耐异烟肼突变的快速检测,适于耐多药结核病的快速筛查。     

细菌核酸提取方法对荧光定量PCR检测差异分析

目的 观察和分析常见食源性病原菌及粪便中病原菌DNA提取方法对荧光定量PCR检测结果的影响。方法 以弯曲菌、副溶血弧菌和沙门菌为模型菌株,分别采用水煮法、细胞裂解法、试剂盒法(过滤法和磁珠法)提取病原菌DNA并进行荧光定量PCR检测并对试验结果作差异比较分析;应用细胞裂解法和过滤法分别提取24份随机抽样的粪便标本DNA,针对细菌16SrDNA特异序列进行荧光定量PCR检测,比较2种DNA提取方法对于病原菌检测结果的差异性。结果 在不同菌种、不同浓度的条件下,细胞裂解法提取细菌纯培养物DNA的Ct值均低于其他三种方法(P0.05),水煮法、过滤法、磁珠法的Ct值之间的比较结果呈现多样性。细胞裂解法提取粪便标本的病原DNA为模板进行细菌16S rDNA特异序列的荧光定量PCR检测结果阳性18份,阴性6份,试剂盒过滤法提取24份粪便标本检测结果皆为阳性。结论 在对纯培养的3种食源性病原菌进行荧光定量PCR鉴定时,为节省时间和成本可应用细胞裂解法或水煮法提取模板DNA,与2种商业试剂盒(过滤法和磁珠法)相比效果较好;对粪便标本病原菌进行荧光定量PCR检测时,试剂盒提取粪便标本病原DNA的扩增效果优于细胞裂解法。     

检测贝氏柯克斯体的实时荧光定量PCR

目的采用新型TaqMan-MGB探针建立检测贝氏柯克斯体的实时荧光定量PCR(real-timequantitativePCR)方法。方法根据贝氏柯克斯体特异的23SrRNA插入基因序列设计引物和探针,以克隆的23SrRNA插入基因片段作DNA模板,在荧光定量PCR检测仪(ABI7900型)上建立实时荧光定量检测方法。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.997);与套式PCR相比较,荧光定量PCR检测敏感性是其100倍。用荧光定量PCR检测其它相关立克次体,检出结果均为0。用荧光定量PCR检测贝氏柯克斯体感染的小鼠脾脏标本,脾脏中贝氏柯克斯体的感染量与感染过程具有相关性。结论本研究建立的检测贝氏柯克斯体的实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性,特别适合样本中微量贝氏柯克斯体DNA的检测,其定量检测可用于动物实验中的贝氏柯克斯体感染程度的分析。     

实时荧光定量PCR检测GI型诺瓦克样病毒方法的建立

目的建立临床粪便中GI型诺瓦克样病毒的实时荧光定量PCR检测方法。方法针对诺瓦克样病毒GI型保守序列,用序列比对软件设计特异性引物与探针,建立诺瓦克样病毒实时荧光定量PCR检测方法。并用常规RT-PCR和本文建立的实时荧光定量PCR对137份临床腹泻标本进行检测。结果该方法对诺瓦克样病毒检测准确,重复性好,标准曲线的线性范围为102～107拷贝,相关系数为0.9991。并且对临床标本的检出率显著高于普通RT-PCR。结论本研究建立的实时荧光定量PCR方法可用于检测临床腹泻粪便标本中的GI型诺瓦克样病毒,从而有效预防和控制该病毒的传染。     

荧光定量PCR检测嗜吞噬细胞无形体

目的采用新型TaqMan-MGB探针建立检测嗜吞噬细胞无形体的实时荧光定量PCR(quantitativereal-timePCR)方法。方法依据gltA基因序列设计嗜吞噬细胞无形体特异引物和探针,以克隆的嗜吞噬细胞无形体gltA基因片段作DNA模板,在荧光定量PCR检测仪(ABI7900HT)上建立实时荧光定量检测方法。结果建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.996);与套式PCR相比较,荧光定量PCR检测的灵敏度是其100倍。用荧光定量PCR检测其它相关立克次体和细菌DNA样本,检出结果几乎为0;对荧光定量PCR检测重复性进行分析,变异系数(CV)批内和批间误差在0~2.1%之间,证明该荧光定量PCR具有种特异性和良好的重复性。用荧光定量PCR检测体疑染嗜吞噬细胞无形体的10份蜱和30份小鼠脾脏标本,结果与套式PCR检测结果有密切相关性,但是定量PCR检测敏感性和准确率均高于套式PCR。结论本研究建立的检测嗜吞噬细胞无形体的实时荧光定量PCR具有很高的特异性和敏感性,特别适合检出样本中微量嗜吞噬细胞无形体。     

