大鼠C6脑胶质瘤模型的基因表达谱分析

目的:筛选和分析大鼠胶质瘤模型与正常星型胶质细胞中的差异表达基因。方法:构建大鼠C6颅内胶质瘤模型,利用Illumina Hi Seq 4000技术对大鼠胶质瘤模型的胶质细胞和正常星形胶质细胞进行转录组测序并对测序结果进行功能注释。以q值0. 05为标准筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG数据库分析其功能和参与的信号通路。结果:较之正常星形胶质细胞,大鼠胶质瘤模型组细胞共筛选得到9221个差异表达基因,其中4604个基因表达上调,4617个基因表达下调; GO富集结果表明:这些差异表达基因共映射到575个GO term,与各类结合相关的分子如蛋白结合、离子结合、小分子结合、核苷酸结合等功能富集显著; KEGG富集结果表明:差异表达基因共参与22条通路,富集最多的是癌症发生通路、MAPK通路、胞吞通路和黏着斑通路。结论:成功获取大鼠胶质瘤模型细胞与正常胶质细胞的基因表达谱,差异表达基因富集在癌症发生通路、MAPK通路、胞吞作用通路和黏着斑等生物学通路,这些信号通路可能在胶质瘤发生发展过程中发挥重要作用,对其进一步分析将为临床治疗胶质瘤提供新的靶点。     

大鼠C6胶质瘤细胞的基因表达谱

目的:筛选比较大鼠C6胶质瘤细胞与正常星型胶质细胞中的差异表达基因。方法:利用Illumina Hi Seq4000技术对大鼠C6胶质瘤细胞和正常星形胶质细胞进行转录组测序并对测序结果进行功能注释。以|log2 Fold Change|≥1和q值0.05为标准筛选差异表达基因,并通过GO和KEGG数据库分析其功能和参与的信号通路。结果:较之正常星形胶质细胞,大鼠C6胶质瘤细胞中共筛选得到4363个差异表达基因,其中1603个基因表达上调,2760个基因表达下调;GO富集结果表明:4109个差异表达基因共映射到906个GO term,主要与GTP酶活性正性调节、基因表达正性调节、蛋白结合和钙离子结合等功能相关;KEGG富集结果表明:1535个差异表达基因共参与106条通路,富集最多的是PI3K-Akt信号通路和癌症发生通路。结论:成功获取大鼠C6胶质瘤细胞与正常胶质细胞的基因表达谱,并对其差异基因进行GO和KEGG注释,结果有助于胶质瘤发生发展的研究。     

人呼吸道合胞病毒北京地区A亚型ON1基因型地方株感染A549细胞转录组学分析

目的应用转录组测序方法, 分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因, 为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地方株(61397-ON1)感染A549细胞, 提取总mRNA, 通过转录组测序筛选出与未感染的A549细胞为对照的差异表达基因, 对其进行GO分析、KEGG通路分析, 同时随机选择6个差异表达倍数大于2倍的基因进行qRT-PCR验证。结果以未感染的A549细胞为对照, 筛选出1 632个差异表达基因, 其中807个基因表达上调, 825个基因表达下调。差异基因主要参与细胞因子反应以及MAPK级联反应正向调控等免疫应答相关生物过程, 并在MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、p53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路及NF-κB信号通路发生了富集。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论 RSV A亚型ON1基因型毒株感染A549细胞后的差异表达基因主要参与细胞因子应答及免疫相...     

IL-17调控溃疡性结肠炎分子机制的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法分析溃疡性结肠炎(UC)的枢纽基因和关键通路。方法 通过基因表达数据库(GEO)下载UC表达谱芯片GSE134025。利用R语言的Limma包筛选UC组与正常组肠黏膜细胞差异表达基因，对这些基因进行GO和KEGG分析；利用STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI)并将结果导入Cytoscape筛选出核心基因；利用KEGG mapper绘制核心基因所在的信号通路图。结果 筛选出190个差异表达基因，其中147个上调，43个下调。GO分析结果表明，差异表达基因主要涉及炎症反应、细胞增殖的正调控等生物学过程，主要富集于细胞膜、质膜等细胞成分，具有肝素结合、生长因子等分子功能。KEGG分析显示差异基因主要富集于趋化因子信号通路，细胞因子受体相互作用等相关信号通路。从PPI网络中筛选出10个枢纽基因：白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、CXCL10、CXCL1、CXCL9、膜联素A1(ANXA1)、IL-1β、CC趋化因子配体20(CCL20)、CXCL2、CXCL11,其中多个基因位于IL-17调控的信号通路下游。结论 发现了10个与UC发病...     

