基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杏贝止咳颗粒治疗感染后咳嗽的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法探讨杏贝止咳颗粒治疗感染后咳嗽(PIC)的作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台检索杏贝止咳颗粒的活性成分并预测潜在靶点,根据人类孟德尔遗传综合数据库、GeneCards数据库、Pharm GKB数据库和DrugBank数据库检索PIC相关靶点,并与杏贝止咳颗粒活性成分潜在作用靶点取交集,获得共有靶点;采用Cytoscape 3.8.2构建杏贝止咳颗粒活性成分-靶点-PIC疾病网络图;使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;采用Metascape数据库对共有靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,并构建通路-靶点网络图;最后使用AutoDockTools 1.5.6、AutoDock 4.2.6进行分子对接。结果：通过对杏贝止咳颗粒的研究,共获得96个活性成分,有效靶点272个,PIC靶点212个,共有靶点55个,对应于杏贝止咳颗粒82个活性成分;以槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇为重要活性成分,5-羟色胺转运体基因、白细胞介素6、肾上腺素能受体β2、糖皮质激素受体、原癌基因和前列腺素内过氧化物...     

基于网络药理学和分子对接法探讨安神补心六味丸治疗冠心病的作用机制

摘要：目的:采用网络药理学和分子对接法探讨蒙药安神补心六味丸治疗冠心病（CHD）的分子作用机制。方法:通过文献挖掘、多个数据库检索收集整理并筛选安神补心六味丸的活性成分以及治疗CHD的相关靶点,运用Cytoscape 3.6.0构建"中药-活性成分-靶基因"网络,使用String数据库并结合Cytoscape 3.6.0筛选出关键靶点;通过DAVID数据库对潜在靶点进行功能及信号通路富集分析,利用Auto Dock Vina对成分和靶基因网络分析结果进行分子对接验证。结果:从安神补心六味丸中筛选得到52个活性成分,涉及CHD作用靶点141个,网络拓扑分析筛选出24个关键靶点,基因本体（GO）功能富集分析得到GO条目263个,京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析筛选得到29条信号通路,主要涉及亚油酸代谢、花生四烯酸代谢和Ras信号通路等。通过分子对接得到结合能≤-5 kcal·mol-1的活性成分20个,与排名前6的关键靶点均有较好的亲和力。结论:安神补心六味丸中的活性成分鞣花酸、异鼠李素及柚皮苷等能作用于多个靶点和调控多条通路,对CHD可能具有治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接研究昆明山海棠治疗糖尿病肾病的作用机制

应用网络药理学和分子对接研究方法探讨昆明山海棠治疗糖尿病肾病的作用机制。利用TCSMP数据库搜集昆明山海棠的有效成分和靶点,通过GeneCards、GAD、OMIM、TTD等数据库查找糖尿病肾病相关的靶点,采用STRING平台构建PPI网络,应用Cytoscape软件对昆明山海棠治疗糖尿病肾病的作用靶点与有效成分构建可视化“药物-活性成分-靶点-通路-疾病”网络模型,预测昆明山海棠治疗糖尿病肾病的潜在靶标,通过DAVID数据库对关键靶点进行GO及KEGG分析,利用Autodock软件对网络药理学结果进行初步验证。从数据库中筛选出昆明山海棠有效成分15个,相对应的有效靶点123个;筛选出糖尿病肾病相关靶点11 119个。昆明山海棠有效成分作用靶点与糖尿病肾病靶点存在65个共有靶点分子,GO分析结果表明,昆明山海棠主要通过RNA聚合酶Ⅱ转录因子、类固醇激素受体、雄激素受体等生物学功能特性治疗DKD。KEGG富集分析结果显示,昆明山海棠的药理作用与mTOR信号通路、癌症通路、神经活性配体受体相互作用、叶酸一碳库、抗叶酸抗性、化学致癌-受体激活等信号通路等有关。分子对接结果表明,昆明山海棠中关...     

