探讨参芪地黄汤抗药源性肾病作用机制的网络药理学方法

目的 本研究旨在通过网络药理学方法探讨参芪地黄汤治疗药源性肾病的作用机制.方法 对参芪地黄汤的有效成分进行全面文献检索,确定相应靶点,并从多个数据库中获得已知的药源性肾病靶点.建立蛋白质相互作用网络,分析参芪地黄汤靶点与已知治疗药源性肾病的靶点之间的关系.结果 STS、MAOB、CA2和BMP2可被20种化合物调控,可...     

Effect of Baihe Dihuang Decoction on synaptic plasticity of hippocampus in rats with anxious depression

基于网络药理学、分子对接与动物实验探究百合地黄汤治疗阿尔茨海默病的作用机制。

利用TCMSP数据库预测百合地黄汤的活性成分及靶点;在GeneCards、OMIM、DRUGBANK等数据库检索阿尔茨海默病靶点,利用Cytoscape 3.8.0建立交集靶点网络,GO富集及KEGG通路分析在Metascape数据库进行;运用AutoDock vina软件进行分子对接,并使用PyMOL等软件进行可视化分析;将小鼠分为空白组、模型组、咯利普兰组和百合地黄汤低、中、高剂量组,给药14 d后各组小鼠进行神经行为学评分,检测脑组织内相关蛋白表达,使用ELISA和Western blotting检测关键基因cAMP、PKA、p-CREB、BDNF的蛋白表达。最后通过呕吐实验观察百合地黄汤的不良反应。

获得百合地黄汤活性成分13种,作用于阿尔茨海默病靶点39个,与PRKACA关系密切。动物实验结果表明,与正常组比较,模型组小鼠对新物体的辨认率明显下降,新位置的物体辨认率有下降趋势,Y迷宫中自主交替的反应率明显下降,Morris水迷宫中逃避潜伏期明显延长、平台所在象限停留时间和经过平台次数显著减少,且脑中cAMP、PKA、p-CREB、BDNF蛋白表达下降,而百合地黄汤组与咯利普兰组能够逆转上述行为学以及蛋白指标的变化。在呕吐实验中,咯利普兰组麻醉苏醒时间显著延长,百合地黄汤组无明显影响。

百合地黄汤治疗阿尔茨海默病的作用机制可能与其影响cAMP-PKA以及调控cAMP-PKA-CREB-BDNF信号通路有关,且不良反应较咯利普兰轻。

     

基于网络药理学方法探讨犀角地黄汤治疗系统性红斑狼疮的作用机制（英文）

本研究通过网络药理学方法,探讨犀角地黄汤治疗系统性红斑狼疮(SLE)的作用机制。首先通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库检索犀角地黄汤各中药成分的活性成分及其靶点,汇总得到药物靶点;其次在CTD、OMIM和TCMIP数据库检索得到SLE的疾病靶点,并对药物靶点和疾病靶点的交集进行分析。利用Cytoscape3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病网络。在String平台构建治疗靶点的蛋白质互作网络(PPI),筛选其关键模块和Hub基因,在DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。最终筛选出22个犀角地黄汤的活性成分, 209个药物靶点, 284个疾病靶点, 59个治疗靶点。药物-成分-靶点-疾病网络和PPI网络分析得到槲皮素、山奈酚、黄芩素等核心活性成分, PTGS2、CASP3、MMP9、AKT1、JUN、CXCL8、FOS、TP53等核心靶点。主要涉及TNF、PI3K-Akt、Toll样受体、T细胞受体、细胞凋亡等信号通路。研究表明犀角地黄汤可能通过调控炎症、免疫及细胞凋亡等信号通路,发挥抗炎、抑制异常免疫应答和细胞凋亡的作用,具有多中心、多靶点、多途径的特点。     

百合地黄汤的临床应用

概述百合地黄汤广泛用于治疗内科杂病如抑郁症、甲状腺机能亢进、干燥综合征、不寐、多发生纤维脂肪瘤等。     

基于网络药理学探讨百合乌药方治疗胃癌的分子生物学机制

目的:基于网络药理学探讨百合乌药方治疗胃癌(gastric cancer,GC)的分子生物学机制.方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药百科全书检索及查找文献筛选抗GC活性的百合乌药方化合物,经DrugBank查找及SwissTargetPrediction预测药物靶点.从基因表达数据库中查找GC癌变组织与健...     

