1121例慢性乙型肝炎患者HBV反转录酶区的耐药突变分析

目的 分析大样本慢性乙型肝炎患者HBV反转录酶基因上的多位点核苷(酸)类似物的耐药相关突变情况及其临床意义.方法 提取1 121例患者血清HBV DNA,采用巢式PCR方法 扩增HBV反转录酶(RT)基因,对PCR产物进行DNA双向测序,对12个位点上的耐药相关突变进行检测,并结合临床资料进行分析.结果 检出拉米夫定(LAM)耐药突变228例,阿德福韦(ADV)耐药突变32例,恩替卡韦(ETV)耐药突变13例,替比夫定(L-dT)耐药突变4例.多药耐药5例.LAM耐药突变中以M204V和M2041最常见,前者通常伴随U80M突变,后者常单独出现;ADV耐药突变中以N236T±A181位碱基替换为主;ETV耐药突变发生在LAM耐药基础上,以T184位碱基替换为主;L-dT的耐药突变为M2041.结论 用基因序列测定法检测HBV RT基因多位点耐药相关突变,有助于临床及时发现乙肝患者是否存在HBV基因耐药,合理进行抗病毒治疗.     

慢性HBV感染患者恩替卡韦基因型耐药突变特征分析

目的分析经核苷(酸)类似物治疗的慢性乙型肝炎病毒(HBV)感染患者反转录酶(RT)区恩替卡韦(ETV)基因型耐药突变特征及其临床意义。方法提取3800例慢性HBV感染患者血清中的HBV DNA,采用巢式PCR法扩增HBVRT基因,PCR产物直接测序检测RT突变,分析与ETV耐药相关突变的形式及其临床意义。结果 3800例慢性HBV感染患者中,128例(3.4%)检出38种ETV基因型耐药突变,以rtT184位点替换突变最常见(79/128,61.7%),包括7例rtT184/rtS202G位点同时突变。共有5种替代突变形式rtT184L/I/A/S/F,其中rtT184L(29/30)、rtT184A(7/7)和rtT184S(10/12)均伴随rtL180M+rtM204V突变,而rtT184I多伴随rtM204I突变(7/8)。rtS202位点突变33例(25.8%),全部为rtS202G,包括7例rtT184/rtS202G位点同时突变,多伴随rtL180M+rtM204V突变。rtM250位点突变23例(18.0%),其中rtM250L(15/17)常伴随rtM204I突变,而rtM250V均伴随rtL180M+rtM204V突变(5/5)。仅6例(4.7%)检出rtI169T突变并均伴有rtT184位点的突变。还检出同时含有ETV及阿德福韦(ADV)耐药位点的多药耐药突变3例。ETV耐药突变多出现在拉米夫定(LAM)和ETV经治的患者(96/128,75.0%),其中以LAM→ADV→ETV(42例)和LAM→ETV(28例)为主;还出现在LAM经治而未用过ETV治疗的患者(27/128,21.1%),其中以LAM单一治疗(10例)和LAM→ADV(9例)为主。结论慢性HBV感染患者抗病毒治疗中出现的ETV耐药突变多见于单药序贯治疗,突变形式以rtL180M+rtM204V+rtT184L或rtS202G为主,而rtI169T突变在ETV耐药中不起重要作用。     

