恶性疟虫肝期抗原1基因3′端的克隆及序列分析

目的：克隆并测定恶性疟原虫海南株（FCC1／HN）肝期抗原1基因（LSA－1）3′端序列,比较FCC1／HN株与国外分离株LSA－1,3′端序列的差异。方法：应用PCR技术从FCC1／HN株基因组DNA中扩增LSA－1,3′端序列,用T－A克隆法将其克隆入pMD18－5载体。阳性克隆的重组质粒经酶切及PCR扩增鉴定后,用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定。应用DNASTAR软件进行不同分离株LSA－1,3′端序列的同源性分析。结果：PCR扩增得到特异的FCC1／HN LSA－1,3′端序列。酶切及PCR鉴定获得了正确的pT－LSA－1重组质粒。测序表明,所克隆的LSA－1,3′端大小为795bp,编码264个氨基酸。序列分析表明,我国恶性疟原虫FCC1／HN株国外的NF54、T9／96、KEN、PNG及BRA株LSA－1,3′端编码的氨基酸序列只在3个位点存在不同。结论：克隆了恶性疟原虫FCC1／HN LSA－1,3′端片段。序列测定及同源性分析表明,FCC1／HNLSA－1,3′端序列与其它分离株有高度的同源性。     

恶性疟原虫肝期抗原1基因3＇端的克隆及序列分析

[目的]克隆并测定恶性疟原虫海南株(FCC1/HN)肝期抗原1基因(LSA-1)3＇端序列,比较FCC1/HN株与国外分离株LSA-13’端序列的差异.[方法]应用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增LSA-13’端序列,用T-A克隆法将其克隆入pMD18-T载体.阳性克隆的重组质粒经酶切及PCR扩增鉴定后,用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定.应用DNASTAR软件进行不同分离株LSA-13’端序列的同源性分析.[结果]PCR扩增得到特异的FCC1/HN LSA-13’端序列.酶切及PCR鉴定获得了正确的pT-LSA-1重组质粒.测序表明,所克隆的LSA-1 3 ＇端大小为795bp,编码264个氨基酸.序列分析表明,我国恶性疟原虫FCC1/HN株与国外的NF4、T9/96、KEN、PNG及BRA株LSA-13’端编码的氨基酸序列只在3个位点存在不同.[结论]克隆了恶性疟原虫FCC1/HN LSA-13’端片段.序列测定及同源性分析表明,FCC1/HNLSA-1 3＇端序列与其它分离株有高度的同源性.     

恶性疟原虫肝期抗原1基因3′端的克隆及序列分析

【目的】克隆并测定恶性疟原虫海南株 (FCC1/HN)肝期抗原 1基因 (LSA 1) 3′端序列 ,比较FCC1/HN株与国外分离株LSA 13′端序列的差异。【方法】应用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增LSA 13′端序列 ,用T A克隆法将其克隆入pMD18 T载体。阳性克隆的重组质粒经酶切及PCR扩增鉴定后 ,用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定。应用DNASTAR软件进行不同分离株LSA 13′端序列的同源性分析。【结果】PCR扩增得到特异的FCC1/HNLSA 13′端序列。酶切及PCR鉴定获得了正确的 pT LSA 1重组质粒。测序表明 ,所克隆的LSA 13′端大小为 795bp ,编码 2 6 4个氨基酸。序列分析表明 ,我国恶性疟原虫FCC1/HN株与国外的NF5 4、T9/ 96、KEN、PNG及BRA株LSA 13′端编码的氨基酸序列只在 3个位点存在不同。【结论】克隆了恶性疟原虫FCC1/HNLSA 13′端片段。序列测定及同源性分析表明 ,FCC1/HNLSA 13′端序列与其它分离株有高度的同源性。     

