永生化上皮细胞系及肺鳞癌细胞系基因组DNA拷贝数变异的比较研究

  目的  通过分析比较支气管上皮永生化细胞系与肺鳞癌细胞系的拷贝数变异探讨肿瘤早期发展的分子机制。  方法  用人类比较基因组杂交芯片（aCGH）分别测定支气管上皮细胞系Y-BE和肺鳞癌细胞系NCI-H2170的拷贝数, 经数据校正, 对拷贝数变异基因进行GO（Gene Ontology）富集分析。  结果  永生化上皮细胞系早代Yp21仅出现了少量的DNA拷贝数变异, 而在染色体20 q11~12区段Yp21细胞与HCI-H2170细胞出现了相似的拷贝数变异结果; 永生化上皮细胞系晚代Yp113具有类神经细胞黏附基因的拷贝数增加现象; 整体来看, 从永生化上皮细胞早代到晚代, 再与肿瘤细胞比较, DNA拷贝数变异频率不断升高, 基因组稳定性逐渐下降。  结论  通过对永生化上皮细胞拷贝数变异的研究, 成功建立了肺癌癌前模型的拷贝数变异谱, 部分拷贝数变异可能代表了肿瘤发生发展早期的分子事件, 预示了细胞的潜在恶性, 这些发现可能为阐明肿瘤发生发展的分子机制提供了条件。      

妇科肿瘤标准化生物样本库的建立与管理中国专家共识（2023年版）

<正>1背景及意义生物样本库的定义是“标准化地筛选、采集、处理、保藏和分发生物样本及样本捐献者信息和临床数据的专门机构”^[1]。近十年逐渐发展为大科学基础工程，为基因组、转录组、蛋白质组等多种组学研究、分子诊断标志物及药物靶点大样本验证提供高质量生物样本，是发展精准医疗、转化研究的重要桥梁与主要资源^[2-5]。妇科肿瘤指女性生殖系统肿瘤，其涵盖范围甚广，既包括在临床诊疗中最为常见的良性肿瘤(如子宫平滑肌瘤等)，也包括如卵巢癌、子宫颈癌、子宫内膜癌和滋养细胞肿瘤等严重威胁女性健康和生命的恶性肿瘤。     

中性粒细胞与淋巴细胞比值对T3N0M0期食管鳞癌术后辅助治疗预后的预测价值

目的:评估术前中性粒细胞/淋巴细胞比值(neutrophil-to-lymphocyte ratio,NLR)与T3N0M0期食管鳞癌患者临床病理指标及预后的相关性,探索其对术后辅助治疗的预测价值。方法:回顾性分析2008~2014年行根治性手术的317例食管鳞癌患者的临床病理资料,以NLR的中位数2.14作为截点,分为高NLR组(NLR≥2.14)和低NLR组(NLR<2.14);高NLR组159例,低NLR组158例。分析NLR与临床病理、预后相关性及对术后辅助治疗的指导作用。结果:不同NLR分组患者的远期生少质量评估、肿瘤位置,以及肿瘤分期存在差异,差异有统计学意义(P<0.05)。多因素Cox回归分析的结果表明,高NLR组患者发生死亡的风险是低NLR组患者的1.43倍(HR:1.43,95%CI:1.01~2.02,P=0.041)。Kaplan-Meier分析表明,不同NLR分组患者的5年总生存率存在差异,差异有统计学意义(P=0.006),高NLR组患者的5年总生存率低于低NLR组(50%vs 70%);不同NLR分组患者的无进展生存率存在差异,差异有统计学意义(P=0.017),高NLR组患者的无进展生存率低于低NLR组(45%vs 60%)。在低NLR值组中,术后辅助治疗与单纯手术治疗患者的5年总生存率存在差异(P<0.001),术后辅助治疗患者的5年总生存率高于单纯手术治疗(75%vs 45%);术后辅助治疗与单纯手术治疗患者的无进展生存率存在差异(P<0.001),术后辅助治疗患者的无进展生存率高于单纯手术治疗(78%vs 40%)。在高NLR值组中,术后辅助治疗与单纯手术患者的5年总生存率和无进展生存率差异无统计学意义。结论:NLR与T3N0M0期食管鳞癌临床病理指标具有相关性,对术后辅助治疗也提供了指导作用。     

临床研究团队建设的实践与探讨

一个强凝聚力和高执行力的团队是开展高质量、可持续性临床研究的重要保障。该文结合既往文献和笔者自身经验，总结了建设一个成功的临床研究团队的几个关键点，包括明确的研究方向、合理的成员构成、杰出的领军人才、团队成员能力的提升和以人为本的管理理念。其中，明确的研究方向是团队存在和发展的前提；多层次、多学科的成员构成可避免同质化带来的潜在利益冲突，并使研究在学科交叉碰撞中做精做强；团队带头人是团队发展的关键；团队成员能力的提升是团队发展的基石；坚持以人为本才能形成真正的团队文化。该文旨在通过总结分析临床研究团队建设的关键点，以期供同行参考。     

