变性高效液相色谱基因扫描技术在人类疾病基因诊断中的应用

自 1 992年变性高效液相色谱 (denaturing highperformance liquid chromatography,DHPL C)基因扫描技术建立以来 ,因其在筛查基因突变或单核苷酸多态 (singlenucleotide polymorphism,SNP)位点方面具有准确、敏感、高通量、自动化的特点 ,巳经有 80 0余篇研究论文或应用实例发表 ,而其中的 70 0多篇是在最近 5年内问世 ,涉及 370多个基因 ,由此发现或确认了许多致病基因突变或疾病相关基因 SNP位点。 DHPL C是一种准确、敏感、经济、实用的遗传变异筛查技术 ,可用于单碱基替换、小片段缺失和插入等多种基因序列突变的检测。 DHPL …     

血管紧张素原基因的六种单核苷酸多态与原发性高血压的相关性

目的　研究血管紧张素原 (angiotensinogen,AGT)基因 6个位点的单核苷酸多态及其构成的单倍型与中国汉族人原发性高血压的相关性。方法　采用多重SNa Pshot反应 ,在 185例原发性高血压患者和185名健康对照者中 ,对 AGT基因启动子区域的 G- 2 17A、G- 15 2 A、A- 2 0 C、G- 6 A及第 2外显子的T174 M和 M2 35 T多态进行基因分型。结果　 6种单核苷酸多态的基因型分布及其等位基因频率在原发性高血压组和对照组中差异无显著性 (P>0 .0 5 )。单倍型分析提示由 - 15 2 A,- 2 0 C,- 6 A和 2 35 T等位基因构成的 H4单倍型在原发性高血压组中明显增加 ,与对照组相比差异有显著性 (P<0 .0 5 )。结论　AGT基因G- 15 2 A,A- 2 0 C,G- 6 A和 M2 35 T多态可能对中国汉族人原发性高血压的发病起了重要作用。     

胃癌细胞三磷酸腺苷酶、5′—核苷酸酶和胞嘧啶单核苷酸酶活性定位的电镜细胞化学研究

应用电镜酶细胞化学方法对12例胃癌细胞三磷酸腺苷酶(Mg~(2+)—ATPase,Ca~(2+)—ATPase),5~1—核苷酸酶(5NPase)及胞嘧啶单核苷酸酶(CMPase)进行了超微结构水平的定位观察。结果表明:胃管状腺癌细胞腔缘微绒毛丰富,Mg~(2+)—ATPase、Ca~(2+)—ATPase及5NPase定位于微绒毛表面,反应明显,提示其功能代谢具有极性分布特点。粘液腺癌细胞出、入胞现象活跃,Mg~(2+)—ATPase、Ca~(2+)—ATPase及CMPase反应明显,认为与其粘液的大量分泌,营养物质的摄取与加工以及逃避免疫细胞的杀伤机制有关。低分化腺癌上述酶大都无反应或反应微弱。作者认为胃癌细胞的酶活性及其分布与其分化程度及功能状况有关。     

Functional study of the different haplotypes cDNA in the coding region of CⅡTA gene

Objective To study the function of 4 different haplotypes cDNA which are constructed by two non-homonymy single nueleotide polymorphism (SNP) sites C19170G (Leu45Val) and C30799G (Ala500Gly) in the coding region of human CⅡTA gene. Methods HeLa cells were transfeeted with eu-karyotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA. C Ⅱ TA mRNA and HLA classⅡanti-gen (HLA-DR, DP, DQ) were respectively detected by RT-PCR and indirect cell immunofluoreseence tech-nique in the untransfected and transfeeted with four eukaryotic expression vectors and empty vectors HeLa cells. The quantity of HLA classⅡ antigen were analyzed by flow eytometry. Results No expression of CⅡTA mRNA and HLA class Ⅱ antigen were observed on original HeLa cells and empty vector transfected cells. CⅡTA mRNA expression was emerged, and the expression of HLA class Ⅱ antigen were observed in the HeLa cells transfected with eukaryotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA. And there were not significantly different with the levels of HLA class Ⅱ antigen expression among HeLa cells transfected with eukaryotic expression vectors containing four different haplotypes cDNA ( P > 0.05 ). Con-dusion The SNP of Chinese at the sites C19170G(Leu45Val) and C30799G(Ala500Gly) in the coding site of C Ⅱ TA gene did not influence capability of CⅡTA trans-aetivating HLA class Ⅱgene expression.     