Sequence determination of exp- 1 Gene of Plasmodium Falciparum Isolate FCC1／HN

目的 测定恶性疟原虫FCCl／HN株exp-1基因序列。方法 根据exp-1基因已知序列设计合成1对引物，用PCR技术从FCCl／HN株基因组DNA中扩增exp-1基因；将exp-1基因克隆入pMD-18T载体，转化大肠杆菌JMl09感受态细胞，铺x—gal LB平板；挑取阳性菌落，用酶切，PCR扩增进行鉴定。以正确的重组质粒为模板，用双脱氧链末端终止法测定exp-1基因序列。结果 从恶性疟原虫FCCl／HN株基因组DNA中获取exp-1基因，成功克隆入pMD-18T载体；测序表明FCCl／HN株exp-1基因全长937bp，编码162个氨基酸。结论 克隆了恶性疟原虫FCCl／HN株exp-1基因，并测定了其核苷酸序列，为进-步研究其功能奠定基础。     

恶性疟原虫子孢子表面蛋白2基因的克隆与序列分析

目的：克隆恶性疟原虫海南株(FCC1／HN)子孢子表面蛋白2(PfSSP2)基因，并进行序列分析。方法：根据PfSSP2基因已知序列设计合成一对引物，用PCR技术从FCC1／HN株基因组DNA中扩增出PfSSP2基因，并克隆入pMD-18T测序载体。用双脱氧链末端终止法测序，用DNAstar软件辅助分析基因结构及进行同源性比较。结果：PCR扩增得到特异的FCC1／HN株PfSSP2基因序列，酶切及PCR鉴定获得了正确的pT-PfSSP2重组质粒。测序表明，所克隆的PfSSP2基因大小为1680bp，编码559个氨基酸残基。序列分析表明，我国恶性疟原虫FCC1／HN株与国外的3D7、DD2、FCR3、HB3A、K1、Thai814、Thai838、Thai842、Thai947及7G8株PfSSP2的氨基酸序列在33个位点存在氨基酸替代，1处氨基酸序列增加；各株间PfSSP2的氨基酸序列同源性都在95.7％以上。结论：克隆了恶性疟原虫FCC1／HN株PfSSP2基因。序列测定及同源性分析表明，恶性疟原虫不同分离株间有高度的同源性。     

恶性疟原虫红内期p41—3基因真核表达重组质粒的构建及序列分析

目的 构建恶性疟原虫海南（FCC1／HN）株p41-3基因真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3,测定p41-3基因序列,并了解FCC1/HN株与其它分离株p41-3序列的差异。方法 根据p41-3基因已知序列设计合成3对引物,用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增p41-3基因;将p41-3基因定向克隆入真核表达载体pcDNA3,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞;用酶切,PCR扩增鉴定筛选到的重组质粒阳性克隆。以正确的重组质粒为模板,用双脱氧链末端终止法测定p41-3基因序列,应用软件辅助分析p41-3序列及进行同源性比较。结果 PCR扩增得到特异的FCC1/HN株p41-3基因;正确的pcDNA3-p41-3重组质粒被筛选和鉴定。测序表明,FCC1／HN株p41-3基因大小为2137bpo,编码375个氨基酸,恶性疟原虫FCC1/HN株与FCBR株p41-3基因核苷酸序列同性为98．98％,编码氨基酸序列同源性为99．73％。结论 从恶性疟原虫FCCl/HN株 基因组DNA中获取p41-3基因,成功构建真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3,并测定了FCC1／HN株p41-3基因的序列;FCC1／HN株与其它分离株p41-3基因有高度的同源性。     

恶性疟原虫海南株节结相关组氨酸富集蛋白基因的克隆及序列分析

目的 克隆恶性疟原虫海南株（FCC1／HN）节结相关组氨酸富集蛋白（KAHRP）基因，并进行序列分析。方法 采用PCR技术分两段从FCC1／HN株基因组A趸扩增出部分序列重叠的KAHRP基因片段，分别克隆入pMD-18T测序载体。用双脱氧链末端终止法测定这2个片段的序列，从而得到全长KAHRP基因序列。应用AnthProt、DNAstar软件辅助分析基因结构及进行同源性比较。结果 恶性疟原虫FC1/HN KAHRP全基因长2358个核苷酸，在112至564位核苷酸是内含子，全基因编码634个氨基酸残基，其中赖氨酸含量为14．35％，丙氨酸含量为9．15％，组氨酸含量为7．72％；分子量为69．37kDa。序列分析表明，我国恶性疟原虫FCC1／HN株与国外的3D7、FCR3、India-1、India-2、NF17、Palo-alto,PUPSP株KAHRP基因编码的氨基酸残残留基有52个氨基酸残基替代位点，并存在氨基酸残基序列的增加和缺失。经多参数综合分析，可能有5个潜在的抗原表位区。结论 克隆了恶性疟原虫FCC1／HN株KAHRP基因。序列测定及同源性分析表明，FCC1／HN株与其它分离株KAHRP基因编码的氨基酸序列存在一定差异。     