应用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选口腔鳞癌放疗抵抗相关分子

目的 用高通量方法筛选口腔鳞癌放疗抵抗相关的激酶基因,为口腔鳞癌的临床治疗决策提供理论基础。方法 以慢病毒构建的短发夹核糖核酸(shRNA)激酶文库(含4 675个不同shRNA序列,覆盖709个人激酶基因)感染舌鳞癌Cal-27细胞,嘌呤霉素筛选去除未成功感染的细胞后,以光子射线进行照射(0、10和15 cGy),然后继续培养3 d,以增加不同射线抗性细胞的丰度差异。提取细胞基因组DNA,利用PCR获得完整shRNA序列,同时每组引入不同标签序列,利用illumina平台进行二代测序,找出丰度发生显著变化的shRNA,其对应基因即为影响射线抗性的基因。结果 本次实验共筛选到5个影响口腔鳞癌放射线抗性的激酶基因,其中,PKLR和IPMK敲减后会增加射线抵抗,AURKB、ITPKB和DLG2敲减后会导致放射敏感,其高表达会导致患者对放疗耐受。结论 本研究利用shRNA慢病毒文库结合二代测序方法筛选到3个口腔鳞癌放射抵抗基因,但具体作用机制尚需进一步探究。     

应用氨基酸稳定同位素标记-质谱技术构建肺癌细胞14-3-3sigma相互作用的分子网络

目的 筛选14-3-3 sigma在非小细胞肺癌细胞中的功能相关蛋白,构建相互作用的分子网络.方法 构建稳定过表达14-3-3 sigma蛋白的非小细胞肺癌细胞株(PG细胞,大细胞肺癌),采用四甲基偶氮唑蓝(MTT)方法检测PG细胞的生长速度.利用稳定同位素标记氨基酸(stableisotope labeling by amino acids in cell culture,SILAC)技术,联合线性离子阱回旋共振质谱仪(LC-LTQ-FT)鉴定由14-3-3 sigma过表达引起的差异表达蛋白,将质谱鉴定为表达＞2倍或＜0.5倍的蛋白作为差异蛋白.通过检索人类蛋白参考数据库(Human protein reference database,HPRD)和蛋白质交互作用网络数据库(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)构建分子网络.结果 显示C4克隆中外源14-3-3 sigma表达量最高(命名为PGSC4),后续实验用PGSC4细胞进行.转染14-3-3 sigma 后,PG细胞生长速度明显减慢.建立了包含147个蛋白差异蛋白的数据库.构建的分子网络中含有26个蛋白,其中参与了多个细胞活动(细胞周期调控、细胞分化、凋亡等)的重要激酶——酪蛋白激酶Ⅱα亚基(casein kinaseⅡsubunit alpha,CSNK2A1)是表达升高最明显的蛋白质,与DNA损伤调节机制相关的转录调节因子MEN1 (Menin)则是表达降低幅度最大的蛋白质.结论 14-3-3 sigma可以抑制非小细胞肺癌PG细胞的生长速度,与细胞周期、DNA损伤修复等机制相关的蛋白质发生了变化,并构成了相互作用的分子网络.     

B7家族负性共刺激分子在肺区域免疫构建过程中的表达变化

目的 了解B7家族负性共刺激分子在肺发育过程中表达的时空特异性,探索B7家族负性共刺激分子在肺区域免疫构建中的作用。方法 利用已获得的恒河猴不同发育时期肺组织RNA测序（RNA-seq）数据,采用每千碱基长度在每百万读值中的匹配数(RPKM)分析法,分析B7家族负性共刺激分子（B7-1、B7-2、B7-H1、B7-DC）基因的相对表达变化。收集小鼠肺发育过程中不同时间点（小管期、囊状期、肺泡期）的肺组织标本,利用免疫组化的方法,检测B7家族负性共刺激分子在小鼠肺发育过程中的时空特异性表达及定位。结果 恒河猴RNA测序数据显示,B7家族负性共刺激分子的mRNA在围产期（囊状期、肺泡期）表达上升,其中B7-2、B7H1基因的表达在肺泡期较前2期上升（P<0.05）。小鼠肺组织的免疫组化结果显示,B7家族负性共刺激分子蛋白表达水平在围产期也呈现上升趋势,其中B7-2、B7-H1、B7-DC表达在围产期较小管期上升（P<0.05）,且主要表达于气道上皮细胞中。进一步分析蛋白在不同分级气道中的表达,发现B7-2蛋白在主气道上皮细胞中的表达量高于终末气道上皮细胞（P<0.05）。结论 B7家族负性共刺激分子在肺发育过程中主要表达于气道上皮细胞中,且在围产期表达水平有显著增加,提示B7家族负性共刺激分子可能参与肺区域免疫调控。