一起急性胃肠炎暴发疫情的病原分子特征分析

目的 了解合肥市一起急性胃肠炎疫情的病原分子特征.方法 采用实时荧光PCR(Real-time PCR)对13份肛拭标本同时进行札如病毒、诺如病毒、星状病毒核酸检测,检出的札如病毒核酸阳性标本采用传统RT-PCR扩增VP1基因片段,并测定基因序列,构建系统进化树.结果 Real-time PCR检出8份札如病毒核酸PCR阳性标本,诺如病毒、星状病毒核酸结果均为阴性.1份RT-PCR扩增产物测序成功,基因序列比对和进化分析显示为札如病毒GⅡ.3基因亚型.结论 引起该起急性胃肠炎疫情的病原体为GⅡ.3型札如病毒.     

一起GI、GⅡ型诺如病毒混合感染疫情的病原鉴定及基因特征分析

目的 对2018年湖州一起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情进行诺如病毒核酸检测及基因分型。方法 采用real-time RT-PCR方法对送检的疫情标本进行GI和GⅡ型诺如病毒核酸检测。采用RT-PCR方法对阳性标本进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序。综合系统进化分析和重组分析结果判定病毒基因型别。结果 送检的8例病例的粪便标本均为诺如病毒核酸阳性。其中5份标本为GI、GⅡ诺如病毒核酸同时阳性,3份标本为GⅡ诺如病毒核酸阳性。8份阳性标本有5份测序成功。系统进化分析结果显示本次疫情检出的GⅡ型诺如病毒为GⅡ. P17-GⅡ. 17基因型,GI型诺如病毒为GI. P4-GI. 5重组株。结论 该起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情是由GⅡ. P17-GⅡ. 17和GI. P4-GI. 5基因型诺如病毒混合感染所致,推测感染来源来自泰国曼谷旅行期间。     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

一起老人护理院诺如病毒急性胃肠炎暴发的调查

目的调查分析1起某老人护理院诺如病毒急性胃肠炎暴发的原因,为今后老年人此类疾病的防控提供参考依据。方法采用个案调查收集病例资料,采集部分病例和工作人员肛拭子标本,运用实时荧光定量RT-PCR进行诺如病毒核酸检测。结果 21份肛拭子样本中,19份诺如病毒GⅡ犁核酸阳性,其中11份阳性为发病老人肛拭子样本,8份为工作人员肛拭子样本。结论该疫情是一起由GⅡ型诺如病毒引起感染性腹泻暴发疫情,密切生活接触及未能及时消毒是疫情暴发的主要原因。     

3起GⅡ.17型诺如病毒突发疫情的分子流行病学分析

目的了解3起学校诺如病毒突发疫情的分子流行病学特征,分析诺如病毒疫情的基因型。方法采用实时荧光定量反转录PCR检测标本诺如病毒RNA,阳性标本进行逆转录PCR扩增、电泳、测序和进化树分析。结果 3起学校疫情的17份肛拭子样本中,诺如病毒GⅡ型阳性12份。10株疫情病毒经序列测定和比对,均为GⅡ.17亚型;与来自Gen Bank数据库的GⅡ.17亚型NV参考株相似性均在98%以上;系统发生树上与GⅡ.17基因亚型在一个进化分支上,属于GⅡ.17基因亚型。结论 GⅡ.17型诺如病毒将是今后疾病预防控制机构进行长效监测和防控的重点。     

一起幼儿园星状病毒和札如病毒混合感染急性胃肠炎聚集疫情调查

目的 调查一起幼儿园星状病毒和札如病毒急性胃肠炎聚集性疫情的原因,为有效控制疫情提供参考。方法 采用描述流行病学方法分析疫情流行病学特征、传播方式及危险因素。对幼儿园食堂、饮水等开展卫生学调查,采用RT-PCR方法对病例和食堂员工肛拭子样本检测诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、肠道腺病毒及札如病毒。结果 该幼儿园有教职员工76名,在园儿童198名,本起疫情共报告病例13例,均为中一班和中二班儿童。采集患儿肛拭子样本9份,4份为札如病毒阳性,1份为星状病毒阳性,1份为札如病毒和星状病毒阳性,3份阴性;厨师肛拭子样本6份,结果均为阴性。经相关部门及时采取有效防控措施,疫情得到有效控制。结论 本起疫情为一起星状病毒和札如病毒引起的急性胃肠炎聚集疫情,密切接触及消毒处置不规范是该疫情发生的主要原因。     

