胃癌中IRX1的表达与启动子区甲基化的相关性

目的 探讨胃癌中同源盒基因IRX1的表达与启动子区甲基化修饰之间的关系.方法 生物信息学软件分析IRX1基因启动子区;RT-PCR检测胃癌细胞株及手术切除胃癌组织IRX1基因mRNA表达水平;MSP及BSP法检测启动子区甲基化状态;检测去甲基化试剂5-杂氮-2'-脱氧胞苷的干预对胃癌细胞IRX1基因表达的逆转效应.结果 经生物信息学预测IRX1基因转录起始点上游启动子区富含CpG岛;胃癌细胞株及胃癌组织IRX1基因表达有不同程度下调;MSP及BSP检测显示所有胃癌细胞株启动子区呈高甲基化状态;经5-Aza-CdR处理的细胞株IRX1基因的表达有不同程度上调.结论 胃癌中IRX1基因的表达下调与启动子区甲基化修饰有一定关系,为探讨IRX1基因作为去甲基化治疗靶点的可能性提供了实验数据.     

3种胃癌细胞株中GSTP1基因表达及其启动子区甲基化状态的研究

目的研究候选基因GSTP1在胃癌细胞株中的表达及其启动子区的甲基化状态,初步探讨胃癌细胞株GSTP1基因表达水平与其启动子区甲基化的相关性。方法采用RT-PCR和Western blot技术分别检测GSTP1在人胃癌细胞株MGC803、BGC823和SGC7901中的mRNA和蛋白表达水平。甲基化特异性PCR(MSP)法检测启动子区域甲基化状态。分别用不同浓度的去甲基化药物5-氮杂胞苷处理GSTP1基因启动子区高甲基化状态细胞后,再检测GSTP1基因蛋白表达水平。结果人胃癌细胞株BGC823和SGC7901中GSTP1 mRNA和蛋白呈阳性表达,MGC803中mRNA和蛋白呈阴性表达;BGC823和SGC7901细胞GSTP1基因启动子区域未发生甲基化,而MGC803细胞启动子区呈高甲基化状态;经5-氮杂胞苷药物干预后,MGC803细胞的GSTP1蛋白表达明显增强。结论胃癌MGC803细胞株中GSTP1基因表达沉默与启动子区高甲基化状态有关。     

5-Aza-CdR体外诱导人肺癌细胞株p16基因去甲基化

目的观察人肺癌细胞株H719p16基因启动子区甲基化状态,并探讨去甲基化制剂5-氮杂-2′-脱氧胞苷(5-Aza-CdR)诱导H719细胞株高甲基化失活的pl6基因重新表达的可能性。方法MSP法检测体外培养的人肺癌细胞株p16基因启动子区甲基化状态,并应用不同浓度的5-Aza-CdR处理人肺癌细胞株H719,MSP法检测用药后细胞中p16基因的甲基化状态,并用RT-PCR方法及Western Blot方法检测用药前后细胞中p16基因mRNA和蛋白水平变化。结果p16基因在人肺癌细胞株H719中启动子区呈甲基化状态,经过5-Aza-CdR处理后,p16基因启动子区呈去甲基化状态,并且其mRNA及蛋白恢复表达。结论启动子区异常甲基化是人肺癌细胞株p16基因失活的可能原因,5-Aza-CdR能逆转p16基因甲基化状态。     

PTCH1基因甲基化在胃癌发病中的作用

目的:探讨PTCH1基因甲基化在胃癌发生中的作用及去甲基化试剂5-氮杂-2′-脱氧胞苷(5-Aza-dC)对胃癌的治疗作用。方法:选取10例胃癌组织及其癌旁正常组织和胃癌细胞株AGS,抽提组织和细胞的总RNA和基因组DNA。实时定量QRT-PCR检测PTCH1基因的mRNA表达,MSP(methylation specific PCR)分析PTCH1基因启动子区甲基化变化。用5-Aza-dC处理AGS细胞株,流式细胞术检测细胞周期和凋亡并观察PTCH1基因甲基化水平的改变。结果:胃癌组织、癌旁正常组织和胃癌细胞株AGS中PTCH1基因表达和启动子甲基化水平呈负相关,相关系数为-0.591（P=0.006）;5-Aza-dC的处理可引起胃癌细胞AGS细胞发生凋亡和G0/G1期阻滞,PTCH1基因发生去甲基化变化并表达增加。结论: PTCH1基因启动子区高甲基化是胃癌细胞PTCH1低表达主要原因之一,5-Aza-dC能逆转PTCH1基因甲基化状态,调控其表达,对胃癌具有一定的治疗作用。     

