文本挖掘在生物医学领域中的应用及其系统工具

系统介绍了生物医学文本挖掘的具体流程和文本挖掘技术在生物医学领域中的应用情况,并着重从自然语言处理和本体、命名实体识别、关系抽取、文本分类与聚类、共现分析、系统工具及评价、可视化等方面分别做了阐述.     

文本挖掘在基因组注释中的应用

为了解生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用,以Web of Science（WOS）数据库中收录的关于生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用的文献作为来源文献,利用书目共现分析软件提取文献中的高被引论文,形成来源文献——高被引文献词篇矩阵,利用聚类软件对高被引论文进行同被引聚类分析,最后得到生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用,主要包括权威工具的使用、文本挖掘工具和算法的开发、文本挖掘工具的检验。     

基于词典与CRF算法的中文生物医学实体自动标注平台建设

目的：构建中文生物医学实体及关系的自动识别标注平台,为中文生物医学语料标注和精准医学语料积累及知识服务等提供参考。方法：基于词典和CRF算法实现中文生物医学文本的自动实体识别,利用Python、JavaScript、CSS等编程语言和Query框架等相关工具构建中文生物医学实体自动标注平台。结果：构建了一个可以自动识别中文实体且具备上传、标注、审核文本并最终存储文本等功能的中文自动标注平台。该平台能高效、准确地识别文本内容,实现自动标注。结论：该平台具备了人工导入文献、标注、管理员审核结算的功能,可以为生物医学领域的研究者进行信息的数据挖掘、中文语料库的构建提供支持。     

生物医学文本挖掘：步骤与工具

介绍了生物医学领域里的文本挖掘研究的步骤及各个步骤中所采用的方法,重点介绍了各个步骤中所用的工具和案例,以期促进生物医学文本挖掘研究的开展。     

生物医学实体关系抽取的研究

人类基因组计划使生物医学的研究取得了前所未有的成就,在研究结果中得到了大量的生物医学实体,如基因、蛋白质、器官、疾病和药物等,但这些生物实体之间存在什么样的关系仍不完全清楚.作为生物医学研究成果载体的文献呈指数增长,已成为科研人员获取知识的瓶颈.文本挖掘能够解决信息超载问题,故对生物医学实体关系的挖掘流程和评价指标进行介绍,对生物医学文本挖掘在研究生物实体关系抽取中采用的基于统计的方法、基于自然语言处理的方法和基于模式匹配的方法进行了阐述,对各种方法进行了综合比较,同时介绍了国内外相关研究.     

生物医学文本知识发现的研究进展

目前,如何解决海量文本信息与知识增长缓慢的矛盾,以可信的方式发现文本中有用的模式是一项严峻的挑战。本文就国际上有关文本挖掘在生物医学领域的应用进行阐述。概念识别和发现关系研究已经取得丰硕成果,而元数据挖掘正处于起步阶段。利用元数据进行生物医学文本挖掘以及建立知识库是现阶段文本知识发现的重要任务。     

基于BiLSTM-CRF的中文生物医学开放式概念关系抽取

目的：利用深度学习方法自动抽取中文生物医学文本中的开放式概念关系,以增强生物医学文本理解及医学知识网络构建。方法：使用BiLSTM-CRF模型从中文生物医学文献数据中抽取以句子上下文短语描述的开放式概念关系,并与基于条件随机场（Conditional Random Fields,CRF）和基于长短时记忆网络（Long Short-Term Memory,LSTM）的方法进行对比分析。结果：基于BiLSTM-CRF的中文生物医学开放式概念关系抽取方法取得F1值为0.5221,显著高于基于CRF模型的方法（F1值为0.2353）和基于LSTM模型的方法（F1值为0.3355）。结论：与单独使用CRF模型或LSTM模型的方法相比,基于BiLSTM-CRF的开放式概念关系抽取方法具有更好的鲁棒性和泛化性,对于生物医学文本理解、医学知识网络构建等研究具有借鉴意义。     

生物医学文本挖掘研究热点分析

为了解生物医学文本挖掘的研究现状和评估未来的发展方向,以美国国立图书馆 PubMed中收录的 2000年 1月-2015年3月发表的生物医学文本挖掘研究文献记录为样本来源,提取文献记录的主要主题词进行频次统计后截取高频主题词,形成高频主题词-论文矩阵,根据高频主题词在同一篇论文中的共现情况对其进行聚类分析,根据高频主题词聚类分析结果和对应的类标签文献,分析当前生物医学文本挖掘研究的热点。结果显示,当前文本挖掘在生物医学领域应用的主要研究热点为文本挖掘的基本技术研究、文本挖掘在生物信息学领域里的应用、文本挖掘在药物相关事实抽取中的应用3个方面。     

国际生物医学科学数据审编研究热点探析

以2015-2016年两届国际生物医学审编会议上领域专家讨论的报告和会议论文集,以及PubMedCentral中近5年来有关Biocuration和Data Biocuration的研究文献为数据源,采用内容分析法对生物医学科学数据审编的研究主题进行分析、归纳和总结,重点从Biocuration的工作机制、生物医学数据标准构建与应用、集成与可视化、审编与应用、生物医学文本挖掘等方面进行梳理,以期为我国生物医学科学数据审编的发展提供国际经验。     