丽水市一起学校暴发诺如病毒疫情的实验室基因检测分析

目的测定丽水市一起学校病毒性胃肠炎暴发疫情诺如病毒的RNA聚合酶区(RdRp)和衣壳蛋白区(VP1)基因序列,从分子水平对病原进行分型鉴定。方法收集疫情现场现症患者肛拭子、呕吐物、各类饮用水、可疑食物留样标本总计98份,采用荧光定量PCR方法检测诺如病毒,将阳性标本通过测序引物RT-PCR扩增RdRp和VP1基因序列并测定,通过生物信息学软件进行基因分型鉴定和序列分析。结果共检出诺如病毒阳性4份,阳性检出率为4.08%(4/98),均为GⅡ基因型;RdRp和VP1序列BLAST和种系发生分型结果均显示为诺如病毒GⅡ.4亚型。结论诺如病毒优势流行株GⅡ.4亚型是本次学校病毒性胃肠炎暴发疫情的重要病原体。     

诺如病毒GII.17和GI.3基因型引起急性胃肠炎疫情的病原分析

目的对安庆市某中学暴发的急性胃肠炎疫情进行病原鉴定,并进一步对部分基因序列测序分析,以确定其基因亚型。方法对采集的13份肛拭子,3份生活饮用水标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法进行诺如病毒GI/GII型检测,对阳性标本的病毒VP1区部分核酸序列测序和基因库数据比对,并采用MAGA5.0软件构建进化树。结果在13份肛拭子样本7份诺如病毒阳性中,6份属于GI.3型,1份属于GII.17型;3份生活饮用水样本GI.3和GII.17型均有检出。结论该起疫情由诺如病毒感染引起,为GI.3和GII.17基因亚型。     

一起诺如病毒所致急性胃肠炎的病原学调查

目的确定天津市一起水源性急性胃肠炎暴发的致病原。方法采集病例粪便标本,饮用深井水标本,采用荧光定量(Real-time PCR)检测病毒核酸,包括轮状病毒、杯状病毒、星状病毒和肠道腺病毒,阳性标本进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增及测序分析。对粪便标本进行常见肠道致病菌的检测。结果采集粪便标本33份,检出诺如病毒GⅠ型阳性5份(15.2%),诺如病毒GⅡ型阳性12份(36.4%),诺如病毒GⅠ型、GⅡ型均阳性3份(9.1%)。经测序分析1株GⅠ型为GⅠ/14基因型;4株GⅡ型中,2株为GⅡ/8型,1株为GⅡ/6型,1株为GⅡ/2基因型。轮状病毒(A,B,C组)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒和肠道致病菌检测均为阴性。3份饮水标本中轮状病毒(A,B,C组)、诺如病毒(GⅠ型,GⅡ型)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒检测均为阴性,常见肠道致病菌检测结果均为阴性。结论本次水源性急性胃肠炎暴发系由诺如病毒GⅠ型/Ⅱ型混合感染引起。     

上海市某幼儿园一起札如病毒引发的胃肠炎疫情流行分析

【目的】分析一起札如病毒性胃肠炎疫情的流行病学特征及其感染病毒基因型别,为制订有效控制策略提供科学依据。【方法】制定统一病例定义,开展主动病例搜索,采用描述性流行病学对该起疫情进行分析。采集未经治疗发病幼儿粪便或肛拭子、带班老师、食堂员工及食堂环境样本、发病班级环境样本,运用实时荧光聚合酶链反应(RT-PCR)检测诺如病毒及札如病毒核酸。采用常规逆转录RT-PCR扩增部分札如病毒衣壳蛋白基因区,应用MEGA7.0等软件分析基因序列,构建系统进化树。【结果】本次疫情共报告12例病例,报告于同一个班级,病例均有呕吐症状,全班级罹患率为44.44%。疫情呈现点源性暴发,首发病例带病上课为传染源,疫情持续8 d。实时荧光RT-PCR检测证实5份患儿粪便札如病毒核酸阳性,首发患儿粪便札如病毒及GⅡ型诺如病毒核酸阳性。序列比对结果显示,扎如病毒基因序列均属于GI.1型,基因同源。【结论】根据病例临床表现、现场流行病学调查及实验室检测结果,确认本起疫情因首发病例带病上课,由GI.1型札如病毒感染导致聚集性疫情,通过病例隔离及消毒等综合性措施可有效控制疫情。     