乙型肝炎病毒多聚酶区rt229突变的流行特点及其对病毒复制力的影响

目的评价乙型肝炎病毒(HBV)多聚酶反转录酶(RT)功能域rt229突变对HBV复制力的影响。方法从慢性HBV感染患者血清中提取HBVDNA,使用PCR扩增RT区及前C区基因,采用直接测序法分析耐药相关位点的突变;克隆患者HBV全长基因组,获得S445-3及S869-4克隆并作为定点突变母本,以产生rt229突变的各种模式。使用无载体介导的方法将含有rt229突变的全长HBV基因组转染入HepG2细胞系中,转染3d后采用Real-TimePCR法定量检测HBV复制中间体水平。结果在受检的6000例患者中,394例(6.57%)存在rt229突变,与拉米夫定(LAM)治疗相关的占78.93%,明显高于其他患者[包括接受阿德福韦酯(ADV)治疗、初治和用药不详者]所占的21.07%。其中rtL229V、rtL229W和rtL229M单独突变分别占全部rt229突变的12.44%、1.78%和4.57%,未发现rtL229F单独突变株;rtL229V、rtL229W、rtL229M、rtL229F与LAM耐药突变共存分别占43.65%、9.14%、9.64%和14.97%;rtL229V、rtL229M与ADV耐药突变共存分别占2.54%和1.27%。复制力评价结果显示,相对于前C区G1896A单独突变株(S869-4),rtL229V、rtL229W、rtL229M和rtL229F突变将HBV复制力降低至2.92%、8.79%、26.04%和34.80%;相对于LAM耐药株(S445-3),伴随有rtL229V、rtL229W、rtL229M和rtL229F的LAM耐药株的复制力增加了1.18、2.29、2.49和2.51倍。结论 rt229位点的突变可降低HBV的复制力,增强LAM耐药株的复制力;rt229突变可能为LAM耐药突变的补偿突变。     

北京地区37例流感患者的病毒遗传变异及耐药突变分析

目的 分析2013-2014年度北京地区A型H1N1、H3N2和B型流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传变异情况,以及流感病毒对金刚烷胺类和NA抑制剂类(NAIs)抗病毒药物的耐药变异情况.方法 从37例流感病毒感染患者的鼻/咽拭子样本中提取RNA,采用荧光定量PCR检测流感病毒的基因型/亚型;反转录PCR方法扩增A型流感病毒的NA和基质蛋白M2(M2)基因片段及B型流感病毒的NA和血凝素(HA)基因片段,直接DNA测序.采用Mega软件构建系统进化树分析病毒的演变情况,Vector NTI软件分析耐药变异情况.结果 37例患者中共检出A型流感病毒29例,其中H1N1 23例,H3N2 6例;B型流感病毒8例.所有A型流感病毒均发生M2基因S31N金刚烷胺类药物耐药位点变异.A型和B型流感病毒均未发现NAIs耐药位点变异.系统进化分析显示,B型流感病毒有5例样品NA基因和HA基因分型不一致,NA基因均为B-Victoria系,而HA基因为B-Yamagata系.结论 北京地区人群A型流感病毒均对金刚烷胺类药物耐药,但A型和B型病毒均未检测出NAIs耐药变异.B型流感病毒流行株中存在B-Yamagata系和B-Victoria系重组病毒株.     

DNA序列测定法与实时荧光PCR法检测YMDD突变结果的比较

目的比较DNA序列测定法与实时荧光法检测YMDD突变的结果,并对除YMDD突变之外的耐药相关基因突变及其意义进行讨论。方法收集89例慢性乙肝患者的92份血清样本,均用实时荧光PCR法做YMDD突变检测。采用巢式PCR法扩增HBV反转录酶(RT)基因,对PCR产物进行DNA双向测序,采用NTI软件比对结果,并对RT基因上其他11个已知耐药相关突变位点进行分析。结果在37份YMDD突变阴性的样本中,DNA测序法检测结果为33份M204M(未突变)、1份M204I、3份M204V;4份YMDD突变阳性样本均为突变/未突变序列共存;另检出7份样本存在ADV耐药相关突变,占18.9%(7/37)。在55份YMDD突变阳性样本中,DNA测序法检测到52份,阳性结果符合率为94.5%(52/55);另检出5例存在ADV或ETV耐药相关突变,占9.1%(5/55)。结论DNA序列测定法检测HBVRT基因耐药相关突变敏感性高,重复性好,与实时荧光PCR方法的检测结果有较高的符合率,可同时检出YMDD突变以外的各种耐药相关突变,有助于临床全面了解患者对核苷(酸)类似物的耐药情况,合理地制订抗HBV治疗方案。     

