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1.
目的筛选新的菊酯农药降解酶基因并了解其特性,为解决食品和环境中的菊酯农药残留问题创造条件。方法通过构建基因文库的方式筛选获得新的菊酯农药降解酶(EstP)基因,并对其进行一系列生物信息学分析。结果获得了新的菊酯农药降解酶(EstP)基因。EstP属于水解酶类,由638个氨基酸编码,预测分子量为73.4 kDa,pI值为8.34,与其他蛋白相似性极低,不属于任何已知的蛋白超家族,仅与羧肽酶Taq(M32)的保守域具有一定相似性,推测Lys137,Glu116,Glu148为其必需氨基酸。结论新的菊酯农药降解基因得到克隆,生物信息学分析为其定向进化提供了理论指导,为高效基因工程菌的构建打下了基础。  相似文献
2.
目的筛选肺癌相关标志物并建立诊断肺癌的蛋白质谱模型。方法应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测了86例肺癌、80例健康对照样本的血清蛋白质质谱,结合人工神经网络建立肺癌诊断模型。结果从肺癌组与健康对照组中筛选出了4个蛋白质荷比峰建立肺癌诊断模型,该诊断模型的特异性为 100%(95%的置信区间为93.9%~100.0%),敏感性为93.6%(87.6%~96.4%),准确率为96.7%(88.1%~98.3%)。结论成功建立了肺癌诊断模型,该模型在肺癌的诊断中具有较高的敏感性和特异性。  相似文献
3.
生物信息学在医学研究中的应用进展   总被引:5,自引:0,他引:5  
杨咏梅  曲迅  曹玉美 《医学综述》2007,13(22):1681-1683
随着高通量技术的出现及其在疾病基因组、蛋白组学研究中的应用,生物信息学在解读基因组、转录组及蛋白质组学分析产生的海量数据中发挥着越来越重要的作用。生物信息学在致病基因寻找、药物有效靶点筛选等医学研究各领域的发展日益深入。现就生物信息学在基础医学、临床医学及药物开发研究中的应用进展进行综述。  相似文献
4.
目的 采用生物信息学方法分析依硫磷酸治疗骨髓增生异常综合征(MDS)的机制,据此优化依硫磷酸联合方案治疗MDS.方法 (1)生物信息学方法:利用开放性的人类基因组表达数据库和互联网平台.①分析依硫磷酸调控人类基因组表达谱的变化和MDS人类基因组表达谱的特点;②筛选依硫磷酸可能作用的靶基因,据此预测联合用药的可行性;③采用人类基因组表达谱相似性分析的方法,预测可能具有治疗MDS作用的药物.(2)临床研究:以传统方法治疗无效的MDS患者(WHO分型)为对象,共18例患者(男17例,女1例),其中难治性贫血(RA)7例,难治性贫血伴环型铁粒幼细胞增多(RARS)2例,难治性血细胞减少症伴有多系发育异常(RCMD)9例,中位年龄79岁.采用依硫磷酸联合重组人红细胞生成素(rhEPO)方案治疗,具体用药为:依硫磷酸静滴0.4 g/d,每周5 d,连续4周,rhEPO皮下注射6000IU,每周3次.停药2周后评估疗效.结果 依硫磷酸对人类基因组2.6%的基因具有调控作用,其中主要是凋亡、细胞周期和分化有关的基因,包括促进EPO通路下游功能基因ELKI表达和抑制细胞周期D1表达的作用.依硫磷酸联合EPO方案治疗MDS,红系、粒系和血小板反应率分别为83.3%、66.7%和55.6%.结论 在筛选依硫磷酸调控的靶基因和优化骨髓增生异常综合征治疗方案方面,生物信息学方法具有方便、快捷、经济和有效的优点,可作为一种补充手段用于MDS发病机制和临床治疗的研究.  相似文献
5.
华支睾吸虫ATP合酶B亚基全长基因的生物信息学分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
目的从华支睾吸虫全长cDNA质粒文库中识别ATP合酶B亚基,利用生物信息学方法预测其结构和功能特征,用以指导实验研究。方法利用生物信息学网站的各种在线分析工具和Vector NT Isuite软件包,识别华支睾吸虫ATP合酶B亚基基因并预测编码蛋白质的各种结构与功能特征,并根据该基因构建种系分子进化树。结果Blastx分析该基因为全长基因,属于ATP合酶B亚基家族,其分子进化树与种系进化过程非常吻合。该基因全长1008bp,编码300个氨基酸,含有线粒体转运肽、两个跨膜区、一个核定位序列和多个磷酸化位点,具有较稳定的理化性质。结论ATP合酶B亚基是一个理想的真核种系进化的分子标志。华支睾吸虫ATP合酶B亚基具有线粒体和细胞核的双重定位序列,提示该蛋白可能在华支睾吸虫的能量代谢途径中发挥独特的调节作用。  相似文献
6.
