Current status of MALDI-TOF mass spectrometry in clinical microbiology

Mass spectrometry (MS) is a type of analysis used to determine what molecules make up a sample, based on the mass spectrum that are created by the ions. Mass spectrometers are able to perform traditional target analyte identification and quantitation; however, they may also be used within a clinical setting for the rapid identification of bacteria. The causative agent in sepsis is changed over time, and clinical decisions affecting the management of infections are often based on the outcomes of bacterial identification. Therefore, it is essential that such identifications are performed quickly and interpreted correctly. Matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometer is one of the most popular MS instruments used in biology, due to its rapid and precise identification of genus and species of an extensive range of Gram-negative and -positive bacteria. Microorganism identification by Mass spectrometry is based on identifying a characteristic spectrum of each species and then matched with a large database within the instrument. The present review gives a contemporary perspective on the challenges and opportunities for bacterial identification as well as a written report of how technological innovation has advanced MS. Future clinical applications will also be addressed, particularly the use of MALDI-TOF MS in the field of microbiology for the identification and the analysis of antibiotic resistance.     

牙周洁治对人牙周炎袋底微生物和龈沟液量的影响

目的:探讨牙周洁治对人牙周炎袋底微生物和龈沟液量的影响,为研究牙周洁治机制提供依据。方法:选60例牙周炎患者,随机分为2组,每组30例,洁治组作牙周洁治,对照组用常规漱口液漱口,分别在治疗前、治疗后1周和治疗后1月用刚果红负性染色法观察袋底微生物的变化,并测定牙周探诊深度(PD)、龈指数(GI)和龈沟液量(GCF)的变化。结果:洁治组在洁治后1周时牙周袋底的球菌比率明显增加,杆菌和螺旋体比率及PD和GCF明显降低;对照组GI轻度降低,但PD和GCF以及袋底的球菌、杆菌、螺旋体比率无明显变化;洁治组和对照组的球菌、杆菌和螺旋体比率及PD、GI和GCF均有显著性差异。洁治后1月时PD、GI和GCF量及袋底的微生物比率与洁治1周时无显著性差异。结论:牙周洁治对人牙周炎袋底微生物有明显的改善作用,可通过减少袋底致病菌比率和降低PD以减轻牙周炎症和减少龈沟液的分泌。     

参苓白术散对伴焦虑腹泻型肠易激综合征模型小鼠的改善作用及机制

目的:研究参苓白术散对伴焦虑腹泻型肠易激综合征(IBS-D)模型小鼠的改善作用,并从肠道微生态角度初步阐明其作用机制。方法:将C57 BL/6小鼠随机分为空白对照组、模型组、参苓白术散组(3.6 g/kg),每组8只。除空白对照组外,模型组和参苓白术散组小鼠以皮下注射皮质酮联合灌胃番泻叶水煎液及慢性束缚建立伴焦虑IBS-D模型。造模成功后,空白对照组、模型组小鼠灌胃给予生理盐水,参苓白术散组灌胃给予相应药物,连续给药4周。末次给药后,检测各组小鼠的稀便率、腹泻指数、体质量、糖水偏好百分比、穿过旷场中心区域次数、最小疼痛阈值和海马组织中内源性脑神经营养因子(BDNF)及血清中5-羟色氨(5-HT)的水平;提取各组小鼠盲肠内容物进行微生物DNA提取并测序,采用Alpha、Beta多样性分析法分析肠道微生物丰度及多样性。结果:与空白对照组比较,模型组小鼠体质量、糖水偏好百分比、穿过旷场中心区域次数、最小疼痛阈值、海马组织中BDNF水平和肠道中厚壁菌门微生物的相对丰度及Lachnospiraceae_NK4A136_group属微生物的相对丰度均显著降低(P<0.05);稀便率、腹泻指数、血清中5-HT水平和疣微菌门微生物的相对丰度、艾克曼菌属微生物的相对丰度均显著升高(P<0.05);肠道微生物种类差异较大。与模型组比较,参苓白术散组小鼠体质量、糖水偏好百分比、穿中心区域次数、最小疼痛阈值、海马组织中BDNF水平和肠道中厚壁菌门微生物的相对丰度、Lachnospiraceae_NK4A136_group属微生物的相对丰度均显著升高(P<0.05或P<0.01);稀便率、腹泻指数、血清中5-HT水平、疣微菌门微生物的相对丰度、艾克曼菌属微生物的相对丰度均显著降低(P<0.05);肠道微生物种类差异较大。结论:参苓白术散可改善伴焦虑IBS-D模型小鼠的腹泻和焦虑行为,升高其海马组织中BDNF水平,降低血清中5-HT水平;其作用机制可能与降低肠道微生物疣微菌门、艾克曼菌属微生物的相对丰度,升高厚壁菌门、Lachnospiraceae_NK4A136_group属微生物的相对丰度有关。     

