蛋白组学在干眼研究中的应用进展

干眼的病理机制复杂,涉及免疫、炎症等多种通路,需要整体研究方案从全局进行把控。各类组学技术可以从整体和全局的高度阐明生物体复杂的生理病理状态,提供更加全面的生物信息。质谱技术可以灵敏检测出泪液样本中的蛋白含量变化,为干眼的蛋白组学研究提供了便捷条件。目前蛋白组学在干眼类型鉴别、严重程度分级、疗效评价等方面都显示出应用价值,并且与代谢组学、微生物组学联用可以更加全面地阐释干眼发病机制。未来蛋白组学有望为干眼的精准诊疗提供更加有力的支持,并在靶向治疗中发挥优势。     

骨质疏松症蛋白质组学研究的进展

骨质疏松症发生率越来越高,但发病机制依然比较复杂,相关研究一直是该领域研究热点。目前,蛋白组学正逐渐被应用于骨质疏松症发病机制的研究领域,其优势在于蛋白是细胞功能的直接执行者,通过高通量、高自动化的组学技术,能够对直接影响疾病发生发展的作用分子进行筛选,有助于厘清骨质疏松症的发病机制。此外,蛋白组学分析结果可以为建立疾病相关的生物学标志物提供重要参考,也为一些新的骨质疏松症诊断或骨质疏松骨折预测手段的开发提供重要实验基础。本文复习近年来国内外骨质疏松症相关的蛋白组学研究文献,按物种和组织来源不同进行分类,对人体蛋白组学（包括单核细胞、血清血浆、外泌体和骨组织）和动物蛋白组学在骨质疏松症研究领域中的进展作文献梳理。此外,根据不同人种、性别和年龄等背景下的蛋白组学结果,本文针对一些重要差异蛋白在人体骨代谢过程或细胞体外分化过程中可能发挥的生物学功能进行具体分析,旨在为骨质疏松症相关领域的医务人员和科研工作者提供新的启发,为后续的临床转化研究提供有价值的借鉴。     

蛋白组学技术在哮喘研究中的应用进展

哮喘作为严重威胁人类健康的疾病,需要更为有效的预防和治疗方法。哮喘是由气道对多种刺激因子的反应性增加而引发的慢性气道炎症性疾病,其表型的复杂性、基因的异质性及环境的影响增加了哮喘控制的难度。近年来,蛋白组学技术逐渐被应用于哮喘疾病的研究,如哮喘诊断及治疗评估监测的生物标志物筛选、哮喘发病机制及治疗的分子靶点研究、哮喘过敏原研究等。蛋白组学技术从整体水平研究了哮喘的相关蛋白,为哮喘的早期诊断和治疗带来新的契机。     

人原发性肝癌相关抗原的蛋白质组学初步研究

目的 检测肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的相关抗原,并予以验证.方法 分别提取15例HCC组织及其癌旁组织总蛋白.Western blot分别检测各总蛋白与其HCC患者自体血清的杂交情况.双向电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)技术将15例混合总蛋白中的各蛋白进行分离与染色.图像分析法比对染色胶上HCC组织及其癌旁组织蛋白的表达差异,基质辅助激光解吸/电离飞行时间二级质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight with two mass analyzers for tandem mass spectrometry,MALDI-TOF MS/MS)技术及生物信息学网络数据库分别对表达差异蛋白予以分析鉴定与检索匹配,免疫组织化学与Western blot分别检测该差异蛋白在人HCC组织及其癌旁组织中的变化情况.结果 2-DE染色胶图像分析比对结果显示,HCC及其癌旁组织蛋白表达差异斑点共90个,MALDI-TOF MS/MS与数据库对其中19个蛋白斑点分析鉴定与检索匹配发现15个蛋白表达上调,4个蛋白表达下调.免疫组织化学与Western blot检测结果显示,与对照比较,上调蛋白中的DnaJ同源B亚家族成员11 (dnaJ homolog subfamily B member 11,DNAJB11)在HCC组织中的表达明显增强,下调蛋白中的蛋白酶体亚基α3 (proteasome subunit alpha type 3,PSMA3)在HCC组织中的表达则相反.结论 人原发性肝癌相关抗原DNAJB11在HCC组织中的表达上调,PSMA3在HCC组织中的表达下调.     

基于串联质谱标签的蛋白质组学联合高内涵筛选技术筛选胃癌相关基因的研究

目的:应用Tandem mass tag（TMT）技术联合高内涵筛选(HCS)寻找潜在的胃癌相关基因。方法:利用TMT技术从胃癌及癌旁组织中筛选差异表达蛋白质,应用GO和KEGG数据库进行注释和信号通路富集并结合PubMed数据库结果,筛选出胃癌中未见或较少报道的上调目的基因。通过shRNA技术敲减基因,HCS技术比较敲减对细胞增殖的影响,筛选出肿瘤增殖相关基因并通过检测mRNA含量、克隆形成和CCK8进行验证。结果:通过TMT从胃癌和癌旁组织定量到差异表达蛋白1 008个(上调649个,下调359个）,25个目的基因敲减后HCS结果显示SF3B4敲减抑制细胞增殖,验证发现SF3B4是潜在的胃癌细胞增殖相关基因。结论:TMT技术结合HCS为肿瘤相关基因的筛选提供新的可能性。本研究提示SF3B4是潜在的胃癌增殖相关基因,为研究胃癌发生机制提供新线索。     

