基于生物信息学的未分化甲状腺癌关键发病机制及其潜在干预靶点研究

目的: 阐明未分化型甲状腺癌（ATC）的分子病理状态,并挖掘其潜在的干预策略。方法: 利用GEO数据库联合R语言分析ATC组织与正常甲状腺组织差异表达的基因;利用京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路数据库和基因本体（GO）数据库对差异表达的基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,分析其关键网络节点和基因簇;最后采用L1000CDS²数据库预测ATC的潜在治疗药物。结果: 共获得2087个差异表达基因。与正常甲状腺组织相比,ATC组织细胞内信号通路及肿瘤微环境均发生显著改变,包括PI3K-Akt信号的持续激活、p53通路的激活、炎症反应、细胞外基质重塑等。蛋白质相互作用网络提示存在3个重要的基因簇和9个关键节点。将差异表达基因与L1000CDS²数据库进行比对后发现22个能够逆转ATC病理状态的潜在化合物。结论: 本研究揭示了ATC发病机制中的关键节点,为ATC的治疗提供了潜在的靶点。     

2015～2018年杭州市12家医院乳腺癌患者蒽环类药物使用分析

摘要：目的:了解2015～2018年杭州市乳腺癌患者蒽环类药物的使用现状及其用药特点和趋势。方法:对2015～2018年杭州市12家医院蒽环类药物的用药金额、用药频度(DDDs)、限定日费用(DDC)及药物利用指数(DUI)等指标进行统计分析。结果:2015～2018年乳腺癌患者蒽环类药物的销售总金额呈下降趋势,相比2015年,2018年销售金额下降52.6%;销售金额及用药频率最高的是表柔比星,其次是多柔比星脂质体,多柔比星的DDC、用药金额及DDDs均最低;4种蒽环类药物的DUI在0.80～1.06之间。结论:杭州市12家医院乳腺癌患者蒽环类药物的使用剂量基本合理,疗效较好、不良反应较低的蒽环类药物在临床使用中占优势。     

两种蟾蜍EDF-1 cDNA的克隆及其生物信息学分析

蟾蜍皮肤基源的中药材(如蟾皮和蟾酥),已长期应用于临床,主要治疗炎症、疼痛以及多种肿瘤。为分析这些蟾蜍中药材中含有的多肽类有效成分,通过菌落DNA聚合酶链式反应(colony polymerase chain reaction)对日本蟾蜍(Bufo japonicus formosus)皮肤cDNA质粒文库进行筛选,克隆到958 bp的转录子(GenBank accession number:KF769458),包括5′端13 bp、3′端498 bp的非翻译区和447 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码由148个氨基酸残基组成的蛋白质,与人及其他动物的内皮分化相关因子-1(endothelial differentiation- related factor-1,EDF-1)显示高度同源性。为分析中华大蟾蜍(B.gargarizans)皮肤中是否存在EDF-1的表达,在日本蟾蜍cDNA序列的基础上设计引物,并以中华大蟾蜍皮肤第一链cDNA为模板,通过PCR克隆中华大蟾蜍EDF-1 ORF。测序分析表明其ORF为447 bp(GenBank accession number:KF769459),与日本蟾蜍的ORF长度相同,两者编码的蛋白之间存在3个氨基酸的差异,但与人源EDF-1的相似性均为95%,与其他动物的相似性介于93%~97%,表明其在进化上的高度保守性。磷酸化位点预测显示9个潜在的磷酸化位点,与已报道的该蛋白的生物学活性受上游因子的调控的研究结果相吻合。由于哺乳动物的EDF-1参与抑制内皮细胞的分化,因此它很可能是蟾蜍皮肤基源的中药材中含有的抗肿瘤的有效成分之一。     