3种结肠癌细胞株中DLC-1基因的表达及其启动子区的甲基化状态研究

目的:研究候选抑癌基因DLC-1在结肠癌细胞株中的表达及其启动子区的甲基化状态,初步探讨结肠癌细胞株DLC-1基因表达水平与其启动子区甲基化的相关性.方法:采用RT-PCR技术分别检测DLC-1基因在人结肠癌细胞株CaCo-2、HT-29和LoVo中的表达水平;应用甲基化特异性PCR(MSP)方法和亚硫酸氢盐修饰DNA测序检测启动子区域甲基化状态;分别用0、5、10 μmol·L-1浓度的去甲基化药物5氮杂胞苷处理DLC-1基因启动子区域高甲基化状态细胞后,再检测DLC-1基因mRNA表达水平.结果:人结肠癌细胞株CaCo-2和LoVo中DLC-1 mRNA呈阳性表达,HT-29中的表达呈阴性表达;CaCo-2和LoVo细胞DLC-1基因启动子区域未发生甲基化,而HT-29出现启动子区高甲基化状态;经5氮杂胞苷药物干预后,HT-29结肠癌细胞的DLC-1基因表达明显增强.结论:结肠癌细胞株HT-29中DLC-1基因表达沉默与启动子区高甲基化状态有关.     

SOX7基因在胰腺癌细胞株的表达及其启动子区甲基化状态的研究

目的:检测SOX7基因在胰腺癌细胞株中的表达及其启动子区的甲基化状态,初步探讨两者之间的关系?方法:采用RT-PCR检测SOX7基因在胰腺癌细胞株BXPC-3?CFPAC-1?PANC-1和SW1990中的表达水平?重亚硫酸盐测序PCR(bisulfite sequencing PCR,BSP)和结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法 (combined bisulfite restriction analysis,COBRA)检测启动子区域甲基化状态?采用去甲基化药物5-氮杂胞苷(5-aza-2-adeoxycytidine,5-aza-dC)处理各细胞株后,检测SOX7基因的mRNA表达和甲基化状态变化?结果:在胰腺癌细胞株BXPC-3?CFPAC-1中SOX7基因的mRNA呈阳性表达,而在PANC-1和SW1990中SOX7基因表达沉默;与BXPC-3?CFPAC-1相比,PANC-1和SW1990中SOX7基因启动子区甲基化率较高?经过去甲基化处理后,PANC-1与SW1990中SOX7启动子区的甲基化率下降,基因重新表达?结论:胰腺癌细胞株PANC-1和SW1990中的SOX7基因表达与启动子区甲基化状态有关,启动子区的高甲基化导致PANC-1? SW1990中SOX7基因的表达沉默?     

人胃癌细胞株CDX2基因表达与其启动子区甲基化的关系

目的:探讨人胃癌细胞株CDX2基因表达与其启动子区甲基化的关系.方法:不同浓度5-aza-CdR处理MKN45细胞株,甲基化特异性PCR(MSP)检测用药前后CDX2启动子甲基化状态;实时荧光定量RT-PCR和Western Blot分别检测CDX2和DNMT1 mRNA和蛋白表达.结果:MKN45细胞株CDX2基因启动子区域高甲基化,CDX2 mRNA表达极低,蛋白不表达;经3种浓度5-aza-CdR处理MKN45细胞72 h后,细胞中CDX2 mRNA和蛋白表达均出现上调,而DNMT1表达出现下调.结论:CDX2基因表达下调与其启动子CpG岛高甲基化有关,DNMT1可能参与该过程的调节.     

CITED2基因CpG岛甲基化与先天性心脏病的关系

目的 研究先天性心脏病患儿CITED2基因启动子区CpG岛的甲基化情况,并探讨其在该病发病中所起的作用.方法 收集43例先天性心脏病患儿及2例意外死亡儿童右心耳组织,对CITED2基因进行突变筛查,同时利用生物信息学筛选,分别用亚硫酸氢盐修饰结合测序(BSP)及甲基化特异性PCR (MSP)检测CITED2基因启动子区CpG岛的甲基化情况,并运用实时荧光定量PCR检测CITED2基因mRNA的表达.结果 先天性心脏病组启动子区存在4例杂合子突变(均为-341 T＞G),此突变对CITED2基因mRNA的表达无影响.其中BSP法成功检测到先天性心脏病组甲基化阳性率为83.3％(10/12),MSP法分析发现甲基化阳性率为84.2％(16/19),同时CITED2基因异常甲基化使其mRNA的表达明显减低(P＜0.05).结论 先天性心脏病中存在CITED2基因CpG岛的异常甲基化,此甲基化下调了CITED2基因mRNA的表达.     