经治低水平病毒血症慢性乙型肝炎患者耐药突变的基因型特征

目的 分析经治低水平病毒血症(LLV)慢性乙型肝炎(CHB)患者反转录酶(RT)区耐药突变的基因型特征。方法 回顾性研究2007年9月-2019年8月在解放军总医院第五医学中心就诊的经治LLV CHB患者2096例,提取其血清乙型肝炎病毒(HBV)DNA,并采用巢式PCR扩增HBV RT片段,长度为1225 bp(nt54-nt1278),包含HBV RT基因(nt130-nt1161)及S基因(nt155-nt835)。对PCR产物进行双向测序,采用MEGA4软件对RT/S基因序列进行分子进化树分析,以肝炎病毒数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genotyping/formpage.Cgi)的标准序列为参照进行HBV基因分型。结果 2096例CHB患者中男1727例,女369例,年龄(45.6±12.0)岁,HBV DNA为(2.5±0.5)log10 IU/ml。拉米夫定耐药相关突变1216例,占58.0%,以M204I/V、L180M+M204V为主要形式;阿德福韦耐药相关突变444例,占21.2%,以A181V、N36T为主要形式...     

慢性乙型肝炎患者血清HBV全长序列分析及复制力评价

目的 分析乙型肝炎患者HBV全长基因组序列并对其复制力进行评价.方法 从慢性乙型肝炎患者血清中提取HBV病毒DNA,PCR扩增HBV全长基因组,克隆到pGEM-Teasy载体中,每个样品挑选5～10个克隆测序,分析基因型以及全长基因组耐药相关的突变位点,并对个别位点进行定点突变.将克隆到pGEM-Teasy载体中的全长HBV基因组经BspQ Ⅰ/Sca Ⅰ双酶切后,转染入肝癌细胞系HepG2、Huh7.转染3d后榆测上清HmAg表达量及细胞内HBV复制中间体核心颗粒DNA载量,分析全长HBV基因组的复制力(1.0倍HBV复制模型).结果 从2份慢性乙型肝炎患者血清中成功获得5条HBV全长克隆,来自同一份血清的克隆核苷酸,其一致性为98%～100%,提示HBV存在准种特性.测序结果 表明5条HBV全长基因均为C型.通过定点突变又获得3个全长克隆.经序列分析发现,HBV反转录酶区存在A181V/S、L229M、V84M、M204I氨基酸位点的突变,前C/C区存在T1753C、A1762T、G1764A和G1896A核苷酸位点的突变.复制力分析提示上述位点突变后病毒复制力均有不同程度下降,L229M还可以进一步降低A181V突变株的复制力.结论 自行建立的无载体1.0倍HBV复制模型可在细胞内分泌抗原蛋白以及装配子代病毒,完成生活周期,这为下一步分析HBV的耐药表型打下了基础.此外,还可指导临床制定更加合理的抗病毒策略,筛选针对已出现或将来可能出现的耐药突变的新型抗病毒药物.     

慢性乙肝患者HBV反转录酶区新变异rtL180M+A181C+M204V的鉴定及表型耐药特点分析

目的鉴定经核苷(酸)类似物序贯治疗的慢性乙肝患者HBV反转录酶(RT)区的新变异rtA181C,并分析其表型耐药特点。方法 2010年6月解放军302医院确诊的慢性乙肝患者1例,提取血清HBV DNA,巢式PCR扩增HBVRT全基因,采用PCR产物直接双向测序结合克隆测序分析HBV RT区12个耐药相关突变位点。构建代表性克隆重组表达载体pTriEx-HBV1.1,瞬时转染人肝癌细胞系HepG2细胞,转染4h后加入不同浓度拉米夫定(LAM,终浓度为0、0.01、0.1、1、10、100μmol/L)、阿德福韦(ADV,终浓度为0、0.033、0.1、0.33、1、3.3μmol/L)、恩替卡韦(ETV,终浓度为0、0.001、0.01、0.1、1、10μmol/L)和替诺福韦(TDF,终浓度为0、0.01、0.1、1、10、100μmol/L),4d后采用实时荧光定量PCR检测不同药物浓度作用下培养细胞上清中HBV DNA的复制水平并分析其表型耐药特点。结果此例慢性乙肝患者序贯接受LAM治疗36个月→ADV治疗14个月→ETV治疗29个月,而后发生病毒学突破,HBV DNA由阴性升高至1.1×106IU/ml,ALT由正常升高至235U/L。直接测序显示HBV RT基因rtL180M+A181V+M204V变异,克隆测序得到18个克隆,其中9个为rtL180M+A181V+M204V变异株,7个为rtL180M+A181C+M204V变异株,1个为rtV173L+L180M+A181V变异株,1个为野生株。病毒复制力检测结果从高到低依次为:野生株>rtV173L+L180M+A181V>rtL180M+A181C+M204V>rtL180M+A181V+M204V。表型耐药分析显示,与野生株比较,rtL180M+A181V+M204V变异株和rtV173L+L180M+A181V变异株对LAM和ADV不敏感,rtL180M+A181C+M204V变异株对LAM和ETV不敏感。结论长期核苷(酸)类似物序贯治疗可引起多重耐药;rt181位点新的变异rtA181C与ETV长期用药有关,可能是新的ETV耐药变异位点。     