基于网络药理学探讨脑心通胶囊治疗冠心病的作用机制

摘要：目的:研究脑心通胶囊治疗冠心病的活性成分、作用靶点及通路,并探讨可能的分子作用机制。方法:基于网络药理学的研究策略,根据文献中的高分辨质谱数据收集脑心通胶囊的化学成分并进行ADME（包括药物吸收、分布、代谢、排泄）分析;利用TCMSP、STITCH、Binding DB数据库获取脑心通胶囊候选活性成分的靶点;采用TTD、Drug Bank、PharmGKB、MalaCards、CTD数据库收集冠心病相关的靶点,与成分靶点比对筛选脑心通胶囊治疗冠心病的潜在作用靶点;采用Cytoscape软件构建"活性成分-潜在靶点"网络并分析关键活性成分和关键靶点;利用R软件的cluster Profiler包对潜在靶点进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果:通过筛选共获得82个脑心通胶囊的候选活性成分,对应560个作用靶点,与199个冠心病相关靶点进行对比筛选出62个交集靶点,作为脑心通胶囊治疗冠心病的潜在作用靶点。通过构建"活性成分-潜在靶点"网络获得26个关键活性成分和15个关键靶点。GO功能注释和KEGG通路分析的结果表明,脑心通胶囊治疗冠心病主要涉及了动脉粥样硬化、血小板激活、血液循环、类固醇代谢以及晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-17（IL-17）、低氧诱导因子-1（HIF-1）、C型凝集素受体、血管内皮生长因子（VEGF）等信号通路。结论:脑心通胶囊中的槲皮素、染料木素、山奈酚、芹菜素、芦丁等活性成分,主要作用于前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）、前列腺素G/H合成酶1（PTGS1）、凝血因子2（F2）、肾上腺素能受体β2（ADRB2）、雌激素受体α（ESR1）、一氧化氮合酶3（NOS3）等靶点,通过抗血小板聚集、抑制炎症反应、抗心肌缺血等途径发挥治疗冠心病的作用。本研究揭示了脑心通胶囊通过多成分-多靶点-多途径治疗冠心病的作用特点,为其临床应用及深入研究其药理作用机制提供重要的理论参考。     

2015—2018年浙江省12家医院肿瘤患者抗凝药物的使用情况分析

目的 分析2015-2018年浙江省12家医院肿瘤患者抗凝药物的使用现状及其用药特点和趋势。方法 对2015-2018年浙江省12家医院肿瘤患者使用的抗凝药物的用药金额、用药频度（DDDs）、限定日费用（DDC）及排序比（B/A）等情况进行统计分析。结果 2015-2018年肿瘤患者抗凝药物的用药总金额呈上升趋势,2018年比2015年上涨2倍左右;其中肝素类抗凝药的DDDs和DDC排名较前,肝素钠类B/A大于或接近于1,肝素钙类B/A小于1;新型口服抗凝药利伐沙班片、阿哌沙班片和达比加群酯胶囊的DDDs逐年上涨,但排名仍较后,且DDC较高,B/A接近于1;纤溶药的DDDs轻微上升,但DDC较为稳定,B/A小于1;华法林的DDDs稳定,DDC低廉,B/A大于1。结论 2015-2018年浙江省12家医院肿瘤患者抗凝药物的使用基本合理,基本无滥用情况。     

查尔酮及其衍生物防治新型冠状病毒肺炎（COVID-2019）潜在应用的研究进展

新型冠状病毒肺炎(COVID-2019)自发生以来,疫情进展迅速,严重威胁人们的身体健康。目前,临床上尚无针对其治疗的特效药物,多数为对症治疗,以延缓新型冠状病毒引起的机体损伤为主,因此,寻找安全有效的治疗药物成为刻不容缓的工作。查尔酮及其衍生物具有广泛的药理学作用,可发挥抗病毒、抗菌抗炎、抗氧化、抗纤维等多种作用。主要对查尔酮及其衍生物的药理作用和机制进行综述,并对其用于COVID-2019防治的可行性进行探讨,以期为临床治疗提供参考。     

基于生物信息学的未分化甲状腺癌恶性机制研究

目的 阐明未分化甲状腺癌（anaplastic thyroid carcinoma,ATC）与分化型甲状腺癌的分子通路差异,揭示ATC的恶性机制。方法 利用GEO数据库联合R语言分析ATC与乳头状甲状腺癌（papillary thyroid cancer,PTC）肿瘤组织的基因表达差异,以及ATC、PTC与正常甲状腺组织的共有差异基因;基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,分析其关键网络节点和基因簇,并利用KEGG、DAVID数据库及ClueGO插件进行基因功能富集及注释。最后,利用RT-PCR检测关键节点在不同甲状腺癌细胞株中的表达差异。结果 和正常甲状腺组织相比,ATC和PTC存在775个共同差异基因,通路富集于PI3K-Akt信号通路、p53通路、肿瘤通路、细胞周期等与调控肿瘤发生发展相关的经典通路,以及炎症反应、胞外基质重塑、免疫反应、血管新生等肿瘤微环境相关通路改变。进一步筛选ATC和PTC差异基因发现,与PTC相比,ATC组织中p53通路、PI3K-Akt信号通路、胞外基质-受体相互作用、细胞周期、蛋白消化及吸收、吞噬体、补体途径等肿瘤关键通路显著激活。研究通过构建PPI网络并分析出3个关键基因簇,其功能主要与细胞周期、双链修复、细胞趋化、蛋白泛素化等重要生物进程相关。其中,TOP2A、IL8、UBE2S是各基因簇的关键节点,并与甲状腺恶性演进潜在相关。结论 研究利用生物信息学发现ATC发生发展的潜在分子机制网络,并揭示该网络中的关键基因簇及节点,为ATC的恶性机制及潜在治疗靶点提供理论依据。