百合地黄汤的临床应用和实验研究

综述百合地黄汤(加减)在临床上的多种病症应用,并概括阐述其实验性研究,为临床使用提供一定的依据和保障。     

基于指纹图谱及网络药理学的百合质量标志物研究

目的:通过指纹图谱、多成分含量测定和网络药理学对百合质量标志物进行分析,为确定百合饮片的质量标志物提供依据。方法:采用HPLC法建立15批百合饮片的指纹图谱,对共有峰进行化学计量学分析,筛选出差异成分;对差异成分进行多成分含量测定,比较不同产地的区别,基于网络药理学分析百合差异成分发挥抗抑郁药效的主要途径,并将差异成分进行体外细胞抗抑郁实验,最后基于质量标志物筛选原则分析百合饮片的Q-Marker。结果:15批百合饮片确定了16个共有峰,相似度均>0.931,指认了其中7个共有峰,利用化学计量学筛选出4个差异成分;测定15批百合饮片中王百合苷A、王百合苷B、王百合苷C 3个成分的含量;网络药理学研究发现差异成分可能通过TNF、GAPDH、MAPK3等靶点调节氧化应激反应,保护神经元突触结构,促进单胺类神经递质含量增加等途径来发挥抗抑郁作用;细胞实验结果显示,与模型组相比,百合提取物低、中、高剂量组细胞活力显著提高(P<0.01),王百合苷A、王百合苷B、王百合苷C低、中、高剂量组细胞活力显著提高(P<0.01)。结论:通过指纹图谱和网络药理学研究,建议将王百合苷A、王...     

基于网络药理学研究宽筋藤治疗特异性皮炎的作用机制

目的：运用网络药理学研究宽筋藤多成分、多靶点、多通络治疗特异性皮炎（Atopicdermatitis,AD的机制。方法：使用TCMSP、BATMAN-TCM数据库以及文献调研获取宽筋藤的活性小分子以及对应的靶点,通过GeneCards,OMIM数据库分析AD疾病靶点;使用STRING以及Cytoscape3.7.0软件获得“宽筋藤-活性小分子-靶点-AD”网络、韦恩图、PPI网络;运用R语言对筛选出的核心基因进行GO功能富集分析以及KEGG通路分析。结果：宽筋藤中共有12个活性小分子符合条件,对应228个靶点,AD相关基因2301个,113个交集靶点,GO功能富集分析主要集中在细胞因子活性及受体、蛋白激酶的调控。KEGG通路分析显示宽筋藤主要通过AGE——RAGE signal pathway,IL-17 signal pathway,Toll-like receptor signaling pathway,Th17 cell dierentiation发挥其治疗作用。     

犀角地黄汤治疗寻常型银屑病的网络药理学分析及临床验证

目的探讨犀角地黄汤治疗寻常型银屑病的物质基础、作用机制及临床效果。方法利用网络药理学方法检索、筛选犀角地黄汤治疗银屑病的靶点,并对其进行生物学功能和 KEGG通路分析。选取 2020年 12月至 2021年 12月广东医科大学附属医院皮肤性病科就诊的寻常型银屑病病人 89例,采用随机数字法分为对照组和治疗组,对照组常规治疗,治疗组在常规治疗基础上口服犀角地黄汤,观察两组疗效、银屑病皮损面积及严重程度指数( PASI)评分、皮肤病生活质量指数( DLQI)评分、中医证候评分以及血清一氧化氮( NO)含量。结果共获得犀角地黄汤治疗银屑病 28种化学成分, 65个靶点,并发现该方可能通过 NO的生物合成等多种途径发挥治疗银屑病作用。两组受试者 PASI评分、 DLQI评分、中医证候评分、血清 NO含量均有改善(P<0.01),且治疗组优于对照组( P<0.05),治疗过程中未见不良事件的发生。结论犀角地黄汤治疗银屑病具有多成分、多靶点、多途径协同干预的特点,能显著改善银屑病病人临床症状及生活质量,并初步验证银屑病在中医与“血”密切相关的理论及犀角地黄汤通过影响 NO合成治疗银屑病的机制。     

