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目的通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠腺癌(COAD)患者癌组织和癌旁正常结肠组织的全基因组RNA测序数据集进行富集分析(GSEA),探索结肠腺癌发病的相关机制。方法从TCGA数据库下载COAD相关的RNA测序数据集。以COAD患者癌组织和癌旁正常结肠组织作为分组变量,以"c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt"和"c5.all.v6.2.symbols.gmt"作为 1、Norminal-P 0.05和错误发现率(FDR)0.25的富集结果为差异有统计学意义。结果 GSEA的GO分析结果显示COAD患者的癌组织和癌旁正常结肠组织全基因组表达差异与细胞周期、DNA复制与修复、脂质代谢和离子转运等生物学功能相关;KEGG富集结果显示COAD患者癌和癌旁正常结肠组织全基因组表达差异与细胞周期、DNA复制、PPAR信号通路、趋化因子信号通路和自噬的调节等代谢通路有关。结论本研究从全基因组层面在转录水平上初步探索了参与COAD发生的分子机制,可为后续研究提供参考。 相似文献
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目的 探讨影响原发性肝细胞癌(PHC)切除术后行经导管肝动脉灌注化疗术(TAC)患者血清ALT水平变化相关的单核苷酸多态性(SNP)位点.方法 纳入肝癌肝切除术后行TAC治疗的PHC患者59例,获取其术中切取标本以提取组织DNA,通过芯片技术获取全外显子SNP.通过EMMAX检验多因素分析选择与术后ALT/术前ALT比值相关的SNP位点.通过KOBAS 2.0 program数据库筛选有关的候选SNP位点,采用线性回归模型分析影响患者术后ALT变化的基因型.结果 KOBAS 2.0 program筛选结果显示,位于12号染色体SLCO1B1基因上的rs2306283与患者术后ALT/术前ALT比值升高相关(最小等位基因频率=0.132,P=3.65×10-5).线性回归分析结果显示,相对于GG基因型,SLCO1B1基因的AA+ AG基因型OR=2.55(P ＜0.05),rs2306283为显性遗传模型,AA基因型和AG基因型为风险基因型.结论 肝细胞癌切除术后行TAC患者SLCO1B1基因rs2306283的AA和AG基因型可能与术后ALT水平升高相关. 相似文献
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