基于iTRAQ技术的肝细胞生长因子促进乳腺癌细胞侵袭的蛋白质组学研究

目的基于i TRAQ多重标记串联质谱技术系统性筛选乳腺癌患者血清蛋白表达的差异。方法提取血清蛋白,采用i TRAQ标记和ESJ-QTOF-QⅡ质谱检测,搜库和Scqffold软件分析得到各组间血清差异表达蛋白,采用蛋白质印迹法即免疫印迹法(Western Blot)对差异蛋白进行验证。结果 i TRAQ标记图谱显示乳腺癌组与健康对照组之间血清肝细胞生长因子(HGF)表达水平比较差异有统计学意义,Western Blot验证结果证实,乳腺癌患者血清中HGF表达水平同健康对照组比较,明显较高(P0.05)。结论通过i TRAQ技术系统性筛选乳腺癌患者血清蛋白表达的差异,发现乳腺癌细胞高表达HGF。     

大鼠发育期热性惊厥后海马microRNA差异表达谱的相关研究*

目的 通过microRNA （miRNA） 表达谱芯片分析并筛选大鼠发育期热性惊厥后脑损伤相关的 miRNA,探讨新的miRNA 在发育期热性惊厥后脑损伤中的作用,为热性惊厥的临床诊断和治疗开辟一条 新途径。方法 选取SPF 级野生型14 d 日龄SD 大鼠,通过经典热水浴连续处理7 d 诱导惊厥复制热性惊厥 模型,将反复惊厥的大鼠海马作为实验组,另选取健康大鼠海马作为对照组。利用大鼠miRNA 表达谱芯片 筛选两组海马组织差异表达miRNA（P <0.05,FC >1.5）,并利用生物信息学对芯片数据进行深入挖掘和分析; 通过实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证差异表达miRNA。结果 基于miRNA 表达谱芯片数据 分析,共获得31 个差异表达miRNA（P <0.05）,其中包括21 个上调miRNA,10 个下调miRNA。qRT-PCR 检 测结果与miRNA 表达谱芯片结果一致,证明芯片数据的可靠性;通过对所有差异表达miRNA 的靶基因GO 和Pathway 分析发现,显著富集的GO 主要包括基因转录、神经元分化、大脑及海马发育等（P <0.05）;显著富集 的Pathway 主要包括癌症相关FoxO 信号通路、PI3K/Akt 信号通路、多巴胺突触通路等（P <0.05）;miRNA 靶基 因数据库分析获得miR-148a-3p 相关靶基因186 个;差异miR-148a-3p 的靶基因GO 功能和Pathway 分析主 要涉及神经元保护、突触发生、大脑发育、FoxO 信号通路、PI3K/Akt 信号通路、Hippo 信号通路等（P <0.05）, 与神经免疫相关;miR-148a-3p 靶基因互作网络分析获得蛋白分子之间的相互关系;双荧光素酶实验表 明,NCOA1 是miR-148a-3p 调节的靶基因。结论 神经、免疫等多种相关因素可能在热性惊厥的发生、发展 中起非常重要的作用,为研究热性惊厥的发病机制提供新方向和新靶点。     

高血压脑出血患者脑组织microRNA表达谱及生物信息学分析

目的 构建高血压脑出血患者脑组织差异表达miRNA,并进行生物信息学分析。方法 选取行高血压脑出血手术患者脑血肿腔壁脑组织标本16例，同期选择重型颅脑损伤且具有高血压病史患者脑组织标本16例作为对照组。通过Trizol法提取标本总RNA,筛选出差异表达的miRNA。利用生物信息学技术分析差异表达miRNA的特点，通过String数据库得到靶基因蛋白互作分析结果，Cytoscape软件进行miRNA-mRNA核心调控网络可视化。结果 实验组与对照组相比较共筛选出差异表达miRNA 43个(P<0.05),其中上调miRNA共7个，下调miRNA共36个。对差异miRNA的靶基因进行KEGG/GO富集分析，得到与高血压脑出血相关的信号通路：cAMP信号通路、ErbB信号通路、Calcium信号通路、Wnt信号通路(P<0.05)。构建miRNA-mRNA可视化网络图，发现关联度最高的miRNA为：hsa-miR-1303、hsa-miR-1972、hsa-miR-362-3p、hsa-miR-101-3p、hsa-miR-378d, PPI蛋白互作分析发现连接度最高的前三个基因为：MAPK1、GRB2和RAC1。结论 差异miRNA可能在自发性高血压脑出血的发病机制中具有重要作用，可能为自发性高血压脑出血的治疗及预防提供潜在治疗靶点及方向。     