百合地黄汤抗抑郁活性部位的筛选

 目的：筛选百合地黄汤抗抑郁活性部位。方法：选用小鼠行为绝望模型评价百合地黄汤醇提取物及其4个不同极性部位的抗抑郁作用。结果：百合地黄汤醇提取物及其4个不同极性部位均不同程度地缩短绝望模型中小鼠悬尾和强迫游泳的不动时间,其中以百合地黄汤醇提取物(P<0.01)和正丁醇部位(P<0.001)最为显著。结论：百合地黄汤具有抗抑郁作用,活性成分主要分布在正丁醇部位。     

小柴胡汤治疗癫痫的网络药理学研究

目的:通过中药网络药理学技术研究小柴胡汤治疗癫痫的活性成分、作用靶标、靶标的相互作用关系、靶标的生物学功能及其作用的通路,探讨其可能的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台上筛选出小柴胡汤的活性成分,并根据活性成分检索其成分作用的靶标。利用在线文本挖掘服务器(GeneCards)和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)查询与癫痫相关的靶标,并使用在线软件venny 2.1 对癫痫相关的靶标与小柴胡汤作用的靶标取交集,得到小柴胡汤治疗癫痫的潜在靶标156个。将潜在靶标导入Cytoscape软件,初步获得“成分-靶标”关系网络;同时基于clusterProfiler包对潜在靶标进行基因本体(GO)功能富集分析、基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。并根据KEGG富集分析结果,构建“潜在靶标-KEGG通路”关系网络。此外,为了解靶标之间的相互作用关系,把潜在靶标导入STRING在线数据库,构建蛋白-蛋白相互作用网络(PPI网络),将关系网络编排导入Cytoscape软件进行拓扑结构分析获得核心子网络。结果:小柴胡汤的活性成分有162种,主要包括:槲皮素、汉黄芩素、黄芩苷、山柰酚、人参皂苷Rh2、异鼠李素、柚皮素、木蝴蝶素等;作用的靶标有156个。其主要作用的途径有:IL-17信号通路、细胞凋亡、C型凝集素受体信号通路、内分泌的阻力等。结论:小柴胡汤治疗癫痫体现了中药复方多成分、多靶标、多通路共同作用的特点。本研究进一步拓宽了小柴胡汤在神经系统疾病方面的应用,为进一步的实验研究提供了理论基础。     

基于网络药理学独活寄生汤治疗膝骨关节炎的分子机制

目的运用网络药理学分析独活寄生汤治疗膝骨关节炎的可能的作用机制。方法在TCMSP平台内检索独活寄生汤的生物活性成分并根据研究需要进行筛选,同时在GeneCards数据库中检索膝骨关节炎的靶点;运用Cytoscape软件构建“药物—成分—靶点—疾病”复杂网络关系图;同时构建韦恩图,得到独活寄生汤治疗膝骨关节炎的作用靶点;构建PPI网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共探索出独活寄生汤中的有效活性成分154种,潜在靶点130个,膝骨关节炎疾病靶点1878个,得到共同靶点63个。这些共同作用靶点主要富集于68个生物过程和117条信号通路上。结论独活寄生汤可能是通过调节IL6、VEGFA、ALB、EGFR、CASP3、MAPK8、MYC等靶点,调控AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、TNF signaling pathway及Apoptosis来抑制炎症反应、调控细胞凋亡来治疗膝骨关节炎。     

