食管癌坏死性凋亡关键基因的筛选与验证

目的运用生物信息学分析以及验证坏死性凋亡基因在食管癌中的潜在作用机制。方法利用生物信息学技术对数据集GSE38129行差异表达分析并与坏死性凋亡基因组交叉获取坏死性凋亡的差异基因(NRDEGs)。采用基因集富集分析评价食管癌的基因富集信号通路。利用STRING数据库和Cytoscape软件可视化蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络, 鉴定NRDEGs中的Hub基因。利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对NRDEGs进行了富集分析。利用Network Analyst数据库预测坏死性凋亡相关转录因子-靶基因调控网络, CIBERSORT算法分析免疫浸润模式, 探讨免疫细胞类型与Hub基因表达的相关性。为了确定组间相关性, 进行了Spearman秩检验。结果共筛选出29个NRDEGs。NRDEGs主要参与坏死性凋亡、甲型流感、NOD-样受体信号通路。预测了113个NRDEGs相关转录因子, 并且发现食管癌中CD4+T细胞和树突状细胞活化明显失衡(Hub基因与CD4+T细胞和树突状细胞呈正相关)。结论 NRDEGs(29个基因)与食管癌的发生发展相关, 其可能通过介导肿...     

锌指蛋白作为关键蛋白在白血病患者的间充质干细胞中的表达改变

探究白血病患者中间充质干细胞(MSC)关键基因并分析其与白血病之间的关联,在数据库(GEO)搜索关键词“间充质干细胞、白血病”得到数据,R语言软件对GSE101425阵列数据处理得到MSC的基因表达情况。通过limma包筛选出组间差异基因(包括对照组和诊断组之间差异基因、诊断组和复发组之间的差异基因),随后两组间差异基因通过String在线数据库分析得到蛋白质互作网络(PPI)。在此基础上通过PPI对已有的差异基因进行扩充,将扩充后的差异基因上传至DAVID在线数据库进行在线生物学分析(包括生物学过程、细胞成分、分子功能、KEGG)。在随后的分析中,取两组之间的差异基因的集合,并定义其为关键差异基因,利用UniGene搜索库对锌指蛋白进行细胞亚结构的定位。在最后的动物实验中,通过细胞学染色和蛋白质印迹技术(WB)对关键差异基因进行验证。最后将锌指蛋白上传至String数据库并分析相关蛋白在白血病发生过程中的改变。GSE101425数据集包括4组,对照组比较诊断组间共有差异基因35个,其中表达升高17个,表达降低18个;诊断组比较复发组共有差异基因15个,其中表达升高有9个,表达降低有6...     

基于RNA-seq分析顺铂下调DRG神经元轴突导向相关基因的表达

目的采用转录组测序技术分析顺铂对小鼠背根神经节(DRG)神经元轴突导向相关基因表达的影响,以进一步探讨顺铂的神经毒性机制。方法培养原代昆明小鼠DRG神经元,分为对照组和损伤组;对照组神经元直接培养24 h,损伤组神经元先培养4 h,后加入20μmol/L顺铂处理20 h; NF-200免疫荧光染色观察神经突起长度及生长锥结构;提取细胞总RNA,用RNA-seq技术分析样品,通过文献及数据库查找轴突导向直接或间接相关基因(共231个),分析两组基因表达差异;qPCR验证Cxcl12、Ext1、Gdnf、Plxna4、Nrp2、Apbb2、Sema6a,Nrp1、Nrcam、Slit1、Ank3、Ncam1、Sema7a、Dag1、Klf7、Ntn1基因表达情况。结果与对照组相比,损伤组神经突起数量少、长度短,生长锥出现倒钩状回缩;损伤组基因表达下调数量众多,其中轴突导向相关基因下调49个;各蛋白质相互作用密切,主要集中在Ntn1、Nrp1、Nrp2、Sema6a、plxna2、plxna4、Slit2、Robo1等基因之间;qPCR验证Cxcl12、Ext1、Gdnf、Plxna4、Nrp2、Apbb2、Sema6a、Nrp1、Nrcam、Slit1、Ank3、Ncam1、Sema7a、Dag1、Klf7、Ntn1基因表达下调,与转录组测序结果一致。结论顺铂神经毒性可能与众多轴突导向相关基因表达下调有关。     

