糖尿病肛漏创面应用美洲大蠊提取液的lncRNA高通量测序及维恩图分析＊

目的 基于高通量测序及维恩图预测美洲大蠊提取液促进糖尿病肛漏创面愈合的顺、反式lncRNA及Pathway。方法 选取湖南中医药大学第二附属医院收治的糖尿病肛漏患者术后创面12例，利用高通量测序技术检测6例术后创面组（A组）和6例术后创面应用美洲大蠊提取液创面组（B组）中lncRNAs和mRNAs表达，进行GO分析和KEGG通路分析，构建lncRNA-mRNA的共表达网络图，并通过Cis-及Trans-预测与创面愈合相关lncRNA。结果 实验组差异表达的lncRNAs2242个（上调649个，下调1593个），mRNAs有13186个（上调5162个，下调8024个）。GO分析发现差异表达的lncRNA-cis主要富集在表皮细胞分化、上皮细胞分化、细胞代谢过程的调节等；差异表达的lncRNA-trans主要富集在细胞代谢过程、蛋白质结合、细胞内部分等。通过KEGG通路分析，筛选出与本研究相关的3条通路：IBD、MAPK signaling pathway、AMPK signaling pathway；lncRNA靶标基因预测中最终筛选出3个lncRNA（ENST00000443364、ENST00000576797、ENST00000620167），进行PCR验证，lncRNAENST00000443364、ENST00000576797与芯片结果一致。结论 美洲大蠊提取液可能通过lncRNAENST00000443364、ENST00000576797顺式及反式调控靶标基因，影响表皮细胞分化、上皮细胞分化、细胞代谢过程的调节等功能以及影响IBD、MAPK signaling pathway、AMPK signaling pathway促进糖尿病肛漏创面愈合。     

Effect of Diacerein on HOTAIR/IL-6/STAT3, Wnt/β-Catenin and TLR-4/NF-κB/TNF-α axes in colon carcinogenesis

Colorectal cancer (CRC) is a common malignancy with high mortality and poor prognosis. Diacerein (DIA) is an anti-inflammatory used for treatment of osteoarthritis. We delineated some underlying molecular mechanisms of DIA’s anti-carcinogenic effect in CRC using in vivo and in vitro models. Human Caco-2 cells were treated with DIA followed by MTT and Annexin V assays and CRC was experimentally induced using 1,2-dimethylhydrazine. DIA (50 mg/kg/day, orally) was administrated for 8 weeks. The MTT assay confirmed cytotoxic effect of DIA in vitro and Annexin V confirmed its apoptotic effect. DIA resulted in regression of tumour lesions with reduced colonic TLR4, NF-κB and TNF-α protein levels and down-regulated VEGF expression, confirming anti-angiogenic impact. DIA triggered caspase-3 expression and regulated Wnt/β-Catenin pathway, by apparently interrupting the IL-6/STAT3/ lncRNA HOTAIR axis. In conclusion, DIA disrupted IL-6/STAT3/ lncRNA HOTAIR axis which could offer an effective therapeutic strategy for the management of CRC.     

长链非编码RNA PSMA3-AS1在人胶质瘤细胞中的表达及作用研究

目的 探究胶质瘤组织中lncRNA PSMA3-AS1的表达情况,以及其对胶质瘤细胞(U251、LN229、T98G和A172)增殖和侵袭能力的影响。方法 使用qRT-PCR实验检测35对胶质母细胞瘤组织和癌旁组织中PSMA3-AS1表达;结合TCGA数据库分析PSMA3-AS1表达与胶质瘤恶性程度及患者预后的关系;采用U251和T98G胶质瘤细胞系进行细胞增殖能力和侵袭能力检测;使用Western blot实验检测侵袭相关蛋白MMP-2/9表达水平。结果 TCGA数据库分析提示PSMA3-AS1在胶质瘤组织中呈高表达状态,结合35对胶质瘤组织和细胞系中PSMA3-AS1的表达,提示PSMA3-AS1在胶质瘤中表达明显上调(P＜0.05)。同时发现PSMA3-AS1表达与肿瘤直径有关(P=0.007),而PSMA3-AS1高表达的胶质瘤患者生存期较短(P=0.042)。敲低PSMA3-AS1表达后,胶质瘤细胞内PSMA3-AS1的表达水平及细胞增殖、侵袭能力明显受到抑制,侵袭相关蛋白(MMP-2/9)表达水平明显降低(P＜0.05)。结论 PSMA3-AS1在胶质瘤中呈高表达状态,具有促癌作用,可能是潜在的胶质瘤治疗靶点。     