一起养老院急性胃肠炎疫情的病原学分析

目的明确一起养老院感染性腹泻疫情的病原体及其基因型别。方法通过流行病学调查,查明罹患率。对发病老人和部分工作人员进行肛拭子采样,采用细菌培养检测常规肠道致病菌,应用胶体金法检测轮状病毒,采用实时荧光定量RT-PCR进行诺如病毒核酸检测,应用常规RT-PCR扩增部分NoV阳性株衣壳蛋白的N/S区,PCR产物纯化回收、测序,利用Clustal X、MEGA4.1软件分析其基因序列。结果 21份病例及工作人员肛拭子样本,肠道致病菌和轮状病毒均为阴性,19份样本诺如病毒核酸阳性,毒株排除重组株的可能,测序样本均属GⅡ.4型诺如病毒,其与Hu/NSW696T/2006/AUS（EF684915）的同源性高达99%。结论经诺如病毒核酸序列分析,该疫情是一起由GⅡ.4-2006b型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发。     

黄山市2018年两起暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征分析

目的了解黄山市暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征。方法收集黄山市2018年两起暴发疫情中具有胃肠炎症状患者的肛拭子标本37份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)对采集的标本进行诺如病毒核酸检测,检出的阳性标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增病毒衣壳区和聚合酶区,并对PCR产物进行基因测序及分子分型鉴定,测序结果使用Mega 6.0软件构建进化树进行遗传进化分析。结果 37份标本中,16份标本诺如病毒核酸阳性,其中11份测序成功,BLAST比对结果显示11条序列均为诺如病毒GII.P16-GII.2基因型。两起疫情中检出的诺如病毒序列与福建泉州、江苏泰州、南京和安徽宿州的毒株序列同源性较高。结论 GII.P16-GII.2基因型诺如病毒是引起黄山市黟县两起急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体。     

2011年-2013年珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的病毒分子流行病学分析

目的研究珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征及流行株基因型的演化情况。方法收集珠海市2011年-2013年28起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本619份,采用荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)定性检测诺如病毒RNA,按要求选取部分诺如病毒RNA阳性标本扩增诺如病毒衣壳蛋白,进行测序及同源性分析。结果其中17起疫情由诺如病毒感染引发,检测阳性率为19.55%(121/619);选取诺如病毒RNA阳性标本57份进行测序分型,成功分型的标本为47份,全部为No V GⅡ,14株为GⅡ.4型(其中5株为GⅡ.4 2006b,另外9株为GⅡ.4/Sydney_2012);12株属于GⅡ.3型;3株属于GⅡ.5型;18株属于GⅡ.6型。结论珠海市诺如病毒引起的食物中毒流行株属于GⅡ组,但基因亚型存在多样性,并且在短时间内造成多处暴发疫情,提示该状况将是今后防控监测的重点。     

一起胃肠炎疫情的实验室检测

目的 为判断一起胃肠炎疫情的病因提供实验室依据.方法 对发生胃肠炎学生的肛拭子、食堂食品、宿舍和食堂饮用水、食堂环节拭子和二次供水泵房涂抹拭子等进行诺如病毒、轮状病毒和致病菌检测.采用Real-time PCR方法和全自动细菌鉴定仪鉴定.结果 22份肛拭子中,诺如病毒阳性5份,轮状病毒阴性;其他标本诺如病毒和轮状...     

广州市1起诺如病毒急性胃肠炎暴发的实验室检测

目的确定1起学校急性胃肠炎暴发原因。方法采集病例粪便标本,直饮水标本,采用实时荧光定量(Real-time)PCR和RT-PCR方法检测病毒核酸,阳性标本测序分析。结果 5份粪便标本中3份呈诺如病毒阳性,2份直饮水标本均呈诺如病毒阳性。3份病例粪便标本病毒株核苷酸序列一致,均为GⅡ-4型,提示病毒同源。结论对诺如病毒进行核酸检测,证实该疫情为一起诺如病毒GⅡ-4型引起的急性胃肠炎暴发。     