唐氏综合征胎儿羊水外泌体miRNA差异表达谱分析

目的 探讨胎儿羊水外泌体中miRNA在唐氏综合征（DS）胎儿生长发育中的作用。方法 收集DS胎儿羊水和正常胎儿羊水,分别提取羊水外泌体 miRNA。设置对照组：正常胎儿羊水外泌体 miRNA;DS 组：DS 胎儿羊水外泌体 miRNA。运用miRNA测序技术筛选出两组中差异表达的miRNA,并对差异表达的miRNA进行靶基因预测及功能分析（GO）和信号通路分析。从差异表达的miRNA中挑选3个与DS表型最相关的miRNA进行qPCR验证。通过双荧光素酶报告基因技术验证let-7d-5p对BACH1的靶向调控作用。结果 和对照组相比,DS组中存在15个差异表达的miRNA,其中表达上调的miRNA有7个,表达下调的miRNA有8个。靶基因预测结果发现差异表达的miRNA可以靶向调控17种与DS相关的基因。GO分析发现靶基因主要功能与蛋白结合、蛋白转运、ATP结合、转移酶活性、突触等有关。Pathway通路分析发现富集显著的功能通路与神经系统发育有着密切的联系。qPCR验证结果发现与对照组相比,DS组中miR-140-3p、let-7d-5p水平显著降低（P<0.05）,与测序结果一致;而DS组中miR-4512水平较对照组显著增加（P<0.05）,与测序结果相反。双荧光素酶报告基因检测结果证实let-7d-5p可靶向调控BACH1的表达。结论 羊水外泌体let-7d-5p可能通过调控BACH1的表达促进DS胎儿大脑氧化应激事件。     

阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs靶基因信号通路调控分析

目的:探索口腔扁平苔藓(Oral Lichen Panus,OLP)的中医证候研究方法,探寻阴虚火旺型OLP的miRNAs表达特征,分析实验获得的阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs的靶基因信号通路。方法:选取3例阴虚火旺型口腔扁平苔藓患者及3例正常人血液,分离提取miRNA,荧光标记后与miRNA基因芯片杂交,SAM软件筛选阴虚火旺型OLP患者和正常人有表达差异的miRNA,运用Targetscan软件及Kegg和Biocarta数据库分析阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs靶基因信号通路。结果:获得5个口腔扁平苔藓特异表达miRNA,3个下调,2个上调,其中hsa-miR-18a miRNA相关的有统计学意义的信号通路共12条(P<0.01);hsa-miR-99bmiRNA基因相关的有统计学意义的信号通路有2条(P<0.05)。结论:基因芯片技术可用于口腔扁平苔藓中医证候研究,hsa-miR-18a上调和hsa-miR-99b下调可能是阴虚火旺型口腔扁平苔藓的标志性mi RNA,并且hsa-miR-18a可能通过12条信号通路调控OLP的发生发展,以及hsa-miR-99b可能通过2条信号通路调控OLP...     

高尿酸血症患者外周血miRNA表达谱的分析及ceRNA网络构建

目的:探讨高尿酸血症(HUA)患者外周血miRNA表达谱及ceRNA网络构建。方法:对5例HUA患者及5名体检健康者外周血单个核细胞miRNA表达水平进行检测并测序,筛选出差异表达的miRNA分子。利用miRwalk、miRBD、miRTarBase和targetscan数据库预测miRNA的靶基因;circbank数据库预测circRNA-miRNA的靶向结合关系。通过DAVID和Metascape数据库对靶基因的基因功能和通路富集分析。利用Cytoscape构建主要信号通路的circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果:在HUA患者与体检健康者中,共发现47种已知miRNA和4种新miRNA差异表达,其中已知差异表达miRNA有25种上调,22种下调。差异表达miRNA的靶基因主要富集在癌症和细胞衰老相关信号通路。基于ceRNA理论构建的癌症相关信号通路circRNA-miRNA-mRNA调控网络,涉及96个circRNA节点、13个miRNA节点及212个mRNA节点。结论:HUA患者外周血miRNA表达谱与健康体检者存在差异,且差异表达miRNA靶基因与癌症的发生发展密切...     

