基于网络药理学与实验验证探讨裘氏内异方治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的 运用网络药理学结合动物实验验证,探究裘氏内异方治疗子宫内膜异位症(EMs)的作用机制。方法 利用超高效液相色谱-飞行时间质谱(UPLC-Q/TOF-MS)联用技术结合文献检索筛选出裘氏内异方有效活性成分；于TCMSP数据库获取活性成分的基因靶标；于DisGeNET、DRUGBANK、GeneCards、OMIM 数据库筛选疾病相关靶点,利用 Venny 2.0 数据库获取药物作用靶点与EMs疾病靶点的交集靶点；通过 STRING11.0数据库平台,构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心作用靶点；利用Cytosacpe软件构建活性成分-靶标网络；利用 DAVID数据库平台分析 KEGG 通路。通过子宫异位内膜大鼠模型进行相关验证,随机分为 6 组,分别为正常组(假手术组)、模型组(空白对照组)、孕三烯酮组(阳性对照组)、裘氏内异方高剂量组(QNY-H组)、裘氏内异方中剂量组(QNY-M组)、裘氏内异方低剂量组(QNY-L组),每组 10只。不同药物处理 4周,测定各组子宫内膜异位病灶面积及病变的粘连评分,并进行病理形态学观察。同时测定各组经网络药理学筛选出的最有可能的核心靶标和通路的靶蛋白和靶基因表达水平,以验证裘氏内异方治疗EMs的机制。结果 共筛选出裘氏内异方有效活性成分19种,对应裘氏内异方的240个靶标。3816个基因与EMs密切相关,其中132个与裘氏内异方的靶点重叠,被认为与治疗相关。通过网络药理学分析,预测裘氏内异主要活性成分木犀草苷、槲皮素、延胡索甲素、淫羊藿苷、山柰酚等,可能通过 AKT1、IL-6、VEGFA、EGFR、JUN等靶点,作用于 PI3K-AKT、雌激素等信号通路从而治疗EMs。动物实验方面,与正常组相比,模型组大鼠子宫异位内膜面积、Di Paola R评分、子宫HE评分、PI3K、Akt、VEGFA蛋白表达水平均显著上升(P<0.01),p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt蛋白表达水平显著性降低(P<0.01)；与模型组相比,孕三烯酮组和裘氏内异方高、中、低剂量组大鼠子宫异位内膜面积、Di Paola R评分、子宫HE评分、PI3K、Akt、VEGFA蛋白表达水平显著性降低均显著下降(P<0.05或P<0.01),p-PI3K/PI3K、p-Akt/Akt蛋白表达水平显著性升高(P<0.05或P<0.01)。结论 裘氏内异方是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗EMs,干预PI3K-AKT 信号通路可能是其主要作用机制之一。     

二仙汤治疗卵巢早衰作用网络与机制研究

目的:运用网络药理学方法探析二仙汤治疗卵巢早衰(POF)的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选二仙汤活性成分和其作用相关靶点,然后通过毒性与基因比较数据库(CTD)、药物基因组学知识库(PharmGKB)、药物作用靶点数据库(TTD)、基因卡片数据库(Gene Cards)、遗传关联数据库(GAD)等建立POF靶标数据库。基于二仙汤潜在靶标与POF靶标之间的匹配结果,通过Cytoscape软件构建网络图以分析这些靶标之间的相互作用并通过拓扑筛选核心靶标。采用基因组注释数据库(DAVID)对核心靶标进行基因本体(GO)、信号通路富集分析。结果:二仙汤中筛选得到94个活性化合物,及126个与POF对应的靶标。拓扑分析最终得出15个关键靶标,经过GO富集分析显示15个关键基因主要被集中在细胞外信号调节蛋白激酶1/2(ERK1/2)级联的正调控、血管生成、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联、凋亡过程的积极调控、磷脂酰肌醇-3-激酶信号转导的调控、炎症反应、对氧化应激的反应等59个显著生物过程,而二仙汤治疗POF可能涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、MAPK信号通路、叉头样转录因子(FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路、Wnt信号通路等55条信号通路。结论:二仙汤治疗POF具有多成分-多靶标-多通路的特点,为进一步拓展POF的药物治疗及二仙汤的临床应用提供了参考方向。     