一起GⅡ.17型诺如病毒引起的聚集性腹泻疫情报告

目的调查一起GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情。方法收集该起疫情患者粪便标本,采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)检测诺如病毒核酸,阳性标本进行核苷酸序列测定并进行同源性分析。结果该起感染性腹泻疫情共36例患者,采集13例临床表现典型患者的粪便标本进行检测,诺如病毒核酸阳性8份,阳性率为61.54%。将5株测序成功序列进行比对,确定诺如病毒基因型为GⅡ.17型。与2014年中国香港分离的诺如病毒GⅡ.17型参考株Norovirus HK GⅡ.17 2014在同一个进化分支上,核苷酸序列同源性为99.3%~99.7%。结论本次疫情是由GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情,应加强对此毒株的监测工作。     

一起诺如病毒胃肠炎聚集性疫情调查分析

目的通过对一起幼儿园诺如病毒聚集性疫情的调查,了解其流行特征及因素,为今后制定控制措施提供参考依据。方法搜索病例并进行流行病学调查,对可疑食物和部分病例标本进行诺如病毒(GⅠ型和GⅡ型)、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测。结果共发现临床诊断病例14例,均为幼儿,罹患率为7.25%(14/193)。所有病例均有呕吐症状,部分伴有腹痛、低热等症状。采集患儿肛拭子11份,呕吐物2份,经PCR检测,其中5份肛拭子检出诺如病毒GⅡ型阳性。结论本次疫情为一起诺如病毒引起的聚集性疫情,应加强食品安全监测和风险评估,建立和完善食品污染物和食源性疾病监测体系。     

一起老年公寓诺如病毒感染引发胃肠炎疫情的检测与分析

目的对某社会福利院老年公寓发生的一起急性老人群体性肠胃炎疫情中采集的标本采用实时荧光PCR方法（RT-PCR）进行诺如病毒核酸检测。方法采集该老年公寓患病老人、护理人员的肛拭子共8份。结果本次疫情中,在5份患病老人和2份护理人员的肛拭子标本中检出诺如病毒Ⅱ型（GⅡ）。结论本次疫情爆发蔓延可能是由于带病上班的工作人员在护理和分发餐点过程中将诺如病毒传染给老人并引起交叉感染所致。     

安徽省诺如病毒G II.4/Sydney 2012变异株分子特征分析

目的了解安徽省某高校一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体基因分型和分子特征。方法采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对6份粪便/肛拭子标本检测诺如病毒核酸,检出的阳性标本经传统RT-PCR扩增衣壳蛋白区(ORF2)部分序列、基因测序和型别鉴定,利用Clustal X 2.0和Mega 6.0软件对测定序列进行核苷酸同源性比对和构建基因进化和亲缘性关系树。结果检出4份标本诺如病毒核酸阳性,阳性率为66.67%(4/6);基因序列比对和进化亲缘性关系显示:诺如病毒基因型为GII.4型;2毒株序列之间核苷酸同源性为100%;与2014~2015年上海株、香港株核酸同源性最高,均为100%;与2012澳大利亚Sydney株(JX459908)同源性为99.6%;与上海和香港两地区毒株亲缘性关系最近,聚为独立一簇,同属GII.4/Sydney 2012分支。结论引发该起急性胃肠炎暴发的病原体为GII.4型诺如病毒,且属于GII.4 Sydney 2012变异株。     

2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情病原基因型分析

目的 分析2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情中病毒基因型构成情况,为疾病防控工作提供依据。方法 选取2017—2018年诺如病毒聚集性疫情标本,对病毒基因RdRp及VP1区片段测序,构建进化树并进行同源性分析。结果 测序结果显示,68份肛拭子标本中 16.2%(11/68)为GⅠ群(包括GⅠ.2、GⅠ.3和GⅠ.5型),83.8%(57/68)为GⅡ群(包括GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P17-GⅡ.17、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.P7-GⅡ.6和GⅡ.P15-GⅡ.15型)。2017年以GⅡ.P16-GⅡ.2型为主;2018年GⅠ群及GⅡ.P17-GⅡ.17型均显著增加,同时检出其他4种基因型。各基因型病毒变异不明显,核苷酸同源性为93.4%~100%。结论 2018年成都地区诺如病毒流行株基因型构成较2017年复杂,可能与聚集性疫情增长有关。应持续监测诺如病毒基因型流行情况,及时掌握病毒变异动态,以期提高疾病防控的预警能力。