病原宏基因组高通量测序性能确认方案

宏基因组学利用新一代高通量测序技术, 以特定环境下病原体基因组为研究对象, 在分析病原体多样性、种群结构、进化关系的基础上, 进一步探究病原体的群体功能活性、相互作用及其与环境之间的关系, 发掘潜在的生物学意义。目前, 绝大部分的宏基因组学研究都集中在临床价值评价, 宏基因组检测临床应用前分析性能确认的研究相对空白, 北京协和医院检验科研究团队结合多年病原宏基因组检测的经验和国内外相关研究成果, 就病原宏基因组项目医院本地化开展前的性能确认工作, 从临床预期用途、方法学建立、性能确认、标准操作作业书4个方面提出了具体的实施方案, 具体包含:标本类型和病原体范围、生物信息流程建立、生物信息分析参考盘制备和评估、湿实验流程的建立、背景核酸数据模型的建立、参考盘制备和全流程的性能确认等。     

头孢米诺和其他14种抗菌药物对产与不产超广谱β-内酰胺酶菌株抗菌活性比较

目的测定头孢米诺和其他14种抗菌药物对产与不产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)菌株的体外抗菌活性.方法采用琼脂稀释法测定头孢米诺和其他14种抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC),纸片确证法检测ESBLs.结果对110株产ESBL的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌,未发现亚胺培南耐药的菌株,除亚胺培南外,头孢米诺比其他的13种抗生素有较低的耐药性,其耐药率为7.3%,MIC50和MIC90值范围分别为0.5～1 mg/L和2～32 mg/L;对40株不产ESBLs的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌、头孢米诺、头孢美唑、头孢他啶、头孢噻肟、头孢曲松、头孢哌酮、头孢吡肟及亚胺培南,有相似的体外抗菌活性,其敏感率均为100%,MIC50和MIC90值范围分别为0.032～0.5 mg/L和0.064～4 mg/L.结论对产ESBL的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌,未发现亚胺培南耐药的菌株,头孢米诺比其他β-内酰胺类,庆大霉素和氟喹诺酮类有较高的体外抗菌活性;对不产ESBLs的菌株,头孢米诺、头孢美唑、头孢他啶、头孢噻肟、头孢曲松、头孢吡肟及亚胺培南有相同的抗菌活性,没有耐药的菌株发现.     

临床酵母样真菌实验室检查

酵母样真菌是一类以单细胞形式存在的真菌,临床上重要的酵母样真菌多属于子囊菌门和担子菌门。精准的实验室诊断是实现精准临床诊疗的前提和基础。该文介绍了酵母样真菌的实验室检查方法及临床应用,包括基于培养的检查方法,如菌落形态、镜下形态、显色培养基、芽管形成试验、生化反应、DNA测序和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)菌落鉴定;以及非培养检查方法,包括标本直接镜检、组织病理、抗原检测、核酸检测和MALDI-TOF MS对临床标本的直接检测等,并分析各方法性能特点。     

临床重要耐药菌感染传播防控策略专家共识

耐药菌的传播严重威胁人类健康,目前耐药问题日益加剧,给医疗卫生造成极大负担.加强耐药菌感染的预防、控制和诊疗能力建设是医疗机构防控耐药菌感染传播的重要内容.本共识分析当前临床重要耐药菌的流行病学、耐药机制及实验室检测现状,并提出耐药菌感染传播防控的专家推荐意见,旨在提高防控意识,规范临床重要耐药菌感染传播防控策略,明确...     

3 236株细菌对头孢美唑和其他10种β-内酰胺药敏感性分析

３２３６株细菌对头孢美唑和其他１０种β－内酰胺药敏感性分析徐英春谢秀丽陈民钧头孢美唑（ｃｅｆｍｅｔａｚｏｌｅ）系半合成头霉菌素类，其抗菌谱广，对多种革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌及厌氧菌如脆弱拟杆菌具有很好的活性［１～３］，我们采用纸片扩散法测定头孢美唑...     

