环介导等温扩增技术及其在病原生物检测中的应用北大核心CSCD

环介导等温扩增(LAMP)技术是近年来发展起来的一种新型核酸扩增技术,具有操作简便、快速、特异性高、灵敏性高等特点,自2000年开发以来,在短短的十几年内被广泛应用于细菌、病毒和寄生虫等病原生物的检测,在即时检验和基层实验室推广中有重要意义。     

2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化研究

目的 通过定点监测了解2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化趋势。方法 采集2009-2015年福州市儿童医院因急性腹泻入院的5岁以下儿童的粪便标本,应用实时荧光定量聚合酶链反应（Real-time PCR）筛查诺如病毒阳性标本。应用反转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法扩增完整的VP1区和部分RdRp区并测序,应用在线基因分型工具和种系进化分析方法了解福州市5岁以下儿童中诺如病毒基因型/亚型的分布。结果 在随机抽取的93份标本中,Real-time PCR法检测阳性有91份;共获得其中73份完整VP1区和72份部分RdRp区基因序列。在完整的VP1分型中,GⅡ.4_2006b型43份,GⅡ.4 Syndeny_2012型16份,GⅡ.3型10份,GⅡ.4 New Orleans_2009型2份,GⅡ.12型1份,GⅡ.7型1份。在部分RdRp区分型中,共发现GⅡ.P4_2006b型43份,GⅡ.Pe型16份,GⅡ.P12型10份,GⅠ.P4型1份,GⅠ.Pa型1份,GⅡ.P21型1份。结论 应用双命名系统分型的方法,发现2009-2015年福州市急性腹泻儿童中诺如病毒具有遗传多样性,其中2009-2012年流行的优势毒株为GⅡ.P4_2006b/GⅡ.4_2006b型,2013-2015年流行的优势毒株为GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney_2012型。此外,GⅡ.P12/GⅡ.3为福州市持续流行的型别。     

环介导等温扩增技术及其在病原生物检测中的应用

环介导等温扩增(LAMP)技术是近年来发展起来的一种新型核酸扩增技术,具有操作简便、快速、特异性高、灵敏性高等特点,自2000年开发以来,在短短的十几年内被广泛应用于细菌、病毒和寄生虫等病原生物的检测,在即时检验和基层实验室推广中有重要意义。     

诺如病毒新重组株GⅡ.P16/GⅡ.2引起福建省2016年冬季病毒性胃肠炎暴发

目的 本文旨在鉴定福建省2016年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究.方法 对疫情暴发地上送的福建省2016年胃肠炎暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT-PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析.结果 在3起暴发疫情中18份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中15份标本RT-PCR检测判为GⅡ型诺如病毒,9份标本成功测序.分析测序结果,证实引起本轮疫情为诺如病毒新重组株,该重组株有别于本地散发流行及全球暴发流行的优势基因型GⅡ.4.毒株RNA聚合酶核苷酸序列与2016年日本的GⅡ.4悉尼变异株Kawasaki194毒株的同源性最高,达98％,为GⅡ.P16亚型;衣壳蛋白核苷酸序列与2008年比利时的IPH2161-08VG06毒株同源性最高(97.7％～98.8％),为GⅡ.2亚型.结论 这是福建省首次报道诺如病毒重组株GⅡ.P16/ GⅡ.2的检出,并引起病毒性胃肠炎暴发.     

货车司机远距离传播新型冠状病毒肺炎事件的分子溯源

目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径, 证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术, 对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序, 应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点, 利用进化分析软件构建系统发育树, 结合流行病学调查数据, 综合分析病例的感染来源及传播路径。结果成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列, 序列长度为29 770～29 839 bp, 基因组平均覆盖度为99.53%;病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株, 但分属3种BA.2亚分支;序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似, 另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7～14个、氨基酸突变位点差异5～7个);进化分析结果表明3例病毒...