巴戟天-淫羊藿药对防治老年痴呆作用机制的网络药理学分析

目的基于网络药理学方法探讨巴戟天-淫羊藿药对防治老年痴呆的潜在分子作用机制。方法利用中 药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP 数据库）收集巴戟天、淫羊藿的化学成分,根据口服生物利用度、类 药性、血脑屏障透过率等参数以及结合文献报道筛选其活性成分并预测其作用靶点;通过GeneCard、TTD、 DiGSeE 等数据库筛选出老年痴呆症相关的疾病靶点,并与活性成分作用靶点取交集即为药物与疾病的共同作 用靶点;采用Cytoscape 3.7.1 软件构建巴戟天-淫羊藿药对活性成分-共同作用靶点的可视化网络;基于 STRING 数据库,构建巴戟天-淫羊藿药对防治老年性痴呆靶点（共同作用靶点）的蛋白互作网络,根据拓扑学 参数分析筛选出核心靶点;对共同作用靶点进行GO 功能富集分析和KEGG 信号通路富集分析,构建巴戟天- 淫羊藿药对治疗老年痴呆症的“活性成分-共同作用靶点-信号通路”网络。结果共筛选出活性成分27 个, 获得“巴戟天-淫羊藿”药对与老年痴呆症的共同作用靶点129 个;核心靶点涉及GAPDH、VEGFA、STAT3、 SRC、EGFR、JUN、MAPK8 等;GO 富集分析得到生物学过程相关条目388 条、分子功能相关条目131 条及细 胞组分相关条目117 条（P＜0.01）;KEGG 通路富集分析得到128 条信号通路（P＜0.01）,其中筛选得到与老年 痴呆相关的信号通路9 条。结论巴戟天-淫羊藿药对防治老年痴呆症具有多成分、多靶点、多通路的作用特 点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、内分泌抵抗、5-羟色胺能突触、胆碱能突触、多巴胺能 神经突触等信号通路相关。     

基于网络药理学探讨酸枣仁汤抗抑郁的作用机制

目的 采用网络药理学方法预测酸枣仁汤抗抑郁的作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索酸枣仁汤的活性成分及相应靶点,在GeneCards、OMIM及DRUGBANK数据库获取抑郁症相关的靶点;使用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;对交集靶点利用DAVID数据库进行基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;使用Cytoscape 3.7.1软件构建“酸枣仁汤-成分-靶点-通路”网络。结果 从酸枣仁汤中筛选出15个核心活性成分,涉及槲皮素、山柰酚、柚皮素等;32个核心靶点,涉及STAT3、JUN、AKT1、MAPK1等;GO富集得到的条目共276个[伪发现率（FDR）<0.01],KEGG富集得到114个信号通路（FDR<0.01）,涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等。结论 此研究初步探讨了酸枣仁汤抗抑郁的多成分、多靶点、多通路作用机制,为抑郁症的治疗提供思路和参考。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法探讨肉苁蓉-巴戟天药治疗股骨头坏死的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）对肉苁蓉-巴戟天药对中活性成分进行筛选，通过GeneCards、OMIM数据库检索股骨头坏死疾病靶点，取得交集基因后使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于生物学信息注释数据库（DAVID）对核心靶点进行基因本体（GO）功能富集分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共得到肉苁蓉-巴戟天药对的21个活性成分和182个潜在靶点，相关的疾病靶点727个，GO富集分析主要包括细胞凋亡、脂质代谢异常、活性氧反应等功能途径；KEGG通路分析主要包括缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 基于网络药理学初步揭示出肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死多成分、多靶点、多通路的整体调节作用，其作用机制可能与脂质代谢异常、细胞凋亡、缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路密切相关。     

基于网络药理学和分子对接研究淫羊藿治疗抑郁症的抗炎作用机制

目的:采用网络药理学方法预测淫羊藿治疗抑郁症的抗炎靶点及相关信号通路,探讨其抗抑郁作用的潜在机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库搜集和筛选淫羊藿的活性成分;利用PharmMapper服务器,TCMSP数据库对蛋白靶点进行预测和筛选;利用OMIM数据库,CTD数据库和GeneCards数据库筛选抑郁症的相关靶点以及抗炎靶点;通过DAVID数据库对关键抗炎靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape 3.6.0软件构建淫羊藿"活性成分-作用靶点-信号通路"网络图,并对网络拓扑结构分析;采用GOLD分子对接软件对活性成分与关键抗炎靶点进行结果验证。结果:筛选得到淫羊藿与抑郁症相关的12个活性成分,30个作用靶点,5个关键抗炎靶点;GO功能富集得到生物过程65个,细胞组成4个,分子功能1个,KEGG通路富集分析得到41条,其中与炎症相关的信号通路9个;分子对接验证淫羊藿苷与关键抗炎靶点能够形成最佳复合体。结论:揭示了淫羊藿通过抗炎靶点及其相关信号通路网络作用于抑郁症的分子机制,为进一步研究淫羊藿抗抑郁作用提供了基础。     

