下一代测序法对新生儿进行苯丙酮尿症致病突变的筛查

目的 运用基于半导体芯片技术的下一代测序方法对苯丙酮尿症相关基因进行基因测序,筛查出常见的致病突变位,探讨半导体测序技术在遗传病检测方面的应用价值. 方法 采用AmpliSeq方法通过多重PCR捕获目的片段,然后构建文库,用Ion Torrent PGMTM测序仪进行测序反应,与Sanger一代测序法进行结果比较验证. 结果 75个临床检测为苯丙酮尿症样本中有57例含致病突变位点,包括有杂合突变、纯合突变以及复合杂合突变.下一代测序结果与Sanger一代测序结果完全一致. 结论 半导体测序能准确检测苯丙酮尿症常见致病突变,对遗传病发病机制的研究及筛查具有一定的应用价值.     

广东地区200例正常人耳聋基因突变数据库的建立

目的 通过对200例广东地区正常人进行耳聋基因突变筛查,获得耳聋相关基因突变检测的数据库,初步筛出良性等位基因突变位点,以在对广东地区人群进行耳聋基因突变检测或筛查时,降低数据分析的时间和增加对结果的风险预测能力.方法 提取在广东地区收集到的200例正常男女样本(男女比例为1∶1)的外周全血DNA,运用Ampliseq扩增技术以及Life Technologies耳聋基因检测引物池构建基因文库后进行下一代测序,确保每一个样本的测序结果获得足够的数据量,然后分析耳聋基因突变位点. 结果 建立了使用Life Technologies耳聋基因检测引物池构建基因文库的实验体系;经过数据比对,筛选出200例样本中突变率高达80％ ～ 100％的良性等位基因突变点. 结论 通过对测序结果的分析处理,筛除了针对广东地区人群突变率高但是不致病的良性耳聋基因突变位点,为今后广东地区人群的耳聋基因突变筛查提供参考.     

运用半导体测序法检测4种遗传病常见突变

目的 运用基于半导体芯片技术的下一代测序方法对地中海贫血、遗传性耳聋、苯丙酮尿症和肝豆状核变性病相关的38个常见致病突变位点进行基因测序,探讨半导体测序技术在遗传病检测方面的应用价值. 方法 采用AmpliSeq方法通过多重PCR捕获目的片段,然后构建文库,用Ion Torrent ProtonTM测序仪进行测序反应,进而通过Sanger一代测序法进行结果比较验证. 结果 33个样本中共检测出15例样本存在功能性遗传变异,其中HBB:52A＞T 5例、HBB:84_85insC 3例、HBB:45_46insG 2例、HBB:2T＞G 1例、GJB3:538C＞T 1例、ATP7B:2333G＞T 1例、GJB2:235delC 1例、SLC26A4:IVS7-2A＞G 1例,Sanger一代测序结果与下一代测序结果完全一致. 结论 半导体测序能准确检测该4种遗传病常见突变,对遗传病发病机制的研究及筛查具有一定的应用价值.     

白细胞、超敏CRP、SAA、PCT在儿童血流细菌感染早期诊断中的应用

目的探究白细胞(WBC)、超敏C反应蛋白定量(超敏CRP)、血清淀粉样蛋白A(SAA)、降钙素原(PCT)在儿童血流细菌感染患者早期诊断中的应用。方法选取2018年6月-2019年6月我院收治的血流细菌感染患者100例作为研究对象(观察组),选取同时期在我院接受治疗的非血流感染患者100例作为对照组,通过血培养与菌种鉴定的方法鉴定感染状况,并检测两组患者中WBC、超敏CRP、SAA、PCT的水平,对检测结果进行比较分析。结果观察组WBC、超敏CRP、SAA、超敏CRP/SAA比值、PCT均高于对照组;其中超敏CRP(36.86±5.46 vs 12.12±1.76)、PCT(5.72±1.80 vs 0.400±0.15),超敏CRP/SAA(0.47±0.06 vs 0.23±0.04)比值差异具有统计学意义(P<0.05)。革兰阴性与革兰阳性菌感染组各项指标水平差异无具有统计学意义(P>0.05)。ROC曲线分析显示CRP/SAA比值鉴别血流细菌感染与非血流感染的效能最好(AUC、敏感性、特异性分别为0.71%、91%、44%)结论超敏CRP、PCT,尤其SAA/超敏CRP比值对儿童血流细菌感染患者早期诊断中具有一定参考价值。     

内镜引导下自制气囊治疗贲门失弛缓症(附15例报告)

贲门失弛缓症是一种常见的食管运动功能障碍性疾病.对其治疗方法虽多,但内科服药治疗效果甚微,外科手术损伤大,易复发且并发症多.使用介入扩张治疗是目前最简单、安全、有效的治疗方法.由于进口扩张器价格昂贵,病人负担非常重,故我们用自制的气囊扩张治疗贲门失弛缓症,亦取得满意疗效,现报道如下.     