５ 氮杂 ２′ 脱氧胞苷诱导肝癌细胞株ＳＬＩＴ２基因去甲基化的实验研究

目的：观察肝细胞癌（HCC）细胞株SUN449、BEL-7402、SMMC-7721、Hep3B及epG2中SLIT2基因在5-Aza-CdR作用后,其启动子区甲基化状态及表达的变化,探讨HCC细胞株中SLIT2基因调控规律及甲基化调节抑制剂5-Aza-CdR对SLIT2基因转录的影响。方法对上述 HCC 细胞株体外培养,MSP法检测 HCC 细胞株中 SLIT2启动子相关区域的甲基化状况。应用10 mmol／L浓度的5-Aza-CdR处理体外培养的5种HCC细胞后,MSP法检测用药前后细胞中SLIT2基因的甲基化状态,RT-PCR法检测用药前后细胞中SLIT2 mRNA的变化。结果 SLIT2基因在各细胞株中启动子区呈异常高甲基化状态,mRNA低表达。经过5-Aza-CdR处理后,SLIT2基因启动子区呈显著去甲基化状态,其mRNA表达增强。结论启动子区异常甲基化是HCC细胞SLIT2基因失活的主要原因之一,去甲基化制剂5-Aza-CdR能逆转SLIT2基因甲基化状态,从而调控SLIT2基因表达。     

胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测

目的研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征。方法从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及夕端转录起始点上、下游各3000bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达。结果IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白。7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低。57例正常胃黏膜有IRX1mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%。结论IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关。IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础。     

胰岛素样生长因子结合蛋白7基因在胃癌细胞中的表达及甲基化调控

目的 研究胰岛素样生长因子结合蛋白7（IGFBP7）mRNA在胃癌细胞中的表达及其甲基化调控。方法 分别培养胃癌细胞株高分化MKN-28、中分化SGC-7901和AGS、低分化MKN-45以及胃黏膜正常上皮细胞（GES-1）。提取细胞RNA,采用RT-PCR法检测IGFBP7 mRNA在各细胞株中的表达。提取细胞基因组DNA,甲基化修饰后采用甲基特异性PCR（MSP）分析其CpG岛甲基化状态。采用不同浓度去甲基化药物5'-杂氮-2'-脱氧胞嘧啶（5-aza-dc）处理细胞株后,经Real-time PCR定量药物处理前后各细胞株IGFBP7 mRNA的相对表达量。结果 各肿瘤细胞株中IGFBP7 mRNA表达较GES-1降低或消失。MSP检测IGFBP7 mRNA表达降低和消失的细胞株均有CpG岛不同程度的甲基化。不同浓度5-aza-dc处理细胞后,IGFBP7 mRNA的表达量呈剂量依赖性增高。结论 IGFBP7 mRNA在胃癌细胞株中低表达或不表达,其表达下调与其CpG岛甲基化有关。5-aza-dc可使IGFBP7 mRNA表达降低的胃癌细胞株重新表达IGFBP7 mRNA,提示IGFBP7基因CpG岛甲基化可能是IGFBP7在胃癌细胞系中表达缺失的分子机制。     

白血病细胞系中WT1基因启动子区域DNA甲基化的研究

目的应用基于聚合酶链反应(PCR)的实验方法,研究白血病细胞系中WT1基因启动子区域的DNA甲基化水平及其与WT1基因表达的关系.方法采用RT-PCR技术及甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)技术,检测HL-60、Jurkat及KG-1等白血病细胞系中WT1基因mRNA表达水平及其启动子区域的DNA甲基化状态;以5-杂氮脱氧胞嘧啶(5-aza-CdR)对启动子区域DNA高甲基化的U937细胞系进行去甲基化处理后,观察WT1基因表达水平的改变.结果 HL-60、K562、KG-1、NB4及SHI-1细胞系中WT1水平高表达,而Jurkat和U937细胞表达水平极低,同时检测到这两个细胞系存在WT1基因启动子区域DNA高甲基化;经去甲基化处理后,U937细胞系的WT1基因表达水平较未处理者升高.结论 WT1基因启动子区域DNA高甲基化是抑制其表达的机制之一.     