基于网络药理学预测苦参治疗肝癌的分子机制

目的:运用网络药理学的方法,探讨苦参治疗肝癌的作用机制。方法:通过中医药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)筛选出苦参活性成分及作用靶点;在OMIM和Genecards中获取疾病靶点。通过R语言对基因进行匹配并绘制韦恩图;在String网站构建活性成分-蛋白质-蛋白质相互作用网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出45个活性成分和176个潜在作用靶点;GO及KEGG功能富集显示苦参主要影响PI3K/Akt/mTOR通路及HIF-1a等信号通路。结论:苦参可能通过影响PI3K/Akt/mTOR通路及HIF-1a等信号通路,从而调控肝癌细胞侵袭及转移。     

网络药理学探讨淫羊藿-巴戟天药对治疗勃起功能障碍的潜在机制

目的：运用网络药理学的分析方法探讨淫羊藿-巴戟天治疗勃起功能障碍的潜在机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、生物信息学分析工具BATMAN-TCM数据库筛选出淫羊藿、巴戟天的有效活性成分及作用靶点,运用GeneCards、OMIM、NCBI数据库获取勃起功能障碍的疾病靶点,韦恩图筛选药对、疾病的共同的靶点。采用String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建,Cystoscap 372进行拓扑分析,构建药对中药-活性成分-疾病-靶点交集网络,运用R363软件对共同靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,筛选出潜在信号通路并分析其作用机制。结果：1）巴戟天、淫羊藿筛选出203个靶点。2）勃起功能障碍疾病筛选出1 004个靶点。3）淫羊藿-巴戟天药对与勃起功能障碍的交集靶点共75个。4）通过PPI网络筛选出IL6、VEGFA、CASP3等30个关键靶点。5）GO分析的生物过程主要富集在对脂多糖的反应等过程;细胞组分主要富集在膜筏、膜微区等部位;分子功能主要富集在肾上腺素能受体活性等。6）KEGG分析共富集到PI3K-AKT信号通路等17条信号通路。结论：淫羊藿-巴戟天药对治疗勃起功能障碍,主要通过影响PI3K-AKT等信号通路发挥作用,同时可能与降低精氨酸酶、乙酰胆碱酯酶和腺苷脱氨酶的活性,上调NO水平,抑制PDE-5活性及影响细胞信号转导等机制相关。     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学和分子对接研究三仁汤治疗肺癌的分子机制

目的：采用网络药理学方法筛选三仁汤君药药对（SRJMP）的活性成分及核心靶点，探讨三仁汤君药药对治疗肺癌的作用机制。方法：依托中药系统药理学分析平台（TCMSP），检索三仁汤 3 味中药相关的所有化学成分及预测作用靶点，采用STRING 数据库与 Cytoscape 软件构建“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络，通过 ClusterProfiler、ClueGO、DAVID 数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集。把候选作用靶点映射在 KEGG 通路图上分析结果，最后应用 AutoDock 软件进行分子对接。结果：共筛选出 40 个活性成分和 222 个相应蛋白靶点。首要分析核心靶点47 个，GO 分析共包含 117 条富集结果，KEGG 通路富集筛选出 30 条通路。结论：通过网络药理学验证了 SRJMP 多成分、多靶点、多通路的特点，其可能是通过调控免疫细胞分化，肿瘤相关信号通路以及干预细胞代谢过程，达到抗肿瘤作用。     

桂枝-柴胡治疗慢性心衰伴抑郁的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P＜0.05且靶点基因富集度＞10％)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P＜0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.     

基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死的作用机制

目的基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死(ONFH)的潜在作用机制。方法应用中药综合数据库(TCMID)及BATMAN-TCM分析工具筛选出单味中药水蛭的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的数据库GeneCadrs、TTD、OMIM筛选ONFH的作用靶点,进而筛选水蛭与ONFH的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于BATMAN-TCM分析工具预测得出水蛭防治ONFH的活性成分13个和交集靶点28个;GO功能富集分析得到条目153个,其中生物过程条目117个、细胞组成条目10个、分子功能条目26个;KEGG通路富集分析得出条目35个,主要包括PPAR信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、NF-κB信号通路、TLR信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了水蛭防治ONFH多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了水蛭防治ONFH的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...     

基于网络药理学探讨增液汤的物质作用基础及机制研究

目的使用网络药理学探讨增液汤的物质作用基础及可能机制。方法基于BATMANTCM、TCMSP、Chemistry Database、DrugBank和UniProt公共数据平台筛选增液汤的有效化学成分及其对应靶点并建立可视化网络模型;利用David及OmicShare数据库对靶标进行KEGG通路富集、基因本体论(GO)分析;靶标相互作用分析基于STRING,并利用Cytoscape进行拓扑参数分析,寻找核心靶点及主要信号通路。结果增液汤共筛选出51个有效成分,对应靶点数目为373个;GO及KEGG富集结果显示其功能多集中在代谢、细胞增殖、免疫系统等,可能与脂肪细胞因子信号通路、钙信号通路、代谢通路等相关;靶标相互作用及网络拓扑分析可知其核心靶点共12个。结论增液汤有效成分及靶点多样,通路丰富,为其临床治疗及应用提供理论基础。     

