宏基因组学第二代测序技术对比传统实验室微生物培养在脓毒症病原学诊断中的优势

目的通过对宏基因组学第二代测序技术(mNGS)获得的病原体与实验室培养结果进行对比,了解mNGS在脓毒症病原学诊断中的优势及其临床指导意义。方法将入选的脓毒症患者的标本(肺泡灌洗液、痰液、血液、脑脊液、胸水、腹水、分泌物等)同时送检mNGS和实验室细菌培养,对结果进行对比分析,评价mNGS在脓毒症病原学诊断方面的临床价值。结果mNGS的阳性率为78.9%;细菌培养的阳性率为40.4%(P<0.05)。通过mNGS共检出致病病原体57种,其中细菌31种,真菌16种,病毒7种,非典型病原体3种;细菌培养共检出病原体24种,其中细菌18种,真菌6种。以培养结果为金标准,mNGS的敏感度为76.2%,特异度为29.8%,阳性预测值为42.3%,阴性预测值为64.8%。根据病原学结果的抗生素调整将患者分为三组:按mNGS调整为mNGS组、经验性调整为经验组、按培养结果调整为传统培养组。mNGS组ICU住院时间更短(P<0.05),培养组降钙素原下降更明显(P<0.05)。结论mNGS在感染性疾病病原体的诊断方面较传统微生物培养时间更短,阳性率更高,在少见病原体、罕见病原体诊断方面有显著优势,可缩短患者ICU住院时间。     

宏基因二代测序在医院传染性疾病防控中的价值：病例系列研究

目的：评价宏基因二代测序（mNGS）检测在医院传染性疾病防控中的价值。 方法：回顾性分析2018年1月1日至2019年12月31日符合入选标准的患者。比较其mNGS及培养结果。 结果：在入选的5例患者中,mNGS结果：分别检出炭疽芽孢杆菌1例,霍乱弧菌1例,结核分枝杆菌复合群1例,三日疟原虫1例,恶性疟原虫1例。5例患者均在临床培养阴性的情况下借助mNGS提早确诊传染性疾病并进行医院感染防控措施的调整,随访30日内,未出现院内传播的新发病例。 结论：mNGS在医院传染病的早期识别与诊断中有重要作用,对于医院感染防控早期干预起到良好的指导效果。     

宏基因二代测序协助诊断毛霉菌病一例并文献复习

目的:探讨宏基因二代测序(mNGS)协助诊断侵袭性真菌病的临床应用价值,为临床诊断和治疗毛霉菌病提供病原学依据。方法:通过mNGS技术检测1例患有不明原因肺部感染者的肺泡灌洗液以确定病原体,并根据mNGS检测报告调整其治疗方案。结果:患者间断胸痛、咳嗽5月余,胸部CT示双肺呈多发性阴影伴空洞形成,肺组织活检提示凝固性坏死,常规实验室及病原学检查均未见异常,行多种抗感染治疗方案均未见明显好转,后取肺泡灌洗液送检mNGS提示病原体为总状横梗霉菌,改用两性霉素B行抗感染治疗后,患者感染病灶缩小,症状明显缓解。结论:mNGS是鉴定罕见病原体的重要辅助诊断方法,对协助诊断肺部侵袭性真菌病具有重要意义。     

