广州市2010年1、2、3型登革病毒E基因进化分析

目的 测定广州市2010年1、2、3型登革病毒的E基因序列,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2010年85例登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发育树,结合流行病学资料进行信息学分析.结果 85份血清标本中分离到1型和3型登革病毒株各6株,2型登革病毒2株,测序获得E基因序列.进化分析发现,1型和3型登革病毒分别来自不同的亚型,即亚洲型和南太平洋型,印度次大陆型和东南亚/南太平洋型;2型登革病毒来自马来西亚/印度次大陆型.结论 推测广州市2010年2型登革病毒为输入性.1型和3型登革病毒中各有4株为输入性,余各2株广州本地病例毒株尚须从蚊媒介来进一步证实其来源.     

广州市2009年Ⅰ型登革病毒E基因序列分析

目的 测定广州市2009年Ⅰ型登革病毒的E基因序列并进行分析,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2009年登革热患者急性期血清19份,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发生树,结合流行病学资料进行信息学分析.结果 19份标本中分离到4株Ⅰ型登革病毒株,测序获得其E基因序列.分析发现4株病毒来自两个不同的亚型,09/GZ/9104和09/GZ/9236两株Ⅰ型登革病毒核苷酸序列相同,属于美洲/非洲型;09/GZ/11534和09/GZ/11562两株Ⅰ型登革病毒序列同源性较高,属于亚洲型.结论 广州市2009年Ⅰ型登革病毒属输入性,分属两个基因型,推测可能来源于不同的传染源.     

2019年云南省玉溪市输入性登革热病例实验室检测结果分析

目的 分析2019年云南省玉溪市输入性登革病例的流行病学特征及其病毒分子遗传背景,为当地登革热防控提供科学依据。 方法 采集输入性登革热病例血清标本,用实时荧光RT-PCR进行登革病毒血清型检测,对E基因进行测序及系统进化分析。 结果 2019年玉溪市共监测到23例输入性登革热病例,其中,来自云南省景洪市18例、柬埔寨3例、缅甸和越南各1例。主要分布在江川区(9例)和红塔区(8例)。成年病例为主,以农民(11例)和家务及待业者(5例)为主。共检测20份样本, 17份景洪市输入样本检出11例DENV-1、5例DENV-2、1例DENV-3阳性;2份柬埔寨输入样本检出1例DENV-1阳性;1份缅甸输入样本为DENV阴性。从景洪市输入的DENV阳性样本中得到6条DENV-1、3条DENV-2和1条DENV-3 E基因序列。6株DENV-1 E基因核苷酸相似性为99.4%~100%,与2019年景洪市DENV-1本地流行株和柬埔寨输入株核苷酸相似性为100%,属于基因I型;3株DENV-2 E基因核苷酸相似性为91.1%~99.9%,与2019年景洪市DENV-2本地流行株的核苷酸相似性为99.8%~100%,属于Asian I基因型和Cosmopolitan基因型;1株DENV-3 E基因序列与2019年景洪市DENV-3本地流行株的核苷酸相似性为99.3%,属于基因III型。 结论 2019年云南省玉溪市存在境内外两个来源的登革热输入病例,病例中存在3种血清型登革病毒感染,输入性病例的登革病毒与东南亚地区流行株进化关系最近。今后应进一步加强登革热输入病例的检测与监测。     

杭州市2019年登革病毒分子流行病学研究

目的 了解2019年杭州市登革病毒分子特征和可能的传播来源。方法 收集登革热患者血清样本,分析登革热流行特征。分别采用ELISA和RT-PCR方法检测登革热抗体、登革病毒核酸及其型别,再对核酸阳性样本进行E基因扩增、序列测定和进化分析。结果 2019年杭州共检测登革热病例212例(输入性病例158例,本地病例54例),其中65例IgM抗体检测阳性,178例DENV通用型核酸检测阳性。输入性病例中4种血清型登革病毒均有检出,以DENV-1为主(占51.9%)。本地病例多由DENV-1基因I型(6/54)、IV型(26/54)和DENV-2 Cosmopolitan基因型(2/54)病毒引起,E基因序列分别与2019年广州和南昌流行株、2015年菲律宾株和2018年泰国株同源性较高。其中DENV-1基因IV型本地流行病毒的E基因序列高度同源,序列相似性高达99.9%~100%,推测为多起输入性病例引起的本地传播。结论 受东南亚登革热疫情影响,杭州2019年登革热病例数量增幅明显,呈型别多样化、本地病例溯源复杂的特点,需进一步加强DENV分子特征研究。     