基于网络药理学研究三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的作用机制

目的:应用网络药理学的方法,研究三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)数据库以及手工查阅相关文献,搜集并整理三棱-莪术药物的活性成分及其靶标。通过人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和人类基因数据库(Genecards)获得三棱-莪术药对治疗肝细胞癌潜在的靶标基因。使用Cytoscape 3.7.2软件建立相应的"成分-靶标"网络。结合String(functional protein association networks)数据库,构建其蛋白质相互作用网络。运用Bioconductor工具、R统计编程软件进行三棱-莪术药对的作用靶标进行相应的基因本体论(GO)分类富集分析以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共筛选得到6个活性成分,包括豆甾醇、β-谷固醇、丁芒柄花黄素等和39个作用靶标,包括雌激素受体1、雄激素受体、核受体共激活剂2、核受体亚家族3C组成员1、孕激素受体等,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、雌激素信号转导途径、胆碱能突触等主要信号通路。结论:本研究基于网络药理学的方法初步预测了三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的可能作用机制,三棱-莪术治疗肝细胞癌主要通过神经活性配体-受体相互作用、雌激素信号转导途径、胆碱能突触等信号通路发挥作用。     

基于网络药理学探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制

目的 运用网络药理学方法探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大泻心汤中单味药的活性成分及其靶点。利用疗效药靶数据库(TTD)、DisGeNET数据库查找肺癌相关靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件确定该复方治疗肺癌的关键靶标,绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,同时构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络构建图。使用DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并使用Omicshare Tools进行可视化。结果 大泻心汤共筛选获得164个活性成分,与肺癌疾病靶点交集出154个共同靶点,通过筛选共同靶点得到27个关键靶点,主要为信号转导和转录活化因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)及肿瘤抑制基因TP53等。GO功能分析显示与细胞氧化应激反应、核受体、转录因子调节等有关;KEGG信号通路富集分析得到173条信号通路,主要涉及乙型肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、小细胞...     

黄芪治疗慢性肾炎中的网络药理学研究

目的基于网络药理学探讨黄芪治疗慢性肾炎的作用靶点和机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出黄芪的有效中药活性成分及中药靶标,之后从Gene Cards数据库筛出慢性肾炎的疾病靶标,然后利用Cytoscape 3.7.0软件绘制得到相应调控网络,在String数据库中构建出黄芪与慢性肾炎共同靶标的蛋白相互作用网络。最后利用R软件对二者的共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果筛选后得到黄芪有效药物成分20个,对应的药物-疾病作用靶点共74个,包括VEGFA、蛋白激酶AKT1、CXCL8等。GO功能富集分析主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、氧化还原酶活性等。涉及的KEGG通路主要包括HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论运用网络药理学研究方法可推测黄芪治疗慢性肾炎的主要活性成分、功能活动、作用机制和信号通路,为日后的进一步研究提供了理论支撑和思路。     

基于网络药理学探讨玫芦消痤膏治疗痤疮的作用机制

目的 采用网络药理学分析方法研究玫芦消痤膏(MXO)治疗痤疮(Acne)的作用靶点及信号通路,探索其作用机制.方法 该研究利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选MXO活性成分和中药靶标,然后使用Uni Prot数据库进行基因名注释,并在Gene Cards数据库中检索痤疮的相关疾病靶标.利用Rversion 3.6.2软件、Cytoscape 3.7.1软件,构建中药-活性成分-靶点多维网络及MXO-Acne互作网络,利用STRING数据库,评估和整合蛋白之间的相互作用.最后利用R语言中Bioc Manager包进行基因本体功能注释及KEGG通路富集分析.结果 共筛选得到MXO活性成分35个,槲皮素、山柰酚、木犀草素、花生四烯酸、β-胡萝卜素、芒柄花黄素、没食子酸和异鼠李素等是关键活性成分;作用靶标基因92个,核心蛋白有Rac-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、血管内皮生长因子A(VEGFA)、前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)和粒细胞趋化蛋白-1(CXCL8)等,主要涉及核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子活性等生物过程,KEGG通路主要富集在TNF、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、IL-17、AGE-RAGE等信号通路.结论 预测了MXO治疗痤疮的潜在作用机制,为进一步的活性成分研究和实验验证提供了理论依据.     