唾液腺腺样囊性癌中相关微小RNAs及其靶基因的生物信息学分析

目的 探讨唾液腺腺样囊性癌(SACC)潜在的微小RNAs(miRNAs）分子标志物,构建miRNA-mRNA调控网络,并阐明其潜在的分子机制。 方法 从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载2个SACC的微阵列芯片数据,通过R语言进行分析差异的miRNAs与mRNA。应用FunRich 3.1.3软件对差异miRNA进行转录因子富集分析以及预测差异miRNAs的靶基因。对SACC中差异miRNAs的靶基因进行基因本体论（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析以及蛋白互作分析。使用Cytoscape 3.7.0构建miRNA-mRNA调控网络。 结果 1. 共筛选出144个差异表达的miRNAs (DEMs)和1216个差异表达的mRNAs(DEGs);2. KEGG信号通路富集分析发现,靶基因主要参与Rap1信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路以及肌动蛋白细胞骨架的调节;3. STRING蛋白相互作用分析发现,ACSL1、SCD、MGLL、FABP4在蛋白相互作用网络中处于核心地位。 结论 我们筛选出SACC与相对正常组织间差异明显的miRNA和mRNA,并分析发现了这些差异分子主要参与的信号通路和功能。     

基于TMT标记定量蛋白组学分析SATB1过表达前后鼻咽癌细胞中差异蛋白质及信号富集

目的:分析富含AT序列的特异性核基质区结合蛋白1(SATB1)表达改变对人鼻咽癌(NPC)细胞中蛋白表达谱特征的影响,并采用生物信息学富集分析差异信号通路。方法:利用SATB1过表达慢病毒和阴性对照慢病毒感染CNE1细胞,获得稳定表达细胞系。提取2组细胞的总蛋白,利用TMT标记蛋白定量技术和串联质谱分析技术筛选出差异表达蛋白,采用RT-qPCR对差异蛋白编码基因在mRNA水平进行定量验证;应用GO数据库对差异表达蛋白进行注释和富集分析,应用KEGG数据库对差异蛋白涉及信号通路进行富集分析。结果:SATB1过表达慢病毒感染CNE1细胞后获得稳定表达细胞系。与对照组相比,过表达SATB1的CNE1细胞鉴别出278个差异表达蛋白,其中115个表达上调,163个表达下调;采用RT-qPCR对10个代表性差异蛋白的编码基因进行mRNA水平的验证,其结果与蛋白组学结果具有一致性。GO数据库分析差异表达蛋白主要参与了细胞过程、单有机体过程、生物调控和代谢过程,发挥生物分子结合和催化等分子功能;细胞组件主要存在于细胞部分、细胞以及细胞器上。KEGG数据库分析显示差异表达蛋白参与和肿瘤关系密切的信号通路,主要有MAPK、PI3K-Akt、AMPK、JAK-STAT、p53、PPAR、Hippo和HIF-1通路等。结论:SATB1过表达后明显改变了NPC细胞中蛋白表达谱并影响多条与肿瘤关系密切的信号通路。蛋白组学筛查也为NPC的发病分子机制、治疗和预后标靶筛查提供了可能的宏观手段。     

