长链非编码RNA MALAT1在大肠癌中的表达及其临床意义:基于多基因表达数据库分析

背景结直肠癌(colorectal cancer, CRC)是临床中最为常见的消化系统恶性肿瘤,近年来长链非编码RNA(longchainnon-codingRNA,LncRNA)在CRC发生、发展及侵袭转移中发挥重要作用. MALAT1为新近发现的LncRNA,其在CRC中的作用及与患者预后的关系并不十分清楚.目的应用生物信息数据挖掘技术探讨LncRNA MALAT1在大肠癌中的差异表达及其临床意义.方法应用BioGPS数据库分析正常肠上皮中MALAT1的表达情况.在肿瘤芯片表达数据库Oncomine中荟萃分析大肠癌组织与正常肠上皮组织MALAT1的差异表达并分析MALAT1高、低表达与患者生存期是否存在相关性.在STRING数据库中应用蛋白相互作用网络分析与MALAT1相互作用及共表达的相关蛋白.结果 MALAT1在正常大肠癌组织中的相对表达量较低.Oncomine数据库中,大肠癌差异表达的研究8项,其中6项在大肠癌中高表达, 2项低表达.比较大肠癌与对应正常组织的相关芯片数据为18个.大肠癌组织中MALAT1表达水平显著高于正常组织(P=0.027).按结肠癌与直肠癌进亚组分析,结肠癌组织与正常组织MALAT1表达水平无统计学差异(P=0.149),而直肠癌组织中MALAT1表达水平明显高于对应正常组织(P=1.04 E-5).在Kaplan-Meier Plotter数据平台中分析MALAT1高、低表达组总生存期分别为41.93mo和52.2 mo,差异无统计学意义(HR=0.64, 95%CI:0.29-1.39, P=0.25). String数据库中分析与MALAT1可能相互作用的蛋白,结果显示MALAT1与TP53, SUZ12,CDK4, KDMA,等具有相互作用关系.共表达分析显示MALAT1与EZH2, TP53, SRSF1等基因具有共表达关系,提示这些基因在功能上可能具有相似性.结论大肠癌组织中MALAT1基因表达表达水平明显上调,但MALAT1表达水平与患者预后并无相关性.MALAT1与TP53,SUZ12,CDK4,KDMA蛋白相互作用,上述相互作用蛋白包括多梳蛋白家族,周期蛋白依赖性蛋白激酶等,与肿瘤的基因表达、转录调控及细胞分裂有关.     

HDL的异质性及其功能的检测

HDL具有促使细胞外排胆固醇且将胆固醇逆转运至肝中代谢的功能．因而其抗动脉硬化作用已成为人们的共识。近期的研究对此认识提出疑问。其原因在于HDL具有异质性且HDL在体内经修饰而发生功能的改变。由此．检测HDL的多种亚组分及其多项功能已成为研究HDL与心血管病危险性关系的热点。现就此方面的进展作一综述。     

肌钙蛋白的生物学特性及心肌损伤标志物的检测指标

肌钙蛋白复合体有三种不同的亚单位，即肌钙蛋白c(cTnC)、肌钙蛋白T(cTnT)和肌钙蛋白I(cTnI)，肌钙蛋白在肌肉中的作用是控制其收缩。cTnC除心肌外，某些骨骼肌中也存在着由同一基因复制的蛋白，因此无特异性。cTnT和cTnI均有骨骼肌与心肌亚型，表达分别受不同基因调控，其抗心肌肌钙蛋白的单克隆抗体与其它组织来源的肌钙蛋白无交叉反应，可以用不同的单克隆抗体将来源于心肌和骨骼肌的肌钙蛋白区别开来，故cTnT和cTnI均可作为心肌损伤的特异诊断指标。肌红蛋白因其分子量小、组织中含量高、清除速度快而被公认为检测心肌损伤的早期标志物。检测肌酸激酶同工酶(CK-MB)质量的方法较之目前普遍使用的CK-MB酶活性测定更具敏感性和准确性。     

HDL的异质性及其功能的检测

HDL具有促使细胞外排胆固醇且将胆固醇逆转运至肝中代谢的功能．因而其抗动脉硬化作用已成为人们的共识。近期的研究对此认识提出疑问。其原因在于HDL具有异质性且HDL在体内经修饰而发生功能的改变。由此．检测HDL的多种亚组分及其多项功能已成为研究HDL与心血管病危险性关系的热点。现就此方面的进展作一综述。