系统性红斑狼疮皮肤损害的中药用药规律及机制探析

[目的]探讨中医药治疗系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)皮肤损害的用药规律及内在机制。[方法]通过整理中国知网中有关数据,筛选出治疗SLE皮肤损害的医案,采用统计软件SPSS进行数据统计,运用中医传承辅助平台(traditional Chinese medicine inheritance support platform,TCMISS)V2.5对SLE皮肤损害的用药特点进行分析,并运用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、人类基因数据库(GeneCards)、人类在线孟德尔遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)等数据库以及R语言、生物信息分析软件官方版(V3.6.1)等软件进行机制分析。[结果]共筛选从1979年1月1日至2019年3月14日的1 930篇文献,获取276首处方,基于关联规则分析得出生地黄-牡丹皮、生地黄-赤芍和牡丹皮-赤芍组合出现频次较高。基于复杂系统熵聚类的组方规律,生成9个SLE皮肤损害新处方,且新处方可能通过钙信号通路、环磷腺苷(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)信号通路、胆碱能突触、缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)信号通路、白介素-17(interleukin-17,IL-17)信号通路、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)信号通路、p53信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-kinase-protein kinase B/Akt,PI3K-PKB/Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路等发挥作用。[结论]SLE皮肤损害整体治则以清热凉血解毒为主,常配合活血、补虚等治法。常用生地黄、牡丹皮、赤芍等药物,药物主要通过钙信号通路、cAMP信号通路等发挥作用。本研究通过总结SLE皮肤损害的中药用药规律,为深入分析验证SLE皮肤损害的中医药治疗提供了方向。     

麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的网络药理学机制

【目的】应用网络药理学分析麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的可能靶标。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards和OMIM数据库,筛选麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的活性成分及其作用靶标;采用Cytoscape 3.7.0软件绘制出麻黄加术汤活性成分-风湿性心脏病作用靶标网络;应用STRING数据库建立靶标相互作用网络并运用Network Analyzer进行网络分析;最终在生物学信息注释数据库中进行基因本体论(GO)生物过程分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。【结果】共预测并筛选出麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的120个活性成分,其中麻黄22个,桂枝6个,苦杏仁16个,甘草88个,白术4个(活性成分在药物之间有重复)。活性成分作用靶标有103个。麻黄加术汤治疗风湿性心脏病GO生物过程结果显示与化学刺激、氧化应激、炎症产生等相关,KEGG通路富集分析结果显示主要涉及白细胞介素17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、Toll样受体(TLR)信号通路、辅助性T细胞17(Th17)细胞分化通路、T细胞受体(TCR)信号通路等。【结论】麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的主要机制可能是方剂中的黄酮类化合物通过减低前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、蛋白激酶Bα(AKT1)等介导的氧化应激,减少一氧化氮合酶2(NOS2)、过氧化物酶增生激活受体(PPARG)、白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素8(IL-8、CXCL8)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)等炎症因子的表达,干预IL-17、TNF、TLR、Th17、TCR等免疫与炎症相关通路,从而发挥抗炎作用,保护心肌细胞。     

