2001至2005年上海部分地区腹泻住院患儿诺若病毒分子临床流行病学研究

目的通过对上海地区腹泻住院患儿进行诺若病毒检测,对其流行株进行基因序列的测定,以了解诺若病毒在上海地区的流行特征,为该病原体所致腹泻的防治提供基础数据和理论依据。方法收集2001至2005年复旦大学附属儿科医院5岁以下腹泻住院患儿的粪便标本。首先进行轮状病毒的检测,在轮状病毒抗原阴性标本中,每隔8个标本按编号顺序行机械随机抽样,建立RT-PCR方法进行诺若病毒的检测。对PCR产物进行双向测序,测序结果通过Clustal W和Mega 4.1软件进行分析。结果研究期间共收集腹泻患儿粪便标本5534份,轮状病毒抗原阴性4084份,机械随机抽得484份用于诺若病毒检测,45/484份(9.3%)检测到诺若病毒。对诺若病毒感染季节分布和患儿年龄特点的分析表明,除4月和7月份未检测到诺若病毒外,其余各月份均检测到诺若病毒,其高发的月份是8至11月。5~6月也呈一个小高峰。77.8%(35/45)的患儿<2岁,其中6~11个月的患儿所占比例最高,达35.6%(16/45),<6个月的婴儿占20%(9/45)。GⅡ-4型是这5年间尤其是2003年之后的主要流行型别,2001至2002年尚存在其他的流行型别GⅡ-3和GⅡ-7...     

蛋白质组学在心血管研究中的应用

随着基因组数据库的不断完善和蛋白质组学技术的不断发展，已有越来越多的研究者将蛋白质组学运用到心血管疾病研究中，即运用2—DE、质谱等手段来观察心肌缺血、高血压、心肌肥大、心衰、心肌梗塞导致的心肌细胞蛋白质表达水平和翻译后修饰(PTM)的改变，对这些急慢性心血管疾病的分子机制给予独特的解释。与此同时，各种心血管疾病模型相关蛋白质组数据库也在建设之中，这将大大方便更多的蛋白质组研究。本文综述了近年来使用蛋白质组学在心血管研究中所取得的进展。     

广州检出星状病毒4型的全基因组序列测定及分析

目的 探讨广州地区儿童感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型.方法 参考GenBank上的星状病毒基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增星状病毒基因组,克隆于T载体上,序列测定,用Clustal W和DNAStar软件分析基因组序列.结果 星状病毒HASTVgz01全基因组为6721 bp,提交到GenBank上的序列号为DQ344027,其中5＇端非编码区（5＇UTR）长82bp,3＇端非编码区末端长81 bp,病毒基因组编码区全长6558个核苷酸,分别编码ORF1a、ORF1b、ORF2,ORF1a基因长2763 bp（83～2845 nt）,ORF1b基因长1557bp（2785～4332 nt）,其中ORF1a、ORF1b两基因有71个核苷酸的重叠区;ORF2全长2316 nt,位于基因组中4325～6640 nt.ASTVgz01与GenBank中8种基因型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列同源性比较发现,HASTVgz01与4型的同源性为93%,其他的同源性在61%～70%之间.结论 广州地区儿童腹泻感染的星状病毒HASTVgz01全基因组为6721bp,GenBank序列号为DQ344027,HASTVgz01与4型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列比较同源性为最高,确认HASTVgz01是4型星状病毒.     

霍乱弧菌的一种新的不含毒素基因CTXΦ基因组的复制功能研究

引起霍乱流行的霍乱弧菌菌株在遗传方面的一个重要特点是都带有霍乱毒素（CT）的基因ctxAB.对O139群菌株的分析中，发现一种新的不含ctxAB的CTXΦ基因组，其中的rstR基因和ig-2区与已发现的CTXΦ基因组的相应序列无明显同源性，     

PUREGENE DNA 提取试剂盒快速克提取全血DNA

目的对于人类基因组的研究,寻求快速、经济地从外周血中提取高产量、高纯度的DNA的试剂盒及切实有效的实验方案.方法应用PUREGENE DNA提取试剂盒(Gentra Systems,Minneapolis,MN,USA)快速提取全血DNA的3种推荐实验方案.结果与结论通过应用3种推荐实验方案,对600人份全血DNA的提取,讨论并总结了所推荐的3ml实验方案减半为最佳高效、快速、经济方案.     

