中国结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型方法标准化操作程序的探讨

目的 探讨中国结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)的标准化方法,初步评价其应用价值.方法 采用核酸提取、聚合酶链反应(PCR)、反向线性点杂交等技术,结合BioNumeries(Version 5.0)软件,对224株结核分枝杆菌临床分离株进行分型研究.结果 使用Spoligotyping标准化方法 对224株中国结核分枝杆菌临床分离菌株进行基因分型,将其分为北京家族菌株和非北京家族菌株两大簇.其中北京家族菌株129株,为主要的流行菌株.结论 初步确定中国Spoligotyping标准化技术方案.该方法 快速、简便、重复性好,能同时对结核分枝杆菌进行检测和分型,有利于结核病传染源的追溯和流行趋势的研究,尤其是在鉴定北京家族菌株上具有独特作用.     

吉林省结核分枝杆菌oxyR-ahpC基因耐药相关性研究

目的阐明吉林省结核分枝杆菌耐异烟肼的临床分离株中oxyR-ahpC基因间隔区突变特点。方法对580株结核分枝杆菌临床分离株(耐异烟肼菌株500株;异烟肼敏感株80株)的DNA片断扩增及DNA序列分析,并将测序所得结果与标准菌株的DNA序列进行对比分析。结果 580株结核分枝杆菌临床菌株中,80株敏感株oxyR-ahpC间隔区未发生突变;在500株异烟肼耐药的临床分离株中有200株菌株中存在oxyR-ahpC间隔区突变,其中有29株在(-17)位点发生突变,12株在(-27)位点发生突变,134株在11位点发生突变。结论吉林省耐多药结核分枝杆菌异烟肼耐药基因中oxyR-ahpC间隔区突变具有明显的区域特异性,建议在本省的结核病耐多药快速检测项目中增加对oxyR-ahpC间隔区突变的检测,以便提高耐多药患者的检出率。     

应用PCR-反向斑点杂交技术快速检测结核分枝杆菌耐链霉素基因型

目的 应用膜反向斑点杂交技术快速检测结核分枝杆菌对链霉素(SM)的耐药性。方法 设计与合成用于检测结核分枝杆菌耐SM基因rpsL和ms的寡核苷酸探针，点于硝酸纤维素膜上，与结核分枝杆菌分离株生物素标记的聚合酶链反应(PCR)产物进行反向斑点杂交，并与PCR-单链构象多态性(PCR—SSCP)和PCR-直接测序(PCR-DS)结果比较。结果 53株结核分枝杆菌临床分离株中，三种检测方法符合率为100％。9株敏感株rpsL和ms基因的SSCP图谱、膜杂交结果与标准株完全相同；44株耐SM菌株中，33株存在rpsL基因43位密码子AAG→AGG突变，6株有ms基因513位A→C突变，1株有ms基因513住A→T突变，突变检出率为90．9％，40株耐SM菌株和9株敏感株可用膜杂交方法检测出来，与传统药敏试验方法检测符合率为49／53。结论 应用膜反向斑点杂交技术检测结核分枝杆菌耐SM基因型灵敏度高、特异性好、简便、快速，可用于临床耐药性检测。     

PCR-线性探针杂交酶显色法在结核病诊断与耐药性检测中的应用研究

目的对比PCR-线性探针杂交酶显色法(简称线性探针法)与BACTEC MGIT960液体培养及药敏在结核分枝杆菌检出率的差异,评价两种方法检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药性的应用效果。方法选取医院结核科2013年8月-2015年5月369例确诊及疑似结核病的住院患者送检标本,同时采用线性探针法和BACTEC MGIT960对其进行结核分枝杆菌及利福平和异烟肼耐药性检测,数据采用SPSS 13.0软件进行统计分析。结果线性探针法检测结核分枝杆菌对利福平耐药性的灵敏度为90.4%、特异度为97.3%、Kappa值为0.872;对异烟肼耐药性检测的灵敏度为86.6%、特异度为96.3%、Kappa值为0.841,两种方法在利福平和异烟肼耐药性检测中具有较好的一致性。结论 PCR-线性探针杂交酶显色法是一种快速、准确的结核分枝杆菌及其对利福平和异烟肼耐药性的诊断方法,对耐多药结核病的快速诊断具有显著的优点。     

自贡市44株临床非结核分枝杆菌的鉴定

目的对自贡市2012—2016年临床分离44株疑似非结核分枝杆菌进行菌种鉴定。方法使用PCR-荧光探针法对自贡市临床44份疑似非结核患者的菌株进行初步筛查,并对44份菌株的hsp65及rpoB基因进行扩增并测序,通过序列比对获得菌株型别。结果 44株菌株分枝杆菌经PCR-荧光探针法检测结果显示均为非结核分枝杆菌.对44株分枝杆菌进行hsp65及rpoB基因测序比对,进一步菌种鉴定结果显示,44株分枝杆菌分别为11种非结核分枝杆菌。结论自贡市非结核分枝杆菌种类较多,44株菌即分为11个种。PCR-荧光探针法及基因测序法可对临床非结核分枝杆菌进行快速、准确的鉴定。     