恶性疟原虫MESA基因的克隆和测序

目的克隆、测定恶性疟原虫海南株(FCC1／HN)成熟疟原虫感染红细胞表面抗原(MESA)基因序列，并进行序列分析。方法根据恶性疟原虫palo-alto株MESA基因已知序列，设计合成四对引物，用PCR技术从FCC1／HN株基因组DNA中扩增出4个部分序列重叠的MESA基因片段，分别克隆入pMD-18T测序载体。用双脱氧链末端终止法测定这4个基因片段的序列，拼接得到全长MESA基因序列。应用DNAstar、AnthProt软件辅助进行序列同源性比较和抗原表位区预测。结果PCR扩增得到特异的恶性疟原虫FCC1／HN株MESA基因片段，酶切及PCR鉴定获得了包含MESA基因片段的重组质粒。测序结果表明，FCC1／HN株MESA全基因编码区长4102bp，A T含量为72．11％，G C含量为27．89％，有1个内含子；编码1323个氨基酸残基，分子量为154470u。序列分析表明，FCC1／HN株与Palo-aho、D10株MESA蛋白在长度和序列组成上呈多态性，序列差异较大区域位于MESA蛋白的氨基酸重复区1、3、4、5和7。经多参数综合分析，有7个潜在的抗原表位区。结论测定、分析了恶性疟原虫FCC1／HN株MESA基因序列。FCC1／HN株MESA基因与其它分离株的MESA基因编码的氨基酸序列存在一定差异。     

恶性疟原虫红内期p41-3基因真核表达重组质粒的构建及序列分析

[目的]构建恶性疟原虫海南(FCC1/HN)株p41-3基因真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3;测定p41-3基因序列,并了解FCC1/HN株与其它分离株p41-3序列的差异.[方法]根据p41-3基因已知序列设计合成2对引物,用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增p41-3基因;将p41-3基因定向克隆入真核表达载体pcDNA3,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞;用酶切,PCR扩增鉴定筛选到的重组质粒阳性克隆.以正确的重组质粒为模板,用双脱氧链末端终止法测定p41-3基因序列,应用软件辅助分析p41-3序列及进行同源性比较.[结果]PCR扩增得到特异的FCC1/HN株p41-3基因;正确的pcD-NA3-p41-3重组质粒被筛选和鉴定.测序表明,FCC1/HN株p41-3基因大小为2 137 bp,编码375个氨基酸.恶性疟原虫FCC1/HN株与FCBR株p41-3基因核苷酸序列同性为98.98%,编码氨基酸序列同源性为99.73%.[结论]从恶性疟原虫FCC1/HN株基因组DNA中获取p41-3基因,成功构建真核表达重组质粒pcDNA3-p41-3,并测定了FCC1/HN株p41-3基因的序列;FCC1/HN株与其它分离株p41-3基因有高度的同源性.     

间日疟原虫部分乳酸脱氢酶基因的克隆及序列分析

目的克隆并测定我国间日疟原虫乳酸脱氢酶(PvLDH)的部分基因序列并进行生物信息学分析。方法根据PvLDH基因已知序列设计合成一对引物,应用PCR技术从间日疟原虫基因组DNA中扩增LDH基因,定向克隆入pMD18质粒。阳性质粒经酶切及PCR鉴定后,用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定。应用生物信息学网站www.ncbi.nlm.nih.gov、www.expasy.ch对获得的基因及其推导的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果PCR扩增得到特异的间日疟原虫LDH基因序列。酶切及PCR鉴定获得了正确的重组质粒。测序结果表明,获得的间日疟原虫LDH基因全长897bp,编码299个氨基酸。DNAMAN预测PvLDH存在10个潜在抗原表位,均与PfLDH的相应预测表位间有同源序列。同源性分析显示,我国间日疟原虫与SalvadorⅠ株和Belem株间日疟原虫的氨基酸序列同源性为99%,与其它疟原虫LDH的同源性为88%～90%。结论成功克隆了我国间日疟原虫LDH基因,其基因序列与其它疟原虫LDH基因序列有高度同源性。     

