海南省2019—2020监测年度A (H1N1) pdm09流感病毒基质蛋白基因特性分析

目的 分析2019—2020监测年度（2019年4月1日—2020年3月29日）海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒基质蛋白基因（Matrix, M）进化规律和M2蛋白氨基酸位点变异情况。方法 选取14株2019—2020年海南省分离的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,采用Neighbor-Joining方法进行种系进化分析,通过系统进化树比较海南流行株与疫苗株的差异。测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析及基因同源性分析。结果 2019—2020监测年度,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒分离株占分离株的4.9%。序列分析显示,海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的M基因在核苷酸系统进化树6B.1分支上,核苷酸与氨基酸同源性范围为98.7%~100.0%、98.8%~100.0%。12株分离株胞外区编码区S23N氨基酸发生变异;跨膜区14株分离株均发生S31N位点突变,突变率为100.0%;1株I39V位点氨基酸变异;9株分离株在胞浆区E70D位氨基酸位点发生变异。结论 2019—2020监测年度海南省A (H1N1) pdm09亚型流感病毒活动水平较低,与疫苗株相匹配,对金刚烷胺类药物耐药,应特别关注M2蛋白氨基酸变异情况,为临床抗流感病毒药物的使用提供科学依据。     

海南省三沙市永兴岛和赵述岛鼠形动物及其携带病原调查

目的 了解海南省三沙市所属南海重要岛屿永兴岛和赵述岛特殊环境中的鼠形动物带毒情况,对寨卡病毒、基孔肯雅病毒和肾综合征汉坦病毒流行的风险进行评估,为当地政府和卫生部门制定综合防控技术方案提供科学依据。方法 于2017年8月及2017年12月分两次利用鼠笼法和陷阱法捕捉三沙市永兴岛和赵述岛鼠形动物,解剖并采集肺、肾、肝、脾和心脏血标本,用实时荧光PCR的方法检测上述三种病毒的核酸。结果 共捕获鼠型动物76只,其中鼠笼法捕获60只,陷阱法捕获16只,隶属2科4种,鼩鼱居多占36.67%、黄胸鼠占35.00%、褐家鼠占26.67%及小家鼠占1.67%。采集肺、肾、肝和脾标本合计76份、心脏血标本52份,因其中10份溶血严重,故仅对其余42份血进行检测。用鼠脏器标本及心脏血标本提取的RNA为模板进行实时荧光PCR检测,均未检出寨卡病毒、基孔肯雅病毒和肾综合征汉坦病毒。结论 永兴岛和赵述岛上鼠形动物传播寨卡病毒、基孔肯雅病毒、和肾综合征汉坦病毒的风险不大。     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析。结果 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的血凝素基因(Hemagglutinin HA)和神经氨酸酶基因(Neuraminidase NA)均在核苷酸进化树6B.1分支上。海南分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018 HA基因核苷酸和氨基酸同源性范围分别为98.5%~99.1%和97.7%~99.1%,对神经氨酸酶抑制剂敏感,HA基因在Sa抗原决定簇NQT162-164有共同变异位点,N162位点的变异增加了1个潜在糖基化位点。Sb抗原决定簇K156位点发生变异的分离株为参考血清A/Brisbane/02/2018的低反应株,其余分离株均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。结论 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗组分匹配。     

海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因特性

目的 了解海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法 选取2019—2020监测年度海南省5家流感监测网络实验室分离的16株H3N2亚型流感毒株进行一代全基因组测序,利用MEGA 10.1.8构建血凝素基因系统进化树,并分析氨基酸位点替换情况,应用DNA Star 7.0.1软件进行血凝素基因同源性分析。结果 系统进化树显示,相比于疫苗株A/Kansas/14/2017 (2019—2020）,16株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016（2018—2019）亲缘关系更近,属于3C.2a1分支,核苷酸与氨基酸同源性范围分别为98.5%~98.9%、97.9%~98.4%。16株分离株在抗原性位点发生8处氨基酸位点替换,涉及5个抗原决定簇;15株分离株在糖基化位点发生2处缺失。结论 2019—2020年监测年度海南省H3N2亚型流感病毒与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近,血凝素蛋白抗原性位点在5个决定簇均有变异,易造成较大流行,WHO 推荐的2019—2020年疫苗株保护效果可能不理想。应密切关注H3N2亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。     