患者血清microRNA表达谱及相关生物信息学分析

探讨慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者血清中microRNA(miRNA)的差异性表达谱,并通过生物信息学探索其意义。方法 下载GEO数据库开源数据集（GSE70080）,分析慢阻肺患者与正常人血清的miRNA差异性表达谱,分析其对慢阻肺的诊断价值,运用miRTarbase、Target Scan、PicTar 、miRDB等软件预测和筛选miRNAs的靶基因,并将得出的上述靶基因功能富集、信号通路及蛋白质互作网络分析。 结果 该数据集中慢阻肺与健康对照组血清差异表达的miRNA共62个(P＜0.05) ,其中较对照组上调8个,下调54个,上调miRNA和下调miRNA诊断慢阻肺的受试者曲线下面积分别为0.938和0.969。靶基因预测显示差异性表达miRNA共有15099个靶基因,GO功能分析显示上述靶基因主要涉及Wnt、MAPK、NF-κB等重要生物学过程,KEGG分析主要富集于Wnt、NF κB、MAPK等信号通路。miRNA和mRNA的网络图显示SLC4A8与多个miRNA相关。蛋白质互作网络显示靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,ACVR1B、ACVRL1、KRT2、KRT74、KRT82在互作网络中具有核心地位。结论 慢阻肺患者的血清miRNA存在差异性表达,miRNA可能通过调控靶基因参与调控相关的生物功能和通路参与慢阻肺发病机制调控     

甲状腺微小乳头状癌患者血浆microRNA差异表达谱的研究

目的比较甲状腺微小乳头状癌患者与甲状腺良性结节患者血浆小分子RNA（miRNA）表达谱的差异,初步分析差异miRNA靶基因的功能。方法收集并分离5例甲状腺微小乳头状癌和5例甲状腺良性结节患者的血浆,采用miRNA-seq方法筛选出两组差异表达miRNA,进一步采用mirdbV5和TaregetScan7.1对差异表达miRNA进行靶基因预测,并运用GeneOntology（GO）分析和KEGG信号通路数据库初步分析靶基因功能。结果与甲状腺良性结节相比,甲状腺微小乳头状癌共有11个miRAN表达有显著差异,其中上调3个,下调8个;3个上调的miRNA通过两个软件共同预测到靶基因76个,8个下调miRNA共同预测到靶基因298个。上调miRNA靶基因GO分析提示与蛋白质修饰和细胞分解代谢有关。下调的miRNA靶基因GO分析结果提示与代谢以及生物合成有关。KEGG分析提示差异miRNA与RNA降解以及HIF-1信号通路相关。结论甲状腺微小乳头状癌与甲状腺良性结节miRNA表达谱存在明显差异,这些差异表达的miRNA可能与蛋白质修饰、细胞代谢以及生物合成、HIF-1信号通路有关。     

胃癌中P53诱导相关微小RNA靶基因预测及生物信息学分析

目的：利用生物信息学预测胃癌中 P53诱导相关微小 RNA（miRNA）的靶基因及功能。方法通过胃癌的限定,用在线数据库mir2disease、Gene Expression Atlas缩小目的基因范围。利用在线预测软件miRNA 靶基因数据库 miRGen（v3．0）预测目标miRNA的靶基因。通过在线软件DAVID和Pathway Miner对预测的靶基因数据集进行功能富集和信号转导通路分析。结果胃癌中P53诱导相关miRNA包括miR-21、miR-25、miR-103等,预测miR-21靶基因共1090个,其中在胃癌中下调共115个;Pathway Miner分析显示miR-21的靶基因涉及黏附连接、胰岛素信号转导通路、细胞凋亡、钙信号转导通路、JAK-STAT信号转导途径等。结论 miR-21靶基因涉及多个肿瘤发生、发展相关信号通路。     

乳腺癌差异表达miRNA在预后中的意义

目的 运用生物信息学方法研究复发转移乳腺癌组织中的差异表达MicroRNAs,预测其在乳腺癌预后中的分子调控网络。方法 从GEO数据库中获取乳腺癌组织MiRNA表达谱,包括131例10年内无远处转移复发者,79例10年内有复发者。GEO2R在线分析工具筛选差异表达MiRNA,靶基因预测验证数据库预测miRNA靶基因,使用DAVID工具的基因功能注释和通路富集方法对靶基因进行分析。TF-miRNA调控数据库寻找其上游转录因子,Cytoscape软件构建互作网络。结果 复发转移组乳腺癌组织共筛选到差异表达的miRNA 5个,其中表达上调3个,表达下调2个。得到4个相关上游转录因子HIF1A、EGR1、FOXM1、ESR2,与差异miRNA共调控154个的靶基因。靶基因功能集中在BMP信号通路,TGF-β信号通路,细胞骨架组装功能和Rho GTPases信号通路。结论 差异性表达的miRNA包括hsa-miR-210、hsa-miR-33a、hsa-miR-32、hsa-miR-135a、hsa-miR-30a-3p,利用生物信息学方法,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的新策略研究开辟新思路。