| 小肠结肠炎耶尔森菌基因组中前噬菌体基因结构特征分析 |
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| 引用本文： | 梁俊容,景怀琦.小肠结肠炎耶尔森菌基因组中前噬菌体基因结构特征分析[J].预防医学情报杂志,2019(7):635-642. |
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| 作者姓名： | 梁俊容 景怀琦 |
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| 作者单位： | 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(项目编号:31500117) |
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| 摘 要： | 目的了解小肠结肠炎耶尔森菌基因组中前噬菌体和噬菌体元件的携带情况及基因组结构特征。方法利用PHAST软件,对NCBI数据中18株已完成全基因组测序完成图的小肠结肠炎耶尔森菌的前噬菌体区域进行预测,并与参考噬菌体基因组序列进行比对,分析小肠结肠炎耶尔森菌前噬菌体基因的分布及其基因组特征。结果 18株小肠结肠炎耶尔森菌全基因组序列中前噬菌体携带率100%,共预测到141个前噬菌体区域,其中71个是具有完整噬菌体特征的前噬菌体,其余70个属于噬菌体元件。非致病性小肠结肠炎耶尔森菌LC20预测到的噬菌体区域最多,含有9个完整的前噬菌体和7个噬菌体元件,在一定程度上解释LC20菌株染色体基因组大于其余菌株,且含有更多重组及SNP位点的原因。截取71个完整前噬菌体区域的序列信息,与112株NCBI公布的噬菌体基因组序列进行聚类分析显示,共分为两个大簇。预测的前噬菌体与已知噬菌体之间不存在共有的核心基因组。部分前噬菌体区域含有毒力相关基因。结论小肠结肠炎耶尔森菌基因组中的前噬菌体具有基因组多样性,为噬菌体和宿主菌的协同进化研究奠定基础。
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| 关 键 词： | 小肠结肠炎耶尔森菌 前噬菌体 基因组多样性 宿主 |
Analysis of Gene Structure Characteristics of Prophages in the Genome of Yersinia enterocolitica |
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| LIANG Junrong,JING Huaiqi.Analysis of Gene Structure Characteristics of Prophages in the Genome of Yersinia enterocolitica[J].Journal of Preventive Medicine Information,2019(7):635-642. |
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| Authors: | LIANG Junrong JING Huaiqi |
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| Institution: | (National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Preventon, Beijing 102206, China) |
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| Abstract: | LIANG Junrong;JING Huaiqi(National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Preventon, Beijing 102206, China) |
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| Keywords: | Yersinia enterocolitica prophage genetic diversity host |
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