基于网络药理学探讨四妙勇安汤治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的运用网络药理学方法分析四妙勇安汤治疗动脉粥样硬化(AS)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、疗效药靶数据库(TTD)筛选金银花、玄参、当归、甘草4味中药的化学成分;利用人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、中草药化合物蛋白质靶标信息(HIT)和TTD数据库预测、筛选四妙勇安汤治疗AS的作用靶点;采用病种分值法(DIP)数据库构建4味中药化学成分与AS靶标之间的交互靶标,采用Cytoscape 3.5.1软件构建网络关系图,通过度中心度(degree centrality)和介数中心度(betweenness centrality)、接近中心度(closeness centrality)等网络拓扑特征对四妙勇安汤的"药材-化合物-靶点-疾病"进行网络评价,利用数据可视化(DAVID)数据库对其涉及的通路进行分析。结果四妙勇安汤共筛选得到191个活性成分,其中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮为主要有效成分;涉及靶点165个,其中19个为直接靶点,为四妙勇安汤治疗AS的重要潜在靶点,最终预测出四妙勇安汤治疗AS的机制主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路和环腺苷3’,5’-单磷酸(cAMP)信号通路等。结论初步明确了四妙勇安汤多组分、多靶点的作用特点,为进一步研究四妙勇安汤治疗AS的作用机制奠定基础。     

基于系统药理学分析黄连-吴茱萸药对治疗胃肠道疾病

目的:运用系统药理学方法,整合中医药大数据,探讨黄连-吴茱萸药对治疗胃肠道疾病的作用机制。方法:在中药系统药理学分析平台(platform for systematic pharmacology analysis of traditional Chinese medicine,TCMSP)分别检索"黄连""吴茱萸"获得其化学成分,以口服生物利用度(bioavailability,OB)、类药性(drug-likeness,DL)、Caco-2渗透率为指标筛选其活性成分,并通过文献检索补充不满足上述条件的黄连-吴茱萸药对活性成分或质量标志物;采用TCMSP、PharmMapper、GAD、TTD等数据库获取成分和胃肠道疾病相关靶标;运用生物学信息注释数据库(biological information annotation database,DAVID)对靶标进行通路注释和功能富集分析。构建成分、靶标、疾病、通路相互作用网络并进行可视化分析。结果:通过数据库和文本挖掘共筛选得到黄连-吴茱萸药对中与胃肠道疾病相关成分38个,涉及PTGS1、PTGS2、NOS2A、SLC64A、F2、MMP3等42个作用靶标,通过调控炎症性肠病、癌症通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、肿瘤坏死因子信号通路等20条信号通路发挥治疗胃肠道疾病的作用机制。结论:黄连-吴茱萸药对治疗胃肠道疾病具有多通路、多靶点的特点,为该药对及其相关中药制剂的研究提供思路和参考。     

子宫内膜异位症相关信号通路及中医药治疗对策的研究进展

子宫内膜异位症(endometriosis,EMs)好发于育龄期女性,在不孕症患者当中,其发病率高达45%~50%,已成为不孕症的主要病因之一,近年来,国内外研究表明与EMs发生发展相关的信号通路主要有丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPKs)通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶(phosphatidyl-inositol 3-kinase/serine-threonine kinase,PI3K/AKT)通路、Wnt蛋白/β-连环蛋白(Wnt/β-catenin)通路、转化生长因子-β/Smad蛋白(transforming growth factor-β/drosophila mothers against decapentaplegic protein,TGF-β/Smad)通路、核转录因子kappa B(NF-κB)通路等,并有学者从上述通路探讨了中医药治疗EMs的疗效机制,文章就这5条信号通路与EMs发生发展关系以及中医药治疗对策的研究进展进行一简要综述。     