机械牵张力下大鼠小梁网细胞的差异蛋白组学及生物信息学分析

目的研究机械牵张作用对大鼠小梁网细胞蛋白组学的表达影响。方法实验对象选用对数生长期的大鼠小梁网细胞。采用FX-5000牵张应力加载系统拉伸细胞,提取细胞全蛋白后进行基于鸟枪法的质谱测试和蛋白质的鉴定。运用微阵列显著性分析(significance analysis of microarray,SAM)方法分析实验组和对照组的蛋白组学差异;对差异蛋白进行基于Gene Ontology(GO)的功能注释、富集和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集并筛选出显著富集的蛋白。结果 SAM法筛选出差异蛋白共计57种,均表达上调,分布在细胞各个区域,参与细胞发育、免疫调节、刺激反应、代谢、细胞黏附等过程。其中24种显著富集在9个隶属生物学过程的GO term中,进一步KEGG通路富集分析显示热休克蛋白和核糖体蛋白显著富集在内质网蛋白加工通路和核糖体通路中。结论机械牵张对大鼠小梁网细胞的蛋白质表达影响区域广,过程复杂。富集分析说明热休克蛋白和核糖体蛋白在牵张刺激下的应答保护和眼压调控中起到了重要作用。     

Th1/17细胞功能及分化过程的生物信息学分析

目的利用生物信息学技术探究1/17型辅助T(Th1/17)细胞的功能及其分化过程。方法采用高通量基因表达数据库(GEO)中包含来源于健康人体Th17细胞和Th1/17细胞基因表达数据的基因芯片数据集(GSE104021)进行生物信息学分析。以Th17细胞为对照,采用R语言软件分析Th17细胞和Th1/17细胞之间的差异表达基因,以此探究Th1/17细胞发挥功能的主要效应分子。后通过R语言软件对差异表达基因进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。最后选用GO分析中被富集到目标生物过程中的基因,进行蛋白质相互作用网络(PPI)分析,探索Th1/17细胞的分化过程。结果差异表达基因分析结果显示,与Th17细胞相比, Th1/17细胞中低表达基因为白细胞介素17A(IL-17A)和CC趋化因子受体4(CCR4);高表达基因为含卷曲螺旋域3(CCDC3)、 CC趋化因子配体4(CCL4)、集落刺激因子2受体β亚单位(CSF2RB)、 CCL5、γ干扰素(IFNG)和上皮基质相互作用分子1(EPSTI1)。GO分析中细胞组分分析结果显示,这些差异基因表达产物主要定位于细胞膜胞外侧和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)受体复合物中;生物过程分析结果显示差异基因表达产物参与上调白细胞介素23(IL-23)产生,趋化因子介导的信号通路和上调自然杀伤(NK)细胞趋化性;分子功能分析结果显示差异表达基因表达产物具有CC趋化因子受体5(CCR5)结合活性,细胞因子活性和γ干扰素(IFN-γ)受体结合活性。KEGG分析结果显示差异基因被富集到细胞因子-细胞因子受体相互作用,类风湿性关节炎,趋化因子信号通路,炎症性肠病等通路中。GO分析结果显示,差异基因IL-17A和IFNG被富集到能够上调IL-23产生的生物过程中。PPI结果显示:IL-17A和IFNG具有调节细胞因子产生和调节髓样白细胞分化的生物功能。结论生物信息学分析结果显示Th1/17细胞高表达基因CCL4、 CSF2RB、 CCL5、 IFNG和EPSTI1编码的蛋白产物为Th1/17细胞潜在的功能效应分子。Th1/17产生IFN-γ和IL-17A,作用于来源于髓样白细胞的巨噬细胞和树突状细胞(DC),促进巨噬细胞和DC分化并产生IL-23。IL-23作用于Th17细胞,使其转分化为Th1/17细胞。     