SETD2基因敲除前后鼻咽癌细胞中定量蛋白组学研究及差异信号富集

目的分析甲基转移酶SETD2 表达改变对人鼻咽癌（NPC）细胞中蛋白表达谱的影响并富集差异信号通路。方法提取 SETD2基因敲除细胞株CNE1SETD2-KO和野生型细胞CNE1WT的总蛋白,利用Tandem Mass Tag（TMT）标记蛋白质定量技术和串联 质谱分析技术筛选出差异表达蛋白质,应用GO数据库对差异表达蛋白质进行注释和富集,应用KEGG数据库进行差异蛋白质 涉及信号通路富集。结果以表达倍数（FC）≥1.2倍且P<0.05为筛选标准,SETD2基因敲除的CNE1细胞鉴别出2049个差异表 达蛋白质,其中904个表达上调,1145个表达下调。GO功能注释结果表明,SETD2敲除后在生物过程（细胞过程及调节,细胞运 动、代谢过程及细胞组分的生物合成）、分子功能（催化活性及分子结合、转录因子活性）和细胞组分（胞膜、细胞器、大分子复合 物）等具有特征性。KEGG信号富集结果表明SETD2 敲除主要影响与肿瘤关系密切的信号有MAPK、PI3K-Akt、Ras、Rap1、 mTOR、Hippo、HIF-1、Wnt、AMPK、FoxO、ErbB、p53、JAK-STAT等。结论SETD2敲除后显著改变了NPC细胞中蛋白质表达特 征并影响多条与肿瘤关系密切的信号通路,研究结果为NPC的发病机制和治疗标靶筛选提供了参考。     

肾阴虚证和肾阳虚证血浆蛋白质表达谱的比较研究

目的 本研究通过对肾阴虚证和肾阳虚证共同的血浆蛋白差异表达进行研究，挖掘肾虚证的本质。方法 对肾阴虚证、肾阳虚证和健康正常人进行蛋白芯片表达谱的比较研究。结果 选取典型肾阴虚证5例、肾阳虚证5例、正常健康人6例进行蛋白芯片检测，与正常健康人对比，获得2组间共同表达上调的差异蛋白BMP-5。结论 肾阴虚、肾阳虚证之间存在着共同的差异蛋白，这可能是2者均有肾虚的表现有关，这为探讨肾虚证的发生机制，特别是在蛋白水平的改变提供了依据。     

液相色谱与串联质谱在检验医学中的应用

1987年Bruins和Coney等发明了大气压离子化技术，由于该技术可在常温和常压下实现离子化过程，并对不易挥发、热不稳定性化合物，肽、蛋白质、核酸等生物大分子进行分析，当时即引起世界性轰动。1989年第一台商业化液相色谱串联质谱仪（LC-TMS）随即问世。尽管现在色谱和质谱技术已成为生物医学和蛋白组学研究的重要技术，但距临床检验应用仍有一段距离。     

加味乌梅丸抑制非肥胖糖尿病/重症联合免疫缺陷小鼠胰腺癌移植瘤的蛋白组学研究

目的 采用蛋白组学方法研究加味乌梅丸治疗胰腺癌的分子机制.方法 对非肥胖糖尿病(nonobese diabetes,NOD)/重症联合免疫缺陷(severe combined immune deficiency,SCID)小鼠接种人胰腺癌SW1990细胞,复制胰腺癌移植瘤模型.将20只荷胰腺癌移植瘤的NOD/SCID小鼠分为对照组、加味乌梅丸组,每组10只.加味乌梅丸组每日灌胃加味乌梅丸煎剂,对照组每日给予等容积无菌注射用水.给药20d后处死小鼠,取移植瘤组织,提取细胞总蛋白,运用iTRAQ技术进行蛋白组学分析.结果 蛋白组学分析结果显示,与对照组比较,加味乌梅丸组有12个差异蛋白质点,其中10个表达下调,2个表达上调,这些蛋白按照功能可分为细胞骨架相关蛋白、代谢相关蛋白、硒结合蛋白、酶类物质等.结论 加味乌梅丸抑瘤是多靶点、多途径的,肌球蛋白调节轻链2、脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白、碳酸酐酶3、硒结合蛋白、高迁移率蛋白-17可能是其最主要的作用靶点.     

利用shotgun蛋白组学策略构建变形链球菌蛋白质表达谱

目的：建立变形链球菌蛋白质表达谱,为变形链球菌蛋白质组学研究奠定基础。方法：提取变形链球菌总蛋白,溶液内酶解,肽段混合物在色谱上分离后shotgun鉴定,并利用生物信息学软件对鉴定出的蛋白质进行分析。结果：建立了变形链球菌蛋白质表达谱,共鉴定出752种蛋白质,其中高可信度298种,并利用Gene Ontology软件对其按分子功能和生物学途径进行归类。结论：变形链球菌蛋白质表达谱的建立,为变形链球菌蛋白质组学研究提供了重要的信息和资料。