2007年和2009年医院内获得性血流感染病原菌分布及其耐药性分析

目的监测2007年和2009年我国不同地区13家教学医院内获得性血流感染中主要病原菌的分布并对其耐药性进行分析。方法收集医院内获得性血流感染的病原菌,并对其进行药物敏感性检测,采用WHONET5.6软件对数据进行分析。结果本研究共收集到2015株医院内获得性血流感染病原菌,其中革兰阴性杆菌1332株(占66.1%),革兰阳性球菌683株(占33.9%)。分离率排名前五位的病原菌分别为:大肠埃希菌(27.9%),肺炎克雷伯菌(11.3%),金黄色葡萄球菌(10.9%),铜绿假单胞菌(7.0%),鲍曼不动杆菌(6.0%)。对血流感染中常见革兰阴性杆菌体外药物敏感率较高的抗菌药物依次为:替加环素(98.2%,不包括铜绿假单胞菌),多黏菌素(98.1%,非发酵菌),头孢他啶/克拉维酸(90.4%);对常见革兰阳性球菌体外药物敏感率较高的抗菌药物有:替加环素和利奈唑胺(敏感率均为100%),万古霉素和替考拉宁(敏感率均为99.4%)。2007年度和2009年度数据显示:苯唑西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)的发生率分别为42.3%和42.2%,产超广谱β-内酰胺酶肠杆菌科细菌(ESBLs)的发生率分别为54.7%和53.4%,多重耐药铜绿假单胞菌(MDRP)的发生率分别为11.9%和15.9%,多重耐药鲍曼不动杆菌(MDRA)的发生率分别为49.0%和64.8%,屎肠球菌和粪肠球菌对高水平庆大霉素耐药(HLGR)的发生率分别为62.6%和66.7%,对碳青霉烯类不敏感的发生率分别为2.1%和4.6%。高水平庆大霉素耐药(HLGR)肠球菌的发生率分别为62.6%和66.7%,碳青霉烯类不敏感肠杆菌的发生率分别为2.1%和4.6%。结论医院获得性血流感染病原菌主要为革兰阴性杆菌(以大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌为主),替加环素和碳青霉烯类药物对其敏感率较高;革兰阳性球菌中分离率最高的为金黄色葡萄球菌、其次为屎肠球菌,替加环素、利奈唑胺、万古霉素和替考拉宁对其敏感率较高。多重耐药菌中MDRA、HLGR、MDRP以及碳青霉烯类不敏感肠杆菌科细菌的发生率分别升高了:15.8%、4.1%、4.0%和2.5%,应引起临床的关注。     

实时荧光定量PCR在HLA-B~*5801等位基因检测中的性能评价

目的:评价采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)方法检测人类白细胞抗原B位点5801(HLA-B*5801)等位基因的重复性、准确性和最低检出限。方法:选取HLA-B*5801阳性和阴性样本各2例,每一样本每批内测定5次,连续测定2 d,共重复测定10次,评价方法的重复性。收集20例已知阳性和阴性样本,实时荧光定量PCR方法进行检测,同时与金标准DNA测序法的结果进行比对,评价方法的准确性。同时进一步选取其中1例阳性DNA样本进行梯度稀释后再行检测,评价方法的最低检出限。结果:4例样本重复性检测阳性和阴性符合率为100%;实时荧光定量PCR法与DNA测序法检测结果符合率为100%,收集的20例已知阳性和阴性样本中HLA-B*5801阳性8例,阴性12例;实时荧光定量PCR的最低检出限为2.5 ng/μl DNA。结论:实时荧光定量PCR可方便、快捷地检测HLA-B*5801等位基因,其准确度高,重复性好,适用于临床常规样本的检测。     