汉滩病毒重组腺病毒疫苗与DNA疫苗的联合免疫效果分析

汉坦病毒基因组由L、M、S3个负链RNA片段组成，M片段编码囊膜糖蛋白G1和G2，G1和G2在病毒的吸附、病毒膜与细胞膜的融合、中和抗体的产生等方面起着重要作用。以腺病毒为载体的活载体疫苗安全性好，能有效感染呼吸道和肠道等组织细胞，不仅能激发黏膜免疫，还能诱导系统免疫和细胞免疫反应。我们分别以腺病毒和质粒pcDNA3．1为载体，构建了含有完整汉滩病毒基因M片段和单独表达G1的重组腺病毒和重组DNA疫苗。DNA疫苗能够引发体液和细胞介导的免疫应答，但接种后只能引发很弱的免疫应答。为了克服上述疫苗的缺     

基因组医学、染色体组和人类疾病基因（6）

系统生物学—系统医学生物学—基因组医学—X“Omic”SystemsBiology—SystemsMedicalBiology—GenomicMedicine—X“Omic”　　系统生物学 (SystemsBiology)是继基因组学、蛋白质组学后新兴的生物生命科学的交叉新学科 ,主要研究对象是各种生物体 ,主要目的是揭示生命及其活动的本质、规律 .系统生物学代表 2 1世纪生物学的未来 ,在医学应用上 ,系统生物学代表新一代医药开发和疾病防治的新方向 .系统医学生物学 (SystemsMedicalBiology)是系统生物学的一个重要分支和组成部分 ,主要系统研究人体的生命现象、本质、疾病的发生发展机…     

在光纤芯片上进行高速个体化全基因组测序

新近发展的在光纤芯片上做高通量测序的技术，可以将人类全基因组序列的测定时间由目前所用的10年时间缩短到100d。光纤芯片上的基因组测序结合了磁珠、乳液PCR和焦磷酸测序法等技术，利用光纤优良的表面性质和有效的加工工艺，将光纤制作成一种基因芯片。在芯片上用磁珠来耦联DNA、RNA等微量反应物。乳液PCR可以获得大量的不同的基因组DNA片段。乳液PCR和光纤芯片都是由于有了磁珠作为微量反应物的载体，从而可以将反应一再小型化。而这些技术的结合，工作效率是目前常规的测序方法的100多倍。成功实现了基因组测序反应小型化、高通量化的思想，大大降低了成本，减少了完成全基因组测序的时间。     

藏汉民族线粒体基因组全序列的比较研究

目的 以藏汉民族线粒体基因组全序列为基础,进行Haplogroup构建和系统发生分析,在全序列水平上比较核苷酸的变异,阐释可能的变异机制和蕴含的生物学意义.方法 采用Applied Biosystems 3730DNA自动测序仪分别对40名藏族和50名汉族的标本进行线粒体DNA序列测定,应用phredPhrap 16.0软件进行全序列拼接,并以rCRS(revised Cambridge Reference Sequence)为标准与测定序列进行比对分析;根据MTTO-MAP的标准,通过Network方法进行Haplogroup构建和系统发生的分析,并结合其它方法对产生的数据进行深入解读.结果 数据分析结果显示:在系统发生上,藏汉民族90个线粒体DNA序列归类到13个Haplogroups,除M9以外,其它各Haplogroup出现频率之间比较差异无统计学意义;通过两个民族的线粒体DNA全序列比对,发现21个分布频率有统计学意义的变异位点,其中的5个为新变异位点;另外,对D-Loop区的5个突变位点进行了单倍型构建,90个标本可分为2种Supertype,发现在藏汉民族之间Supertypel和Supertype 2的分布频率均有统计学意义.结论 藏汉民族在种族起源和系统发生上具有较近的母系遗传关系;在全序列有统计学意义的位点究竟是适应性或者中性选择,抑或是一种病理性突变尚需深入的探讨.     

成都市猪肉源沙门菌优势血清型及耐药性研究

目的 了解成都市2020年猪肉源沙门菌优势血清型分离株的耐药表型及耐药基因携带情况,为成都市食品安全市场监管提供数据支撑。方法 对2020年成都市202株猪肉源沙门菌分离株用微量肉汤稀释法对临床常用的15种抗生素进行药敏实验,并开展全基因组测序,对分离株进行血清型预测、耐药基因注释。结果 202株沙门菌共包含17种血清型,优势血清型为罗森31.68%（64/202）、伦敦18.81 %（38/202）、德尔比18.32 %（37/202）血清型,耐药率分别为96.88%、89.47%、97.30%;三种沙门菌均对四环素耐药率最高,分别为92.19%、89.47%、94.59%;三种沙门菌多重耐药严重、耐药谱复杂;三种沙门菌共检出7大类49种耐药基因,以氨基糖苷类携带率最高（98.44%、97.37%、94.59%）且种类最多（19种）,大环内酯类携带率最低（12.50%、39.47%、8.11%）且种类最少（3种）,其余抗生素耐药基因携带情况各有差异。结论 成都市猪肉源沙门菌优势血清型对常用抗生素耐药较为严重,耐药谱复杂,耐药基因携带率高。