杂合型单核苷酸多态性定量焦测序测定法用于唐氏综合征快速诊断的探索

目的 通过筛查人21号染色体上的杂合型单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,初步建立基于定量焦磷酸测序反应的唐氏综合征分子诊断方法.方法 基于改进引物设计的等位基因特异性扩增法,在21号染色体上选取7个SNP位点进行杂合子筛选,通过焦测序法检测SNP中两个等位基因型的比值,并作为诊断唐氏综合征的依据.结果 通过对84名正常中国人基因组样本进行筛查,得到6个杂合率较高的SNP位点.6个SNP位点的杂合子覆盖率为92.9%.应用这6个SNP位点对10例唐氏综合征患者的样本进行了焦测序定量检测,结果表明10例患者样本中有9例样本的两个基因型比值为2:1或1:2,1例未检出杂合子,检出率为90%.结论 初步建立了一种唐氏综合征辅助诊断方法,具有成本低、操作简单、快速和结果明了的优点,可以有效地快速诊断唐氏综合征,为今后进一步完善该方法,并将其用于临床诊断奠定了基础.     

PPARY2基因Pro12Ala和C1431T多态性及其单倍型与2型糖尿病和肥胖的相关性研究

目的 研究过氧化物体增殖活化受体γ2(peroxisome proliferator activated receptorγ2,PPARγ2)基因Pro12Ala和C1431T多态性及其单倍型与汉族人2型糖尿病、肥胖的关系.方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性的方法,对207例2型糖尿病患者和101名非糖尿病对照者进行PPARγ2基因Pro12Ala和C1431T多态性研究.结果 (1)在非糖尿病对照人群中Aal 12等位基因频率是0.064,T1431等位基因频率是0.252.单倍型分析显示Pro12Ala和C1431T两个位点连锁不平衡(D'=0.63,r2=0.074),组成了3种常见单倍型Pro-C、Pro-T和Ala-T.(2)Pro12Ala和C1431T多态性分布及其单倍型分布频率在2型糖尿病组与对照组组间差异均无统计学意义(P>0.05).(3)Pro12Ala变异与糖尿病患者的血压、血脂相关,地等位基因降低非肥胖糖尿病患者的舒张压(P<0.05),而对肥胖糖尿病患者的血脂水平无保护作用(P<0.05);C1431T多态性与糖尿病患者的超重和肥胖相关,超重和肥胖的糖尿病者T等位基因频率相对较高(P<0.05).结论 Pro12Ala和C1431T多态性可能在汉族人糖尿病发病中不是起主要作用;C1431T多态性与糖尿病患者的超重和肥胖相关.     

智力相关基因的遗传多态性研究

作为预测人们未来学业以及职业成就的重要指标之一,智力以其复杂性和复合性成为人们关注的焦点.虽然当前关于智力的定义仍未达成共识,但大多数研究者认同:智力不是一个单一的数量或概念,它包含着一组相对独立的认知能力.卡特尔在承认智力多元化的基础上,将智力划分为流体智力和晶体智力两大类.晶体智力是通过掌握社会文化经验而获得的智力,而流体智力相对不受社会文化经验影响,是在信息处理和问题解决过程中表现出来的能力[1].因流体智力决定着个人禀赋,且涉及了与基本心理过程有关的多种能力,如推理、记忆、观察力、空间能力、加工速度等,故目前国内外的智力测验主要围绕它展开,而智力测验的本质就是通过考察认知能力的外在表现来测量内在的智力因素.因此,认知活动是智力的外在表现,是流体智力测量的依据,且单个认知活动只反映智力的某一或某些维度.     