国产实时荧光定量核酸检测试剂测定HIV病毒载量

目的在目前进口试剂较昂贵的情况下,探讨国产实时荧光定量核酸检测试剂用于检测艾滋病病毒(HIV)病毒载量的可行性。方法2004年从全国4个省的HIV感染者/艾滋病(AIDS)患者采集110份样本,每份样本均同时使用生物梅里埃公司NASBA与深圳匹基生物公司实时荧光定量PCR两种方法测定血浆中HIV RNA含量,比较两种方法所得数据间的关系。结果HIV样本病毒载量处于3.5×103-1.0×105拷贝/ml范围时,一致性较好,存在一定线性关系;在小于103拷贝/ml范围内时,两种方法检测结果基本一致;当病毒载量处于1.0×103-3.5×103拷贝/ml范围时,两种方法检测结果偏差较大;病毒载量处于大于105拷贝/ml的范围时,虽然两种检测方法数值之间无相关性,但均显示处于105以上的较高数值范围。结论NASBA与实时荧光定量PCR两种检测方法在3.5×103-1.0×105拷贝/ml范围内有着高度的相关性,国产实时荧光定量核酸检测试剂检测结果与国际上较常用的病毒载量检测方法的结果之间的差异已经缩小,在低载量的检测敏感性还需要进一步优化。总体来说,使用国产实时荧光定量核酸检测试剂可以初略定量血浆中HIV RNA含量。     

实时荧光定量PCR检测胆囊结石中华支睾吸虫DNA的研究

目的运用基于Taqman探针实时荧光定量PCR技术检测胆囊结石中的华支睾吸虫DNA。方法选取2012年3～4月份40例实施内镜取石保胆手术患者的胆囊结石,通过傅里叶红外光谱法分析结石成分,对结石研磨涂片镜检观察,并提取其DNA,运用实时荧光定量PCR技术检测华支睾吸虫基因。结果 40例患者的胆囊结石按主要成分可分为胆色素性结石(25例),胆固醇性结石(6例),混合性结石(9例)。结石涂片镜检有23例发现华支睾吸虫虫卵(阳性率57.5%),其中胆色素性结石19例,混合性结石4例。实时荧光定量PCR检测华支睾吸虫DNA阳性率为65.0%(26/40),其中包括23例镜检虫卵阳性标本及3例镜检阴性标本。结论运用实时荧光定量PCR在胆囊结石中检测出华支睾吸虫DNA,敏感性高于镜检法查虫卵。这不仅为华支睾吸虫感染诱发胆囊结石形成提供了分子生物学证据,同时也提供了一种诊断华支睾吸虫感染的有效手段,对胆囊结石病人的病因诊断、临床治疗以及术后预防复发等具有重要的指导意义。     

PCR-反向点杂交基因分型与实时荧光定量PCR检测人乳头瘤病毒的研究

目的评价PCR-反向点杂交基因分型与实时荧光定量PCR在检测人乳头瘤病毒(HPV)的意义。方法同时采用PCR-反向点杂交基因分型和实时荧光定量PCR对121例女性宫颈脱离细胞标本进行HPV检测。其中PCR-反向点杂交基因分型能检测23种HPV亚型,实时荧光定量PCR定量检测常见的13种高危HPV亚型。结果 PCR-反向点杂交基因分型检测HPV的阳性率为28.10%(34/121),实时荧光定量PCR检测HPV的阳性率为16.53%(20/121),差异有统计学意义(P<0.05);二者检测的符合率为93.39%(113/121)。结论 PCR-反向杂交基因分型适用于HPV感染的筛查,而实时荧光定量PCR适用于HPV感染相关疾病的疗效与预后的判断。PCR-反向杂交基因分型与实时荧光定量PCR联合检测可提高HPV检测的特异性和敏感度,对于生殖道HPV感染以及子宫颈癌的早期发现、预防和治疗具有重要意义。     