恶性疟原虫海南株（FCC1／HN）谷氨酸脱氢酶基因的克隆及序列分析

目的 了解恶性疟原虫海南株（FCC1/HN）谷氨酸脱氢酶（GDH）基因全编码区核苷酸序列变异情况。方法 PCR扩增恶性疟原虫海南株（FCC1/HN）GDH基因全编码区,产物经EcoRI SalI酶切后,定向克隆至pGEX-4T-1质粒,采用Sanger双脱氧链末端终止法测序,与其它生物GDH进行同源性分析。结果 成功扩增了恶性疟原虫海南株（FCC1/HN）GDH编码基因,大小为1410bp,无内含子,与Thailand株GDH基因相比,两有2个碱基不同,推导的氨基酸序列完全相同;与蓝氏贾第鞭毛虫,克鲁氏锥虫和梭状芽孢杆菌GDH的同源性分别为57.90%(260/449),56.51%(243/430),42.05%(164/390);与人的GDH-1,GDH-2的同源性分别为29.02%（101/348）,28.73%(100/348)。结论 FCC1/HN株与Thailand株GDH高度同源,疟原虫GDH明显不同于其它生物GDH。     

利用RT—PCR的方法检测恶性疟原虫海南株FCC1／HN CT基因在红细胞内期的表达及CTP基因真核表达载体的构建

目的 利用反转录PCR（RT-PCR）的方法检测CTP基因是否在恶性疟原虫红内期表达。并构建CTP因的真核表达载体,以便进一步研究其功能。方法 按常规方法体外培养红内期恶性疟原虫,用Trizol试剂提取红内期疟原虫总RNA,通过RT-PCR方法扩增恶性疟原虫FCC1/HN株CTP编码基因并构建CTP基因的真核表达载体。结果获得了恶性疟原虫CTPcDNA的全编码区序列并将其克隆入真核表达载体pcDNA3。结论 CTP基因在恶性疟原虫FCC1/HN株红细胞内期表达并成功地构建了CTP基因的重组表达质粒。     

Pf332抗原的结构和抗原表位的初步研究

目的　了解恶性疟原虫FCCl／HN株Pf332抗原(Ag332)的初级结构和潜在的抗原表位。方法　根据Pf332基因已知序列，合成9对引物用于从恶性疟原虫FCCl／HN株基因组DNA中扩增Pf332基因片段。将扩增得到的9个Pf332基因片段插入pMD-18T载体后测序。用DNAstar软件将测定的Pf332基因片段序列拼接出成完整的Pf332基因序列。分别用SAPS、Tmpred、SingalP和Blastn程序来分析Ag332的初级结构和序列同源性。将与Pf332基因的9595－10083、10339－10767和10855－11247位碱基对应的RO、R1和R2片段分别插入真核表达载体pcDNA3-S。将pcDNA3-R0、pcDNA3-S-R1和pcDNA3-S-R2分别免疫Balh/c鼠，并通过免疫组化检测表达产物。通过ELISA和体外疟原虫生长抑制实验来鉴定DNA免疫所诱导的保护性免疫反应。结果扩增到特异的9个Pf332基因片段，并正确插入pMD-18T载体。序列测定和拼接结果显示，恶性疟原虫FCC1/HN株Pf332基因长16377bp，编码5458个氨基酸，相对分子质量约615.28ku。Ag332包含17个调度简并的富谷氨酸重复序列，抗原中谷氨酸占30.18%。恶性疟原虫FCCl/HN株和3D7株Ag332的氨基酸残基同源性达94.55%。免疫组化检测显示R0、R1和R2在鼠肌肉组织中表达。分别免疫了pcDNA3-S-R0,pcDNA3-S-R1和pcDNA3-S-R2的实验组IgG含量显大于空白对照组和pcDNA3组（P＜0.05)。体外疟原虫生长抑制实验结果表明，pcDNA3-S-R0,pcDNA3-S-RI和pcDNA3-S-R2组的免疫血清在1：5稀释度时对恶性疟原虫的生长有抑制作用。结论　Pf332抗原是一包含很多调度简并的富谷氨酸重复序列的大蛋白，Pf332基因片段R1和R2编码潜在的抗原表位重复序列。     