2016 - 2020年海南省流感病原学监测分析

目的 分析海南省2016 - 2020监测年度流感流行趋势，为科学防控流感提供理论指导。方法 对《中国流感监测信息系统》中海南省2016 - 2020监测年度国家级流感监测哨点医院报告的流感样病例（ILI）及流感监测网络实验室的病原学监测数据进行统计分析。结果 2016 - 2020监测年度海南省6家国家级流感监测哨点医院共报告流感样病例157 361例，总流感样病例就诊比例（ILI%）为3.05%；0～4岁年龄组在ILI总数中占比最高，占ILI总数的51.01%。全省5家流感网络实验室检测ILI标本25 231例，流感核酸阳性标本3 701例，总核酸阳性率为14.67%；2017 - 2018年和2019 - 2020年2个监测年度流感流行呈现双峰特点，夏季流行期集中在4 - 9月，最高峰值53.64%，冬春季流行期集中在11月～次年3月，最高峰值42.14%，2016 - 2017年和2018 - 2019年2个监测年度流感流行没有明显的夏季高峰，冬春季流行期集中在10月 - 次年3月，最高峰值为54.14%。结论 2016 - 2020监测年度流感活动强度保持平稳，不同监测年度新甲型H1N1，甲型H3N2，乙型Victoria系4种型别交替流行。应持续加强流感监测工作，密切关注优势流感毒株的变化趋势。     

2013-2021年海南省流感病原学检测及流行特征分析

目的 了解海南省流行性感冒(简称流感)流行特征及其相关影响因素,为预防和控制流感提供科学依据。方法 对2013-2021年海南省6家国家级哨点医院流感样病例(influenza-like illness, ILI)的病原学监测数据进行统计分析。结果 2013-2021共检测ILI标本50 415份,其中流感病毒阳性标本5 581份,阳性率为11.07%;优势流行株为乙型、A(H1N1)pdm09型和H3N2型;5～14岁年龄组阳性检出率最高(17.56%),0～4岁年龄组流感病毒阳性率最低(7.32%)。2014-2016年、2017-2018年和2019-2020年4个监测年度,流感呈现双峰流行,夏季流行期集中在4-9月,最高峰值53.64%,冬季流行期集中在11月-次年3月,最高峰值47.30%;2013-2014年、2016-2017年和2018-2019年3个监测年度,流感流行无明显夏季流行高峰,冬春季流行期集中在10月-次年3月,最高峰值54.17%;2020-2021年流感病毒阳性检出率呈现断崖式下降,阳性检出率仅为0.25%,无明显流行期。结论 海南省不同监测年度流感流行...     

海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因特性

目的 分析海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因遗传进化特征与关键氨基酸位点变异情况。 方法 从海南省流感监测网络实验室分离的流感毒株中按照不同时间选取16株H3N2亚型分离株进行一代全基因序列测定,应用DNA Star 7.0.1软件进行神经氨酸酶基因同源性分析,应用MEGA 10.8.1软件构建神经氨酸酶基因系统进化树,并分析耐药性位点与抗原决定位点氨基酸替换情况。 结果 神经氨酸酶基因同源性分析与系统进化分析显示,16株分离株与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016（2018—2019）核苷酸与氨基酸相似性分别为98.5%~99.1%、98.3%~98.7%,进化上属于3c.2a1分支。14株分离株发生神经氨酸酶抗原性位点N329S变异,11株分离株发生E344K变异,未发生耐药性位点氨基酸替换。 结论 2019—2020年海南省流行的H3N2亚型流感病毒属于3c.2a1分支,与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近;大部分分离株在神经氨酸酶抗原决定位点发生了一定的改变,但变异程度不大,未发生耐药位点变异。今后应持续加强流感病毒病原学监测,密切关注H3N2亚型流感病毒耐药性基因变异,及时跟踪关键氨基酸位点替换情况,为科学防控提供理论依据。     

2019-2020年海南省登革病毒E基因序列分析

目的 了解2019-2020年海南省登革病毒(Dengue virus, DENV)E基因序列分子特征,探讨病毒可能的输入来源。方法 收集登革热疑似病例血清样本,采用RT-PCR法进行核酸检测并分型,阳性样本进行登革病毒包膜(envelope, E)蛋白基因扩增及测序,应用生物信息软件进行同源性和系统进化分析。结果 从49例DENV阳性样本中获得14条DENV E基因序列。进化分析显示,11条DENV1型E基因序列间核苷酸同源性为97.2%～100.0.0%,均属于基因Ⅰ型,其中2条E基因序列(HNLS-8和HNCM-14)与2019年广州流行株(Guangzhou/19XN24503/2019)的核苷酸同源性为100.0%;2条DENV2型E基因序列分别属于Asian 1基因型和Cosmopolitan基因型,其中1条(HNLS-10)与2019-2020年广州流行株(Guangzhou/19XN22111/2019、Guangzhou/19XN50506/2020)同源性为99.6%,另1条(HNLD-2)与2019年昆明2株流行株(Kunming/HNQY20180091/201...