| 通过竞争性内源RNA调控网络筛查肝细胞癌预后相关分子 |
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| 引用本文： | 王拓,吴文娟,杜明丽,赵磊,李桂香.通过竞争性内源RNA调控网络筛查肝细胞癌预后相关分子[J].中国肿瘤生物治疗杂志,2020,27(6):678-684. |
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| 作者姓名： | 王拓 吴文娟 杜明丽 赵磊 李桂香 |
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| 作者单位： | 兰州大学第二医院肿瘤中心，甘肃兰州730030 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（No.81670594） |
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| 摘 要： | 目的:通过构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ce RNA调控网络,寻找与HCC发生发展及预后相关的分子。方法:从TCGA数据库下载HCC转录组数据,通过"Perl"语言处理转化得到mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱矩阵。通过"Edge R"包提取3种RNA的差异表达基因(differential expression genes,DGEs),其阈值为|log FC|>2.0且P<0.01。通过数据库比对得到差异lncRNA-差异miRNA、差异miRNA-差异m RNA关系对,导入至Cytoscape软件构建ceRNA调控网络图。整理3种DGEs相关的生存数据,通过"Survival"包及Kaplan-Meier Plotter分析软件进行生存分析,绘制DGEs的生存曲线,分析获取预后相关基因。结果:成功构建HCC的lncRNA相关ceRNA调控网络,通过该网络分析DGEs间的相互作用和调控关系,获取3条lncRNA-miRNA-mRNA调控关系对,其中1条调控通路(CCDC26-hsa-mir-141-EPHA2)符合ceRNA理论。预后分析显示,14个mRNA高表达组患者生存率低于低表达组,可作为HCC不良预后的生物标志物;1个lncRNA(TSPEAR-AS1)和2个mRNA(CPEB3和PROK2)低表达组患者生存率低于高表达组(P<0.05或P<0.01),可能是HCC的保护性基因。结论:通过HCC lncRNA相关的ceRNA调控网络筛查到高表达的14个mRNA可能为HCC不良预后相关分子,低表达的1个lncRNA和2个mRNA可能为HCC良好预后相关分子,研究结果为HCC治疗和预后测评提供了参考依据。
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| 关 键 词： | 肝细胞癌 TCGA 竞争性内源RNA lncRNA MIRNA MRNA 预后 |
| 收稿时间： | 2020/1/8 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/4/12 0:00:00 |
Screening prognosis-related molecules in hepatocellular carcinoma by competing endogenous RNAs regulatory network |
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| WANG Tuo,WU Wenjuan,DU Mingli,ZHAO Lei,LI Guixiang.Screening prognosis-related molecules in hepatocellular carcinoma by competing endogenous RNAs regulatory network[J].Chinese Journal of Cancer Biotherapy,2020,27(6):678-684. |
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| Authors: | WANG Tuo WU Wenjuan DU Mingli ZHAO Lei LI Guixiang |
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| Institution: | Department of Cancer Center, the Second Hospital of Lanzhou University, Lanzhou 730030, Gansu, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | hepatocellular carcinoma (HCC) TCGA competing endogenous RNA (ceRNA) lncRNA miRNA mRNA prognosis |
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