临床宏基因组测序中正常有菌部位临床标本的处理办法

病原宏基因组高通量测序(mNGS)能覆盖较大范围的病原体,病毒、细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测,不论临床样本培养成功与否,只要含有可检测到的DNA或RNA即可.各专家共识中指出各部位感染均具有一定的临床价值,要结合不同标本类型与检出病原微生物的种类进行解读.虽然无菌部位标本的诊断价值优于正常有菌部位,但是正常有菌部位...     

人类癌症特异敏感标志物:循环肿瘤DNA

循环肿瘤DNA (circulating tumor DNA,ctDNA)是由肿瘤细胞释放到血液循环系统中的DNA,它可作为多种癌症的生物学标志物.ctDNA的检测具有操作简便快速、无创、特异性和高敏感性等特征,以下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术为基础的ctDNA分析方法可通过突变状态反映肿瘤基因组信息,在肿瘤的研究领域和临床应用发挥重要的作用,可决策一个全新的癌症治疗方案.ctDNA作为新兴的“液体活检”靶标,其具有广阔的应用前景和推进精准医疗的实施.本文概括了ctDNA在多种癌症(乳腺癌、肺癌和结直肠癌)中的高频率突变基因、ctDNA的最新检测技术和ctDNA在临床诊断、疗效监控及预后判断中的良好效果,以推动NGS技术为基础的ctDNA检测方法在临床医学中的应用.     

SNP-array分析在颈项皮肤皱褶增厚胎儿遗传学诊断中的应用

  目的  探讨胎儿颈部皮肤皱褶(nuchal fold,NF)增厚的产前诊断与遗传咨询。  方法  回顾性分析2018年1月—2019年8月间来广西壮族自治区妇幼保健院产科产检,超声检查提示孕中期16~18孕周NF≥5.0 mm;19~22孕周NF≥6.0 mm的152例NF增厚的孕妇,行羊膜腔穿刺抽取羊水标本,同时行羊水细胞核型分析和染色体微阵列芯片技术(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)检测,统计这些孕妇的临床诊断资料,并分析胎儿染色体核型分析与染色体微阵列芯片检测结果。  结果  152例NF增厚胎儿标本中,检出染色体核型异常19例,检出率为12.5%(19/152)。19例异常核型中21-三体:12例;18-三体:2例;45,X:2例;47,XXX:1例;嵌合体45, -6[28]/46, r(6)(p25q26)[12]:1例;46, XN, del(5)(p14):1例。SNP-array检出33例异常,检出率为21.71%(33/152),SNP-array技术的检出率明显高于核型分析的异常检出率。除了能检出核型分析发现的染色体非整倍体或大片段结构异常外,SNP-array技术还检出染色体核型分析未能检出的14例微缺失,其中4例致病性拷贝数变异,2例可疑致病性拷贝数变异,其余8例为临床意义不明拷贝数变异病例。  结论  对超声筛查为胎儿颈背皮肤皱褶增厚的病例,SNP-array技术诊断可明显提高染色体核型分析未能检测出的染色体亚显微结构的畸变。      

采用Amplicon文库构建法对地中海贫血的基因检测

目的 进一步完善现有地中海贫血的检测方法并且建立一种新的基于高通量测序的基因诊断方法,研究α/β地中海贫血基因的突变类型及分布情况.方法 采用Amplicon文库构建法,基于高通量测序平台,对219例地中海贫血患者全血样本进行上机测序与数据分析. 结果 在219例地中海贫血患者中,共计检测出14种突变类型,包括CD122、CD125、CD142 3种非缺失型α-地贫突变及IVS-Ⅱ-654、CD41-42、CD17等11种常见β-地贫突变型别.此外,通过生物信息学软件作图分析,筛查出--SEA、-α37、-α42 3种缺失型α-地贫. 结论 本研究进一步完善了基于高通量测序的基因诊断方法,建立了一套Amplicon文库构建法,能准确、有效地用于诊断α/β地中海贫血基因的缺失与突变类型,对人群筛查,优生优育的遗传咨询,防止该病重症患儿的出生等具有重要意义.