实时荧光定量PCR在病毒检测中的应用

实时荧光定量PCR是通过荧光信号监测目的基因扩增数量的定量PCR技术,具有灵敏度高,检测速度快等优点。实时荧光定量PCR已被应用于乙肝病毒、登革热病毒、流感病毒、水疱口炎病毒等病毒的快速检测,在病毒快速分型、相似病毒的鉴别检测、耐药病毒突变体检测等临床和公共卫生领域得到广泛应用。狂犬病是危害严重的人兽共患病,病死率几乎为100%。实时荧光定量PCR技术已被应用于狂犬病病毒和狂犬病相关病毒的核酸检测,具有与金标准DFA相当的灵敏度和特异度,同时克服了金标准DFA的某些局限性,如检测速度更快,无需提取脑组织,对唾液、脑脊液等低病毒载量样本具有较好的检出效果,具有成为人间狂犬病诊断技术的潜力。灵敏度是传统RT-PCR的200倍以上,交叉污染的风险更低。实时荧光定量PCR也应用于欧洲蝙蝠病毒等狂犬病相关病毒的检测,可建立多重实时荧光定量PCR在单一检测体系对多种病毒进行快速鉴别,对于预防病毒性传染病具有重要的公共卫生意义。本文详细介绍了该技术的相关原理和方法,以及在病毒检测方面的国内外研究进展。     

定量PCR检测HCMV-DNA结合细胞培养分离病毒法诊断小儿HCMV感染

目的探讨实时荧光定量PCR检测HCMV-DNA结合细胞培养分离病毒,对诊断小儿HCMV感染的价值。方法使用实时荧光定量PCR法检测尿液HCMV-DNA与细胞培养分离尿液HCMV二种方法检测。结果（1）该实时荧光定量PCR检测HCMV-DNA体系,与相关的三种病毒（I型单纯疱疹病毒、腺病毒和呼吸道合胞病毒）无交叉反应,20例正常幼儿皆为阴性。（2）40例临床患儿实时荧光定量PCR检测尿液HCMV-DNA,阳性10例。其中,唇腭裂组阳性6例（6/11）,肺炎组阳性4例（4/29）,两组检出结果比较,差异有显著性（χ2=5.06,P〈0.05）,唇腭裂组阳性检出高于肺炎组。（3）40例临床患儿细胞培养法HCMV分离检测,阳性8例,其中,唇腭裂组阳性4例（4/11）,肺炎组阳性为4例（4/29）,两组检出结果比较,差异无显著性（χ2=1.21,P〉0.05）。（4）40例临床患儿,实时荧光定量PCR检测尿液HCMV-DNA与细胞培养分离病毒结果符合度比较,差异无显著性（χ2=3.33,P〉0.05）。二种方法阳性检出比较,差异无显著性（χ2=0.38,P〉0.05）。结论实时荧光定量PCR检测尿液HCMV-DNA,与细胞培养法分离病毒联合应用可提高HCMV感染诊断阳性率。     

实时荧光定量PCR检测人类EZH2基因方法的建立

目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类EZH2基因的方法.方法:将EZH2 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测EZH2,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为10,线性范围为101～108拷贝,相关系数r为-1.00,104copies/μl标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.0%和2.7%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(Tm)为(83.42±0.13)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测EZH2基因,具有高敏感性、高特异性和高精确性等优点,可作为进一步研究EZH2的方法.     

急性胰腺炎患者血浆脱氧核糖核酸定量分析及其临床意义

目的 定量检测急性胰腺炎(AP)患者外周血血浆DNA并初步探讨其临床应用价值.方法 收集40例轻症急性胰腺炎(MAP)、20例重症急性胰腺炎(SAP)及50名健康志愿者的外周血血浆样本,采用微量基因组DNA提取试剂盒提取血浆DNA,以实时荧光定量PCR方法检测各组血浆DNA含量,比较分析血浆DNA水平与AP的临床相关性...     

RT-PCR定量检测汉坦病毒RNA及在临床诊断中的价值

目的建立敏感特异的检测肾综合征出血热(HFRS)病人血清中汉坦病毒RNA的定量RT-PCR方法,探讨HFRS患者血清中病毒RNA持续时间,水平及其病情严重程度的关系。方法应用套式RT-PCR扩增引物,自行设计和制备标准品获得标准曲线,使用实时荧光定量PCR技术检测了HFRS(SEO型)血清中的汉坦病毒的载量。结果14例HFRS病人血清中,SEO RNA阳性11例,SEO型病人的病毒载量一般可达102~104copies/ml。其中2例发病第8天,2例第9天的病人血清PCR结果仍为阳性。结论:我们采用的实时荧光定量PCR方法可很好的反映HFRS病人血清中汉坦病毒RNA含量,HFRS病人病毒血症持续时间可超过1周,血清中RNA水平与病情严重程度有关。