利用宏基因组高通量测序技术揭示血液病患者的感染谱

背景 感染是血液病患者常见的并发症和死亡原因,病原微生物的早期检测对于改善血液病患者的预后尤为重要。近年来出现的宏基因组高通量测序（mNGS）技术具有操作简单、所需样本量小、检测快、不易受污染、可检测出培养法不能检测的边缘微生物的优点。 目的 探讨mNGS技术检测所揭示的感染谱,以明确血液病患者的感染病因并指导治疗。 方法 标本来源于2018年8月至2020年12月广西医科大学第一附属医院血液科住院期间出现感染或疑似感染症状的53例血液病患者,对53例患者的58个样本（全血、脑脊液、胸腔积液、组织、腹腔引流液、关节液、痰液、右下肢穿刺液）进行mNGS技术检测。在进行mNGS技术检测的同时,52例患者（55个样本）采用培养法检测致病微生物、46例患者（50个样本）采用G/GM试验检测致病微生物、44例患者（48个样本）采用PCR检测致病微生物。 结果 mNGS所揭示的血液病患者的感染谱显示,革兰阳性菌中最常见为痤疮丙酸杆菌（42例次）、表皮葡萄球菌（33例次）、人葡萄球菌（32例次）,革兰阴性菌中最常见的为约翰逊不动杆菌（26例次）、越南伯克霍尔德菌（20例次）、乌汶克霍尔德菌（19例次）,真菌中最常见的为限制性马拉色菌（28例次）;病毒中最常见的为巨细胞病毒、EB病毒、细环病毒（分别为26、14、19例次）。1例重型地中海贫血造血干细胞移植后患者血液及脑脊液均检出刚地弓形虫。与培养法、G/GM试验、PCR相比,mNGS技术具有较高的阳性率（P<0.05）。本研究中根据mNGS技术检测结果调整用药的患者有6例,其中4例经治疗好转,2例治疗效果欠佳。 结论 本研究利用mNGS技术揭示了血液病患者感染的病原体谱,证实mNGS技术可有效帮助确定血液病患者感染病因和指导治疗,但其可能出现假阳性和假阴性,结合其他检测方法可降低错误诊断的机会。     

宏基因组二代测序在间质性肺病伴感染患者中的应用

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在间质性肺病(ILD)伴肺部感染患者中的初步应用。方法:本研究为病例对照研究。采用单纯随机抽样法,选取2018年1月至2019年8月南京大学医学院附属鼓楼医院呼吸与危重症医学科住院、诊断为ILD伴感染患者61例为研究对象。按照是否进行mNGS检测,分为mNGS组( n＝...     

呼吸道感染性疾病病原学诊断的挑战与解决策略

呼吸道感染性疾病是全球成人和儿童发病和死亡的重要原因,其病原体的诊断非常重要,并且是难点问题.现行的临床病原学检测的方法中,传统方法包括涂片染色镜检法、抗原检测法、培养法等.对于阳性的培养物还可以用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)进行菌种鉴定.最近几年发展较快的是分子生物学检测方法,包括普通...     

Evaluation of superinfection,antimicrobial usage,and airway microbiome with metagenomic sequencing in COVID-19 patients: A cohort study in Shanghai

BackgroundIn COVID-19 patients, information regarding superinfection, antimicrobial assessment, and the value of metagenomic sequencing (MS) could help develop antimicrobial stewardship.MethodThis retrospective study analyzed 323 laboratory-confirmed COVID-19 patients for co-infection rate and antimicrobial usage in the Shanghai Public Health Clinical Center (SPHCC) from January 23rd to March 14th 2020. The microbiota composition was also investigated in patients with critically severe COVID-19.ResultsThe total population co-infection rate was 17/323 (5.3%) and 0/229 (0), 4/78 (5.1%), and 13/16 (81.3%) for the mild, severe, and critically severe subgroups, respectively. Proven fungal infection was significantly associated with a higher mortality rate (p = 0.029). In critically severe patients, the rate of antimicrobials and carbapenem usage were 16/16 (100%) and 13/16 (81.3%), respectively, in which the preemptive and empiric antimicrobial days accounted for 51.6% and 30.1%, respectively. Targeted therapy only accounted for 18.3%. MS was implemented to detect non-COVID-19 virus co-existence and the semi-quantitative surveillance of bacteremia, with clear clinical benefit seen in cases with MS-based precision antimicrobial management. Airway microbiome analysis suggested that the microbiota compositions in critically severe COVID-19 patients were likely due to intubation and mechanical ventilation.ConclusionsIn the SPHCC cohort, we observed a non-negligible rate of super-infection, especially for the critically ill COVID-19 patients. Fungal co-infection requires intensive attention due to the high risk of mortality, and the clinical benefit of MS in guiding antimicrobial management warrants further investigation.