5′HOXD基因与单纯性马蹄内翻足的相关性分析

目的检测HOXD10、HOXD12、HOXD13基因内4个已知单核苷酸多态(single nucleotide poly-morphisms,SNP)rs2593778、rs847154、rs847151、rs13392701在单纯性马蹄内翻足核心家系中的分布情况,分析各个SNP位点及所构成单倍型与单纯性马蹄内翻足的相关性。方法应用限制性片段长度多态性技术结合测序,分析84个单纯性马蹄内翻足核心家系4个SNP位点基因型;应用ETDT软件统计分析各SNP位点基因型与单纯性马蹄内翻足的相关性;应用TRANSMIT软件构建单倍型并统计分析单倍型频率是否存在差异。结果位于HOXD12基因5′侧翼序列的SNP位点rs847154和位于HOXD13第1外显子的SNP位点rs13392701在单纯性马蹄内翻核心家系中存在传递不平衡(P<0.05);位于HOXD12基因第1外显子的SNP位点rs847151未检测到多态;位于HOXD10第1外显子的SNP位点rs2593778经ETDT分析无统计学意义。结论HOXD12基因5′侧翼序列的SNP位点rs847154和位于HOXD13第1外显子的SNP位点rs13392701与单纯性先天性马蹄内翻足有明显的相关性,提示HOXD12、HOXD13可能是单纯性马蹄内翻足重要的易感基因。     

人CD226基因SNP和启动子序列分析

目的 研究人CD226（PTA1）启动子及其5‘上游调控序列。方法 应用计算机软件预测启动子序列，并分析人CD226基因5‘上游调控序列以及通过RT－PCR的方法研究开放读框中的单核苷酸多态性。结果 CD226基因在－375bp处和－130bp处可能有两个启动子，含有AP－1，Ets-1,Spl,P300,PU.1,PEA3等转录因子结合序列，在编码胞浆区的序列中存在一个单核苷酸多态性位点。结论 CD226基因表达受到多种转录因子和5‘端上游调控序列的调控。     

抗纤维化细胞因子对TGF-β1基因启动转录活性的影响

转化生长因子β1(transforming growth factor-β1)是一类现已明确的致纤维化细胞因子,具有广泛的生物学效应,对细胞外基质(ECM)基因表达、降解、细胞增殖分化、凋亡及免疫功能都具有重要调节作用。前期我们研究发现,TGF-β1启动调控序列中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点-509C>T与肝纤维化进展及血浆中TGF-β1浓度有明显的相关性。本研究旨在探讨抗纤维化细胞因子(IL-10、HGF、IFN-γ)对含TGF-β1基因-509C>T启动调控序列活性的影响。我们以特定-509C>T基因型患者DNA为模板,用PCR方法扩增得到一对长度为2.14kb(-1328~+812)含有-509C>T变异的TGF-β1上游基因片段,并将其与不含启动子的pCAT3-enhancer报告基因载体重组,构建重组体phT-GF2.14C和phTGF2.14T。用脂质体转染法将两种重组体分别转染至正常人肝脏细胞中,分别用IL-10(4ng/ml)、HGF(10ng/ml)、IFN-γ(20ng/ml)干预转染后细胞。ELISA法测定转染细胞的报告基因CAT活性。结果表明:肝细胞转染重组体phTGF2.14C细胞的CAT活性明显高于转染重组体phTGF2.14T(t=12.5882,P=0.0002)。IFN-γ对TGF-β1基因启动子phTGF2.14C、phTGF2.14T均具有显著抑制作用。细胞因子IL-10和HGF对其调控作用不显著。TGF-β1基因-509C>T中C等位基因可明显增强TGF-β1基因上游启动调控序列的转录活性,IFN-γ作为一种抗纤维化细胞因子在基因转录水平对含有两种等位基因-509C>T的TGF-β1基因上游启动调控序列均具有抑制作用。而作为抗纤维化细胞因子的IL-10与HGF在2.14Kb(-1328~+812)区域内对TGF-β1基因上游启动调控序列的作用不显著。