基于网络药理学探讨白头翁抗结直肠癌的作用机制

目的通过网络药理学筛选白头翁中有效成分,探讨白头翁抗结直肠癌的物质基础及作用靶点和信号通路。方法利用中药分子机制生物信息学分析工具数据库BATMAN-TCM筛选白头翁活性化合物及其靶点;通过PharmDB-K和Dis Ge NET数据库获取直肠癌基因后与白头翁中有效化合物基因靶点交集,获得疾病-药物靶基因;使用蛋白质相互作用网络数据库String将疾病-药物-蛋白靶基因进行蛋白互作分析,运用R语言筛选出核心基因;运用R包及Cytoscape3.2.1的Clue GO插件进行GO分析和KEGG通路富集分析。最后分别采用SYBYL-X2.0与Discovery Studio4.5软件进行分子对接,将药物活性成分与靶基因进行结合活性的双重验证。结果在白头翁成分中,共有11个活性化合物,对应508个靶标基因,与结直肠癌靶标基因进行交集后共有67个基因;在此基础上筛选出21个核心基因,其主要通过在p53信号转导通路,结直肠癌通路,癌症中的中心碳代谢通路等11条核心通路发挥抗癌作用。分子对接验证结果表明,白头翁活性成分中,皂苷类、生物碱成分与结直肠癌靶标基因均有较好结合作用,其中包括:葳岩仙皂苷A与HSP90、KIT、SIRT1能结合,蝙蝠葛碱与NR3C1、ESR1、KIT结合。结论白头翁通过多成分、多靶点、多通路治疗结直肠癌,为白头翁抗肿瘤治疗的作用机制及后续实验验证提供了依据及基础。     

基于网络药理学和分子对接的关黄母颗粒治疗围绝经期综合征的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探讨关黄母颗粒治疗围绝经期综合征的分子机制。方法 通过SymMap、中国天然产物化学成分库筛选关黄母颗粒中构成药物主要化学成分,而后通过TCMSP数据库以及既往文献对查询有效化学成分的对应靶点,结果的匹配规范通过Uniprot数据库进行。运用Cytoscape 3.6.0软件构建关黄母颗粒的药物-有效成分-作用靶点网络。通过DrugBank和GeneCards数据库明确围绝经期综合征主要疾病靶点,并与关黄母颗粒有效成分靶点进行匹配而获得潜在治疗靶点。基于Metascape数据库和DAVID数据库对潜在治疗靶点进行GO生物过程、KEGG信号通路分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并应用Cytoscape软件进行拓扑分析,应用Surflex-Dock进行分子对接。结果 共获得有效化学成分86种,通过合并及删除重复值后得到有效成分作用靶点298个,关黄母颗粒治疗围绝经期综合征的潜在靶点基因228个。基因本体论(GO)功能分析得到排名前10名的差异基因主要涉及蛋白质代谢、细胞周期、细胞器功能、染色体等方面。KEGG富集分析显示,关黄母颗粒有效成分治疗围绝经期综合征排名前10的信号通路包括血脂和动脉粥样硬化通路(lipid and atherosclerosis)、化学致癌-受体激活通路(chemical carcinogenesis-receptor activation)、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路等。分子对接结果显示,梓醇、五羟黄酮、汉黄芩素、山柰酚、芍药苷与黏着连接蛋白β1(CTNNB1)、表皮生长因子受体(EGFR)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白P53(TP53)具有较好的结合活性。结论 关黄母颗粒可能通过梓醇、五羟黄酮、芍药苷等成分,通过影响EGFR、TNF及CTNNB1等关键靶点的表达治疗围绝经期综合征。     

基于网络药理学探讨祛痰合剂祛痰镇咳的作用机制

目的：基于网络药理学方法,探讨祛痰合剂的祛痰镇咳作用机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台、Symmap数据库和BATMAN数据库获取祛痰合剂的成分,以口服生物利用度≥30%、化合物类药性≥0.18为标准筛选出药物中的有效成分,利用PubChem数据库和SwissTargetPrediction数据库筛选活性成分并预测其作用靶点,通过Cytoscape构建疾病-药物-成分-靶点网络;利用STRING数据库对靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,并通过R语言计算核心靶点,最后采用DAVID数据库对药物作用疾病相关靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。结果：通过筛选得到22个主要活性成分、药物-疾病相关靶点298个,提示祛痰合剂可能是通过药物应答、磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路及细胞增殖正向调节作用等生物过程,酶结合、蛋白激酶活性及药物结合等分子功能发挥祛痰镇咳的作用,其机制可能与神经活性配体-受体相互作用、环腺苷酸信号途径和钙信号通路等多个通路的调控作用密切相关。结论：祛痰合剂可以通过多成分、多靶点、多通路的方式发挥其祛痰镇咳的作用机制,本研究为进一...     