基于网络药理学探讨苍附导痰汤加减方对多囊卵巢综合征大鼠胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学探讨苍附导痰汤加减方(modifiedCangfuDaotandecoction,CFDTD)对多囊卵巢综合征(polycysticovariansyndrome,PCOS)大鼠胰岛素抵抗(insulinresistance,IR)的影响。方法 利用TCMSP、TCM Database@Taiwan、Drugbank、GeneCards数据库检索CFDTD中的活性化合物并筛选作用靶点;从TTD、PubMed及PharmGKB数据库检索与PCOS相关的疾病靶点,成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape3.7.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络。然后,采用STRING和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络并筛选核心靶点。随后,利用Cytoscape软件中的ClueGO插件进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路分析。最后,采用来曲唑联合高糖高脂饮食构建PCOS伴IR大鼠模型加以验证;给药组分别给予15,30 g·kg^–1·d^–1 CFDTD及50 ...     

基于网络药理学探究桃红四物汤治疗类风湿性关节炎作用机制

目的应用网络药理学方法探究桃红四物汤治疗类风湿性关节炎潜在药效作用机制。方法基于课题组前期UPLC-Q-TOF-MS E数据并结合TCMSP数据库,获取桃红四物汤主要化学成分,将口服生物利用度(OB)、类药性(DL)设定为筛选参数,寻找活性成分,通过PharmMapper数据库进行靶点预测;从OMIM、GeneCards数据库对类风湿性关节炎的靶点进行检索;使用Cytoscape 3.7.1软件构建成分-靶点相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析得到核心活性成分;使用STRING数据库绘制蛋白-蛋白相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析得到核心靶点;对交集靶点基因利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,探讨潜在靶点可能具有的生物学功能及通路。结果从桃红四物汤中筛选出38个活性成分,核心成分11个;治疗类风湿性关节炎的靶点291个,核心靶点33个;GO分析结果显示59个生物过程、32个分子功能、15个细胞组成;KEGG分析结果显示34条信号通路。结论本研究初步证实桃红四物汤通过多靶点、多通路治疗类风湿性关节炎,为类风湿性关节炎的治疗提供思路和参考。     

基于网络药理学和分子对接探究桂枝汤治疗新冠肺炎合并变应性鼻炎的有效成分和分子靶点

目的探究桂枝汤治疗COVID-19合并变应性鼻炎的有效成分和分子靶点。方法从TCMSP、GeneCards数据库中筛选与桂枝汤、变应性鼻炎、COVID-19相关的潜在靶点。通过Draw Venn Diagram网站、String数据库、Cytoscape软件得到药物和疾病的共有靶点,生成PPI网络及“中药-活性成分-靶点”网络,并根据度值筛选核心靶点及关键成分。运用Metascape、KEGG数据库进行GO和KEGG富集分析。利用分子对接证实核心靶点与关键成分之间的亲和力。结果共筛选出127个桂枝汤的有效成分,其中有108个成分可与52个共有靶点结合并发挥治疗作用。共有靶点主要富集在1523个GO条目及145条KEGG通路中。分子对接证实核心靶点能自发地与关键成分结合。结论桂枝汤主要通过黄酮类、植物甾醇类、酚类等活性成分与共有靶点(IL-6、TNF、MAPK3等)的结合,来参与病毒、免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终达到治疗COVID-19与变应性鼻炎的目的。     

基于网络药理学二黄汤治疗急性肺损伤的作用机制研究

基于中药复方网络药理学方法探讨二黄汤(Erhuang decoction,EhD)治疗急性肺损伤(acute lung injury,ALI)的多成分-多靶点-多通路作用机制.以EhD体内入血成分为研究对象,利用SwissTargetPrediction、DisGeNET、Therapeutic Target Data...     

