基于TCGA全基因组RNA测序数据集探索结肠腺癌发病机制的研究

目的通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠腺癌(COAD)患者癌组织和癌旁正常结肠组织的全基因组RNA测序数据集进行富集分析(GSEA),探索结肠腺癌发病的相关机制。方法从TCGA数据库下载COAD相关的RNA测序数据集。以COAD患者癌组织和癌旁正常结肠组织作为分组变量,以"c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt"和"c5.all.v6.2.symbols.gmt"作为 1、Norminal-P 0.05和错误发现率(FDR)0.25的富集结果为差异有统计学意义。结果 GSEA的GO分析结果显示COAD患者的癌组织和癌旁正常结肠组织全基因组表达差异与细胞周期、DNA复制与修复、脂质代谢和离子转运等生物学功能相关;KEGG富集结果显示COAD患者癌和癌旁正常结肠组织全基因组表达差异与细胞周期、DNA复制、PPAR信号通路、趋化因子信号通路和自噬的调节等代谢通路有关。结论本研究从全基因组层面在转录水平上初步探索了参与COAD发生的分子机制,可为后续研究提供参考。