恶性疟原虫FCC1/HN株MSA1抗原Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ保守区基因的亚克隆及序列分析

P190系恶性疟原虫裂殖子表面抗原1(MSA1),是很有希望的疟疾疫苗候选抗原。根据该基因现有序列,我们设计了3对引物,在5′端引物和3′端引物前分别设有BamHI和XbaI酶切位点序列,在每个酶切位点前设有保护性碱基GC,用固相亚磷酸酰胺法在ABI391型DNA自动合成仪上自动合成引物,合成的引物氨解、冷冻干燥后经HPLC纯化。采用聚合酶链反应(PCR)方法扩增了恶性疤原虫FCC1/HN株P190第3、4保守区和第2保守区部分序列的基因片段,分别定名为P190CR3、P190CR4和P190CR2-2,各片段均连接到pUC18载体上,用双脱氧末端终止法测定了克隆片段的DNA序列,结果表明这3个区域的DNA序列与MAD20(采自巴布亚-新几内亚)、Wellcome(采自西非)、K1(采自泰国)及CAMP(采自马尔加什)株恶性疟原虫P190相应区域比较也是高度保守的。在该基因第2保守区核苷酸第81位(相当于MAD20的732位)发生了碱基替换,由T替代了C,但未发生氨基酸的改变。     

变形链球菌临床分离株乳酸脱氢酶遗传多态性研究

目的 探讨变链菌临床株（血清型C）乳酸脱氢酶基因多态性与细菌致龋力及酶活性的关系。方法 高龋组变链菌34株,无龋组变链菌36株;其中24株乳酸脱氢酶高活性,21株低活性。以细菌组DNA为模板扩增结构基因ldh,对目的基因进行限制性片段长度多态性分析（RFLP）,并行测序分析。结果 MseⅠ酶切ldh—RFLP表现A、B两种基因型,而HphⅠ、MnlⅠ、DdeⅠ、NlaⅡ和AluⅠ消化扩增产物未发现多态。确切概率法单侧检验发现B基因型菌株在无龋组的检出高于高龋组（P〈0．05）,双侧检验两种基因型在不同酶活性组的分布不同（P〈0．05）,低活性组B基因型菌株的比例高于高活性组。测序证实特异碱基突变引起酶切位点改变而产生多基因型。结论 变链菌临床分离株乳酸脱氢酶基因较为保守,但仍存在碱基变异。研究提示乳酸脱氢酶基因多态性与酶活性差异相关,并可能在一定程度上与龋的低敏感性相关。     

间日疟原虫海南株SSUrRNA编码基因的克隆及其序列分析

目的克隆间日疟原虫海南株红内期小亚基核糖体核糖核酸（SSUrRNA）编码基因片段,并进行序列特征分析。方法采用聚合酶链反应技术从海南间日疟患者血样DNA中扩增出间日疟原虫SSUrRNA基因片段,纯化后与pGEM-Teasy质粒连接构建重组子并转化大肠杆菌JM109;阳性克隆以双酶切和PCR鉴定后,进行序列测定,采用BLAST软件分析其特征。结果 PCR扩增出间日疟原虫红内期SSUrRNA基因特异性片段大小约为998 bp;阳性克隆重组质粒经双酶切及PCR鉴定与预期结果一致;核酸序列测定显示插入的SSUrRNA基因扩增片段,含有998个核苷酸,与GenBank中的间日疟原虫Sal 1株、Pv2008/TR/DEL株及El Salvador株相同序列进行比对,其同源性均大于99%。结论成功克隆间日疟原虫海南株红内期SSUrRNA编码基因序列,该序列在不同地理株间相对稳定保守。