中国14家教学医院2005-2008年临床分离肺炎链球菌耐药性分析

目的 监测2005-2008年我国不同地区14家教学医院临床分离肺炎链球菌的耐药性,为临床经验用药提供科学建议.方法 2005-2008年从14家教学医院收集非重复的1 317株临床分离肺炎链球菌,其中2005年271株、2006年391株、2007年363株、2008年292株.菌株主要为社区呼吸道感染病原菌,即以呼吸道感染收治的门诊和急诊患者或入院48 h内发生呼吸道感染的患者中分离的肺炎链球菌.菌株分离地区包括华北地区、东北地区、华南地区、华中及西北地区以及华东地区.患者按年龄分为成人组(≥18岁)、青少年组(6～17岁)和儿童组(≤5岁).菌株经中心实验室复核后,采用Etest法、琼脂稀释法或纸片扩散法测定8类17种抗菌药物的MIC或抑菌圈直径,数据输入WHONET5.5软件分析敏感率、中介率、耐药率、MIC50、MIC90.结果 肺炎链球菌对利奈唑胺(100%)和氟喹诺酮类药物(95.2%～99.7%)保持了高的敏感率.对于β内酰胺类药物,菌株对阿莫西林-克拉维酸敏感率为73.8%～92.1%,对青霉素、头孢曲松和头孢吡肟也有较高的敏感率,但逐年降低.3种二代头孢菌素的敏感率较低(2008年为36.3%～38.4%).对于红霉素、阿奇霉素、克林霉素、甲氧苄啶-磺胺甲 唑和四环素,菌株的敏感率均较低且逐年下降.PISP的比例在逐年增大,从2005年的4.4%上升至2008年的20.2%.华北地区的PNSP发生率较低(6.0%),而华中及西北地区和华东地区的PNSP发生率较高(30.1%和38.7%).成人组的PNSP发生率(15.7%)明显低于儿童组(33.0%),也低于青少年组(38.2%).结论 肺炎链球菌对利奈唑胺和氟喹诺酮类药物在2005-2008年间保持了较高的敏感性,而对青霉素类和头孢菌素类的敏感性逐年降低,临床需慎用对肺炎链球菌活性较低的药物,包括大环内酯类、克林霉素、甲氧苄啶-磺胺甲 唑和四环素.

Abstract：

Objective To investigate antimicrobial resistance among Streptococcus pneumoniae clinically isolated from 14 teaching hospitals located at different areas in China in 2005-2008 and to give logical guidance for clinical empirical therapy.Methods A total of 1 317 non-repetitive S.pneumoniae isolates in 14 teaching hospitals from 2005-2008 were collected and sent to the central lab for reidentification and susceptibility testing, including 271 isolates collected in 2005, 391 isolates collected in 2006, 363 isolates collected in 2007 and 292 isolates collected in 2008. Most of the isolates were from community-acquired respiratory tract infections, which were isolated from outpatient or emergency department patients with respiratory tract infections or those patients with respiratory tract infections within ≤48 hours hospitalization.The districts where the organisms were isolated include North China, Northeast China, South China, Central and Northwest China and East China.The patients included adults, teenagers and children.The minimum inhibitory concentrations (MICs) or inhibitory zone diameter of 17 antimicrobial agents were determined by Etest method, agar dilution method or disk diffusion method.WHONET5.5 software was used to analyze susceptibility rate, intermediate rate, resistance rate, MIC50 and MIC90.Results Linezolid (100%) and fluoroquinolones (95.2%-99.7%) showed excellent activities against S.pneumoniae.Among β-lactams, amoxicillin-clavulanic acid remained high activities (73.8%-92.1%),followed by penicillin, ceftriaxone and cefepime with year-over-year decrease in activities.The activities of three second-generation cephalosporins were low (36.3%-38.4% in 2008).The activities of erythromycin, azithromycin, clindamycin, trimethoprim/sulfamethoxazole and tetracycline against S.pneumoniae were poor and decreased year over year.The incidence of penicillin non-susceptible S.pneumoniae (PNSP) was increasing especially for PISP (from 4.4% in 2005 to 20.2% in 2008).The incidence of PNSP in North China was low (6.0%), while this value were high in central China and East China (30.1% and 38.7%, separately).The incidence of PNSP in adults (15.7%) was obviously lower than that in children(≤5 years:33.0%) and teenagers (6-17 years:38.2%).Conclusions linezolid and fluoroquinolones showed excellent in vitro activity against S.pneumoniae, followed by penicillin and cephalosporins with year-over-year decrease of activity. Clinicians should pay more attention when using those antimicrobial agents with poor activity against S.pneumoniae, which include macrolides, clindamycin, trimethoprim/sulfamethoxazole and tetracycline.     

