非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对国内部分地区非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株进行分子分型分析,了解菌株间的遗传进化关系。 方法 根据mlst.ucc.ie数据库提供的大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus Sequence Typing, MLST）方案,对来自我国河南、黑龙江2省的29株产志贺毒素大肠杆菌分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因谱及菌株序列型（Sequence type, ST）,使用MEGA、eBURST生物信息软件分析不同ST序列群及菌株间的进化关系。结果 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌呈现较大的遗传多态性,可分为13个ST型别,其中ST155为优势型别（34.48%）。同时研究发现2个新等位基因型（fumC376、recA214）和3个新序列型（ST2460、ST2467、ST2468）。结论 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌菌株之间具有分子多态性,与国际流行菌株具有一定的亲缘关系。加强我国对这一类菌株的检测和监测具有重要的公共卫生意义。     

福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型

目的 探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43 株布鲁氏菌分离株的9 个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43 株布鲁氏菌分离株中,38 株为ST8型,5 株为ST17型。结论 福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。     

多位点序列分型在新疆人间布鲁氏菌病临床分离株遗传进化研究中的应用

目的 探讨多位点序列分型(MLST)技术在新疆人间布鲁氏菌病分离株遗传进化研究中的应用价值,了解分离株的种群结构和遗传进化关系。方法 采用MLST对2015、2016年分离自新疆7个地州的24株人间布鲁氏菌病分离株和3株布鲁氏菌标准参考菌株进行分析,统计各菌株序列型(STs),运用BioNumerics软件构建菌株最小进化树,分析菌株间遗传关系;收集过往研究的186株全国不同地区布鲁氏菌分离株MLST结果,分析各ST型分布特点。结果 24株人间布鲁氏菌分离株全部为ST8型,3株标准参考菌株(羊种16M、牛种544A、猪种1330S)分别为ST7型、ST1型、ST14型;24株人间布鲁氏菌分离株的9个MLST位点变异完全相同,分离株种群结构单一。ST8型菌是我国主要流行的布鲁氏菌,且以北方流行为主;MLST能较好的区分布鲁氏菌种别,但不能有效区分生物型别。结论 ST8型菌(羊种3型)是新疆人间布鲁氏菌病的主要流行菌株,MLST技术可作为人间布鲁氏菌种群结构和遗传进化关系研究的补充手段。     

陕西省布鲁氏菌菌株多位点序列分析研究

目的 对陕西省分离的77株布鲁氏菌菌株进行遗传多态性分析,了解其遗传特征及进化关系。方法 应用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)技术,测定77株陕西省地区布鲁氏菌分离株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列,确定各菌株序列型(STs),运用BioNumerics(Version 7.6)构建最小进化树,分析菌株间遗传进化关系。结果 74株分离株(47株羊种3型、10株羊种1型、7株羊种2型、10株羊种变异型)序列型为ST8型,2株分离株(牛种生物型)序列型为ST2,1株分离株(猪种1型)序列型为ST14型。结论 不同生物型布鲁氏菌的MLST分型结果稳定,羊种3型(ST8型)布鲁氏菌是陕西省主要流行菌株;MLST分型作为传统生物分型的技术补充,建立了陕西省布鲁氏菌基因分型数据库,对本省今后人间布病的防控具有科学指导意义。     

江西省致病性钩端螺旋体血清学和分子流行病学研究

目的 对2013年以来江西省致病性钩端螺旋体进行血清学、基因分型分析,以了解江西省钩端螺旋体血清学和分子流行病学特征。方法 对27株钩端螺旋体进行暗视野显微镜凝集试验确定血清群。PCR扩增16S rRNA基因、测序,确定基因种。利用MLST(multilocus sequence typing)研究进行基因分型分析,并应用BioNumerics (Version5.10)软件进行聚类分析。结果 血清群鉴定:27株菌株隶属于4个血清群,其中黄疸出血群为主要优势血清群,占59.26%,其次依次是爪哇群25.92%、澳洲群7.41%和巴达维亚群7.41%。基因种鉴定:27株菌株隶属于L. interrogans和L. borgpetersenii 2个致病性基因种,L. interrogans为江西省主要优势型别,占77.78%。MLST研究显示27株菌株隶属于5个ST型别,其中ST1为主要基因型,占59.26%。BioNumerics软件分析:27株菌株分为5个Clusters对应于5个ST型,MLST基因型别具有明显的地域性特征,而年代间变化不明显。结论 黄疸出血群为江西省主要流行血清群,L. interrogan为主要致病基因种,ST1为主要基因型,充分了解江西省钩体病血清学和分子流行病学特征将对钩体病防控和疫苗制备有一定的指导意义。     