呼吸监护病区患者下呼吸道分离革兰阴性杆菌连续5年耐药性监测

目的探讨本所呼吸监护病区(RICU)患者下呼吸道分离革兰阴性杆菌的耐药变迁,指导临床合理使用抗菌药。方法2000-2004年从RICU患者下呼吸道分离的非重复的1047株革兰阴性杆菌采用Kirby-Bauer法进行药敏试验,数据分析采用WHONET5.3软件。结果最常见的病原菌为铜绿假单胞菌(42.9%)、嗜麦芽窄食单胞菌(17.1%)、鲍曼不动杆菌(10.0%)和肺炎克雷伯菌(6.5%)。敏感率较高的抗菌药是头孢他啶(50%～74%)、阿米卡星(33.3%～81.0%)、哌拉西林-三唑巴坦(30.4%～64.6%)、头孢哌酮-舒巴坦(33.5%-47.5%),亚胺培南的敏感率波动性较大。对嗜麦芽窄食单胞菌敏感性较高的药物是头孢哌酮-舒巴坦(47.2%～78.6%)和替卡西林-克拉维酸(28.3%～86.6%)。鲍曼不动杆菌对亚胺培南的敏感率始终保持在90%以上,头孢哌酮-舒巴坦的敏感率(18.2%～68.2%)与阿米卡星(31.8%～76.2%)相近。肺炎克雷伯菌对亚胺培南和头孢吡肟的敏感率最高,分别为92.9%～100%和55.6%～80.0%,哌拉西林-三唑巴坦的敏感率由58.3%降至21.7%。肺炎克雷伯菌产ESBLs株检出率由2002年的11.1%上升至2004年的47.8%。结论5年来本研究监测的细菌耐药率明显升高,加强耐药性监测,合理使用抗菌药物非常重要。     

2010-2012年天津市西青区生活饮用水微生物检测结果

目的了解西青区主要生活饮用水微生物污染状况,为提高饮用水卫生质量提供参考。方法按相关标准和检验方法对西青区2010-2012年末梢水、二次供水、桶装水3类生活饮用水进行检验和评价。结果2010-2012年共检测生活饮用水681份,合格630份,合格率92．5％;其中447份末梢水合格率97．3％,145份二次供水合格率84．1％,89份桶装水合格率82．0％。3类生活饮用水合格率间的差异有统计学意义（X^2=43．70,P〈0．01）,二次供水委托送检样品合格率高于日常监测采样,合格率间的差异有统计学意义（X^2=5．29,P〈0．05）。菌落总数占不合格数的94．1％。结论菌落总数是主要不合格指标,相关部门应加强监督监测力度,提高各类饮用水的质量,保证人民群众的饮水安全。     

2012年北京市丰台区公共场所集中空调通风系统卫生状况调查

目的调查分析2012年北京市丰台区公共场所集中空调通风系统卫生状况,探讨其影响因素并为卫生管理提供技术支持。方法依据《公共场所集中空调通风系统卫生规范》,检测集中空调送风中细菌总数、真菌、β-溶血性链球菌及PM10,风管内表面细菌总数、真菌总数、积尘量,冷却（凝）水中嗜肺军团菌。结果丰台区集中空调通风系统送风中细菌总数、真菌总数、β-溶血性链球菌、PM10合格率分别为61.42%、88.89%、100.00%、90.91%,风管内表面积尘量、细菌总数、真菌总数合格率分别为100.00%、100.00%、99.20%,冷却（凝）水中嗜肺军团菌合格率为98.20%,血清分型以LP1型为主。集中空调送风中细菌总数存在着明显的季节性差异（χ^2=12.338,P〈0.01）,而送风中真菌、PM10未见明显的季节性差异（χ^2=3.155,P〉0.05;χ^2=6.976,P〉0.05）。不同类型集中空调送风中细菌总数、真菌未见明显差异（χ^2=5.782,P〉0.05;χ^2=2.653,P〉0.05）。结论细菌总数、真菌总数、PM10是丰台区集中空调送风卫生质量的主要影响因素,应加强集中空调管理,定期清洗消毒,并主动开展卫生委托监测。     

微生物转化在现代中药研发中的应用

Microbial transformation refers to using one or more microbial enzymes to convert a compound into another structure-related compound which has economic value under certain conditions. In recent years, microbial transformation technology has been more and more applied to the research of traditional Chinese medicine. The purpose includes improving the efficacy, reducing toxicity, removing impurities, helping the active ingredients to be metabolized in the body, and producing new active ingredients. In addition, microbial transformation has many advantages, such as a wide variety of reaction types, strong specificity, few by-products, mild and controllable reaction conditions, environmental protection and less pollution and thus it has unique advantages in the transformation of traditional Chinese medicine. This article summarizes the application and prospect of microbial transformation technology in the research of traditional Chinese medicine in recent     

某区市售灵芝产品卫生状况分析

[目的]了解某区市售灵芝产品的卫生状况,找出存在问题,探索灵芝产品的卫生监管模式,为制定对策提供依据。[方法]对43份灵芝产品的预包装标签、微生物质量指标和重金属铅、砷、汞含量进行分析及卫生学评价。[结果]灵芝产品预包装标签合格率为18.60%。不合格主要原因是存在夸大或虚假宣传内容,其次为产品标准号缺失。79.07%的灵芝产品微生物质量指标和铅、砷、汞含量在《保健(功能)食品通用标准》(GB16740-1997)规定的范围之内。[结论]主管部门应制定相应标准,加强对灵芝产品标签等方面的管理,以确保消费者身体健康。     

国境口岸食源性微生物检测基因芯片探针设计新方法的研究

SNP位点选择是国境口岸食源性微生物基因芯片检测探针设计的关键环节,目前主要依靠手工完成,严重影响着检测速度和检测质量,为此提出了一种基于遗传算法的SNP位点的自动选择方法。该方法运用粗糙集理论评估SNP位点组合的分类能力,综合与检测实验密切相关的设计指标,采用遗传算法进行优化搜索。实验结果表明,该方法具有很好的稳健性和较快的收敛速度,能够准确地寻找食源性微生物的SNP位点组合,为大规模的检测芯片探针自动设计提供了快速可靠的途径,缩短了国境口岸致病微生物的检测时限,提高了检测结果的准确性。