阴阳相互作用与逻辑斯谛映像（Logistic Map）

中医药学的全部理论及其临床辨证论治方法都是建立在阴阳相互作用的学说之上的,而我们的研究表明,中医学的阴阳相互作用学说及其调控方法具有普适性生物医学意义。因此,寻找适合的科学＂窗口＂,在全新的现代科学框架内重新对阴阳学说进行研究,以促进古典的阴阳学说向现代科学理论的转变,不仅对于中医药学向现代科学的转变是一个重要的基础,而且对现代生物医学的发展也是有益的。此前,我们已经就阴阳相互作用与生命的混沌运动及其控制的可能关系进行过某些研究。这里,我们讨论阴阳相互作用与逻辑斯谛映像问题。     

广西主要性传播疾病信息系统把握风险能力的分析

目的 以政策文本分析视角,通过量化表达把握主要性传播疾病风险的程度,并验证其可行性。方法 从政府、卫计委网站和其他数据库检索涉及主要性传播疾病(乙肝、艾滋、淋病、梅毒)问题的公开信息与文献,从中统计有关识别、预警、干预与效果评估资料,用综合量化法把握广西性传播疾病风险程度,运用典型相关分析的方法分析主要性传播疾病发病率与把握风险程度之间的关系。结果 广西识别风险的能力由2005年的10.45%逐渐上升到2016年70.99%,预警风险的能力在2.01%以下;干预风险的能力呈波动上升趋势;提出风险干预措施的能力由2005年的0%,到2016年的2.67%,信息系统把握风险的能力与乙肝发病率呈正相关(r =0.523),与艾滋、淋病、梅毒发病率呈负相关(r =-0.348、-0.764、-0.423),提出性传播疾病问题干预措施的程度,开展性传播疾病问题干预效果评估的程度与主要性传播疾病发病率呈正相关(r =0.456、0.306)。结论 适宜的性传播疾病信息系统应能识别、预警和防控健康风险因素并产生显著的效果,广西性传播疾病信息体系把握风险的能力亟待提升,量化表达把握风险的程度是可行的。     

基于“治未病”思想探讨骨质疏松性脊柱骨折的防治策略

骨质疏松症属于骨科慢性、增龄性疾患，病变呈现渐进性的动态变化，后期极易发生脊柱骨折。针对这一发病特点，基于中医"治未病"思想，从"未病先防，降低骨折发生风险"、"已病防变，选择最佳治疗方案"、"后期巩固，提高患者生活质量"三方面探讨骨质疏松性脊柱骨折的防治，从而达到减少脊柱骨折的发生，减轻患者疼痛症状，降低致畸、致残率的目的。     

高原低氧习服的研究进展

高原低氧习服是指进入高原后机体产生一系列生理改变以确保能在低氧环境中更好地生活，其对高原人群身心健康至关重要。然而如何快速习服高原低氧环境、减少高原低氧对机体损伤至今仍不清楚。了解高原低氧损伤发生、发展机制，寻找精准预测高原低氧损伤发生的靶点，研发高效预防和治疗高原低氧损伤的措施迫在眉睫。该文就高原低氧损伤发生机制、高原低氧损伤易感性靶点、促进高原低氧习服措施进行综述，旨在为高原医学快速发展提供参考，为构建对高原低氧损伤的充分认识、早期预警、有效预防和快速治疗于一体的诊防治新策略提供新思路。     

《难经》第七十五难浅析

《难经》第七十五难提出东方实、西方虚之病证,首创以泻南方、补北方的方法来治疗,还提到"子能令母实,母能令子虚""不能治其虚,何问其余"。此难的病机为东方实、西方虚,肝、肺两脏的自身本质决定了肝易实而肺易虚,并无其他脏器因素的影响,且当以东方实为主、为标,西方虚为次、为本;泻南方、补北方可从多个角度达到治疗东方实、西方虚的目的,前期应侧重于泻南方治东方实,后期应侧重于补北方以治西方虚。"子能令母实,母能令子虚"中母均为水(木之母),子均为火(木之子)。"子能令母实"与泻南方相对应,指泻南方火,使南方火虚,水更容易克火,水的消耗减少了,是为"子能令母实"。"母能令子虚"与补北方相对应,指补北方水,北方水盛则克火之力大,火气更虚,从而"母能令子虚"。"治虚"为治西方虚及北方虚,具体做法则是补北方水,通过子不食母,补北方水的同时使西方金慢慢恢复。泻实容易而补虚难,泻南方待东方木实证已去,仍需继续补北方,缓缓图之,西方金、北方水充足,方才使东方实、西方虚的情况不再容易发生,故言"不能治其虚,何问其余"。     