2014年福建省南平市登革病毒E基因序列分析

目的 测定2014年南平市登革暴发相关登革病毒E基因序列,探讨其输入来源及基因型别.方法 将患者急性期血清接种C6/36细胞,分离登革病毒,通过RT-PCR进行血清型鉴定,扩增全长E基因,测定序列并绘制系统进化树.结果 共分离到4株DENV-1,2株DENV-2,扩增并测序获得E基因全长序列,4株南平地区DENV-1型分离株之间同源性为100%,与D13459(Donguang)分离株同源性也高达99.7%;2株DENV-2型分离株与DENV2/CN/GZ05/2014分离株的同源性均达100%.系统进化分析发现,4株DENV-1病毒株与来自广东及印度的毒株处于同一进化树分支,均为基因Ⅴ型;2株DENV-2病毒株与来自广东及新加坡的毒株处于同一进化树分支,均为基因Ⅳ型.结论 福建省南平市本次登革热本地病例暴发可能是由广东或者东南亚地区的登革热输入病例引起的.     

2015-2016年深圳市登革Ⅲ、Ⅳ型分离病毒株E/NS1基因序列特征

目的 了解2015-2016年深圳市分离的登革Ⅲ、Ⅳ型病毒E/NS1基因序列特征及登革Ⅲ、Ⅳ型病毒流行规律,探究其可能的传播来源。方法 收集2015-2016年深圳市登革热患者病例资料及急性期血清,用C6/36细胞培养分离登革病毒,用FQ-PCR对其进行血清分型,分离成功的病毒株用反转录-聚合酶链反应(PCR)方法扩增E基因和NS1基因,进行序列分析,绘制系统进化树,氨基酸比对分析4个不同血清型NS1蛋白。结果 从5份Ⅲ型的登革病毒标本中成功分离4份病毒株,3份Ⅳ型登革病毒标本中成功分离2份登革病毒;BLAST分析保守E基因结果表明,与DENV-3分离株同源性最高(99%)的毒株主要是印度尼西亚2010和2015年分离株、菲律宾2015年分离株。与DENV-4分离株同源性最高(99%)的毒株主要是菲律宾2013年分离株、印度尼西亚2010分离株、意大利2009年分离株。NS1基因序列分析显示所选4株不同血清型的病毒株氨基酸相似性为77.69%,4个不同血清型的登革热NS1抗原存在5-7个氨基酸保守区域。结论 2015-2016年深圳市输入的登革Ⅲ、Ⅳ型病毒可能来自印度尼西亚和菲律宾,应加强出入境人员的监测工作,避免输入引起本地感染的风险。     

2009-2017年江苏省手足口病病原谱及柯萨奇A16型的分子流行病学研究

目的 描述2009-2017年江苏省手足口病(HFMD)病原谱及柯萨奇A16型(CVA16)的流行病学、基因变异及遗传进化特征。方法 对2009-2017年江苏省手足口病发病资料和病原学检测情况进行统计分析,选取120株CVA16病毒分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析。结果 2009-2017年江苏省共报告手足口病1 013 771例。其中, 手足口病肠道病毒阳性病例37 389例,主要病原构成为EV71(39.85%)和CVA16(30.13%);重症病例中,以EV71为主要病原,CVA16及其他肠道病毒引起的重症病例较少。CVA16在每年的3~7月和9~11月出现流行高峰,主要感染1~4岁年龄段儿童,男性比例高于女性。江苏省地区流行的CVA16毒株属于B1a亚型和B1b亚型,其中B1b亚型为优势流行基因亚型。120株CVA16病毒分离株VP1区核苷酸及编码氨基酸序列同源性分别为87.5%~100%、97%~100%。结论 2009-2017年,江苏省地区流行的CVA16具有明显的时间、人群分布特征;120株CVA16分离株属于B1a亚型和B1b亚型。CVA16分离株核苷酸序列变异较大,但氨基酸同源性较高,推断存在一定的同义突变。     

