| 糖尿病线粒体DNA常见易感基因位点检测芯片的研制 |
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| 引用本文： | 刘松梅,周新,涂建成,郑芳,杨艳,汤冬玲,蔡春林,熊燏.糖尿病线粒体DNA常见易感基因位点检测芯片的研制[J].中华检验医学杂志,2006,29(12):1079-1083. |
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| 作者姓名： | 刘松梅 周新 涂建成 郑芳 杨艳 汤冬玲 蔡春林 熊燏 |
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| 作者单位： | 430071,武汉大学中南医院基因诊断中心,武汉大学中南医院检验科 |
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| 基金项目： | 湖北省自然科学基金资助项目（2004ABA163）;湖北省科技攻关计划资助项目（2006AA301C07）志谢中国科学院武汉病毒所乔岩梅博士、游潘博士,武汉大学医学院章晓联教授,武汉大学公共卫生学院汪春红教授在本研究中给予大力支持和帮助. |
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| 摘 要： | 目的建立一种快速、准确的检测糖尿病线粒体DNA常见易感基因位点的芯片技术。方法将氨基修饰的16个常见易感基因位点(1888,3200,3206,3243,3290,3316,3394,3593,3426,12026,12258,14577,14693,14709,16189,16223)的野生型和突变型探针,通过Packard芯片点样仪点样于醛基修饰的基片上,室温保湿过夜固定。采用该基因芯片对52份已知和52份未知突变位点的2型糖尿病标本进行检测,每份样本平行测3次,AxonGenePix4000B芯片扫描仪阅读芯片,GenePixPro4·0版芯片图像分析软件分析结果。结果芯片样点分布均匀、清晰、规整度好、无漏点和连点;片内平行点之间的荧光强度变异系数为0·62%~9·64%,芯片间相同位点之间为1·00%~13·46%;背景信号低(突变型探针和野生型探针的背景荧光强度分别为43·25±2·10,44·56±2·63);减去背景信号的阳性探针荧光强度明显高于阴性探针(t=8·6,P=0·000),易于判断结果;初步设定筛选和诊断实验的突变型cut-off值;按此标准判断实验结果,筛选实验的假阳性率为11·11%,假阴性率为0·53%;诊断试验的假阳性率为2·22%,假阴性率为6·41%;除16189位点外,验证其他已知突变位点,并在未知突变样本中检出了A12026G突变和C16223T多态性,结果与测序结果一致。结论该芯片可用于糖尿病线粒体DNA15个常见易感基因位点的快速筛查和检验诊断。
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| 关 键 词： | 寡核苷酸序列分析 糖尿病 DNA 线粒体 荧光强度 基因位点 |
| 收稿时间： | 2006-09-29 |
| 修稿时间： | 2006年9月29日 |
Development of a chip for detecting the diabetes-associated common loci in mitochondrial genome |
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| LIU Song-mei,ZHOU Xin,TU Jian-cheng,ZHENG Fang,YANG Yan,TANG Dong-ling,CAI Chun-lin,XIONG Yu.Development of a chip for detecting the diabetes-associated common loci in mitochondrial genome[J].Chinese Journal of Laboratory Medicine,2006,29(12):1079-1083. |
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| Authors: | LIU Song-mei ZHOU Xin TU Jian-cheng ZHENG Fang YANG Yan TANG Dong-ling CAI Chun-lin XIONG Yu |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Oligonucleotide array sequence analysis Diabetes mellitus DNA mitochondrial Genes Fluorescence intensity |
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