基于网络药理学探讨白花蛇舌草-半枝莲抗肝细胞癌的作用机制

[目的]基于网络药理学探讨白花蛇舌草-半枝莲药对治疗肝细胞癌的潜在靶点及作用机制。[方法]利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索白花蛇舌草和半枝莲活性成分,导入Drugbank数据库进行蛋白靶点匹配,使用GeneCards数据库、人类在线孟德尔遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、治疗目标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)、Drugbank、肝细胞癌肿瘤数据库(Oncogenomic Database of Hepatocellular Carcinoma,OncoDB.HCC)和Liverome数据库等获取肝细胞癌相关靶点,运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后利用R语言及Cluego对预测得到的核心靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。[结果]白花蛇舌草-半枝莲药治疗肝细胞癌的潜在靶点 89个,通过网络拓扑分析筛选得到6个核心靶点、5种关键成分。GO功能富集分析显示,白花蛇舌草-半枝莲药对主要参与细胞增殖、细胞凋亡、炎症反应和血管生成等生物学途径。KEGG通路富集分析显示,p53抑癌基因通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K-Akt)通路、缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)通路、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)通路等是其关键信号通路。[结论]白花蛇舌草-半枝莲药对中有效成分主要是槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇等,通过调节p53、PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB和VEGF等信号通路抑制肝癌细胞增殖,并促进细胞凋亡,减少炎症反应,抑制血管生成,从而实现对肝细胞癌的治疗作用。     

基于网络药理学探讨乌梅治疗湿疹的作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨乌梅治疗湿疹的作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得乌梅中的活性成分及其相应靶标;利用GeenCards、TTD、OMIM数据库获取与湿疹相关的疾病靶标。借助String平台分别构建乌梅及湿疹蛋白互作网络PPI并选取两网络的交集靶标。采用AutoDock Vina软件对乌梅活性成分及关键靶点进行分子对接。利用String、基因本体(GO)进行分子生物功能注释。利用DAVID、Metascape数据库进行信号通路富集分析。结果乌梅中的活性成分有8个,乌梅作用于湿疹的靶点有32个。关键活性成分主要为槲皮素、山奈酚。关键靶标主要包括人肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)、干扰素(IFNG)、重组人转化生长因子β1(TGFβ1)等。基因富集分析显示这些基因主要影响细胞因子应答、细胞因子相关通路、有机物分子应答等生物过程。Metascape通路富集分析显示IL-17通路、MAPK通路、JAK-STAT信号通路等基因富集较多。结论基于网络预测乌梅通过多成分、多靶点、多通路协同治疗湿疹的药理作用机制,为乌梅的开发提供新思路及理论参考。     

菟丝子—黄芪治疗骨质疏松症的网络药理学机制研究

【目的】运用网络药理学方法探讨菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的作用机制。【方法】首先采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,分别筛选菟丝子、黄芪的中药活性成分,中药靶标及骨质疏松症的疾病靶标,将中药靶标一一映射到疾病靶标,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。其次通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出中药-疾病靶标涉及的功能和信号通路。【结果】筛选得到菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的21个有效成分和127个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括转录激活活性、转录因子活性、辅因子结合、核受体活性、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合、类固醇结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、动脉粥样硬化信号通路、结直肠癌信号通路、乙肝信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、小细胞肺癌信号通路、内分泌失调信号通路、细胞凋亡信号通路、乳腺癌信号通路等。【结论】运用网络药理学研究方法可预测出菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的主要活性成分、功能活动和信号通路。     

基于网络药理学的夏枯草-半夏治疗弥漫大B细胞淋巴瘤的作用机制研究

目的通过网络药理学方法研究夏枯草-半夏治疗弥漫大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)的潜在分子机制。方法首先利用中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese medicine system platform,TCMSP)筛选夏枯草-半夏的活性成分及其对应的靶基因。其次,通过Gene Cards、OMIM、TTD、Drug Bank等数据库搜索DLBCL的疾病靶点,取交集后得到夏枯草-半夏治疗DLBCL的共同靶标基因,将共同靶标基因导入Cytoscape构建"夏枯草-半夏活性成分-DLBCL靶标基因"关系网络图。再通过PPI网络分析,筛选核心靶基因,进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书通路分析。结果夏枯草-半夏治疗DLBCL的主要活性成分有13种,包括槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇等;其作用的核心靶点包括AKT1、JUN、TP53、MAPK1、TNF等;其主要通过调节PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等信号通路发挥治疗DLBCL的作用。结论夏枯草-半夏可通过多靶标、多途径发挥辅助治疗DLBCL的作用。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤中川芎-赤芍药对调节血管新生的分子机制

