基于生物信息学筛选炎症相关结直肠癌基因及其特征分析

目的通过对炎症性肠病差异基因的筛选以及结直肠癌队列生存特征和表达模式的探究,为炎症相关结直肠癌的发生与发展的后续研究提供候选基因。 方法从GEO数据库中选择RNA测序表达谱数据集GSE95473和GSE107597,通过常规转录组表达谱差异分析,筛选出炎症性肠病差异表达基因（DEG）,利用GO数据库获取DEG的功能注释,并利用KEGG数据库进行通路富集分析。同时基于TCGA数据库进一步在结直肠癌数据集中筛选具有预后意义的基因,并评价其在结直肠肿瘤中的表达特征。 结果两个数据集筛选到了共有DEGs 100个,通过主成分分析证实这些基因能够对结直肠癌肿瘤和黏膜区分良好。进一步筛选,获得ALDOB,SPINK4,REG4,IL1B,C2CD4A,CXCL8,NOS2,CXCL3等候选基因。这些基因在结直肠肿瘤中高表达,并且这些基因的高表达往往提示患者预后较好。 结论ALDOB,SPINK4,REG4,IL1B,C2CD4A,CXCL8,NOS2,CXCL3可能在炎症相关结直肠癌的发生发展中发挥重要作用,有待于后续炎癌转化相关功能验证和机制探究。     

The Moroccan Genetic Disease Database (MGDD): a database for DNA variations related to inherited disorders and disease susceptibility

National and ethnic mutation databases provide comprehensive information about genetic variations reported in a population or an ethnic group. In this paper, we present the Moroccan Genetic Disease Database (MGDD), a catalogue of genetic data related to diseases identified in the Moroccan population. We used the PubMed, Web of Science and Google Scholar databases to identify available articles published until April 2013. The Database is designed and implemented on a three-tier model using Mysql relational database and the PHP programming language. To date, the database contains 425 mutations and 208 polymorphisms found in 301 genes and 259 diseases. Most Mendelian diseases in the Moroccan population follow autosomal recessive mode of inheritance (74.17%) and affect endocrine, nutritional and metabolic physiology. The MGDD database provides reference information for researchers, clinicians and health professionals through a user-friendly Web interface. Its content should be useful to improve researches in human molecular genetics, disease diagnoses and design of association studies. MGDD can be publicly accessed at http://mgdd.pasteur.ma.     

Genetic Variations and Diseases in UniProtKB/Swiss‐Prot: The Ins and Outs of Expert Manual Curation

During the last few years, next‐generation sequencing (NGS) technologies have accelerated the detection of genetic variants resulting in the rapid discovery of new disease‐associated genes. However, the wealth of variation data made available by NGS alone is not sufficient to understand the mechanisms underlying disease pathogenesis and manifestation. Multidisciplinary approaches combining sequence and clinical data with prior biological knowledge are needed to unravel the role of genetic variants in human health and disease. In this context, it is crucial that these data are linked, organized, and made readily available through reliable online resources. The Swiss‐Prot section of the Universal Protein Knowledgebase (UniProtKB/Swiss‐Prot) provides the scientific community with a collection of information on protein functions, interactions, biological pathways, as well as human genetic diseases and variants, all manually reviewed by experts. In this article, we present an overview of the information content of UniProtKB/Swiss‐Prot to show how this knowledgebase can support researchers in the elucidation of the mechanisms leading from a molecular defect to a disease phenotype.     

基于CMap数据库分析骨质疏松症相关基因及潜在治疗药物

目的 基于CMap数据库筛选骨质疏松症（OP）相关基因及潜在治疗药物,为OP的治疗提供新思路。方法 检索GEO数据库中关于OP的相关芯片,采用R语言分析差异基因;检索疾病基因公共数据库,获得已知OP的相关致病基因,通过映射获得OP的致病关键靶点,构建作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）网络,利用DAVID数据库对关键基因进行GO分析和KEGG通路分析,采用关联性图谱（CMap）数据库筛选出负相关的小分子化合物。结果 检索GEO数据库筛选出GSE56116的芯片,利用R语言分析筛选出69个上调基因和106个下调基因;通过检索GAD、TTD、OMIM、DrugBank、PharmGKB和DisGeNET数据库,得到691个与OP发病相关的已知靶点,通过映射获得OP致病的14个关键基因;DAVID数据库富集分析结果显示,OP关键靶点主要与免疫反应、对过氧化氢的反应、抗原处理和呈递等生物学过程相关。借助CMap数据库结果显示,地高辛、橙皮苷等小分子化合物具有较高的负相关。结论 借助生物信息学和CMap数据库挖掘,地高辛和橙皮苷等小分子化合物可能为OP的候选治疗药物。同时,本研究方法为发现疾病的候选治疗药物开辟了新途径和思路。     

美国和日本医疗器械数据库系统构建思路探析

目的：探讨医疗器械监管先行国家的数据库系统建设思路,为我国医疗器械科学监管提供借鉴和参考。方法：分析美国和日本医疗器械数据库的功能、组织结构、数据信息相关联情况,进而探讨其数据库系统的构建思路,对比分析不同数据库的优缺点。结果与结论：两国数据库的构建基于其监管实践,注重数据库系统各层级的分工与互联。综合考虑我国的监管需求和信息化建设实际情况,建议从整体设计方面参考美国数据库分数据库独立建设,加强互联互通,实现数据库之间或数据库系统内部的有效联通。日本在构建数据库过程中,在语言和监管思路两方面兼顾国际接轨、注重监管要求的长期稳定性的思路和做法,也值得我国借鉴。     

基于Oncomine和TCGA数据库分析SLC2A1基因在肺腺癌中的表达意义

目的阐明SLC2A1基因在肺腺癌中的表达及临床意义。方法通过检索Oncomine和TCGA等生物信息数据库中有关SLC2A1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对SLC2A1在肺腺癌中的作用进行荟萃分析。结果 Oncomine数据库中共收集了448项不同类型SLC2A1的研究结果,关于在肿瘤与对照组织中SLC2A1表达有统计学差异的结果有47项,其中SLC2A1表达增高的有43项,表达降低的有4项。肺腺癌中高表达的研究有8项、低表达的有0项。共有8项研究数据集涉及SLC2A1在肺腺癌组织和正常组织中的表达,包括786例样本。在数据库中综合比较这8项研究成果,发现与对照组相比,SLC2A1在肺腺癌中的表达高于正常组织(P0.05)。另外,免疫组织化学显示SLC2A1在肺腺癌组织中表达较强或中等,而在正常组织中表达较弱或呈阴性。TCGA数据库中挖掘的结果也同样显示高表达SLC2A1的患者总体死亡率较高,低表达SLC2A1的患者预后较好(P0.05)。结论基于公共数据库中肿瘤相关的基因信息,提示SLC2A1的m RNA水平在肺腺癌组织中呈现高表达,并与肺腺癌预后相关,其有望成为肺腺癌药物治疗的重要治疗靶点。