肝癌组织FAM110A表达临床意义的数据库资料分析

目的结合人类蛋白图谱(HPA)、癌症基因图谱(TCGA)、Kaplan Meier-Plotter、生物通用交互作用数据库(BioGRID)、cBioPortal、STRING和DAVID等数据库分析基因110序列相似的家庭成员A(FAM110A)在肝癌中的表达及意义,并探讨FAM110A在肝癌中可能参与的生物功能。方法采用HPA数据库分析FAM110A在人体各种正常组织表达概况和FAM110A在肿瘤细胞中的定位。从TCGA下载374例肝癌样本及50例正常肝组织样本的转录组数据和肝癌病例对应的临床病理资料。采用R软件分析FAM110A在肝癌组织与正常肝组织间表达差异。进一步分析FAM110A表达量与肝癌临床病理特征之间的关系。采用Kaplan Meier-Plotter平台分析FAM110A表达量与肝癌患者预后的关系。采用cBioportal数据库搜索FAM110A在人肝癌组织中的共表达基因。使用DAVID平台对FAM110A的共表达基因进行基因本体论(GO)功能聚类分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后采用STRING数据库和cytohubba软件构建肝癌中FAM110A共表达分子调控网络。结果FAM110A在肝癌组织中表达高于正常肝组织,W=7124,P=0.006。FAM110A表达量与HCC细胞分化程度(χ²=6.0869,P=0.014)和AFP水平(χ²=6.6949,P=0.010)有统计学意义的关联,与性别(χ²=0.8762,P=0.349)、年龄(χ²=2.7599,P=0.097)、病理分期(χ²=1.9504,P=0.163)、有无肝硬化(χ²=0.1381,P=0.710)、有无脉管侵犯(χ²=1.8145,P=0.178)无统计学意义的关联。高表达FAM110A的肝癌患者预后更差,P<0.001。GO聚类分析显示,肝癌中FAM110A的共表达基因主要参与了细胞分裂、有丝分裂的核分裂、姐妹染色单体的凝聚、GTP酶活性的正向调节、DNA重组和先天性免疫反应等生物途经。KEGG通路富集分析显示,FAM110A的共表达基因集主要参与癌症的中心碳代谢、细胞周期、白细胞的迁移和Fc-r介导的吞噬作用等通路。结论FAM110A在肝癌中的表达量升高且高表达FAM110A患者的预后较差,FAM110A与肝癌患者的肿瘤细胞分化程度和AFP水平相关,FAM110A有望成为肝癌治疗的新靶点。     

FAM111A与FAM111B在泛癌中的预后及治疗相关性研究

目的 探究序列相似家族111成员A(family with sequence similarity 111 member A,FAM111A)、FAM111B在泛癌中的肿瘤预后、肿瘤免疫及抗癌药物敏感性。方法 在癌症基因体图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库下载和整理FAM111A和FAM111B在33种肿瘤及11 057例样本的mRNA表达水平及临床生存相关数据，下载UCSC Xena数据库中关于33种肿瘤干细胞评分相关数据，下载CellMiner数据库样本的基因表达与药敏结果的数据。对FAM111A与FAM111B在肿瘤中作用进行多方面研究。结果 FAM111A和FAM111B的相关性较强(r=0.42,P<0.05),FAM111A和FAM111B在多种肿瘤中普遍高表达(P<0.05),且FAM111A和FAM111B可以预测多种肿瘤患者的生存率(P<0.05)。泛癌免疫亚型分析显示，FAM111A和FAM111B在6种肿瘤免疫亚型显著表达(P<0.001)。FAM111A和FAM111B的表达与免疫评分、间质评分及总评...