通过竞争性内源RNA调控网络筛查肝细胞癌预后相关分子

目的：通过构建肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs，ceRNA）调控网络，寻找与HCC发生发展及预后相关的分子。方法：从TCGA数据库下载HCC转录组数据，通过“Perl”语言处理转化得到mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱矩阵。通过“Edge R”包提取3种RNA的差异表达基因（differential expression genes，DGEs），其阈值为|log FC|>2.0 且P<0.01。通过数据库比对得到差异lncRNA-差异miRNA、差异miRNA-差异mRNA关系对，导入至Cytoscape 软件构建ceRNA调控网络图。整理3 种DGEs相关的生存数据，通过“Survival”包及Kaplan-Meier Plotter 分析软件进行生存分析，绘制DGEs的生存曲线，分析获取预后相关基因。结果：成功构建HCC的lncRNA相关ceRNA调控网络，通过该网络分析DGEs 间的相互作用和调控关系，获取3 条lncRNA-miRNA-mRNA 调控关系对，其中1 条调控通路（CCDC26-hsa-mir-141-EPHA2）符合ceRNA 理论。预后分析显示，14 个mRNA高表达组患者生存率低于低表达组，可作为HCC不良预后的生物标志物；1 个lncRNA（TSPEAR-AS1）和2 个mRNA（CPEB3 和PROK2）低表达组患者生存率低于高表达组（P<0.05 或P<0.01），可能是HCC的保护性基因。结论：通过HCC lncRNA 相关的ceRNA调控网络筛查到高表达的14 个mRNA可能为HCC不良预后相关分子，低表达的1 个lncRNA和2 个mRNA可能为HCC良好预后相关分子，研究结果为HCC治疗和预后测评提供了参考依据。     

Knockdown of long non-coding RNA HOTAIR inhibits malignant biological behaviors of human glioma cells via modulation of miR-326

Glioma is the most common and aggressive primary adult brain tumor. Long non-coding RNAs (lncRNAs) have important roles in a variety of biological properties of cancers. Here, we elucidated the function and the possible molecular mechanisms of lncRNA HOTAIR in human glioma U87 and U251 cell lines. Quantitative RT-PCR demonstrated that HOTAIR expression was up-regulated in glioma tissues and cell lines. Knockdown of HOTAIR exerted tumor-suppressive function in glioma cells. Further, HOTAIR was confirmed to be the target of miR-326 and miR-326 mediated the tumor-suppressive effects of HOTAIR knockdown on glioma cell lines. Moreover, over-expressed miR-326 reduced the FGF1 expression which played an oncogenic role in glioma by activating PI3K/AKT and MEK 1/2 pathways. In addition, the in vivo studies also supported the above findings. Taken together, knockdown of HOTAIR up-regulated miR-326 expression, and further inducing the decreased expression of FGF1, these results provided a comprehensive analysis of HOTAIR-miR-326-FGF1 axis in human glioma and provided a new potential therapeutic strategy for glioma treatment.     

右美托咪定通过lncRNA H19介导香烟提取物诱导的肺泡巨噬细胞效应研究

目的探索右美托咪定(Dexmedetomidine,DEX)通过长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)H19对香烟烟雾提取物(cigarette smoke extract,CSE)诱导的RAW264.7巨噬细胞活力、凋亡和自噬的影响。方法制备CSE及CSE干预巨噬细胞模型,运用体外细胞培养,DEX以不同浓度(2、4和8μmol/L)作用于CSE诱导的巨噬细胞,采用MTT法检测细胞存活率,流式细胞术检测模型细胞的凋亡率,采用蛋白质印迹法(Western blot)检测细胞中凋亡相关蛋白Bax和Bcl-2及自噬相关蛋白LC3Ⅱ和ATG7表达情况,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测H19表达水平;为了进一步验证DEX对CSE诱导的巨噬细胞增殖、凋亡和自噬影响,运用双酶切法构建pcDNA3.1-H19表达载体。结果一定剂量的DEX可明显拮抗CSE诱导的巨噬细胞活力下降作用(P<0.05),具有浓度依赖性;DEX抑制CSE诱导的巨噬细胞凋亡,且细胞中凋亡蛋白Bax明显下调(P<0.05),抗凋亡蛋白Bcl-2上调(P<0.05),自噬相关蛋白LC3Ⅱ和ATG7表达上调(P<0.05),H19表达下调(P<0.05);成功构建pcDNA3.1-H19表达载体,DEX作用于CSE诱导的巨噬细胞,细胞活力明显降低(P<0.05),且细胞中凋亡蛋白Bax上调(P<0.05),抗凋亡蛋白Bcl-2下调(P<0.05),自噬相关蛋白LC3Ⅱ和ATG7表达下调(P<0.05)。结论DEX抑制H19表达,增强CSE诱导的巨噬细胞活力,抑制细胞凋亡和自噬。     