不停跳冠脉搭桥术后差异基因的生信分析

目的 通过生信分析探讨不停跳冠脉搭桥(OPCAB)术后基因变化,并筛选关键(Hub)基因。方法 通过纳入数据集GSE12485(心肌)和GSE4386(心房),使用R包对OPCAB术前术后心脏组织进行差异分析,筛选差异基因(DEGs)。两组DEGs交集得到共同DEGs进一步分析,然后进行GO和KEGG功能富集分析。最后使用STRING进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,通过Cytoscape软件中cytoHubba的Degree算法筛选Hub基因。结果 共获得36个共同上调DEGs。GO和KEGG分析结果显示,OPCAB术后主要与炎症反应相关。PPI网络分析,并得到4个Hub基因。结论 炎症反应在OPCAB术后起重要作用,而4个Hub基因均具有重要的价值,将为后续研究提供依据。     

5种单核苷酸多态性与厦门地区汉族人群类风湿关节炎易感性的关系

目的 探讨5种单核苷酸多态性(SNP)与汉族人群类风湿关节炎(RA)易感性的关系.方法 收集91例RA患者和100例健康人血液标本,利用基因测序法检测rs2230926、rs7574865、rs3761847、rs2228145和rs2234067等5种SNPs,同时用ELISA法检测RA患者的血清抗CCP.分为RA组和对照组进行病例对照研究.结果 (1)5种SNP在对照组和RA组中的分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05).rs3761847和rs2228145的不同等住基因频率与RA的易感性显著相关[OR(95％ CI)分别为1.61(1.07 ～2.41)、0.64(0.42 ～0.97),P＜0.05],rs7574865、rs2234067及rs2230926与RA的易感性未见显著相关(P＞0.05).(2) rs2228145与RA患者血清抗CCP反应性显著相关(P =0.014 9),其C等位基因频率在两组中的差异有统计学意义(P＜0.05);而rs2228145及rs3761847与RA患者血清RF反应性、rs3761847与RA患者血清抗CCP反应性均无显著相关(P＞0.05).结论 厦门地区汉族人rs3761847和rs2228145基因多态性可能与RA的易感性存在关联,而rs7574865、rs2234067及rs2230926则与RA的易感性可能无关.     

基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析

牡丹皮为我国传统常用中药,安徽省铜陵地区栽培的"凤丹"根皮加工而成的药材牡丹皮被誉为道地药材,药用活性成分丰富多样,但目前尚不清楚"凤丹"药用部位次生代谢过程中活性物质合成的遗传学基础。研究采用Illumina Hi Seq 4000高通量测序平台对五年生"凤丹"根皮转录组进行测序,对测序结果进行de novo拼接和功能注释,测序后获得72 997条unigene。进一步利用公共数据库进行同源比对,其中41 139条unigene被Nr数据库成功注释,34 952条unigene能被GO数据库成功注释,20 016条unigene被KEGG数据库成功舒注释,共涉及到5个大类、34个种类、352条代谢通路;在次生物质合成与代谢途径中,其中苯丙素类化合物、萜类化合物骨架合成、各种类型萜类化合物、生物碱类化合物以及黄酮类成分生物合成途径中的unigene分别有214,104,152,55,36个;不同产地样本间差异表达基因的富集性比较显示不同产地样本间存在明显差异;此外,在72 997条unigene中共检测到9 939个SSR序列,其中二核苷酸重复的SSR标记占20.75%。研究的结果不仅为挖掘"凤丹"次生代谢物生物合成关键基因提供了基础数据信息,也为药用牡丹的遗传多样性研究和分子标记开发奠定了分子基础。     

基于转录组学探讨糖止丸调控PI3K/Akt改善T2DM大鼠肝脏胰岛素抵抗的效应机制

目的：探讨糖止丸基于差异基因调控磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路改善2型糖尿病(T2DM)肝脏胰岛素抵抗(IR)的效应及可能的分子机制。方法：采用高脂(HFD)饲料喂养联合链脲佐菌素(STZ)腹腔注射方法制备T2DM大鼠模型。实验分为空白组、模型组、盐酸二甲双胍组(0.18 g·kg^-1)、糖止丸高(1.08 g·kg^-1)、中(0.54 g·kg^-1)、低(0.27 g·kg^-1)剂量组。收集大鼠血清、肝脏和胰腺组织，苏木素-伊红(HE)染色肝脏、胰腺病理组织观察；检测空腹血糖值(FBG)，进行口服葡萄糖耐量(OGTT)实验；酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测大鼠空腹血清胰岛素(FINS)、糖化血红蛋白(GHb)水平；计算胰岛素抵抗稳态模型指数(HOMA-IR)、β细胞功能稳态指数(HOMA-β)、胰岛素敏感指数(ISI)；生化法测定大鼠血清甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)含量。转录组学获得肝脏组织...