福建省2004~2010年登革病毒E蛋白基因序列分析

目的 通过登革病毒包膜蛋白基因序列测定与进化分析,确定2004~2010年间福建省登革病毒的主要来源地。方法 提取登革病毒分离株的RNA,扩增病毒外膜蛋白基因,扩增产物经TA克隆后提取质粒并测序,应用相关专业软件做序列分析。结果 在测定的12株登革病毒外膜蛋白基因核酸序列中,1、2型病毒的序列长度均为1485bp,3型为1479bp。BLAST比对与序列进化树均表明,2004~2010年期间,福建省所分离的登革病毒分离株与东南亚一带流行的毒株一致性最高,福建省与东南亚流行的毒株间具有高度的同源性。结论 2004~2010年福建省流行的登革病毒应当是由东南亚一带输入,应加强对该地区入境人员的监测工作。     

2010年福建省肠道病毒71型分离株的基因型特征研究

摘 要:目的 全面研究和了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,分析和探讨肠道病毒71型在我省的基因型地理分布特征及传播特征。方法 对2010年福建省9个设区市的 50株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 2010年福建省50株EV71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891个bp,核苷酸及氨基酸序列同源性比较,50株EV71型分离株之间的VP1区核苷酸序列同源性为95.4%-100%,编码蛋白氨基酸序列同源性为97.3%-100%,与08年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性最高,核苷酸序列同源性为97.1%-99.3%,氨基酸序列同源性为98.7%-100%;VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论 2010年福建省50株EV71型分离株均属于C4a基因亚型,未产生明显的抗原漂移及变异;福建省及各个地市均分布亲缘关系较近的C4a基因亚型的EV71多传播链病毒,应加强长期动态地监测和分析。关键词:肠道病毒71型;VP1区;基因型特征;     

重庆三峡库区2012年乙脑病毒分离株基因序列分析

目的 通过分析2012年重庆三峡库区蚊虫中分离乙脑病毒株PrM及E基因序列,揭示毒株的遗传特性。方法 对新分离乙脑病毒的PrM及E基因进行PCR扩增,将扩增产物测序。用分子生物学软件进行核苷酸及氨基酸序列分析,并绘制系统进化树。结果 新分离的8株乙脑病毒株均为基因I型,与我国其他省市的既往分离株进化关系较近;分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比较,PrM区核苷酸同源性在85.1%～86.7%之间,氨基酸同源性在95.1%～96.3%之间;E基因区核苷酸同源性在87.6%～87.8%之间,氨基酸同源性在96.9%～97.1%之间。所有新分离株与疫苗株在E基因存在14个氨基酸差异位点。结论 2012年8株重庆乙脑分离株为基因I型,在E基因区域与疫苗株相比有部分差异。     

中国广西登革3型病毒分离株基因组序列特征分析

目的对我国广西登革3型病毒分离株桂登-1株(GD-1株)和桂登-11株(GD-11株)进行全基因组序列测定和分析,为了解其地理来源提供依据。方法根据GenBank提交的登革3型病毒基因序列设计9对引物,RT-PCR方法分段扩增GD-1和GD-11株基因序列,测序后进行拼接,得到其全基因组序列。结果两株病毒全长均为10 707nt,与国际参考株H87株核苷酸同源性为96.0%,氨基酸同源性为98.8%。GD-1株和GD-11株间仅有4个氨基酸差异,二者与H87株分别存在39和41个氨基酸差异。对3’UTR二级结构进行预测,二者与H87株存在较大差异。根据E蛋白基因序列对两株病毒进行进化分析,GD-1和GD-11均属于亚型Ⅱ,与分离自泰国的两毒株进化关系较近。结论 GD-1和GD-11均属于登革3型病毒亚型Ⅱ,二者可能是源自泰国的病原。     