基于SMART-seq2测序分析结直肠癌外周血DNT细胞转录组的表达差异及功能初探北大核心CSCD

目的 探讨结直肠癌患者外周血中双阴性T细胞差异基因及功能。方法 选取2例结直肠癌患者和2例健康体检者,首先采用流式细胞术分选外周血双阴性T细胞,然后利用单细胞全长转录组（SMART-seq2）测序技术获得测序数据,筛选差异表达基因,并对筛选出的差异表达基因进行基因本体富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)途径富集分析。利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,并通过Cytoscape软件鉴定关键基因。采用RT-qPCR验证差异表达基因。结果 与健康体检者相比,结直肠癌患者外周血双阴性T细胞差异基因共有1 276个,其中141个上调基因,1 135个下调基因。GO分析显示差异基因主要参与甲基化、代谢过程以及转移酶活性等生物学功能。KEGG通路分析显示差异基因主要涉及自噬、P53信号通路和磷酸肌醇代谢等信号通路。蛋白质互作网络包含1 154个节点和1 022条边,并鉴定出10个Hub基因：PIK3C3、WIPI1、ATG101、PIK3R4、DDX10、RBM28、SDAD1、ATG16L1、UVRAG、ATG7。RT-qPCR验证10个差异表达基因,其中7个差异基因表达变化趋势与测序结果一致,3个基因表达与测序结果不符。结论 DNT细胞可能通过甲基化、P53信号通路和自噬等作用参与了结直肠癌的发生发展,同时,DNT细胞可能通过对基因的调控抑制结直肠癌的发生发展。本研究为进一步探讨DNT细胞在恶性肿瘤中的功能提供理论依据。     

乳腺癌不同分子亚型中Wnt/β-catenin信号传导通路的异常表达

目的检测Wnt信号通路的关键组分β-catenin蛋白在管腔A、管腔B、HER-2过表达、基底细胞样及未分类型(基底细胞样及未分类型统称为三阴型)乳腺癌中的表达及细胞内定位,及其与乳腺癌临床病理参数的关系。方法采用免疫组化Eli Vison两步法检测58例乳腺癌中β-catenin蛋白表达及细胞内定位。结果 (1)管腔A、管腔B、HER-2过表达、基底细胞样及未分类型乳腺癌中β-catenin胞质异常表达阳性率分别为21.1%、50%、60%、100%及60%(三阴型84.6%),差异有显著性(P<0.01)。β-catenin高胞质表达与基底细胞样及三阴型乳腺癌相关(P<0.05)。(2)β-catenin胞质异常表达与组织学分级相关(P<0.01),与淋巴结转移、肿瘤大小、患者年龄无关;与E-cadherin膜表达缺失、Ki-67及CK5/6表达呈正相关(P<0.05),与ER及PR表达呈负相关(P<0.01)。结论乳腺癌中Wnt信号通路的异常与组织学分级、Ki-67及CK5/6表达呈正相关,与ER、PR表达呈负相关。基底细胞样及三阴型分子亚型有更高频率的Wnt信号异常。β-catenin有可能成为基底细胞样及三阴型乳腺癌的治疗靶点。     

去分化脂肪肉瘤潜在核心基因的生物信息学预测及分析

目的 探讨去分化脂肪肉瘤的潜在核心基因在其恶性生物学行为中的作用.方法 获取基因表达数据库(gene expres-sion omnibus,GEO)数据库中GSE21122和GSE52390的芯片数据,通过GEO2R筛选差异表达基因,对差异表达基因进行GO功能、KEGG通路富集分析和蛋白互作分析,并用Cytoscap...     

基于RNA-seq的db/db小鼠大脑皮质的转录组学分析

目的通过对db/db和野生型(WT)小鼠大脑皮质组织全转录组学分析,探索参与调节2型糖尿病诱导的脑功能障碍的差异表达基因(DEGs)及相关通路和网络。方法取雄性野生型WT和db/db小鼠各9只,在第8和24周检测小鼠的体质量和血糖,之后收集动物大脑皮质进行全转录组测序(RNA-seq),并进行DEGs,GO、KEGG及蛋白互作网络分析。结果与WT组相比,db/db组大脑皮质发生变化的306个转录本中有178个表达上调,128个表达下调。DEGs中,43个上调(如Clcnka和Trim17),59个下调(如Arih1和Nectin-3)。蛋白互作网络图中的13个枢纽基因均下调,且大多属于线粒体编码家族。同时,db/db小鼠在多项GO富集类别中具有显著差异,如细胞过程、细胞部分等。此外,KEGG功能富集结果显示DEGs在代谢、帕金森病(PD)、阿尔茨海默病(AD)等相关通路中高度富集,且这些富集通路中的DEGs主要影响了线粒体氧化磷酸化过程。结论揭示了2型糖尿病与中枢神经系统损伤之间的关系及潜在的相关基因、通路及网络。     

Identification of key genes and pathways in castrate-resistant prostate cancer by integrated bioinformatics analysis

