类风湿关节炎滑膜巨噬细胞基因芯片分析

目的: 寻找并分析类风湿关节炎（rheumatoid arthritis,RA）的关键基因,从而更好地理解RA的潜在发病机制。方法: 采用表达谱的综合分析方法鉴定RA滑膜液巨噬细胞中差异表达基因（differential expression genes,DEGs）。利用功能注释、蛋白蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)网络构建以及寻找核心基因,探讨DEGs在RA中的潜在生物学作用。在GSE17755数据集中对鉴定的DEGs在RA外周血中的mRNA表达水平进行验证。结果： 与对照组相比,RA患者滑膜液巨噬细胞中共找出489个DEGs,其中上调基因359个,下调基因130个。DEGs在炎症反应调节、趋化因子受体结合、肿瘤坏死因子信号通路等方面均有较显著的富集。STAT1、CXCL10、FPR2、ITGAM、PPBP、IRF7、CCL5、OASL、OAS3、IRF1是DEGs的PPI网络中的核心基因。在GSE17755数据集中检测除FPR2之外的9个核心基因的mRNA表达情况,结果表明,与正常人相比,RA患者外周血细胞中STAT1、PPBP、OASL的表达水平明显上调,ITGAM、IRF7、CCL5、IRF1有下调的趋势。结论： STAT1与OASL等基因在RA疾病中可能发挥重要作用。     

不同Miyazaki分级颈椎间盘内髓核细胞的生物学特性

目的 :比较不同Miyazaki分级颈椎间盘内髓核细胞生物学特性的差异,评估该分级系统反映颈椎间盘退变程度的可靠性与一致性。方法:收集我院2017年12月～2018年7月36例行颈前路手术患者术中切除的颈椎间盘髓核组织。患者男21例,女15例,年龄为41.2±4.5岁,手术节段为单节段27例,两节段9例。将收集到的45个髓核组织按照术前颈椎MRI T2像上的Miyazaki分级分为4组,依次为Ⅱ级(n=6),Ⅲ级(n=10),Ⅳ级(n=14),Ⅴ级(n=15)。组织切片后行甲苯胺蓝染色,观察髓核组织内细胞的密度以及分布情况。免疫组织化学染色和蛋白免疫印迹实验检测不同分级组织内聚集蛋白聚糖(Aggrecan)和Ⅱ型胶原蛋白(typeⅡcollagen,ColⅡ)的表达量。采用酶消化法分离不同分级髓核组织内的细胞并进行体外培养,光镜下观察髓核细胞的形态,台盼蓝染色测定各组髓核细胞的活性比率,CCK-8法绘制各组1代髓核细胞的生长曲线。结果:Ⅱ级组髓核组织内细胞密度显著高于Ⅲ级组,Ⅲ级组高于Ⅳ级组,Ⅴ级组的细胞密度最低。Aggrecan和ColⅡ在Ⅱ级组织中表达量最高,Ⅲ级组高于Ⅳ级组,Ⅴ级组中表达量最低,组间比较均有统计学差异(P0.05)。Ⅱ级组椎间盘内髓核细胞多呈三角形、短梭形,折光性较好;Ⅲ级组髓核细胞出现突起,轮廓不清晰;Ⅳ级组细胞形态多呈长梭形,细胞扁平且突起明显;Ⅴ级组髓核细胞形态各异,轮廓模糊,折光度差。Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ级组的细胞活性比率分别为(94.8±2.8)%、(84.3±2.6)%、(75.1±4.8)%和(66.1±3.3)%,其中Ⅱ级组高于Ⅲ级组,Ⅳ级组低于Ⅲ级组,而Ⅴ级组最低,组间比较均有统计学差异(P0.05)。Ⅱ级组髓核细胞生长速率比Ⅲ级组快,Ⅲ级组比Ⅳ级组快,Ⅴ级组生长速率最低,组间比较均有统计学差异(P0.05)。结论:颈椎间盘Miyazaki分级系统可以较好地反映髓核细胞的生物学特性和颈椎间盘的退变程度,可作为临床治疗和诊断的重要参考。     

急性髓系白血病中RUNX1突变基因相关预后模型的构建

目的寻找RUNX1突变型急性髓系白血病（AML）和未突变型AML的差异基因并用来构建预后模型。方法从RUNX1突变组与未突变组中筛选AML中的差异基因，通过单因素Cox对差异基因进行筛选并构建多因素Cox回归预测模型。根据模型得到病人的风险评分并通过生存曲线和ROC曲线予以评估。结果从RUNX1突变组与未突变组中筛选得到89个差异基因，其中30个基因上调，59个基因下调。全部的差异基因通过单因素Cox回归筛选，得到38个基因构建多因素Cox回归模型。基于双向逐步回归法进一步筛选得到10个基因，包括BIK、APP、MLLT3、C10orf10、PLXNC1、FHL1、CST3、TGLL1、HOXA5、KIAAO125，使用该10个基因构建预后基因模型，风险评分公式为:风险评分=-0.100×（BIK）+0.215×（APP）+-0.232×（MLLT3）+0.112×（C10orf10）+0.160×（PLXNC1）+0.113×（FHL1）+-0.167×（CST3）+-0.152×（IGLL1）+0.164×（HOXA5）+0.084×（KIAA0125）；其中BIK、MLLT3、CST3和IGLL1的风险比小于1，而其他6个基因的风险比大于1。生存分析结果表明高风险评分组的总体生存率明显低于低风险评分组（P < 0.01）。ROC曲线对未来1、3和5年的总体生存率预测的AUC分别为0.709、0.769和0.771。结论成功构建突变型AML差异基因预后模型，其中BIK、MLLT3、CST3和IGLL1可能是AML预后保护因素，APP、C10orf10、PLXNC1、FHL1、HOXA5和KIAAO125可能是AML预后的危险因素。     

DGKZ基因沉默条件下人骨肉瘤细胞芯片的生物信息学分析

目的基于生物信息学方法分析二酰甘油激酶ζ(diacylglycerol kinase zeta,DGKZ)基因沉默的人骨肉瘤细胞芯片并探寻其分子机制。方法从GEO数据库中获取人骨肉瘤细胞芯片,在R软件中筛选DGKZ沉默处理组与对照组的差异基因(differential expression genes,DEGs);DEGs提交至DAVID数据库进行基因功能与通路富集分析;利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,寻找网络结构中的核心基因并预测其转录因子。结果共筛选出368个DEGs,其中包含105个上调的基因与263个下调的基因。GO富集分析结果表明DEGs主要富集的生物学过程有成骨细胞分化的负调控、血管生成、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调控、脂肪细胞分化的正调控、细胞周期和Wnt信号通路;KEGG通路富集分析结果表明DEGs主要涉及的通路有TGF-β信号转导通路、癌症通路、胰腺癌、致癌病毒、MAPK信号转导通路以及代谢通路。经STRING数据库与Cytoscape软件找出度值前10的核心基因有SIRT1、EP300、PTGS2、BMP2、HIF1A、RB1、HIST1H2BO、NT5E、H1F0、HIST1H2AC,核心基因通过iRegulon插件预测的转录因子中标准化富集分数最高的是YY1。结论在DGKZ基因沉默条件下,转录因子YY1及相关靶基因能在骨肉瘤中发挥重要作用。