目的:分析血府逐瘀汤关键药对川芎-赤芍调节血管新生的物质基础和作用机制。方法:从TCMSP数据库及Drug Bank数据库挖掘川芎-赤芍的成分及其对应靶蛋白,从GeneCards数据库获取“血管新生”相关基因;利用Omicshare数据库中的Venn功能获取川芎-赤芍干预血管新生的靶点后,借助Cytoscape(3.8.2)软件构建“活性成分—川芎-赤芍调节血管新生靶蛋白”网络关系图,在String数据库构建“川芎-赤芍调节血管新生靶蛋白—人类蛋白”互作网络,并筛选核心靶点;所得靶点的基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析在Omicshare网站进行。借助AutoDock vina软件对核心靶点和关键活性成分进行分子对接。结果:获得川芎-赤芍活性成分20种,相关靶蛋白117种,川芎-赤芍调节血管新生靶蛋白72个,其中,关键活性成分为黄芩素、鞣花酸、β-谷甾醇、豆甾醇、杨梅酮、(+)-儿茶素、阿魏酸、川芎嗪等,关键靶蛋白为蛋白激酶Bα(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、P53肿瘤蛋白(TP53)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、环加氧酶2(PTGS2)、热休克蛋白90αA1(HSP90AA1)、c-fos原癌基因蛋白(FOS)等。GO结果提示,该药对在细胞增殖、生长、生物粘附、细胞聚集等方面影响血管新生;通路富集结果显示,AGE-RAGE通路、IL-17通路、流体剪应力与动脉粥样硬化信号通路等是药物作用的主要通路。分子对接提示核心靶点与关键化合物具有良好的结合能力。结论:血府逐瘀汤中的川芎-赤芍药对通过多靶点、多途径对血管新生起调节作用,为血府逐瘀汤干预血管新生的进一步研究及临床应用提供一定理论依据。     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

基于网络药理学探讨"白术-茯苓"配伍治疗代谢综合征的作用机制

目的:基于网络药理学探讨"白术-茯苓"治疗代谢综合征(metabolic syndrome,MS)的作用机制.方法:结合中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和文献检索,筛选"白术-茯苓"药对的活性成分.通过PharmMapper数据库预测各成分作用靶点,并使用Universal Protein(UniProt)数据库规范靶点名称.从人类基因数据库(GeneCards)、治疗靶标数据库(therapeutic target database,TTD)、Dis-GeNET三个数据库中筛选MS相关靶点后,与"白术-茯苓"各成分作用靶点合并取交集得到"白术-茯苓"治疗MS的潜在靶点,导入Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-成分-靶点"网络.通过String平台和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络,并用插件CytoHubba筛选核心靶点.用R软件对"白术-茯苓"治疗MS的潜在靶点进行基因本体(gene ontol-ogy,GO)分子功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析.结果:筛选得到"白术-茯苓"活性成分26种,治疗MS的重要成分为茯苓新酸A、14-乙酰基-12-千里光酰基-8-顺式白术三醇、茯苓新酸B、7,9(11)-去氢茯苓酸、茯苓新酸C等;潜在治疗靶点47个,核心靶点包括血清白蛋白(albumin,ALB)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶 1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、雌激素受体1(estrogen receptor,ESR1)、MAPK8、MAPK14等;分子功能主要涉及调节类固醇激素受体活性、类固醇结合、核受体活性等;信号通路主要涉及雌激素信号通路、晚期糖基化终产物及其受体(advanced gly-cation end product-receptor,AGE-RAGE)信号通路、叉头转录因子(forkhead box 0,FoxO)信号通路、受体酪氨酸激酶(receptor tyrosine-protein kinase,ErbB)信号通路、白细胞介素-17(interleukin17,IL-17)信号通路等.结论:"白术-茯苓"药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对MS的治疗作用,为实验研究提供一定理论参考.     