基于网络药理学对降脂护肝胶囊干预脂肪肝的机制研究

目的 应用网络药理学方法,探讨降脂护肝胶囊（JZHG）治疗脂肪肝（FL）的可能机制,为其临床用药提供理论指导。方法 利用TCMSP与TCMID检索JZHG的活性成分和靶点,通过GeneCard与OMIM数据库检索FL的相关靶点,并采用交集法筛选出二者的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,利用STRING软件构建PPI网络。通过 Bioconductor 数据库以及R软件进行GO和KEGG富集分析。结果 根据口服生物利用度和类药性筛选出46种活性成分,从GeneCard与OMIM数据库中筛选靶点7406个。成分靶点与疾病靶点取交集,获得118个共同靶点。这些靶点主要参与氧化应激、细胞凋亡、炎症反应、激素抵抗等生物学过程。其作用机制与PI3K-Akt信号通路,人巨细胞病毒感染和癌症中的微小RNA等信号通路有关。结论 JZHG中的活性化合物干预脂肪肝的机制可能是通过抗氧化应激和抗炎等作用改善脂代谢,降低肝脏脂肪堆积实现的。     

基于网络药理学与分子对接技术对清开灵干预病毒性感冒的作用机制研究

目的 探索清开灵干预病毒性感冒的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过TCMSP、TCMID和Pubchem数据库获得清开灵的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取病毒性感冒的相关靶点,并采用交集法筛选出与清开灵活性成分作用的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,并通过String数据库构建PPI网络;通过Bioconductor数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,运用R软件将结果进行可视化;采用Auto Dock Tools进行分子对接研究。结果 从清开灵中共筛选出潜在活性成分90个,对应靶点225个;PPI网络分析获得清开灵干预病毒性感冒的关键作用靶点34个;GO及KEGG富集分析得出：清开灵干预病毒性感冒的作用机制主要与抗炎、抗病毒有关;分子对接结果显示：清开灵中胆酸、猪去氧胆酸、黄芩苷与RELA和JUN具有一定的亲合力。结论 清开灵含有的活性成分可作用于JUN、RELA、MAPK1、IL-6、AKT1等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对病毒性感冒的干预作用。     

Protective effect of Qingre Huoxue decoction against myocardial infarction via PI3K/Akt autophagy pathway based on UPLC-MS,network pharmacology,and in vivo evidence

ContextQingre Huoxue (QRHX) decoction, a traditional Chinese medicine, has been widely used to prevent and treat myocardial infarction (MI).ObjectiveThis study elucidates the possible mechanisms of QRHX in preventing or treating MI in a rat model.Materials and methodsThe chemical constituents of QRHX were identified by UPLC-MS. Sprague-Dawley rats were randomly divided into the Sham (normal saline), Model (normal saline), QRHX-L, QRHX-M and QRHX-H group (n = 10 per group). QRHX decoction was administered by gavage to the rats for 14 days (5, 10 and 20 g/kg/day). The left anterior descending ligation method was performed to develop MI in Model and QRHX groups, and the same surgical procedures excluding ligation sutures were performed for the sham group. Finally, we evaluated cardiac function, myocardial fibrosis degree, serum inflammatory factors, autophagy levels and verified the signalling pathways in vivo.ResultsA total of 68 active components of QRHX corresponding to 223 active targets were obtained and 2558 MI-related disease targets were collected. After integration, 123 QRHX anti-MI targets were obtained, and 70 signalling pathways, such as PI3K/Akt, were identified by enrichment analysis. In vivo experiments suggest that QRHX could reduce the degree of myocardial fibrosis, downregulate serum inflammatory factors, and promote autophagy in MI rats.Discussion and ConclusionsQRHX plays a protective role in the myocardium by mediating PI3K/Akt signalling pathway to activate autophagy and inhibiting inflammatory factor expression. These findings provide a scientific basis for further research and validation of QRHX as a potential therapeutic for MI.