重症肌无力患者胸腺自身免疫相关基因表达的研究

目的探讨MG患者和正常对照者的胸腺组织炎症反应与自身免疫性疾病相关基因的表达情况。方法取MG患者（MG组）和正常对照者（对照组）的胸腺组织标本，提取总RNA，反转录合成cDNA后，体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交，通过化学发光法检测基因表达，比较两组胸腺组织基因表达的差异。结果MG组与对照组比较，有61条基因存在显著性差异，其中表达上调33条，下调28条，这些基因包括炎症相关趋化因子基因、细胞因子及其受体基因、与细胞因子产生与代谢有关的基因、细胞因子及其受体相互作用相关的基因、炎症反应相关基因以及体液免疫相关基因等。结论芯片筛选MG患者胸腺自身免疫相关基因表达与正常对照组存在显著差异。     

Detection and identification of intestinal pathogenic bacteria by hybridization to oligonucleotide microarrays

AIM: To detect the common intestinal pathogenic bacteria quickly and accurately. METHODS: A rapid (<3 h) experimental procedure was set up based upon the gene chip technology. Target genes were amplified and hybridized by oligonucleotide microarrays. RESULTS: One hundred and seventy strains of bacteria in pure culture belonging to 11 genera were successfully discriminated under comparatively same conditions, and a series of specific hybridization maps corresponding to each kind of bacteria were obtained. When this method was applied to 26 divided cultures, 25 (96.2%) were identified. CONCLUSION: Salmonella sp., Escherichia coli, Shigella sp., Listeria monocytogenes, Vibrio parahaemolyticus, Staphylococcus aureus, Proteus sp., Bacillus cereus, Vibrio choterae, Enterococcus faecalis, Yersinia enterocolitica, and Campylobacter jejuni can be detected and identified by our microarrays. The accuracy, range, and discrimination power of this assay can be continually improved by adding further oligonucleotides to the arrays without any significant increase of complexity or cost.     

Diversity and functional prediction of gut microbiota in children with autism spectrum disorder北大核心CSCD

目的分析孤独症谱系障碍(autism spectrum disorder,ASD)儿童肠道菌群结构和多样性,并预测分析菌群的代谢功能。方法采集30例ASD儿童(ASD组)和20例正常发育(typically developing,TD)儿童(TD组)的粪便样本。提取基因组DNA,PCR扩增16S rDNA V4区,使用Illumina NovaSeq6000平台进行高通量测序。分析2组肠道菌群的构成和分布特征,并预测分析菌群的代谢功能。结果ASD组和TD组儿童肠道菌群的α多样性指数(Chao1、Shannon和Simpson)比较差异均无统计学意义(P>0.05)。在门和纲水平,2组儿童肠道菌群的结构差异无统计学意义(P>0.05)。在属水平,ASD组巨单胞菌属、巴恩斯氏菌属、小杆菌属、巨球菌属、瘤胃球菌属扭链群及梭杆菌属的丰度大于TD组(P<0.05)。功能预测分析显示,ASD组肠道菌群的色氨酸降解、谷氨酸降解及丁酸盐生成等代谢功能的丰度低于TD组(P<0.05),而γ-氨基丁酸降解功能的丰度高于TD组(P<0.05)。结论ASD儿童和TD儿童肠道菌群的α多样性无显著差异,但属水平物种构成不同,菌群的代谢功能有差别。     

应用DNA微阵列技术快速鉴定分枝杆菌菌种

目的 利用DNA微阵列的高通量、高效性,建立一种快速、简便的分枝杆菌分子菌种鉴定方法,为临床医师正确诊断提供依据.方法 以DNA直接测序法为对照,通过PCR-SSCP和DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株、9种非分枝杆菌和465株分枝杆菌临床分离株的菌种.结果 应用DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株和9种非分枝杆菌菌株,特异性100%.465株分枝杆菌临床分离株中,经16S rRNA PCR-SSCP初步菌种鉴定,256株为结核分枝杆菌复合群,应用DNA微阵列分析,显示与分枝杆菌属探针M和结核分枝杆菌复合群探针a杂交阳性,两种鉴定方法结果一致;209株PCR-SSCP初步鉴定为非结核分枝杆菌的分离株,经芯片分析,68株为龟分枝杆菌龟亚种和脓肿亚种,46株为胞内分枝杆菌,34株为堪萨斯、瘰疬、胃和猿猴分枝杆菌复合群,31株为偶然分枝杆菌,16株为戈登分枝杆菌,3株为鸟分枝杆菌,2株为海和溃疡分枝杆菌复合群,1株为土分枝杆菌,1株为迪氏分枝杆菌,1株为草分枝杆菌;另6株只与探针M杂交,经测序显示5株为胞内分枝杆菌,但其基因序列与标准菌株不完全相同,1株为新金色分枝杆菌,芯片上无鉴定该菌种的探针.结论 用DNA微阵列可简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,提高分枝杆菌病的正确诊断率,指导临床合理治疗.     