基于网络药理学探讨麻黄治疗儿童哮喘作用机制

目的:利用网络药理学相关资源研究麻黄治疗儿童哮喘的作用机制,以期为临床研发儿童哮喘药物提供新的思路和方向。方法:利用BATMAN-TCM数据库获取麻黄的活性成分及靶点,于人类基因组注释数据库Gene Cards检索儿童哮喘的靶标基因,筛选出两者共同的靶标基因,视为麻黄治疗儿童哮喘的潜在靶点,运用STRING平台构建这些潜在靶点蛋白之间相互作用的网络模型,使用DAVID数据库进行潜在靶点的GO分析和KEGG通路富集分析。结果:麻黄治疗儿童哮喘的活性成分共有104个活性成分,即麻黄素、麻黄碱、去甲基麻黄碱、毛果碱、伪麻黄碱、乙酸薄荷酯、亚油酸、芹菜素等,潜在作用靶点432个,主要涉及Ras signaling pathway、PI3KAkt[磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B信号通路,Phosphatidylinositol-3kinase(P13K)-protein Kinase B(AKT)]、MAPK(丝裂原活化蛋白激酶信号通路Mitogen-activated protein kinase)、Rap1 signaling pathway、TNF signaling pathway、HIF-1 signaling pathway 6条通路。结论:麻黄治疗儿童哮喘的作用机制可能是通过共同调节Ras、PI3KAkt、MAPK、Rap1、TNF、HIF-1等信号通路,作用于NFKB、IL-2、IL-4,IL-6、IL-9、IL-13、EGFR、AR、BCL2等相关受体,进而促进嗜酸性粒细胞、肥大细胞、中性粒细胞等多种细胞的凋亡,抑制炎症因子释放,降低血管壁通透性,减轻局部组织肿胀,从而进一步抑制炎症反应,避免气道重塑以及气流受限。     

基于网络药理学探究肉桂治疗慢性肾脏病的作用机制

目的:采用网络药理学方法建立"药效成分-疾病靶标-生物学通路"之间的关系,筛选肉桂治疗慢性肾脏病的作用靶点,明确其作用机制。方法:采用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库获得肉桂的活性化合物,利用PubChem数据库,获取化合物的SMILES结构,将SMILES结构导入SwissTargetPrediction平台,预测活性成分的潜在靶点,再通过GeneCards数据库获得相关化合物靶点,取两者交集得到肉桂作用靶点。通过TTD、DrugBank、OMIM、GAD、DisGeNET数据库获得CKD疾病相关靶点,并与肉桂作用靶点取交集。利用STRING数据库及Cytoscape3.2.1软件构建靶点相互作用网络图,并利用cytoHubba插件的MCC算法筛选关键靶点;基于DAVID数据库对靶点进行GO富集和KEGG富集分析。结果:共得到肉桂活性化合物18个,肉桂-CKD交集靶点29个。经过MCC算法筛选得到关键基因10个,包括雌激素受体alpha、人环加氧酶1、表皮生长因子受体、血管内皮生长因子受体、基质金属蛋白酶9、基质金属蛋白酶2、成纤维细胞生长因子受体1、丝氨酸蛋白酶抑制剂-1、DNA多聚酶B、多药耐药性蛋白1、B细胞淋巴瘤/白血病-2。GO富集共118个结果,主要包括细胞对缺氧的反应、丝裂原活化蛋白激酶活性的正调节、血管生成的正调节、炎症反应、磷脂酶C活性的正调节、蛋白自体磷酸化、对白细胞介素-1的细胞反应、血管内皮生长因子受体信号通路的正调节等。KEGG富集相关通路共51条,包括NF-кB信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路等。结论:通过网络药理学初步预测肉桂在慢性肾脏病治疗中改善糖脂代谢与胰岛素抵抗、抗氧化、抗炎与免疫调节、抗凝、促进成血管生成、改善组织局部血供等潜在作用机制,为下一步研究提供理论依据。