ObjectiveTo identify hub genes and pathways involved in castrate-resistant prostate cancer (CRPC).MethodsThe gene expression profiles of GSE70768 were downloaded from Gene Expression Omnibus (GEO) datasets. A total of 13 CRPC samples and 110 tumor samples were identified. The differentially expressed genes (DEGs) were identified, and the gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway (KEGG) enrichment analysis was performed. Protein-protein interaction (PPI) network module analysis was constructed and performed in Cytoscape software. Weighted correlation network analysis (WGCNA) was conducted to determine hub genes involved in the development and progression of CRPC. The gene expression profiles of GSE80609 were used for validation.ResultsA total of 1738 DEGs were identified, consisting of 962 significantly down-regulated DEGs and 776 significantly upregulated DEGs for the subsequent analysis. GO term enrichment analysis suggested that DEGs were mainly enriched in the extracellular matrix organization, extracellular exosome, extracellular matrix, and extracellular space. KEGG pathway analysis found DEGs significantly enriched in the focal adhesion pathway. PPI network demonstrated that the top 10 hub genes were ALB, ACACB, KLK3, CDH1, IL10, ALDH1A3, KLK2, ALDH3B2, HBA1, COL1A1. Also, WGCNA identified the top 5 hub genes in the turquoise module, including MBD4, BLZF1, PIP5K2B, ZNF486, LRRC37B2. Plus, the Venn diagram demonstrated that HBA1 was the key gene in both GSE70768 and GSE80609 datasets.ConclusionsThese newly identified genes and pathways could help urologists understand the differences in the mechanism between CRPC and PCa. Besides, it might be promising targets for the treatment of CRPC.     

Distinct patterns of promoter CpG island methylation of breast cancer subtypes are associated with stem cell phenotypes

Although DNA methylation profiles in breast cancer have been connected to breast cancer molecular subtype, there have been no studies of the association of DNA methylation with stem cell phenotype. This study was designed to evaluate the promoter CpG island methylation of 15 genes in relation to breast cancer subtype, and to investigate whether the patterns of CpG island methylation in each subtype are associated with their cancer stem cell phenotype represented by CD44+/CD24- and ALDH1 expression. We performed MethyLight analysis of the methylation status of 15 promoter CpG island loci involved in breast cancer progression (APC, DLEC1, GRIN2B, GSTP1, HOXA1, HOXA10, IGF2, MT1G, RARB, RASSF1A, RUNX3, SCGB3A1, SFRP1, SFRP4, and TMEFF2) and determined cancer stem cell phenotype by CD44/CD24 and ALDH1 immunohistochemistry in 36 luminal A, 33 luminal B, 30 luminal-HER2, 40 HER2 enriched, and 40 basal-like subtypes of breast cancer. The number of CpG island loci methylated differed significantly between subtypes, and was highest in the luminal-HER2 subtype and lowest in the basal-like subtype. Methylation frequencies and levels in 12 of the 15 genes differed significantly between subtypes, and the basal-like subtype had significantly lower methylation frequencies and levels in nine of the genes than the other subtypes. CD44+/CD24- and ALDH1+ putative stem cell populations were most enriched in the basal-like subtype. Methylation of promoter CpG islands was significantly lower in CD44+/CD24-cell (+) tumors than in CD44+/CD24-cell (-) tumors, even within the basal-like subtype. ALDH1 (+) tumors were also less methylated than ALDH1 (-) tumors. Our findings showed that promoter CpG island methylation was different in relation to breast cancer subtype and stem cell phenotype of tumor, suggesting that breast cancers have distinct patterns of CpG island methylation according to molecular subtypes and these are associated with different stem cell phenotypes of the tumor.     