Lnc-miRNA轴在子宫内膜癌中的研究进展

子宫内膜癌是一种女性常见的上皮性恶性肿瘤,临床上多表现为绝经后阴道出血,其中子宫内膜样腺癌是最常见的组织亚型。统计发现子宫内膜癌的发病率逐年升高,现已成为发达国家女性最常见的生殖道恶性肿瘤。研究报道,无转移患者5年总生存率为74%~91%。早期预防、诊断及有效治疗成为了减少手术创伤,提高术后生存质量,保留患者生育功能,延长生存时间的有效方法。目前越来越多的报道指出,一些lncRNA在子宫内膜癌组织和细胞中表达失衡,不仅推动了子宫内膜癌发生、发展机制的研究,也为临床上内膜癌的治疗提供了新的理论基础。但其调控miRNA的机制和对子宫内膜癌细胞恶性生物学行为的影响仍有待进一步研究。随着对lnc-miRNA轴研究的不断深入,lncRNA和miRNA将有望成为新的子宫内膜癌诊断和预后标志物。     

基于TCGA数据挖掘筛选肺鳞癌预后相关lncRNA分子标签

目的：通过对TCGA数据库的挖掘,筛选与肺鳞癌预后相关的lncRNA。方法：提取TCGA数据库中肺鳞癌患者临床数据以及肺鳞癌和癌旁组织中的lncRNA表达数据,采用LASSO Cox回归筛选肺鳞癌预后相关的lncRNA,并构建lncRNA分子标签。采用Cox模型研究该分子标签的表达水平对肺鳞癌患者预后的影响。结果：首先筛选出322个在癌和癌旁组织中差异表达的lncRNA。经LASSO Cox回归分析从中筛选出6个与肺鳞癌预后相关的lncRNA,分别为KTN1-AS1、FAM83A-AS1、AF131217.1、RP11-108M12.3、CTD-2555C10.3和AC068831.16。根据这6个lncRNA构建的分子标签表达水平中位数-0.09将肺鳞癌病人分为高表达组和低表达组,高表达组病人死亡风险是低表达组的2.14倍（HR=2.14,95%CI：1.50~3.04,P < 0.01）。预测模型的Harrell's C统计量为0.69（95%CI：0.64~0.75）。结论：通过对TCGA数据库的挖掘,发现KTN1-AS1、FAM83A-AS1、AF131217.1、RP11-108M12.3、CTD-2555C10.3和AC068831.16对肺鳞癌的预后有影响,且构建的lncRNA分子标签表达水平与肺鳞癌病人的预后有显著性关联。     

lncRNA FOXD2-AS1 通过调控miR-185-5p/CCND2 分子轴诱导胃癌细胞MGC-803 对阿帕替尼的耐药性

目的:探讨lncRNA FOXD2-AS1（FOXD2-AS1）通过调控miR-185-5p/CCND2 分子轴参与胃癌细胞对阿帕替尼耐药性的分子机制。方法：收集无锡市第五医院2016 年4 月至2017 年12 月间收治的资料完整的25 例胃癌患者癌组织和相应癌旁组织标本,采用qRT-PCR 检测FOXD2-AS1、miR-185-5p 和CCND2 在胃癌组织或细胞系中的表达水平;采用CCK-8、Transwell 和AnnexinV-FITC/PI 双染流式术检测胃癌细胞对阿帕替尼药物的敏感性;采用双荧光素酶报告基因验证FOXD2-AS1、miR-185-5p 和CCND2 的靶向关系,并通过Western blotting 和qRT-PCR 检测其调控关系。结果：FOXD2-AS1 在胃癌组织和阿帕替尼耐药细胞株中高表达;同时,过表达FOXD2-AS1 可促进胃癌MGC-803/AP细胞对阿帕替尼的耐药性。双荧光素酶报告基因证实FOXD2-AS1 靶向作用miR-185-5p 并下调其表达水平。miR-185-5p 通过抑制胃癌MGC-803/AP 细胞增殖、侵袭和促进凋亡进而下调FOXD2-AS1 对胃癌细胞阿帕替尼耐药性的促进作用。miR-185-5p 可靶向负调控CCND2 的表达,FOXD2-AS1 通过下调miR-185-5p 对CCND2 的抑制作用进而促进胃癌MGC-803/AP细胞增殖、侵袭和抑制凋亡,从而上调胃癌细胞对阿帕替尼的耐药性。结论：FOXD2-AS1 通过调控miR-185-5p/CCND2 分子轴诱导胃癌细胞对阿帕替尼的耐药性。