动物线粒体DNA的特异结构及应用分子系统学分析的方法   总被引:2,自引:2,他引:4  
动物线粒体是一种存在真核生物细胞质中的细胞器,根据已经测序的动物线粒体DNA,它可编码13种蛋白质,2种rRNA,22种tRNA,和非编码区(D-Loop),已有报道发现了新的R-Loop结构,呈现母性遗传特点,且其平均进化速度是核基因组的10倍,尤其是D-Loop区.同时在线粒体DNA控制区中发现的重复序列在种间甚至种内存在着差异可作为动物特异的分子标记.根据线粒体的结构和遗传特点,借助生物信息学手段和丰富的数据库资源,对动物种间及种内群体进行分子系统学的研究,并确定分类地位,亲缘关系.  相似文献
7.
沙眼衣原体主要外膜蛋白生物信息学分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的:分析和预测E血清型沙眼衣原体(Ct)主要外膜蛋白(MOMP)的结构和功能。方法:采用计算机辅助生物软件和网络数据库,从SwissProt蛋白质数据库中检索MOMP氨基酸序列,用Expasy服务器分析预测MOMP蛋白理化性质、二级结构,同时用Pcons服务器分析模拟蛋白质空间结构。结果:分析显示,Ct MOMP蛋白为一跨膜16次的酸性蛋白质,其空间结构为β-桶状膜蛋白,推测其功能为孔蛋白。结论:通过对MOMP生物信息学分析获得该蛋白的特性,为进一步研究Ct的感染与发病机制、研制Ct亚单位疫苗以及研究MOMP新的功能域等提供理论依据。  相似文献
8.
目的 从噬菌体展示随机肽库中筛选与内毒素结合的多肽序列,并进行鉴定.方法 以内毒素脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)为靶分子对噬菌体展示随机十二肽库进行4轮亲和筛选,获得与LPS结合的噬菌体克隆,应用结合实验和克隆斑抑制实验进一步确证.挑选结合力强的克隆进行DNA测序,推导出呈现的多肽序列,应用生物信息学软件进行多肽序列分析和同源性分析.结果 经4轮亲和筛选从噬菌体展示随机十二肽库中筛选获得了86个克隆,挑选12个结合力强的克隆进行DNA序列测序及生物信息学分析,结合本项目组的噬菌体展示随机七肽库筛选结果推导出呈现的多肽序列为HWQWPHWSPPP(命名为P11肽).检索相关数据库发现此肽序列未被申请专利,体内约908种蛋白与其结构相匹配,其中包含有与LPS相互作用的位点.结论 通过对噬菌体展示随机肽库的淘选,获得与LPS结合的高亲和性多肽,为进一步以这些多肽为先导物进行定向进化研究提供了实验依据和结构基础.  相似文献
9.
脂多糖结合蛋白的B细胞抗原表位预测及其效应初步分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的 预测人脂多糖结合蛋白(LBP)的B细胞抗原表位.方法 采用生物信息软件和互联网服务器,预测LBP的二级结构和分析LBP表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性),再计算平均抗原指数(AI),预测LBP的B细胞抗原表位.结果 LBP存在多个潜在的抗原表位,247~260序列(FKGEIFHRNHRSPV)的AI(0.040 7)明显高于其他片段,370~379序列(LPSSSKEPVF)和303~325序列(ITDDMIPPDSNIRLTTKSFRPFV)的AI分别是0.033 6和0.029 5.247~260序列是LBP潜在的B细胞优势抗原表位.结论 应用多参数预测到LBP的B细胞抗原表位.  相似文献
10.
用数据库搜索法寻找东方田鼠微卫星引物   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的借助微卫星具有的多态性和引物通用性的特点,寻找东方田鼠的微卫星引物。方法用数据库搜索法及生物信息学分析原理,并用PCR法证实这些微卫星引物的存在。结果初步筛选出D2mgh10、D1mgh12、D2mit16具有东方田鼠微卫星序列特点。结论表明异种微卫星引物可在东方田鼠转移使用。  相似文献
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