Comparison of the gene expression profiles between gallstones and gallbladder polyps

Background: Gallstones and gallbladder polyps (GPs) are two major types of gallbladder diseases that share multiple common symptoms. However, their pathological mechanism remains largely unknown. The aim of our study is to identify gallstones and GPs related-genes and gain an insight into the underlying genetic basis of these diseases. Methods: We enrolled 7 patients with gallstones and 2 patients with GP for RNA-Seq and we conducted functional enrichment analysis and protein-protein interaction (PPI) networks analysis for identified differentially expressed genes (DEGs). Results: RNA-Seq produced 41.7 million in gallstones and 32.1 million pairs in GPs. A total of 147 DEGs was identified between gallstones and GPs. We found GO terms for molecular functions significantly enriched in antigen binding (GO:0003823, P=5.9E-11), while for biological processes, the enriched GO terms were immune response (GO:0006955, P=2.6E-15), and for cellular component, the enriched GO terms were extracellular region (GO:0005576, P=2.7E-15). To further evaluate the biological significance for the DEGs, we also performed the KEGG pathway enrichment analysis. The most significant pathway in our KEGG analysis was Cytokine-cytokine receptor interaction (P=7.5E-06). PPI network analysis indicated that the significant hub proteins containing S100A9 (S100 calcium binding protein A9, Degree=94) and CR2 (complement component receptor 2, Degree=8). Conclusion: This present study suggests some promising genes and may provide a clue to the role of these genes playing in the development of gallstones and GPs.     

膀胱癌基因芯片生物信息分析及功能探讨

目的 从分子水平探讨膀胱癌的发病机制,为临床诊断及预后评估提供新思路。 方法 从基因芯片数据库中下载人膀胱癌的相关基因芯片数据GSE31189（包括52例尿路上皮癌和40例正常膀胱组织）,使用Morpheus（software.broadinstitute.org/morpheus/）在线工具分析癌症尿路上皮组织和正常尿路上皮组织的差异表达基因,然后使用生物技术信息基因云（GCBI,https://www.GCBI.com.cn)在线分析系统进行差异表达基因信号通路富集以及差异基因之间相互作用的分析,最后选择差异基因通过细胞计数试剂盒8（CCK-8）、侵袭实验和免疫印迹法初步验证其功能。 结果 按q值进行排序并筛选出差异最大的前20个基因,其中膀胱癌中上调基因18个,下调基因2个。基因分类（GO）分析发现,这些差异基因主要集中在炎症反应、免疫反应,负调控凋亡过程,来自RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控等多个生物学功能。信息通路（Pathway）分析结果显示,这些差异基因主要参与癌症中转录失调、代谢途径、核因子（NF）-κB信号通路等生物学过程。基因网络分析发现,CXC趋化因子受体4（CXCR4）、丝裂原活化蛋白激酶10（MAPK10）是这些基因网络的中心环节。初步体外实验表明,基质金属蛋白酶12（MMP-12）下调后,膀胱癌细胞的增殖明显减少,侵袭能力下降,细胞外调节蛋白激酶（ERK）磷酸化水平下降。 结论 通过多重生物信息学分析可以找出膀胱肿瘤中关键基因,CXCR4、MAPK10是膀胱基因网络中的关键环节,MMP-12在膀胱癌细胞中高表达,下调MMP-12可抑制膀胱癌细胞增殖和侵袭,它可能通过ERK途径发挥其生物学功能。     

基底细胞样型浸润性乳腺癌病理形态观察

目的 观察基底细胞样型浸润性乳腺癌的形态特点,为该类型癌的诊断提供依据.方法 收集109例乳腺浸润性导管癌存档蜡块,用单克隆抗体CK56、CK14、CK818、CK34βE12、calponin、p63、CD10、ER、PR和c-erbB-2进行免疫组织化学Max VisionTM法染色,按照免疫表型将本组分为5种类型:腺腔A型(ER+HER2-),腺腔B型(ER+HER2+),正常乳腺样型(ER-HER2-),HER2过表达型和基底细胞样型(至少表达一种基底细胞角蛋白和(或)肌上皮标记物,且ER-HER2-).重点观察基底细胞样型的组织形态表现.结果 腺腔A型48例(44.0%),腺腔B型15例(13.8%),HER2过表达型15例(13.8%),正常乳腺型10例(9.2%),基底细胞样型19例(17.4%).2例除肌上皮标记物外,还同时表达c-erbB-2和(或)ER,组织类型暂未定.在19例基底细胞样型中有16例表达CK56,17例表达CK818,11例表达CK14,18例表达CK34βE12,5例表达p63,6例表达CD10,1例表达calponin.肿瘤直径1.2～7.0 cm(平均3.9 cm);其中＞5 cm者6例.除1例病变以高级别导管内癌为主外,组织学分级为2级者9例,3级者9例,与非基底细胞样型相比3级者显著增多(P＜0.01).基底细胞样型主要组织形态表现包括:13例癌组织呈单纯推挤性(膨胀性)生长,各例边缘均可见到淋巴细胞,18例肿瘤以巢状和(或)片状排列为主,17例核分级为3级,并可见到散在巨核和(或)怪核细胞,7例呈合体细胞样生长,17例有粉刺样坏死,上述形态出现率与非基底细胞样癌比较均显著增多(P＜0.01).结论 基底细胞样型浸润性乳腺癌最有诊断性价值的形态特点是推挤性浸润边缘、周边有显著的淋巴组织、粉刺样坏死、散在巨怪细胞、大巢或片状组织结构和呈合体细胞样生长.     

