Phylodynamics of HIV-1 unique recombinant forms in China–Myanmar border: Implication for HIV-1 transmission to Myanmar from Dehong,China

China–Myanmar border plays a crucial role in HIV-1 transmission in Asia. Here, we performed Bayesian phylodynamics analyses on p17 gene using BEAST to investigate HIV-1 transmission in this region. Maximum clade credibility trees of subtype C and CRF01_AE show that majority of unique recombinant forms (URFs) and pure subtype strains from Dehong and Myanmar cluster together, forming large clades with ancestral geographical states of Dehong. Bayes factor tests support the statistically significant geographic diffusion link between Dehong and Myanmar. The estimated time to the most recent common ancestor of Myanmar URFs_BC (1999.2) was later than that of Dehong URFs_BC (1998.0), but earlier than that of Myanmar URFs_01BC (2004.3). Since 1998, HIV-1 recombination between subtypes B, C and CRF01_AE has been continuously occurring in China–Myanmar border region. These results suggest that HIV-1 subtypes B, C and CRF01_AE were most likely transmitted from Dehong to Myanmar, and predict that URFs_01BC should be also prevalent in Dehong, Yunnan.     

2012－2015年云南省狂犬病病毒糖蛋白基因进化特征分析

目的 了解云南省2012－2015年35株狂犬病病毒（RABV）糖蛋白（G）基因的进化特征及流行病学特点。方法 在云南省狂犬病流行区采集可疑犬脑组织以及狂犬病患者脑组织和唾液标本,用直接免疫荧光法进行病毒抗原检测,阳性标本提取病毒核酸,通过反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）扩增RABV的G基因序列,用MEGA 5.0软件邻接法（NJ）进行系统进化树分析。结果 经RT-PCR和序列测定获得2012－2015年云南省35株RABV的G基因序列,并与2006－2011年获得的云南省11株RABV及邻省和东南亚地区的15株RABV的G基因序列进行系统进化分析。结果表明,云南省46株RABV中,除2006年的Tc06株属于China-Ⅵ进化群外,其他45株均属于China-Ⅰ进化群。云南省China-Ⅰ进化群流行株在2006－2015年间每年均有分布,其中,2006－2011年10株,2012－2015年35株,分布于云南省10个州（市）并与来自四川、贵州和湖南省的China-Ⅰ进化群病毒株的进化关系最为接近。China-Ⅵ（Tc06）则与缅甸、老挝和越南的东南亚进化群病毒株亲缘关系最近。结论 2012－2015年,RABV China-Ⅰ进化群在云南省狂犬病流行区广泛分布,属云南省主要进化群并具较强的传播速率,期间云南省未再发现China-Ⅱ、China-Ⅲ和China-Ⅵ等进化群病毒株的流行。     

云南玉龙鼠疫疫源地宿主动物群落结构特征及其流行病学意义

目的 探讨玉龙鼠疫自然疫源地宿主动物的群落结构和分布格局与动物鼠疫流行的关系。方法 在丽江玉龙鼠疫自然疫源地核心区4个海拔带内选择林地和耕地2种生境,于2015年每季度对小型兽类开展群落生态学调查,测算小兽群落生态学指标,分析小兽群落空间分布和季节变化,并运用描述流行病学方法分析动物鼠疫流行特征。结果 共捕获小兽1 575只隶属于4目6科12属22种,平均捕获率为19.84%,齐氏姬鼠、大绒鼠和中华姬鼠为群落的优势种,构成比分别为44.19%、19.37%和14.35%;不同生境、不同垂直梯度、不同季节之间,捕获率差别均有统计学意义,耕地中小兽密度高于林地,IV垂直带(3 100 m~)耕地和春季耕地的捕获率为最高,分别为40.12%和27.85%;林地小兽物种多样性和均匀度较耕地高,生态优势度较耕地低,小兽物种多样性和均匀度随垂直梯度的升高呈下降趋势,随春-夏-秋-冬季节变化呈上升趋势,而生态优势度则相反;不同垂直带两种生境之间丰富度、多样性和优势度差别均无统计学意义,不同季节两种生境之间多样性、均匀度和优势度差别均具有统计学意义。疫源地既往动物鼠疫流行高发季节为春末夏初的4-5月,疫点分布以IV垂直带(3 100 m~)农耕区为主。结论 玉龙鼠疫自然疫源地小兽具有相对复杂的群落结构,在不同季节、生境和垂直梯度条件下的生态分布格局存在一定异质性,并与当地鼠疫流行特征具有重要关系。     

云南省永善县恙虫病流行病学调查

目的 对云南省永善县恙虫病开展流行病学调查。方法 应用胶体金免疫试验对发热患者血清进行恙虫病东方体(Orientia tsutsugamsushi)IgG和IgM抗体检测,采用夜夹法诱捕调查地区鼠类,用巢氏PCR方法对鼠脾脏做groEL基因片段扩增和基因序列分析。结果 2015年5-10月在永善县发现恙虫病患者34例,其中实验室确诊病例21例,临床诊断病例13例;主要发病于8月,占总病例数的32.35%;40—49岁年龄组发病最多,占总病例数的32.35%;农民发病数最多,占总病例数的79.41%;有焦痂或溃疡的病例占总病例数的94.12%,其中位于腹股沟最多(占有焦痂或溃疡患者的31.25%);有皮疹的病例占总病例数的50.00%。在捕获的39份黄胸鼠(Rattus flavipectus)脾组织样品中,恙虫病东方体groEL基因片段扩增阳性9份(阳性率23.08%)。groEL基因片段序列进化树分析显示本次检测到的YSP30株与的HSB1、FAR1、UAP4等Saitama型菌株的遗传进化关系最密切, 检测到的其余8株与UT213、UT221、SH205等Karp型菌株的遗传进化关系最密切。结论 血清学和分子生物学方法证实了永善县存在恙虫病疫源地,当地存在Karp和Saitama相关的2种基因型恙虫病东方体。     

中华姬鼠的研究进展

中华姬鼠是啮齿目、鼠科、姬鼠属中的鼠种，在我国分布较广，其除了危害农林作物外，还可携带多种人兽共患病的病原体，是重要的农林和医学害兽之一。本研究收集了国内外可以检索到的文献，对中华姬鼠的分类地位、地理分布和生物学特征，及其与疾病关系和防制对策等研究进展进行了介绍。