双重实时荧光RT-PCR法检测肠道病毒方法的建立及应用

目的 建立检测肠道病毒(EV)和肠道病毒71型(EV71)的双重实时荧光RT-PCR法.方法 设计特异性引物和探针,建立双重实时荧光RT-PCR反应体系,绘制标准曲线,对该方法的灵敏度、精密度等进行评价.收集109例临床手足口病患者粪便和咽拭子标本用该法进行检测,并与EV71商品化试剂盒检测结果进行比较.结果 双重荧光PCR法建立的EV和EV71标准曲线相关系数(r)均为0.998;该法检测EV和EV71的灵敏度分别达到0.5 TCID50/mL和0.05 TCID50/mL;检测EV和EV71的批内精密度均小于3％,总精密度均小于或等于4％;对肠道病毒及其他人类非肠道病毒进行检测,显示了良好的特异性.109例临床样本用该法检测出84例EV病毒阳性样本,其中EV71阳性56例,EV71总阳性率为51.4％;与单重荧光PCR商品化试剂盒的检测结果完全一致(P=1.000).结论 建立的双重实时荧光RT-PCR法灵敏度高、稳定性好,对手足口病的早期高通量快速诊断具有重要意义.     

荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR对手足口病检测结果的对比分析

目的探讨实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR对手足口病检测的结果以及应用价值。方法本次研究选取2014年6月至2015年12月本院收治手足口病儿童(EV71、CA16及HF MD其他E V病原)120例标本。对收集的标本分别使用实时荧光依赖解旋酶恒温扩增技术和实时荧光RT-PCR技术检测,针对两种技术特异性、灵敏度进行分析。结果采用实时荧光RT-HDA检测手足口病,对EV71、CA16、HFMD其他E V病原体具有较好的特异性,荧光RT-HDA方法最低检测限为4.11×10~2CFU/ML。两种方法的特异性和灵敏度相当。结论荧光RT-HDA方法具有简便、快速、高效、灵敏度高、特异好、成本低等特点,临床应用前景广阔,值的临床借鉴与应用。     

双重实时荧光PCR在手足口病快速检测中的应用

目的 探讨双重实时荧光PCR 技术检测手足口病肠道病毒的应用效果.方法 用单一实时荧光PCR先检测标本中的肠道病毒通用病毒核酸,肠道病毒通用病毒核酸阳性再分别用双重实时荧光PCR及单一实时荧光PCR检测CoxA16型和EV71型特异性核酸,比较两种方法检测结果.结果 240份标本中肠道病毒通用型核酸阳性157份,双重实时荧光PCR法CoxA16阳性111份,EV71阳性1份,其他肠道病毒45份,单一实时荧光PCR法CoxA16阳性109份,EV71阳性1份,CoxA16+EV71阳性2份,其他肠道病毒45份.EV71和其他肠道病毒符合率为100%.结论 双重实时荧光PCR 检测技术可以准确检测手足口病肠道病毒,且特异性强、灵敏度高,又可以快速得到检测结果,是一种快速检测手足口病病毒的方法.     

实时荧光定量PCR技术在手足口病检测中的应用

目的探讨实时荧光定量PCR技术在手足口病检测中的应用。方法选择本溪市疾病预防控制中心2018年2月～2019年6月收治的120例手足口病患儿作为研究对象,根据检测方法不同分为对照组和观察组。对照组利用常规PCR技术检测手足口病组,实时荧光定量PCR技术检测手足口病为观察组。比较两组的检出肠道病毒分型EV、EV71、CoxA16阳性率,特异性和灵敏度。结果采用实时荧光定量PCR技术与常规PCR技术检测手足口病肠道病毒分型EV、EV71、CoxA16的阳性率及两组特异性和灵敏度相比,观察组检测阳性率为66.67%,明显高于对照组检测阳性率的21.67%,观察组检出阳性率高于对照组,两组均有特异性,观察组灵敏度优于对照组,对照组最低检测限均为4.11×10~3cfu/mL。而观察组均为4.11×10~2cfu/mL。结论荧光定量PCR技术在检测肠道病毒中不仅具有特异性高,还具有灵敏度高、检测时间快的特点,有助于更快诊断手足口病,更好的服务于临床。     

柯萨奇A组6型病毒TaqMan探针实时荧光RT-PCR的建立

目的建立柯萨奇A组6型病毒TaqMan探针实时荧光RT-PCR,用于手足口病例快速诊断及监测。方法根据GenBank中柯萨奇A组6型病毒VP1高保守序列设计引物和探针,建立和优化实时荧光RT-PCR反应体系,评估其特异性、灵敏度、稳定性,在手足口病监测中应用,并与商品化试剂比较,抽取部分阳性标本测序验证。结果本研究建立的柯萨奇A组6型病毒实时荧光RT-PCR可在60 min内完成检测,与其它型别的肠道病毒和病原体无交叉反应,灵敏度可达10~0 copies/μL梯度,对两个不同核酸浓度样本Ct值的变异系数分别为0.29%、0.38%。280份非EV71、CA16的标本中检出142份CA6阳性标本,与商品化试剂检测结果一致。随机抽取15份阳性标本产物测序,与CA6靶基因序列同源性99.8%以上。结论建立的柯萨奇A组6型病毒实时荧光RT-PCR方法特异、灵敏、稳定,可用于非EV71、非CA16的其它肠道病毒标本分型。     