ERα基因启动子甲基化状态对乳腺癌细胞系MTA1 mRNA和蛋白表达水平的影响

目的: 探讨乳腺癌细胞系中雌激素受体α(ERα)启动子甲基化状态的改变对其MTA1 mRNA和蛋白表达水平的影响,阐明ERα启动子去甲基化对MTA1基因表达的作用。方法: 用去甲基化药物5-Aza-dC处理ERα启动子高甲基化状态的MDA-MB-435s和低甲基化状态的MDA-MB-231乳腺癌细胞系为5-Aza-dC处理组,同时设 2种细胞系的未处理组为对照组。甲基化特异性PCR(MSP)法检测各组细胞ERα启动子甲基化状态。Western blotting法检测各组细胞MTA1蛋白表达水平,RT-PCR法检测各组细胞MTA1 mRNA表达水平。结果: 5-Aza-dC逆转了MDA-MB-435s和MDA-MB-231细胞系ERα启动子甲基化状态; MDA-MB-435s乳腺癌细胞系中,与对照组比较,5-Aza-dC处理组MTA1 mRNA及蛋白表达水平均下调(P<0.05);MDA-MB-231乳腺癌细胞系中,与对照组比较,5-Aza-dC处理组MTA1 mRNA及蛋白表达水平亦均下调(P<0.05)。结论: 改变MDA-MB-435s和MDA-MB-231乳腺癌细胞系ERα基因启动子甲基化状态后,MTA1 mRNA和蛋白表达均下降,提示ERα启动子去甲基化后可以下调MTA1基因的表达,二者之间存在调控关系。     

应用BSP联合TA克隆测序检测胰腺癌中RASSF1A基因启动子区异常甲基化

目的:检测Ras相关区域家族1A(Ras association domain family 1A,RASSF1A)在胰腺癌细胞株中的甲基化和表达状态,探讨其启动子异常甲基化在胰腺癌发病过程中的作用?方法:采用重亚硫酸盐测序PCR(bisulfite genomic sequencing PCR,BSP)联合TA克隆测序检测胰腺癌细胞株PANC-1及胰腺癌组织?癌旁组织及正常胰腺组织中RASSF1A启动子区CpG岛的甲基化状态,以甲基化酶抑制剂5-aza-2-deoxycitydine(5-aza-dC)处理PANC-1,观察处理前后甲基化率变化情况,逆转录PCR观察RASSF1A 的mRNA表达情况?结果:在PANC-1细胞中RASSF1A启动子的甲基化率平均为100.00%,在正常胰腺?癌旁及癌组织中平均分别为1.79%?93.75%和100.00%,与正常胰腺组织相比,胰腺癌旁及癌组织的RASSF1A启动子甲基化率明显增高(P < 0.01),而癌旁及癌组织之间无明显差异(P > 0.05)?在PANC-1细胞?胰腺癌组织及癌旁组织中RASSF1A基因无表达,在正常胰腺组织中RASSF1A基因呈阳性表达;PANC-1细胞经5-aza-dC处理后,RASSF1A的甲基化率下降(88.89%,P < 0.05),mRNA表达无变化?结论:胰腺癌细胞株PANC-1及癌组织?癌旁组织RASSF1A基因表达与启动子区甲基化状态有关,启动子区的高甲基化导致PANC-1中RASSF1A基因的表达沉默?该基因异常甲基化有望成为胰腺癌的早期诊断指标和治疗靶点?     

人肺癌组织细胞中HIN-1基因甲基化分析

目的:HIN-1(High in normal-1)是新近鉴定的一个抑癌基因,在乳腺癌细胞中,HIN-1启动子区的高甲基化导致其表达沉默。本研究拟探讨肺癌组织和6种肺癌细胞株中抑癌基因HIN-1启动子区内的甲基化修饰水平。方法:甲基化特异性PCR(MSP)和Biosulfite(亚硫酸氢钠)测序法鉴定样品中HIN-1启动子内CpG甲基化状态,RT-PCR法检测5-aza-dc处理前后HIN-1在细胞内的表达水平。结果:在60例肺癌样本中,HIN-1启动子甲基化阳性样本为35例(阳性率58.3%),而5例正常肺组织样品均为阴性反应。采用RT-PCR法分析了肺癌细胞株H157,H358,H1299,A549,H727,DMS53内HIN-1基因的表达水平,发现前4种细胞株内HIN-1表达水平极低,也是在这4种肺癌细胞中,HIN-1基因启动子呈高甲基化状态。用去甲基化试剂5-aza-dc处理上述4种细胞96h后,所有这4种细胞内均出现HIN-1基因的重新活化。结论:抑癌基因HIN-1启动子高甲基化导致的HIN-1表达抑制可能是肺癌发生发展的重要因素。     