华北地区HBV基因亚型特点及其与核苷(酸)类抗HBV药物耐药突变的关系

目的研究乙型肝炎病毒(HBV)基因亚型在中国华北地区的分布情况及其对核苷(酸)类药物基因型耐药突变发生率的影响。方法提取2377例慢性乙肝(1942例)和乙肝相关肝硬化(435例)患者血清HBVDNA,采用巢式PCR扩增反转录酶(RT)基因区,对PCR产物直接测序,根据所测RT/S基因序列构建系统进化树确定HBV基因亚型,检测RT区耐药突变,将数据录入HBVdb数据库进行分析。结果感染HBV各基因亚型的例数为B1型10例(0.4%),B2型344例(14.5%),B3型6例(0.3%),B4型8例(0.3%),C1型28例(1.2%),C2型1937例(81.4%),C3型21例(0.9%),C4型6例(0.3%),D型17例(0.7%)。B2和C2亚型患者之间在性别、HBVDNA载量、总胆红素、丙氨酸氨基转移酶/天冬氨酸氨基转移酶(ALT/AST)水平、胆碱酯酶、凝血酶原活动度方面差异无统计学意义(P0.05);慢性乙肝患者中,C2亚型病毒感染的拉米夫定耐药突变V173L、L180M、M204I和阿德福韦酯耐药突变A181V检出率显著高于B2亚型病毒感染(P0.05);乙肝相关肝硬化患者中,B2亚型病毒感染的阿德福韦酯耐药突变N236T检出率显著高于C2亚型病毒感染(P=0.014)。结论我国华北地区流行的HBV以C型和B型为主,其中C2和B2为主要亚型,HBV基因亚型可能会影响临床核苷(酸)类药物的耐药突变发生率。     

恩替卡韦治疗拉米夫定失效慢性乙型肝炎的临床观察

目的观察恩替卡韦(ETV)治疗拉米夫定失效慢性乙型肝炎(CHB)的病毒学应答和耐药情况。方法对接受口服ETV(1.0mg/d,治疗疗程>12个月,基线HBVDNA≥104拷贝/ml)治疗的拉米夫定失效的41例CHB患者进行临床随访,定期检测其血清HBVDNA定量、乙型肝炎病毒标志物、肝功能及耐药情况。耐药检测采用半巢式PCR,对PCR产物进行直接测序,测序结果与GenBank报道的HBV序列进行同源性比对以检测ETV的耐药变异位点。结果41例患者接受ETV1.0mg/d治疗12个月时,39%(16/41)的患者HBVDNA转阴(<103拷贝/ml),64%基线ALT水平异常的患者ALT水平恢复正常(<40U/L),2名(7.7%)HBeAg阳性患者分别在治疗第10、12个月时获得HBeAg血清学转换。1例患者发生了ETV基因型耐药变异,耐药位点为rtL180M rtM204V rtS202G,该患者的基线血清中可检测到拉米夫定耐药突变(rtL180M rtM204V)。结论ETV(1.0mg/d)治疗拉米夫定失效CHB有效,但应警惕耐药变异的发生。