创伤愈合及压力治疗过程中瘢痕动物模型转录组水平的变化研究

目的利用RNA测序技术(RNA-seq)研究创伤愈合及压力治疗过程中巴马小型猪瘢痕动物模型转录组水平的变化。方法通过背部取皮建立巴马小型猪瘢痕模型,取皮第60 d开始加压(3.4 kPa)治疗,在取皮第0、14、30、60和90 d分别提取瘢痕组织总RNA进行测序。将所得序列映射到猪参考基因组并进行转录组重建,寻找差异表达基因(DEGs),利用生物信息学方法进一步对所得DEGs进行GO分析和KEGG通路富集性分析,同时挑选部分基因用qRT-PCR进行验证。结果测序数据经过预处理,各组均有78%以上的读段能准确比对到参考序列。DEGs鉴定结果表明,压力治疗前后有568个基因差异表达,其中上调289个,下调279个。GO富集分析发现,各组DEGs主要与细胞外基质、组织发展和皮肤发展相关。KEGG富集分析表明,创伤愈合过程中各组DEGs主要富集于细胞外基质-受体相互作用、黏着斑和凋亡通路;压力治疗前后的DEGs除了富集于以上通路,还富集于MAPK和PI3K信号通路。qRT-PCR检测表明,6个DEGs的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实RNA-seq结果的可靠性。结论 RNA-seq分析鉴定出创伤愈合及压力治疗过程中瘢痕动物模型的差异表达基因,为临床瘢痕的治疗研究提供实验依据。     

细胞分裂周期相关蛋白7通过增强细胞增殖和干性促进人乳腺癌进程

目的 探讨细胞分裂周期相关蛋白7（CDCA7）在人类乳腺癌中的相关功能及潜在的作用机制。方法 通过癌症和肿瘤基因图谱（TCGA）数据库分析检索出不同乳腺癌亚型差异表达基因,找到在基底型乳腺癌中高表达基因,在这些基因中找到CDCA7,通过临床患者的相关标本做免疫组织化学分析,确定其研究意义,进而建立CDCA7稳转细胞系,通过集落形成实验、成球实验及流式细胞术分析研究其在乳腺癌中的功能,最后通过Real-time PCR及Western blotting实验分析其在乳腺癌中的分子机制。 结果 数据库和免疫组织化学结果均显示,CDCA7在基底型乳腺癌细胞中表达高于其他亚型,高表达的CDCA7预示乳腺癌患者不良预后。在luminal细胞系中稳定地过表达CDCA7后,细胞表现出更强的增殖能力,进入分裂期的细胞明显增多,而凋亡细胞显著减少。同时流式细胞术分析表明,过表达CDCA7的细胞表现出了干细胞标记(CD133, 乙醛脱氢酶)上调。Real-time PCR 和Western blotting结果提示,CDCA7能够上调β-连环蛋白（β-catenin）表达,以此影响Wnt信号通路,并影响细胞增殖和干性。结论 CDCA7作为一个促瘤基因,能够通过依赖β-catenin以及Wnt信号通路的方式来诱导luminal乳腺癌细胞向basal-like亚型转化的能力。