基于网络药理学和分子对接研究枳实薤白桂枝汤治疗心血管疾病的作用机制

摘要：目的:探究复方枳实薤白桂枝汤治疗心血管疾病的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选枳实薤白桂枝汤的有效成分及靶点基因;通过基因卡片（Gene Cards）和在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库筛选疾病的靶点基因,将药物有效成分靶标与疾病靶标映射;采用Cytoscape 3.7.1构建药物-成分-靶点-疾病关系图,寻找关键作用成分。运用STRING数据库,得到蛋白互作核心基因。将关键作用成分与核心基因中的前3个做分子对接。利用Bioconductor进行基因本体（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:筛选枳实薤白桂枝汤的有效成分61个,药物-疾病共同作用靶点104个; Cytoscape 3.7.1网络得到候选化合物47个,蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中核心基因为丝裂原活化蛋白激酶8（MAPK8）、淀粉样前体蛋白（APP）、表皮生长因子受体（EGFR）,分子对接香蜂草苷、新橙皮苷、菠菜甾醇与核心靶点具有较强的亲和能力,涉及前列腺癌（prostate cancer）、乙型肝炎（Hepatitis B）、流体剪切力及动脉硬化（gluid shear stress and atherosclerosis）、糖尿病并发症中的糖化终末产物及其受体信号通路（AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications）等通路发挥治疗心血管疾病作用。结论:枳实薤白桂枝汤以多成分、多基因、多通路的复杂形式发挥其药效作用,为心血管疾病药物的开发提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨富碘中药海藻治疗甲状腺乳头状癌的作用机制

目的 利用网络药理学与分子对接技术研究富碘中药海藻治疗甲状腺乳头状癌的作用机制。方法 通过TCMSP平台及查阅文献筛选海藻的活性成分及药物靶点,用Genecards、OMIM和DrugBank数据库收集甲状腺乳头状癌的疾病靶点,取药物靶点和疾病靶点的交集作为潜在靶点,并在STRING数据库中获得靶点蛋白质互作网络,导入Cytoscape软件获得关键靶点和有效成分,在Metascape数据库中进行关键靶点的GO功能和KEGG通路富集分析,最后用Autodock vina软件进行海藻有效成分和关键靶点的分子对接验证。结果 共筛选得到富碘中药海藻治甲状腺乳头状癌8种有效成分和14个关键靶点,通过分子对接验证了海藻主要有效成分槲皮素和TNF、TP53、IL-6和VEGFA等关键靶点间的分子结合力很强。富集分析结果表明海藻有效成分和关键靶点通过参与调节PPAR信号通路、NF-κB信号通路、IL-17信号通路、前列腺癌、HIF-1信号通路等而发挥治疗甲状腺乳头状癌的作用。结论 富碘中药海藻治疗甲状腺乳头状癌的作用机制可能是海藻中所含有效成分通过调节多个甲状腺乳头状癌相关靶点,进而介导多条信号通路,...     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗视网膜静脉阻塞的分子机制

目的：探讨三七治疗视网膜静脉阻塞（RVO）的分子作用机制。方法：采用TCMSP数据库及文献补充获得三七的有效成分,并在Swiss Target Prediction收集其作用靶点;使用GeneCards等5个数据库检索RVO疾病靶点,并将三七成分靶点与RVO疾病靶点进行映射;利用STRING、Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白-蛋白相互作用网络图,筛选出核心靶基因,对其进行GO和KEGG富集分析。最后,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接验证。结果：筛选出三七有效成分10种,涉及354种蛋白。RVO的疾病靶点有181个,其中9个是三七治疗RVO的潜在靶点。“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”相互作用网络中,核心作用靶点包括VEGFA、EGFR等;通过GO及KEGG富集分析,筛选出参与RVO主要生物学过程28种,相关信号通路18条。三七治疗RVO潜在的分子机制与纤溶等生物学过程密切相关。关键信号通路包括HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果提示,三七主要活性成分DFV、Panaxydol等与VEGFA、EGFR等关键靶点有着较好的结合活性。结论：三七的多成...     

基于网络药理学探讨四季青有效成分作用机制

目的:通过网络药理学研究四季青有效成分作用机制。方法:通过TCMSP筛选四季青有效成分及作用靶点,将靶点转化为基因名。用String数据库和Cytoscape3.5.1软件筛选四季青有效成分对应的关键靶点。在DAVID数据库中,对四季青的关键靶点进行GO生物富集分析和KEGG通路分析,并构建四季青有效成分-关键靶点-通路网络图。结果:筛选出四季青有效成分6个。通过Degree值排名前20靶点,在GO生物富集分析中,涉及28个生物学过程,5个细胞组分,6个分子功能;KEGG通路分析中,涉及23条通路,主要涉及相关信号通路,细菌病毒感染通路,细胞凋亡通路等。结论:通过网络药理学对四季青有效成分、关键靶点及通路等进行研究,从而探其发挥作用的物质基础及机制。     