HBV前C区基因变异与中医证候的相关性研究

研究慢性乙型肝炎患者HBV前C区基因变异的变化规律与中医证候的相关机制。基因芯片检测慢性乙型肝炎不同证候的HBV前C区基因变异。不同位点变异率(%)与证候相关,肝肾阴虚1764(38%),1896(68%),1899(38%);瘀血阻络1762(93%),1764(90%),1899(50%)。不同证候变异株信号强度差异显著,1762、1764;瘀血阻络>肝肾阴虚>肝郁脾虚;1862:肝肾阴虚>肝郁脾虚;>1896:肝肾阴虚>瘀血阻络>湿热中阻>肝郁脾虚;1899:瘀血阻络>肝肾阴虚>湿热中阻>肝郁脾虚。慢性乙型肝炎HBV前C区基因变异与中医证候相关,为分子证候辨证提供了一定实验依据和研究基础。     

基因芯片技术在胰腺癌中的应用进展

基因芯片技术是近几年发展起来的一项生物技术,可同时对大量基因的表达、突变和多态性进行快速、准确的检测。基因芯片技术为研究肿瘤发生、发展中基因功能分析,提供了强有力的工具。胰腺癌在我国的发病率逐年增长,利用基因芯片技术,为胰腺癌的分子病理诊断、临床预后判断及治疗方案的选择提供理论指导。这必将加速对胰腺癌发生、发展机制的了解,为进一步诊断和治疗提供理论基础。     

Detection of the common resistance genes in Gram-negative bacteria using gene chip technology

Objective: To design a resistance gene detection chip that could, in parallel, detect common clinical drug resistance genes of Gram-negative bacteria. Materials and Methods: Seventy clinically significant Gram-negative bacilli (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Enterobacter cloacae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii) were collected. According to the known resistance gene sequences, we designed and synthesized primers and probes, which were used to prepare resistance gene detection chips, and finally we hybridized and scanned the gene detection chips. Results: The results between the gene chip and polymerase chain reaction (PCR) were compared. The rate was consistently 100% in the eight kinds of resistance genes tested (TEM, SHV, CTX-M, DHA, CIT, VIM, KPC, OXA-23). One strain of Pseudomonas aeruginosa had the IMP, but it was not found by gene chip. Conclusion: The design of Gram-negative bacteria-resistant gene detection chip had better application value.     

FLNA基因变异致额骨干骺端发育不良1型一例

目的探讨FLNA基因变异所致额骨干骺端发育不良1型(frontometaphyseal dysplasia 1,FMD1)的临床及遗传学特点。方法分析患儿的临床表型,应用全外显子测序技术对先证者进行致病基因变异筛查,用Sanger测序法对其父母进行验证。结果先证者男性,2岁9个月,表现为特殊面容:眉弓轻度突出、眼睑下斜、眼距宽,骨骼畸形:双下肢弯曲、右膝外翻、左膝内翻、双手食指及中指轻度畸形、小指屈曲挛缩,左肘关节活动受限。基因测序发现患儿FLNA基因存在错义变异c.3527G>A,p.Gly1176Glu(半合子),父母均未携带该变异。结论FLNA基因变异引起的FMD1在婴幼儿时期即可出现关节挛缩、长骨发育不良,并随年龄增长进展,需要长期随访治疗。本例患儿FLNA基因变异位点尚未见文献报道。     

基于基因芯片数据的代谢网络重构及其应用

目的 基因组尺度的代谢网络重构提供了一种从系统层面深入观察生物体的方法,由此重构得到的网络是个体的“全基因组网络”.鉴于这种网络不能反映出不同环境条件下细胞内的动态变化过程,本文给出一种从基因芯片数据出发对生物体的实时“工作网络”进行重构的方法.方法 通过对基因芯片数据使用dChip软件计算探针的P-A call后可得到基因的表达谱,然后在所整合的多源数据库的辅助下经由“基因表达谱→酶→反应→代谢网络”的过程进行“工作网络”的自动化重构.结果 对来源于14种组织的182个干细胞样本进行工作网络重构的结果表明,所有干细胞之间具有较高的相似性,但不同组织来源的干细胞之间仍存在一定差异性.结论 以基因芯片数据为数据源的代谢网络重构方法可有效用于生物体的“工作网络”重构.     

γ-干扰素体外释放试验在结核病诊断中的价值

目的探讨γ-干扰素(γ-IFN)体外释放试验(IGRA)对诊断结核病的临床价值。方法 479例结核病患者纳入结核病组,42例体检健康者纳入对照组。两组被试均行IGRA、蛋白芯片法检测,采用抗酸染色(AFB)检测结核病患者痰液中的抗酸杆菌。比较IGRA与蛋白芯片法对结核病的诊断效能及在肺结核与肺外结核中的检测效果,并比较IGRA对AFB阳性和阴性的肺结核和肺外结核患者的检测效果。结果IGRA和结核分枝杆菌蛋白芯片法敏感度分别为89.56%(429/479)和76.20%(365/479),特异度分别为100.00%(42/42)和88.10(37/42),准确率分别为90.40%(471/521)和77.16%(402/521)。418例肺结核患者中AFB阳性127例,AFB阴性者291例,其中AFB阳性肺结核患者中IGRA阳性率为93.70%(119/127),AFB阴性肺结核患者阳性率为88.66%(258/291);肺外结核61例患者AFB均阴性,IGRA和结核分枝杆菌蛋白芯片阳性率分别为85.25%(52/61)和68.85%(42/61)。结论 IGRA与结核分枝杆菌蛋白芯片法相比,对结核病诊断有较高的敏感度与特异度,尤其是对AFB阴性的结核病有较高的检出率,值得临床推广应用。