一种新型线粒体DNA深度测序方法的准确性评估

目的 与基于长片段PCR(lrPCR)的传统mtDNA测序方法比较，评估本课题组前期研究开发的一种新型非PCR依赖的mtDNA深度测序方法的可靠性。方法 同时采用新方法和传统方法对10例产前筛查孕妇外周血样本进行平行试验，对比两种方法所得结果，结合人群数据库(MitoMAP和mtDB)信息，评估新方法的准确性。结果 10例样本中共检出380个变异，其中351个变异同时被两种方法检出，29个变异仅被单一方法检出。对29个不一致变异中出现于2个或2个以上样本的8个变异进一步分析发现，2个仅被新方法重复检出的变异在人群数据库中存在记录；而6个仅传统方法重复检出的变异在人群数据库中未见记录。结论 与传统基于lrPCR的mtDNA测序方法相比，新方法针对同质性变异及高异质度变异的检测能力相当，而针对低异质度变异检测时具有更高的准确性。     

扩展性携带者筛查病种纳入的研究进展

扩展性携带者筛查是出生缺陷一级预防的主要措施之一, 在过去数年取得了长足发展, 实现了单基因遗传病由被动诊治模式向主动预防模式的突破性转变, 其可行性及临床应用价值得到了广泛认可。随着技术的进步, 可筛查的单基因遗传病达千余种。但是, 哪些单基因遗传病适合临床大规模筛查一直是产前诊断领域内争论的焦点。本文针对扩展性携带者筛查病种纳入的数量、疾病属性、受试者的意见、社会伦理学影响等方面的国内外研究进展进行综述, 为扩展性携带者筛查在临床规范有序的开展提供依据。     

NROBl突变致先天性肾上腺发育不全的分子诊断及致病机制

摘要:目的对3 例NROBI基因突变所致的先天性肾上腺发育不全( adrenal hypoplasia congenital, AHC) 患者进行分子诊断，以探讨其致病机制并为患者提供遗传咨询。方法采集3例 AHC患者及其家系成员的外周血标本并提取DNA,通过PCR结合Sanger测序对患者的NROBI基因进行测序分析。结果在3例 AHC患者DNA标本中分别检出NROBI基因c.676delG、e.509_ 572dup、c.409G>T半合子突变,并证实均遗传自其母亲。结论检出 的c.676delG和c.509_ 572dup 为未报道的新突变，可判为致病突变,扩展了NROBI基因突变谱系。     

1例德朗热综合征胎儿NIPBL基因新发致病变异分析及文献回顾

<正>1病例简介孕妇，29岁，G₂P₀。孕13⁺⁵周于南京市妇幼保健院遗传医学中心就诊，超声结果提示异常：颈项透明层(nuchal translucency,NT)3.8mm，如孕13⁺¹周。孕14周行绒毛穿刺并行染色体微阵列检测，结果未见染色体异常。孕19⁺¹周外院超声示：小下颌，双手发育异常。孕19⁺³周于我院门诊超声提示：矢状面下颌骨显示不清，下颌缺失可能，双手掌指骨部分缺失，似仅见三指，冠状面鼻骨显示欠佳，头颈部皮肤层厚约0.49cm，室间隔见0.14cm的回声失落，先天性心脏病可能，脊柱骶尾部显示不清(图1)。     

基因组光学图谱技术在产前诊断中的应用

摘要:目的探讨 基因组光学图谱技术( optical genome mapping ,0GM)应用于产前诊断的可行性及临床应用价值。方法收 集2022年6月至8月因超声软指标异常或结构畸形于南京市妇幼保健院行羊膜腔穿刺的病例60例,常规进行染色体微阵列 分析( chromosomal micrarray analysis , CMA)联合核型分析,平行进行0GM检测。以CMA联合核型分析的结果为对比,分析 OGM在各类染色体变异中的检测效能。对于OGM额外检出的隐匿性重排使用荧光原位杂交验证。结果OGM 与CMA联 合核型分析在非整倍体、拷贝数变异、三倍体检测中的检出率差异无统计学意义(P<0.05)。0GM检测证实了6例存在染色体 微重复的病例,确定了重复插入的位置及方向;额外检出了2例(3.3%)隐匿性易位,并确定了断裂点所处区间。结论0GM 能以高分辨率一站式检测各种主要类型的结构变异并可明确重排模式及精细化断点,有望在产前诊断中成为CMA联合核型 分析的可靠替代方案。     

lon Torrent半导体测序联合MLPA技术检测神经纤维瘤患者的致病突变

摘要:目的建 立临床适用的神经纤维瘤病(NF)的分子遗传分析方法,对NF进行分子遺传诊断和遗传咨询,并对NF家庭进 行产前诊断。方法 以南京医科大学附属妇产医院遗传咨询门诊收治的18 例NF患者为研究对象,收集患者及其家属的外 周血标本并提取基因组DNA,应用lon Torrent半导体测序技术进行NF1/NF2基因测序并结合多重连接探针扩增反应(ML- PA)检测,筛选致病突变并用Sanger测序验证,结合亲子二代的分子遗传检测结果,制定适当的临床干预和随访计划。在NF 家系母亲再次妊娠时,对胎儿进行产前诊断。结果应用 lon Torrent半导体测序技术检测出9例致病突变和1例可疑致病突 变,其中包括3个未报道过的新突变;应用MLPA技术检测出1例拷贝数大片段缺失。对其中5个家系的孕妇行羊膜腔穿刺 术抽取羊水进行产前诊断,其胎儿均不携带家系的致病突变。结论基于 lon Torent半导体测序及MLPA技术建立的基因诊 断方法可为NF临床诊断及遗传咨询提供分子遗传学依据,具有较高的临床应用价值。     

一种基于线粒体分离纯化技术的新型线粒体DNA深度测序方法

目的 开发并评估一种基于线粒体分离纯化技术的线粒体DNA(mtDNA)深度测序方法。方法 探索从细胞中分离mtDNA的最适条件；基于该方法对外周血单个核细胞(PBMC)样本进行mtDNA深度测序，通过测序片段(reads)中mtDNA reads占比评估测序文库中mtDNA的纯度，通过Sanger测序验证该方法所检出的mtDNA变异的准确性。结果 采用含低浓度NP40和不含Tween-20的裂解液裂解细胞获得的mtDNA纯度高，几乎不含细胞核基因组。在6例PBMC样本中应用该方法检测结果显示，mtDNA reads占比为87.8%～92.8%,且检测出多个mtDNA变异。对其中1个异质性变异和3个同质性变异进行Sanger测序验证，二者结果相一致。结论 本研究开发的基于线粒体分离纯化技术的mtDNA深度测序方法可应用于PBMC样本，能准确且灵敏地检出线粒体基因组的同质性和异质性变异。