基于网络药理学探讨甘麦大枣汤抗抑郁的作用机制

目的：研究基于网络药理学探讨甘麦大枣汤抗抑郁的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子机制生物信息学分析工具库（BATMAN-TCM）及文献搜索获取甘草、小麦、大枣的活性成分及作用靶点,从GeneCards数据库获得抑郁症靶点,获得药物疾病交集靶点,通过String在线平台数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并利用Cytoscape软件进行可视化及拓扑学分析筛选核心基因,应用DAVID数据库完成基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的富集分析。结果：共筛出中药活性成分94个,有效靶点49个,药物疾病交集靶点48个。PPI网络发现ALB、CASP3、VEGFA、MYC、CCND1、ESR1、CTNNB1、AR等可能是关键靶点。GO功能富集分析得到181个生物过程,主要涉及雌激素反应、胆碱能突触传递等。KEGG通路富集分析发现46个通路,主要集中在癌症相关通路、甲状腺激素信号通路、PI3K/AKT信号通路、Wnt信号通路等。结论：本研究为甘麦大枣汤的药效物质基础的进一步研究提供了理论基础,同时为其在抗抑郁方面的应用提供了参考依据。     

基于网络药理学的生脉散作用机制分析

目的:探讨生脉散的作用机制。方法:本研究选取生脉散中3味中药人参、麦冬、五味子含有的33个活性成分,通过Pharm Mapper服务器预测其活性成分的潜在靶点,进而构建化合物-靶点网络、构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络、进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析、进行基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的生物通路富集分析,研究生脉散作用机制。结果:化合物-靶点网络包含249个节点,关键靶点涉及转甲状腺素蛋白(TTR)等。PPI网络包含155个节点,关键靶点涉及酪氨酸蛋白激酶Src(SRC),蛋白激酶Bα(Akt1)等。GO条目95个,其中生物过程相关的条目67个,分子功能相关的条目22个,细胞组成相关的条目6个。KEGG通路8条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer),前列腺癌(prostate cancer),胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)等。结论:本研究结果初步验证了生脉散的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学探讨脑出血方治疗脑出血的作用机制

目的应用网络药理学方法探讨脑出血方对脑出血的作用机制。方法借助中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和BATMAN-TCM数据库检索并收集水蛭、虻虫、大黄、蒲黄、三七、石菖蒲、瓜蒌和龟板的所有化学成分,并以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18为标准,筛选出活性化学成分。通过OMIM、Gene Cards等数据库筛选脑出血相关基因的靶标。借助String在线数据库构建靶点蛋白互作网络;利用DAVID数据库进行基因功能GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果共获得脑出血方活性化学成分48个,预测靶点705个,脑出血基因靶点3605个,交集靶点341个。PPI网络涉及292个蛋白质节点,核心靶点主要有MAPK1、AKT1、JUN、TNF、RELA、CXCL8、IL6、MAPK8、BDKRB2、PRKCA等。GO功能富集分析得到GO条目342个(P<0.05),其中生物过程条目700个,分子功能(CC)条目77个,细胞组成(MF)条目145个。KEGG通路富集筛选得到脑出血相关信号通路14条(P<0.05),主要涉及HIF-1信号通路、cAMP信号通路、MAPK信号通路等。结论通过构建“药物-成分-靶点”网络,初步验证并预测了脑出血方从多成分、多靶点、多途径发挥治疗作用,为未来进一步临床研究提供参考和依据。     

基于网络药理学研究赤芍治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的:运用网络药理学的研究方法筛选赤芍治疗动脉粥样硬化的相关信号通路。方法:以赤芍为关键词对中药系统药理学数据库与分析平台进行检索,根据口服生物利用度及类药性筛选出赤芍的主要有效成分及作用靶点,在Gene-Cards和OMIM数据库找到与动脉粥样硬化相关的靶基因。将赤芍作用靶点与疾病靶基因取交集,构建赤芍-有效成分-动脉粥样硬化-靶基因调控网络,通过STRING数据库构建赤芍抗动脉粥样硬化靶基因的蛋白互作网络,最后进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出29个有效活性成分和123个有效作用靶点;将动脉粥样硬化靶基因与赤芍作用靶点取交集后共得到72个靶基因。KEGG通路分析有乙型病毒性肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、Toll样受体信号通路等。结论:赤芍的有效成分可通过多个靶基因参与多通路治疗动脉粥样硬化。     

基于网络药理学探究人参-三七药对改善无症状性心肌缺血作用机制

目的:借助网络药理学研究人参-三七药对治疗无症状性心肌缺血的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),以"人参""三七"为检索词获取药物成分及作用靶点,运用UniProt对基因靶点标准化处理,利用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-靶点网络图;以GeneCards平台挖掘SMI作用靶点;...     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症作用机制

目的 应用网络药理学方法探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症的作用机制,为临床应用玄参-麦冬药对提供依据.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)收集玄参、麦冬的化学成分,结合TCMSP、SwissADME数据库及文献筛选活性成分,利用SwissTargetPredicti...