基于网络药理学的四君子汤治疗胃炎的作用机制研究

目的通过网络药理学预测四君子汤治疗胃炎的主要活性成分和作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法通过中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库收集四君子汤及其中4味中药党参、白术、茯苓、甘草的化学成分,经口服吸收率(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)3个条件筛选得到药物的有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库进行有效成分靶点预测;同时从TTD、Drugbank和DisGeNET数据库对胃炎的靶点进行检索及筛选;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.2.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,使用String数据库绘制靶点蛋白-靶点蛋白相互作用网络;对靶点蛋白利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,构建核心有效成分-核心靶点-代谢通路网络图。结果从四君子汤中筛选出68个化学成分,涉及治疗胃炎的10个靶点;GO分析结果表明其涉及单孢素代谢过程、杂环代谢过程、药物代谢过程、药物分解过程、类固醇代谢过程等9个生物过程,涉及氧结合、单加氧酶活性、氧化还原酶活性等10个分子功能,包括细胞器膜、内质网膜等6个细胞组成;KEGG分析结果表明其可能通过药物代谢-细胞色素P450、亚油酸代谢、细胞色素P 450对外源性物质代谢的影响、神经活性配体与受体的相互作用、化学致癌、类固醇激素生物合成、视黄醇代谢7个信号通路治疗胃炎。结论四君子汤通过多靶点、多通路治疗胃炎,为今后分子机制的研究奠定一定的基础。     

基于分子网络研究四逆散抗抑郁症作用的潜在生物学机制

目的 基于分子网络研究四逆散治疗抑郁症的潜在生物学机制。方法 借助于中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库筛选四逆散的活性成分,筛选条件为口服利用率、药物相似性和血脑屏障透过率,并挖掘四逆散活性成分靶点和抑郁症的治疗靶点。利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点,对应相应成分定义为四逆散抗抑郁的有效成分。利用String在线数据库进行交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络的预测,并利用DAVID数据库进行交集靶点KEGG信号通路的富集分析。最后使用Cytoscape 3.6软件进行活性成分-靶点网络及有效成分-靶点-信号通路的构建和拓扑分析。结果 筛选出了四逆散107个有效成分和28个重要的抗抑郁症靶点。四逆散抗抑郁症的重要靶点显著富集于神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触、逆行内源性大麻素信号传导、钙信号通路等10个信号通路中。结论 本研究从分子网络的角度初步揭示了四逆散治疗抑郁症的潜在作用机制,其主要的生物学机制可能与以神经活性配体-受体相互作用为中心的信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

中药复方参麻颈复颗粒治疗脑梗死的网络药理学研究

目的 应用网络药理学的研究方法探索中药复方参麻颈复颗粒治疗脑梗死的物质基础及其作用机制。方法 通过TCMSP数据库、ETCM数据库、中医药资料库检索参麻颈复颗粒中潜在活性成分及作用靶点;OMIM数据库检索脑梗死相关靶蛋白基因,采用交集法获得参麻颈复颗粒与脑梗死的共同靶点基因。运用Cytoscape构建“参麻颈复活性成分-靶点”网络,利用STRING数据库构建PPI网络,采用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 筛选出参麻颈复颗粒的183个潜在有效成分,在TCMSP数据库中筛选到1 785个潜在靶点蛋白,其中与脑梗死有关的作用靶点30个,这些靶点基因主要参与炎症反应和细胞凋亡过程,涉及TNF信号通路、HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论 参麻颈复颗粒对脑梗死的治疗作用可能与调控炎症反应、改善受损神经功能、保护脑缺血再灌注损伤有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探究养精种玉汤治疗不孕症的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探究养精种玉汤治疗不孕症的潜在作用机制。方法 使用TCMSP检索养精种玉汤的有效成分和作用靶点。通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、Drugbank、Therapeutic Target Database数据库收集疾病靶点。运用Cytoscape3.9.0软件构建药物-有效成分-疾病-靶点网络和蛋白相互作用网络。利用David v6.8数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。随后使用AutoDockvina软件对核心蛋白作用靶点进行分子对接,并用Pymol软件进行结果展示。结果 筛除重复后,养精种玉汤中共有31个有效成分,有效成分靶点共有94个,养精种玉汤治疗不孕症的核心蛋白作用靶点共有6个,核心靶点蛋白主要涉及血管收缩的调控、脂多糖反应、一氧化氮生物合成的调控、雌二醇的反应、过氧化氢的反应等生物过程,主要与类固醇、炎症、血管信号通路相关。结论 养精种玉汤治疗不孕症的潜在作用机制是由于β-谷甾醇、（+）-儿茶素、豆甾醇、山奈酚、羟基芫花素、2,6,10,14,18-五甲基-2,6,10,14,18-戊烯、四氢鸭脚木碱、扁...     