H7N9禽流感病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立与评价

目的应用Taq Man探针实时荧光RT-PCR技术,建立一种快速检测H7N9禽流感病毒的方法。方法针对H7N9禽流感病毒的HA和NA基因分别设计特异性引物和Taq Man-LNA探针,建立H7N9禽流感病毒特异性实时荧光RT-PCR快速检测方法。结果本研究建立的方法对检测H7N9禽流感病毒株的灵敏度达到10 PFU/ml。该方法特异性强,与其他亚型流感病毒株及呼吸道病原体无交叉反应。与对照方法相比,本研究方法的检测阳性符合率为99.07%,阴性符合率为100%,Kappa值为0.993。结论建立的检测试剂盒具有快速灵敏、结果准确可靠等优点,适用于H7N9禽流感病毒的分子生物学检测和监测。     

多重实时荧光定量PCR检测急性肝炎患者HBV和HCV方法的建立与意义分析

目的建立一种新的可以快速筛查急性肝炎患者HBV和HCV感染的多重实时荧光定量PCR方法。方法收集596例急性肝炎患者血清或血浆样本,应用自主构建的多重实时荧光定量PCR方法同时检测HBV和HCV,同时应用HBV和HCV单管检测试剂进行检测分析。结果新建立的多重实时荧光定量PCR体系,可以有效地检测HBV和HCV的阳性质控品及阳性样本。多重实时荧光定量PCR体系特异性较好,检测HBV和HCV时,两者之间无交叉反应,且以多种血浆病毒的核酸样品为模板进行检测时结果全为阴性;多重实时荧光定量PCR体系检测HBV、HCV的灵敏度分别为20 IU/ml、50 IU/ml;多重实时荧光定量PCR体系精密度好,检测HBV、HCV的CV值分别为0.11%、0.096%。在检测临床样本时,多重复合体系检测血清或血浆中HBV和HCV的检出率与单独检测HBV和HCV具有很好的一致性,且HBV和HCV的一致率分别达到97.7%(k=0.952)、98.8%(k=0.976);同时有6例样本出现HBV和HCV共感染。结论新型多重实时荧光定量PCR方法对快速检测及筛查HBV和HCV较快捷,而且特异性好、灵敏度高、精密度好。因此多重实时荧光定量PCR方法对2种肝炎病毒的检测具有重要意义。     

实时荧光RT-PCR法在手足口病患儿病原检测中的应用

目的:了解核酸检测(RT-PCR)法在抚顺市手足口病患儿病原谱调查中的应用价值,为疾病防控提供依据。方法:在全市范围内收集2013年和2014年疑似手足口病患儿咽拭子、肛拭子标本,使用人肠道病毒通用引物、肠道病毒71型(EV71)引物和萨奇病毒A组16型(Cox A16)引物,采用实时荧光RT-PCR方法进行病原核酸检测。结果:2013年检测标本461份,其中EV71阳性16份,Cox A16阳性316份,其他肠道病毒阳性46份。2014年检测标本253份,其中EV71阳性112份,Cox A16阳性57份,其他肠道病毒阳性35份。两年标本肠道阳性率平均为81.51%,其中EV71型和Cox A16型占阳性标本总数的86.08%。结论:实时荧光RT-PCR方法因具有操作简便、快速和特异性高的优点,非常适合于手足口病患儿病毒核酸的快速分型。EV71型和Cox A16型肠道病毒是抚顺市近两年引起手足口病患儿感染的主要病原体。     

阿尼昂尼昂病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立阿尼昂尼昂病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法。方法 针对阿尼昂尼昂病毒nsP1基因设计特异性引物和探针,以珠海国际旅行卫生保健中心之前构建的MS2病毒样颗粒为标准品,采用一步法建立实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的检测下限、特异性、精密度、抗干扰能力、符合率进行评价。结果 建立的阿尼昂尼昂病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法线性良好（线性方程Y=-3.746X+46.174,R²=0.988）,检测下限为10³ copies/mL,低于之前文献报道的检测下限;能特异性地扩增阿尼昂尼昂病毒基因片段,而对其他相关病原体,包括同属于甲病毒属的基孔肯雅病毒、引起类似症状的登革病毒和马雅罗病毒、共用同一媒介宿主的疟原虫等无非特异性扩增;精密度良好,批内精密度测试时Ct值为32.92~35.40,变异系数CV 为2.10%;批间精密度测试时Ct值为31.89~35.49,变异系数CV为3.41%;在存在溶血、脂血等干扰因素时Ct值与正常样本的Ct值差值分别为0.37、0.71,表明其能有效对抗溶血、脂血等干扰因素的影响;盲样检测时能检出4例阳性和12例阴性,同预期结果完全一致,阴阳性符合率可达100%。结论 本研究建立的检测方法,灵敏度高、特异性好、精密度高、抗干扰能力强,可为阿尼昂尼昂病毒检测提供可行的方法。     

环介导等温扩增法快速检测手足口病病原体

目的:建立逆转录(RT)-环介导等温扩增方法(LAMP),以快速检测手足口病最重要的两种病原体:肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(CA16)。方法:收集手足口病患儿咽拭子标本93份,针对EV71和CA16病毒的VP1基因特异性序列8个区域各设计6条LAMP引物,分别于63℃(EV71)、65℃(CA16A)扩增1 h,日光下观察结果,与实时荧光定量PCR比较检测特异性和敏感性。结果:EV71、CA16的LAMP最低检测限均为500拷贝/管,与对照病毒无交叉反应。93份标本中,RT-PCR方法检测显示EV71阳性44例,CA16阳性36例;RT-LAMP方法检测显示EV71阳性46例,CA16阳性36例,两种方法间比较差异均无统计学意义(P0.05)。结论:应用RT-LAMP检测手足口病病原体EV71、CA16快速、灵敏、经济、特异性高,适合在基层医疗机构推广应用。