情景模拟教学在妇科急腹症住院医师培训中的应用

妇科急腹症是一组疾病,病情变化快,相互之间鉴别困难,及时准确的诊断治疗是减少并发症、挽救生命的关键所在,这需要临床一线人员不但要有扎实的理论基础,还要有丰富的实战经验,在目前医疗资源相对缺乏、医患关系紧张的医疗环境下,真正的临床实践相对不足。情景模拟教学是近年来教育改革的主要内容,是指教师在教学过程中,利用图文信息技术、角色扮演等方式,以疾病案例或情景为载体引导学生主动探索性学习,利用角色扮演和临床情景代替真实患者,让学生主动参与训练和抢救模拟演习,反复训练处理各种问题的能力,在实践中增强意识,掌握过硬的急救能力。文章即是介绍情景教学模式在我们科室妇科急腹症住院医师培训中的应用过程,同时分析了该教学方法的亮点及存在的问题。     

经方方证对应的六大误区

方证对应,是张仲景《伤寒杂病论》的一大特点,亦是运用经方的一大原则。临证时有是证则用是方,方证紧密结合,乃临床取得疗效的关键。但在临床运用上,一些医者总感觉临床疗效与自己的预期相差很远,原因在于运用经方以及方证对应的过程中存一些误区：只重局部,忽略整体;只重方“证”对应,忽略病机;只重症状体征,忽略脉诊;只重单方,忽略合方;只重经方,忽略时方;只重方证,忽略药量。因此,笔者认为在临床上运用经方以及方证对应时不仅要重视患者的临床症状体征,同时应将“抓主证”与“辨病机”结合起来,更要注意患者整体情况综合辨证,不能顾此失彼,同时不能忽略时方、合方及药物剂量,避免临证误区,以提高临床疗效。     

公民权利平等视角下的农民市民化问题

改革开放以来我国进入了快速社会转型时期,初步实现了从农村社会到城市社会的历史性跨越。在快速城市化过程中,由于旧体制下存在的城乡公民权利不平等,从而导致了在社会转型期身份转变之后郊区农民和常住人口的农民工这两个"新市民"群体市民化难以顺利完成。在加强和创新社会管理的新形势下,政府需要提高服务水平,努力维护"新市民"平等权利,增强"新市民"政治参与和社会参与能力,提升城市身份认同感,有效完成其角色转变,从而形成城市社会融合的良好状态,促进社会和谐与有序发展。     

基于网络环境下的教学改革研究

在现代教育理论指导下,充分利用网上资源进行教学改革,努力构建新的医学教学模式。组织学生利用网上资源,以问题为中心自主探究,协商讨论,解决问题。积极探索医学教育现代化的途径、手段、方式、方法,注重培养学生适应信息时代的学习方法。学会利用信息资源进行专题归纳探究的学习,学会面对网上资源进行自主发现、研究性学习,学会利用网络通讯进行协商合作、讨论式的学习,学会利用信息工具进行重构知识、创新实践和问题解决的学习。在医学教学上创造一个在功能上、空间上及时间上交互的崭新环境,促进师生教学互动。     

《伤寒论》中“胃气”思想在病脉辨证中的运用

[目的]探析《伤寒论》中“胃气”思想在病脉辨证中的运用。[方法]逐条摘录《伤寒论》中与胃气相关的服药、饮食、大便、脉象等条文,归纳其胃气思想在疾病诊断、治疗、预后等方面的运用。[结果]《伤寒论》主张试验性地投用水谷和药物以测胃气之盛衰。药食后发热则胃气受损、疾病难愈,不发热则胃气尚存、疾病易愈;腹中转矢气则胃气实、可攻下,无矢气则胃气虚、不可攻下。能食代表中焦实热、胃气来复或中焦虚极;不能食者根据伴随症状又有寒、热、虚、实之分。通过观察大便的数量、颜色、形状、次数、气味,可推断疾病的寒、热、虚、实、瘀血。脉证相符提示胃气尚存、病重能愈;脉证不符提示胃气衰败、病轻难愈;趺阳脉（冲阳脉）浮、太溪脉小于趺阳脉均是有胃气的表现。[结论]《伤寒论》常通过试药食、问饮食、审大便、切脉博来判断胃气的盛衰和戾、推断疾病的性质和轻重。     

美国高校的学生评价及其启示

近年来 ,对我国高校教师的教学评价迅速发展 ,争议也日益增多。根据美国的研究 ,学生评价的背景特征(学生/课程/教师特征)整体上与学生评分高低相关并不显著 ,但学生期望、班级规模等因素在一定程度上影响着学生评价 ,“福克斯博士效应”也值得注意 ,这就需要优化评价过程 ,合理解释测量结果。将不同类型及不同层次的高校、不同学科领域以及公共课与专业课分开评价 ,有利于增加学生评价的公正性。同时 ,针对我国高校的具体情况 ,必须改进教学管理 ,构建“分离式”教学评价制度 ,以减少评价偏差。研究还昭示我国的高校教师 ,要不断加强个性修养 ,锤炼教学艺术 ,加强教育理论学习 ,提高教学实效 ,努力成为学生的良师益友。