我国羊种3型布鲁氏菌的多位点序列分型研究

目的对2004-2009年从病人标本中分离的羊种3型布鲁氏菌进行遗传多态性分析,了解菌株的遗传特征及遗传进化关系。方法采用多位点序列分型（Multiple locus sequence typing,MLST）技术,对47株布鲁氏菌菌株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,将各个基因的序列与标准菌株的等位基因型进行比对,确定其等位基因谱型及菌株序列型（STS）,分析与其它ST型间的遗传关系。结果 47株布鲁氏菌中,19株omp25基因与目前已有的等位基因型不同,被定义为1个新的等位基因型,即ST28。其余28株与已知的ST8型的各等位基因型一致。结论我国流行的羊种布鲁氏菌主要是羊3型菌株,国内的菌株与国外菌株遗传背景上有差异。MLST分型可以作为研究布鲁氏菌进化关系的重要手段之一。     

杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别研究

目的研究杭州地区单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)食品分离株的分子分型情况,了解当地流行株的型别特征。方法用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)的方法对单核细胞增生李斯特菌进行分子分型。PFGE结果进行聚类分析,并绘制MLST数据的最小生成树。结果 6个血清型组成的133株杭州食品分离株共获得19个MLST型别,并发现1个新的ST型ST767。ST9和ST121是数量最多的型别。用AscI和ApaI酶切分别获得33和45个PFGE带型。结论杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别分布广泛,大部分菌株是可引起人李斯特菌病的Lineage I和Lineage II菌株。食品中单核细胞增生李斯特菌的污染比较严重,应加强监测与管理以防食源性疾病的发生。     

内蒙古布鲁氏菌临床分离株多位点序列分型研究

目的探讨临床分离布鲁氏菌的种群结构和遗传进化特征。方法布鲁氏菌标准参考菌株羊种16M,牛种544A和猪种1 330 S作为对照菌株,采用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)方法对内蒙古地区分离的116株羊种布鲁氏菌进行分析,确定待测菌株的序列型(STs),用软件BioNumerics(Version 5.0)构建菌株的最小生成树。结果116株羊种布鲁氏菌全部为ST8型,9个MLST位点的变异完全相同,分离株种群结构单一;羊种菌的生物型与ST型无明显关联,ST8型菌系该地区的主要流行菌种,并与内蒙古地区先前分离羊种布鲁氏菌进化程度相同,且有密切的亲缘关系。结论羊种布鲁氏菌的序列分型(ST)与常规生物分型存在差异,ST8型菌可能具有较强的环境适应性和致病性。MLST是一种较好的羊布鲁氏菌种群和进化关系研究方法,但更适合于具有较大时间跨度和地理分布菌株间的流行病学调查。     

中国汉赛巴尔通体分离株的多位点序列分型分析

目的 了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法 对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法（Multilocus sequence typing, MLST）,分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型（sequence type, ST）,其中ST1占90% (72/80),ST9占8.75% (7/80),另一个序列型为仅包含一株细菌的ST30;所有3个序列型均属于克隆群1 （clonal complex 1）。结论 与国外汉赛巴尔通体多位点序列分型结果相比,中国的序列型相对集中,说明中国汉赛巴尔通体的变异度和多样性较低,提示其进化相对缓慢。     

利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究

目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus SequenceTyping,MLST）方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型（Sequence type,ST）;采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型（ST-284）,占90%（27/30）,其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性（Pi）范围为0.00119（polB）～0.00648（uidA）,putP基因多态性位点比例最高（4.6%）,trpA基因多态性位点比例最低（0.4%）。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364（ST-296）具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。     

多位点序列分型方法在嗜麦芽窄食单胞菌分子分型中的应用

目的建立多位点序列分型方法（Multilocus sequence typing,MLST）分析嗜麦芽窄食单胞菌。方法提取嗜麦芽窄食单胞菌基因组DNA,选择文献报道的7个嗜麦芽窄食单胞菌管家基因进行PCR扩增,将目的基因PCR产物测序,测序结果与标准序列比对后上传至数据库（http：／／pubmlst．org／smaltophilia／）,获得相应的7对管家基因组成的等位基因谱和序列分型编码（sequencetypes,STs）,应用MLST方法分析68株嗜麦芽窄食单胞菌ST型的流行病学意义。结果对68株嗜麦芽窄食单胞菌菌株通过多位点序列分型方法分析,所有菌株均为同一新的ST型（sT87）,该结果与现场流行病学的关系一致。结论MLST是一种方便、快速的分子生物学方法,实验室菌株资料可以比较,适用于嗜麦芽窄食单胞菌的进化关系、群体结构和长期的全球分子流行病学研究。     