云南省登革4型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省2015年5株登革4型病毒(DENV-4)流行株的全基因组序列特征及分子流行病学特点。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-4的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从2015年云南省瑞丽市登革热患者血清中分离到5株DENV-4(本地病例2株,来自缅甸腊戍和南坎市输入性病例3株)。经RT-PCR和序列测定,获得这5株DENV-4的全基因组序列(10 661nt),其开放读码框(103-10 264)编码3 386个氨基酸。全基因组或结构蛋白和非结构蛋白基因序列的系统进化和同源性分析表明,云南分离株间高度同源并聚集为一个进化支,并与泰国不同年代DENV-4基因I型(G-I)流行株具有较近的进化关系和较高的同源性,同属G-I。云南株和泰国株均与同基因型的DENV-4原型株(H241,1956年菲律宾)和中国广州1990年B5株亲缘性和同源性都较低。云南株与H241株在结构蛋白或非结构蛋白中分别存在21和45个氨基酸位点差异。结论首次获得云南省DENV-4分离株的全基因组序列并发现它们与近期东南亚DENV-4G-I流行株亲缘关系较近。首次证实云南省存在DENV-4本地流行,传播来源为相邻缅甸北部边境地区。云南分离株某些氨基酸位点的改变是否与其抗原性和毒力有关尚需进一步研究。     

2001-2016年广州市登革3型病毒E基因序列及系统进化树分析

目的 了解2001-2016年广州市登革3型病毒的流行情况,掌握毒株的进化情况和趋势。方法 将登革热确诊病例的血清用荧光PCR检测,阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,与NCBI的毒株序列相比较,利用Mega 4.0软件构建系统进化树。结果2001-2016年共分离到登革3型病毒24株,从基因型上分类属于基因亚型I、II、III和V型,基因亚型III在流行年份和分离毒株数上稍占优势。流行病学调查和序列分析均显示与东南亚国家流行的登革热相关度较高。结论 广州市登革3型病毒以输入为主,随着输入压力增大、基因亚型增多和转换,可能会使广州市登革热流行传播更为复杂,流行风险进一步增高。     

一株神经外低毒力乙型脑炎病毒株的全基因序列分析

目的探究1株新分离的基因Ⅰ型乙脑病毒株的分子生物学特征及其低毒力的分子基础。方法对病毒株扩增,提取其RNA,逆转录PCR后测序,序列与来自世界不同地区不同基因型的野毒株进行同源性比较,并与强毒P3株进行氨基酸位点比对。结果SC04-17在核苷酸和氨基酸序列上,存在与其他基因型毒株不同的特点,与世界各地毒株核苷酸差异率为1.8%～16.5%,氨基酸差异率为0.8%～5.0%;与减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸、氨基酸同源性分别为88.5%和97.6%,与灭活疫苗株P3核苷酸、氨基酸同源性分别为88.8%和97.9%;与P3强毒株比对,发现72个氨基酸位点差异,分布在全基因的各个区域（E、NS5、NS1和NS3区）。结论SC04-17株的基因序列存在一些独特位点,这些位点的氨基酸变化可能与其低毒力特征有关。     

An Outbreak of Dengue Virus Serotype 2 Cosmopolitan Genotype in Nepal, 2017

Dengue virus (DENV) is one of the most prevalent neglected tropical diseases, with half of the world’s population at risk of infection. In Nepal, DENV was first reported in 2004, and its prevalence is increasing every year. The present study aimed to obtain and characterize the full-length genome sequence of DENV from the 2017 outbreak. Hospital-based surveillance was conducted in two provinces of Nepal during the outbreak. Acute-phase serum samples were collected from 141 clinically suspected dengue patients after the rainy season. By serological and molecular techniques, 37 (26.9%) and 49 (34.8%), respectively, were confirmed as dengue patients. The cosmopolitan genotype of DENV-2 was isolated from 27 laboratory-confirmed dengue patients. Genomic analysis showed many amino acid substitutions distributed mainly among the E, NS3, and NS5 genes. Phylogenetic analyses of the whole genome sequence revealed two clades (Asian and Indian) among DENV-2 isolates from Nepal. The DENV isolates from hilly and Terai areas were similar to Asian and Indian strains, respectively. Further genomic study on different DENV serotypes is warranted to understand DENV epidemics in Nepal, where there are limited scientific resources and infrastructure.