基于育心保脉理论通过网络药理学与分子对接技术探究甘松作用于室性早搏的作用机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术对在育心保脉理论指导下甘松作用于室性早搏的有效成分及对应靶点通路的探究,并研究其潜在的分子机制。方法：利用TCMSP及文献筛选甘松有效成分并通过SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点;通过GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库和DisGeNET数据库获取室性早搏（premature ventricular contraction,PVC）有关的作用靶点;取交集得到甘松作用于室性早搏的靶点基因。使用Cytoscape3.9.1软件建立甘松作用于PVC的“药物-成分-靶点-疾病”网络图。使用STRING数据库构建蛋白质互作（PPI）网络,并将获得的数据信息导入至Cytoscape 3.9.1筛选获得关键靶点。使用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果：共筛选出甘松11种有效成分以及304个作用靶点,获得PVC靶点3 982个,两者取交集共得到181个共同靶点,网络分析显示,甘松作用于PVC的主要有效成分为金合欢素、柚皮素、隐丹参酮、α-香附...     

基于网络药理学及分子对接探讨枳实-杏仁药对治疗便秘的作用机制

目的：利用网络药理学及分子对接探讨枳实-杏仁药对治疗便秘的作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台、GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank、R软件4.1.1、STRING和Cytoscape 3.8.2等平台筛选药对有效成分与便秘的共有靶点、绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图,从而得出主要有效成分和核心共有靶点。再利用Autodock软件将最终获得的药对主要成分与便秘疾病核心共有靶点进行分子对接,通过两者的关联性及结合亲密度分析枳实-杏仁药对治疗便秘的作用机制。结果：枳实-杏仁药对主要包含41个活性成分,对应82个靶点;获得便秘靶点1 526个,药对对应靶点与便秘作用靶点相互匹配后,最后取得60个共有靶点;药对有效成分进一步筛选后最终得到33个有效成分。枳实-杏仁药对中的木犀草素、甘草酚等活性成分作用于便秘疾病丝裂原激活的蛋白激酶1、糖原合成酶激酶3β等靶点蛋白,并通过干预磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B、雌激素信号等信号通路发挥作用。分子对接显示,有效成分与共有靶点的结合效果较好。结论：本研究为进一步探讨枳实-杏仁药对治疗便秘提供了理论参考。     

基于网络药理学方法探讨黄芪-半枝莲抗结直肠癌的作用机制

目的基于网络药理学分析方法探讨黄芪-半枝莲抗结直肠癌的有效成分及分子机制。方法运用中药药理学分析平台数据库(TCMSP)检索黄芪与半枝莲的有效成分及作用靶点, 通过GeneCards数据库等筛选结直肠癌相关靶点, 运用Cytoscape(Version 3.9.1)软件构建药物-成分-潜在靶点网络关系图。通过String数据库平台构建蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络图, 并用Metascape数据库对潜在靶点进行功能和信号通路富集分析。结果通过数据库筛选出黄芪有效成分17种, 半枝莲有效成分28种, 黄芪-半枝莲与结直肠癌靶点交集共24个潜在蛋白靶点。基因本体论(gene ontology, GO)富集分析显示黄芪-半枝莲主要与DNA损伤、细胞凋亡、调节酶活性等生物学功能相关, 京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析显示主要通路包括磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TN...     

基于分子动力学模拟与分子对接技术从分子层面预测活骨方对激素性股骨头坏死的干预作用

目的：基于分子动力学模拟与分子对接技术从分子层面预测活骨方对激素性股骨头坏死(SONFH)的干预作用。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台与BATMAN-TCM数据库筛选活骨方的活性成分和作用靶点,整合人类孟德尔遗传综合数据库与GeneCards数据库的检索结果以明确SONFH相关靶点,借助Cytoscape 3.8.1软件,进行靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建,并对其开展基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,运用分子对接及分子动力学模拟的方法,从分子层面预测活骨方作用于SONFH相关靶点的结合位点及结合能力。结果：筛选得到活骨方治疗SONFH相关活性成分200个,如二氢卡拉酮、米替隆、新隐丹参酮Ⅱ、棕榈酸和新隐丹参酮C等;与SONFH交集靶点119个,以及20个核心靶点,如癌组织基因、酪氨酸激酶、丝裂原激活的蛋白激酶1、雌激素受体1、白细胞介素6、血管内皮生长因子A和肿瘤坏死因子等。GO和KEGG富集分析结果显示,活骨方治疗SONFH主要涉及上皮细胞增殖、类固醇激素反应正调控等4 134种生物学功能;157条信号通路(含磷...