2019年CHINET三级医院细菌耐药监测

目的监测国内主要地区医疗机构临床分离菌对抗菌药物的敏感性。方法对国内主要地区36所三级医院临床分离菌采用纸片扩散法或自动化仪器法按CHINET统一监测方案进行抗菌药物敏感性试验。按CLSI文件标准判断结果。结果收集2019年1-12月上述医院临床分离菌共249 758株,其中革兰阳性菌占29.0%,革兰阴性菌占71.0%。金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌和其他凝固酶阴性葡萄球菌(除假中间葡萄球菌和施氏葡萄球菌)中甲氧西林耐药株的检出率分别为31.4%、82.4%和78.3%。甲氧西林耐药株(MRSA、MRSE和MRCNS)对绝大多数抗菌药物的耐药率均显著高于甲氧西林敏感株(MSSA、MSSE和MSCNS)。MRSA中有92.6%的菌株对甲氧苄啶-磺胺甲噁唑敏感;MRSE中有89.0%的菌株对利福平敏感;未发现万古霉素耐药株。肠球菌属中粪肠球菌对多数测试抗菌药物的耐药率均显著低于屎肠球菌,两者中均有少数万古霉素耐药株。2019年儿童和成人中分离的肺炎链球菌中PSSP(95.2%和95.3%)所占比例较2018年有所上升,PISP和PRSP的检出率有所下降。除肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类的耐药率为27.6%外,肠杆菌科细菌对碳青霉烯类抗生素仍高度敏感,多数菌属的耐药率低于10%。2005-2019年15年的监测数据显示肺炎克雷伯菌对亚胺培南和美罗培南的耐药率呈持续上升趋势(3.0%和2.9%对25.3%和26.8%)。此外,不动杆菌属对亚胺培南和美罗培南的耐药率分别为73.6%和75.1%;铜绿假单胞菌对上述两药的耐药率分别为27.5%和23.5%。结论临床分离菌对常用抗菌药物的耐药率仍呈增长趋势,尤其是碳青霉烯类耐药革兰阴性杆菌。为应对严峻的全国细菌耐药形势,需各相关部门协作以遏制细菌耐药。     

2015—2021年CHINET链球菌属细菌耐药性监测

目的 了解2015—2021年国内主要地区医疗机构临床分离链球菌属细菌对抗菌药物的耐药性。方法 对国内主要地区51所医院临床分离的链球菌属采用纸片扩散法（K-B法）或E试验方法或自动化商业药敏测试系统,按CHINET统一监测方案进行抗菌药物敏感性试验,并按2022年CLSI折点标准统计分析总结。结果 2015—2021年共收集到89 684株链球菌属细菌,包括肺炎链球菌35 254株（39.3%）,β溶血链球菌42 563株（47.6%）,草绿色链球菌11 767株（13.1%）。42563株β溶血链球菌中A群、B群以及未能鉴定分型的链球菌分别为39.8%、52.8%、7.4%。非脑脊液样本儿童患者分离的25 552株肺炎链球菌中青霉类敏感、中介、耐药（PSSP、PISP、PRSP）菌株的检出率分别为86.2%～97.7%、1.7%～6.5%和0.6%～7.3%,在成人患者7 997株中的检出率分别为92.0%～95.1%、3.8%～5.3%和1.4%～2.7%。脑脊液分离肺炎链球菌PRSP占比81.2%。无论是脑脊液或非脑脊液分离儿童和成人的肺炎链球菌对红霉素和克林霉素高度耐药,耐药...