胃癌细胞系中组蛋白H3-K9甲基化与错配修复基因hMLH1表达及DNA甲基化的关系

目的 探讨胃癌细胞系中组蛋白H3-K9甲基化与DNA甲基化及错配修复基因hMLHI表达的关系.方法 应用去甲基化制剂5-氮杂-2'-脱氧胞苷(5-Aza-dC)作用于2个胃癌细胞系,MGC-803和BGC-823.应用染色质免疫沉淀(CHIP)、甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)分析药物作用前后hMLH1基因启动子区域组蛋白H3-K9甲基化、DNA甲基化和hMLH1基因表达.结果 MGC-803细胞系中,沉默的hMLH1基因启动子区域表现为DNA甲基化和组蛋白H3-K9高甲基化,5-Aza-dC不但能使DNA发生去甲基化,使沉默的hMLH1基因重新表达,而且能降低沉默位点的H3-K9甲基化水平.BC,C-823细胞不表达hMLH1基因,其DNA非甲基化,与MGC-803细胞相比较,其组蛋白H3-K9甲基化水平低.5-Aza-dC对BGC-823细胞中的基因表达、DNA甲基化和H3-K9甲基化没有影响.结论 在胃癌中,hMLH1基因启动子区组蛋白H3-K9的甲基化与DNA甲基化及基因沉默相关,去甲基化制剂可调控DNA甲基化、基因表达和组蛋白1-13-K9甲基化.     

膀胱癌中GDF15基因启动子区甲基化检测及逆转其甲基化状态对5637膀胱癌细胞增殖、迁移、侵袭的影响

目的 检测生长分化因子15(GDF15)在膀胱癌中的甲基化状态,探讨其启动子区异常甲基化对于膀胱癌发生发展的作用.方法 应用重亚硫酸盐测序PCR(BSP)联合T-载体PCR产物(TA)克隆检测人膀胱移行细胞癌细胞系5637、HT1376、KU19-19、膀胱癌组织、癌旁组织、正常组织样品中GDF15启动子区甲基化状态,并用甲基化酶抑制剂5-Aza-2-deoxycitydine(5-Aza-dc)处理5637,观察处理前后平均甲基化率的变化情况,Western blot法检测5637处理前后蛋白表达情况,MTT法检测细胞增殖情况,划痕实验检测迁移情况,Transwell法检测侵袭能力.结果 5637、HT1376、KU19-19细胞中GDF15启动子区平均甲基化率为89.29%、10.71%、8.33%,肿瘤组织、癌旁组织及正常组织分别为86.91%、9.52%、5.95%,膀胱癌组织中 GDF15启动子区甲基化率较癌旁组织和正常组织中高,差异有统计学意义(P<0.05);5-Aza-dc可以逆转5637中GDF15的甲基化状态:与处理前相比,处理组5637细胞系GDF15蛋白表达增加,增殖、迁移、侵袭能力下降,差异有统计学意义(P<0.05).结论 膀胱癌中GDF15基因表达与甲基化状态有关,启动子区高甲基化导致基因沉默,逆转甲基化状态可以使基因蛋白表达增加,细胞增殖、迁移、侵袭能力均降低.GDF15基因甲基化异常状态有可能成为膀胱癌诊断的潜在靶点.     

胰腺癌中人RUNT相关转录因子3基因启动子区甲基化及其临床意义

目的检测胰腺癌人RUNT相关转录因子3(RUNX3)基因启动子的甲基化情况并探讨其临床意义。方法采用甲基化特异性聚合酶链式反应(MSP)检测56例胰腺癌组织及癌旁组织、14例正常胰腺组织、3株人胰腺癌细胞株(PANC1、CFPAC-1、SW1990)、1株正常肝细胞株(HL-7702)中RUNX3基因启动子区CpG岛甲基化状态。检测用甲基化抑制剂5-氮杂-2’-脱氧胞苷(5-Aza-cdR)处理前后胰腺癌细胞株RUNX3 mRNA的表达。分析RUNX3异常甲基化与胰腺癌临床特征的关系。结果56例胰腺癌组织中,51.79%(29/56)存在RUNX3基因启动子区CpG岛的异常甲基化,癌旁胰腺组织有10.7%(6/56)存在异常甲基化,而正常胰腺组织中未检测到RUNX3基因异常甲基化。RUNX3基因异常甲基化与患者病理分化程度(r=0.314,P=0.018)、淋巴结转移(r=0.370,P=0.005)显著相关。在5-Aza-cdR处理前,胰腺癌细胞株PANC1、CFPAC-1、SW1990的RUNX3 mRNA无表达或低表达,经5-Aza-cdR处理后各胰腺癌细胞株RUNX3 mRNA恢复表达。结论胰腺癌组织及胰腺癌细胞株均存在RUNX3基因CpG岛异常甲基化;RUNX3启动子的高甲基化与其基因表达降低有关,与胰腺癌组织分化程度、淋巴结转移相关。