两株布鲁菌MLST新序列型(ST)的鉴定

目的 对北京地区分离自布病患者血液的2株布鲁菌进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)及其遗传学特征进行研究,为布病的预防和控制提供科学依据。方法 应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分离的2株布鲁菌进行鉴定,采用MLST技术对2株布鲁菌分离株的19个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的等位基因谱及9位点和21位点序列型(sequence type,ST)。采用聚类分析法研究2株菌ST型与各种布鲁菌已知ST型的遗传进化关系。结果 2株分离株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR鉴定为非羊种、非牛种1、2、4型、非猪种1型、非绵羊附睾种布鲁菌;MLST分析显示,2株菌的等位基因编号(gap/aroA/glk/dnaK/gyrB/trpE/cobQ/int-hyp/omp25/prpE/caiA/csdB/soxA/leuA/ mviM/fumC/fbaA/ddlA/putA/mutL/acnA)分别为2、1、2、2、1、3、1、4、1、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3和2、1、2、2、1、3、1、4、29、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3,比对MLST数据库,结果显示这2株细菌的等位基因编号组合未见报道,为新ST型。聚类分析显示这2种新的ST型与牛种布鲁菌ST型处于同一分支。结论 北京地区分离的2株布鲁菌为新ST型牛种布鲁菌,已被MLST数据库确认,分别命名为ST74和ST75(9位点序列型)与ST108和ST109(21位点序列型)。与同属牛种布鲁菌的ST型遗传关系最近,该结果为北京地区布病的预防和控制提供了科学依据。     

多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。     

猪源产志贺毒素大肠埃希茵耐药性及超广谱β内酰胺酶基因型分析

目的了解我国猪源产志贺毒素大肠埃希菌（Shigatoxin-producingEscherichiacoli,STEC）产超广谱8内酰胺酶（Extended—spectruml β-lactamases,ESBLs）情况及其基因型。方法对22株分离自重庆地区2个规模化养殖场健康猪粪的STEC菌株进行药物敏感性检测、ESBLs表型确证及7种类型（blaSHV,blaLEN,blaOKP,blaTEM,blaCTX-M,blaGES及blaKPC）ESBLs基因型PCR检测和测序分析。结果22株携带stx2e的STEC菌株中2株对所有23种测试抗生素敏感,其余菌株除对亚胺培南和美罗培南敏感外,对其他抗生素均存在不同程度耐药。10株sTEc菌株（占45．45％）产ESBLs酶。PCR检测其中1株为blaCTX-M-1基因型,其余9株为blaCTX-M-9 ＋blaTEM-1基因型。结论重庆地区猪源STEC中存在较高比例的产ESBLs菌株。在加强人和动物STEC感染检测与监测的同时,应进行细菌耐药性监测。     

山西省某医院发现的携带碳青霉烯酶基因的肺炎克雷伯菌的流行特征研究

目的 肺炎克雷伯菌是一类重要的引起院内感染的病原微生物,可导致机体多个器官和组织受累。本研究主要是针对携带有碳青霉烯酶基因的肺炎克雷伯菌进行分子特征和流行状况的评价。方法 本研究中所用菌株是2008-2012年分离自山西省长治某医院的标本,通过琼脂扩散和E纸条试验来分析菌株的药敏状况。碳青霉烯酶的产生情况经Carba NP试验来确认,而碳青霉烯酶基因的测定及确证由PCR和DNA测序完成。最后,将碳青霉烯类抗生素耐药菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)研究。结果 1 297株临床分离的肺炎克雷伯菌中,有9株对碳青霉烯类抗生素的耐药株,它们都是产A组碳青霉烯酶、肺炎克雷伯菌的碳青霉烯酶(KPC-2)基因阳性,而其它的检测基因均为阴性。尽管9株菌都属于MLST中的ST11型,但就PFGE分析发现,可能存在两次院内感染的传播:分别在2010和2012年。结论 携带KPC-2基因的耐药肺炎克雷伯菌已经在医院内传播,加强院内严密监控和制定严格的感染控制措施已是刻不容缓。     

福州市生殖道沙眼衣原体的MLST分子流行病学研究

目的 研究多位点序列分型法(MLST)在福州地区性病门诊人群生殖道沙眼衣原体基因分型中的分辨力,并与来自阿姆斯特丹性病门诊女性患者的样本进行比较。方法 采用MLST分型法研究福州性病门诊生殖道沙眼衣原体感染者的基因型,eBURST进行ST型地理分布特征分析。结果 从86份阳性标本中可获得完整MLST数据的样本为76份,共分30个ST型,其中14个为新的型别。MLST分型法的Simpson分辨力指数为0.9。eBURST分型结果显示30个ST型分为3个克隆复合体和5个独特型。仅有4个ST型在福州和阿姆斯特丹两地同时存在。结论 MLST为生殖道沙眼衣原体分子流行病学调查提供高分辨率的分型手段。eBURST 分析可揭示不同地理来源的生殖道沙眼衣原体之间的进化关系。