2020年凉山州彝族地区结核分枝杆菌全基因组序列情况分析

目的 分析凉山州彝族地区获得的30株结核分枝杆菌全基因组序列情况，为凉山州结核病防控工作开展提供科学参考。方法 将凉山州彝族地区昭觉县、越西县、美姑县3县2020年的30株结核分枝杆菌进行全基因组测序，使用结核分枝杆菌全基因组序列分析平台分析其菌型、耐药情况、分型特征等，并使用MEGAX完成菌株的进化树构建。结果30株结核分枝杆菌，18株属于Lineage2（东亚系），12株属于Lineage4（欧美系）；25株未检测到已知耐药突变，为敏感菌株，5株检测到已知耐药突变，主要为利福平耐药。30菌株的进化树形成2个大簇，分属于L2和L4,L2谱系中有3株菌株全基因组序列具有一致性，L4谱系菌株中有2株菌株的全基因组序列具有一致性，此5例菌株都来自于学生人群。结论 该地区流行的结核分枝杆菌为L2和L4谱系菌株，以L2为主，L4为辅，且近期存在学校结核病聚集性事件，该地应加强学校结核病防控工作，控制结核病近期传播。     

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P<0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。     

辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同

目的探讨辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同。方法选取辽宁省各市结核病防治所经菌种鉴定得到的144株结核分枝杆菌菌株,以及84株来自日本神奈川县卫生研究所的结核分枝杆菌菌株,采用以聚合酶链式反应(PCR)为基础的分型方法鉴定是否为北京基因型结核分枝杆菌。对引物4扩增辽宁省北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌的条带进行双向测序并比较。结果 144株辽宁省结核分枝杆菌中,北京基因型结核分枝杆菌129株(89.58%),非北京基因型结核分枝杆菌7株(4.86%),北京基因型结核分枝杆菌和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染8株(5.56%)。引物4扩增辽宁省7株非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308bp条带,扩增129株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌菌株,116株(89.92%)北京基因型结核分枝杆菌出现270 bp左右条带。随机对3株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌的270 bp左右条带进行双向测序,序列一致,与非北京基因型结核分枝杆菌的308 bp条带序列不同。84株日本神奈川县的结核分枝杆菌菌株中,北京基因型结核分枝杆菌53株(63.10%),非北京基因型结核分枝杆菌31株(36.90%),引物4扩增日本神奈川非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308 bp条带,扩增北京基因型结核分枝杆菌无条带。结论辽宁省以北京基因型结核分枝杆菌菌株流行为主,存在北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染。辽宁省流行北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。     

TaqMan-MGB探针实时荧光PCR检测结核分枝杆菌北京基因型的研究

目的探讨TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测结核分枝杆菌北京基因型菌株的效果。方法对杭州地区136株结核分枝杆菌临床分离株水煮法提取DNA,分别用TaqMan-MGB探针实时荧光PCR与间隔区寡核苷酸(Spoligotyping)基因分型方法进行北京基因型菌株鉴定,比较2种方法的一致性,同时评价TaqMan-MGB探针实时荧光PCR的最低检测限。结果以Spoligotyping基因分型方法为标准,136株结核分枝杆菌中,检测到北京基因型结核分枝杆菌105株,占77.21%。TaqMan-MGB探针实时PCR方法与Spoligotyping基因分型方法鉴定北京基因型菌株结果完全一致。TaqMan-MGB探针实时荧光PCR对北京基因型最低检出限为0.488 pg/μl。结论与Spoligotyping基因分型方法相比,TaqMan-MGB探针实时PCR方法检测北京基因型操作简单,耗时短,灵敏度高,可以快速地区分北京基因型与非北京基因型结核分枝杆菌。     

甘肃省228株结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型研究

目的利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对甘肃省结核分枝杆菌流行株进行分型研究,了解目前甘肃省结核分枝杆菌流行株基因型的基本情况,为甘肃省结核病防控提供分子流行病学依据。方法采用Spoligo-typing对甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌进行基因分型,结果使用Bionumerics-5.01软件统计、分析,并与SpolDB4数据库进行比对,得出菌株分型结果。结果228株结核分枝杆菌被分为北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily)2大基因群,其中北京家族基因群占88.6%(202/228)。非北京家族基因群为11.4%(26/228),228株结核分枝杆菌构成23个基因簇,其中独立基因型12个。结论北京家族基因群菌株在甘肃省结核分枝杆菌流行株中占据绝对优势地位,对该基因群菌株引发的结核病应给予密切关注并应加强对北京家族基因型菌株生物学特性研究。