利用GEO数据集分析USP51在胃癌中的表达及临床意义

目的:研究USP51在胃癌中的表达情况,探讨USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性并预测USP51表达对胃癌预后评估的临床价值。方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,只保留临床资料和生存信息完整的患者病例,共收录胃癌患者295例。分析不同USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性,以及对胃癌预后的影响。采用基因集富集分析方法分析和预测受USP51调控的相关基因。结果:USP51表达水平与胃癌患者年龄、T 分期、pTNM分期及Lauren分型均有关（P均<0.05),与胃癌患者性别及N分期无关（P均>0.05）。随着USP51表达程度的增加,胃癌患者总生存时间(overall survival,OS)明显缩短（P＜0.001）。USP51高表达富集了黏着斑通路、钙离子信号通路、细胞黏附分子和细胞外基质等相关的基因通路（P＜0.05,FDR<0.25）。结论:在胃癌中,USP51高表达是一种预后不良因素,推测其可以作为判断胃癌患者预后的有效生物标志物以及治疗靶点。     

HOXC6在鼻咽癌组织中的表达及临床意义

目的:探讨鼻咽癌患者组织中同源盒基因C6(HOXC6)的表达水平与临床意义。方法:采用免疫组织化学法检测127例鼻咽癌患者的石蜡组织标本中HOXC6蛋白的表达，分析其表达与患者临床特征及预后的关系。在GEO公共数据库中下载鼻咽癌基因芯片数据集GSE12452和GSE13597，分析HOXC6基因在鼻咽癌和正常鼻咽组织间在转录水平上的表达差异；进一步采用GSEA分析方法探讨HOXC6基因在鼻咽癌中可能的作用机制。结果:HOXC6在鼻咽癌组织中表达上调，其水平表达与鼻咽癌的T分期、N分期和临床分期有显著的相关性(P<0.05)，且高表达与鼻咽癌的不良预后显著相关(P<0.05)。COX多因素分析显示:N分期（P=0.022）和HOXC6表达水平（P=0.038）是影响鼻咽癌患者预后的独立危险因素。在基因芯片数据集中，HOXC6 mRNA在鼻咽癌组织中的表达水平明显高于正常鼻咽组织(P<0.05)；GSEA分析提示，HOXC6基因高表达样本主要富集了细胞凋亡、TNF-α信号通路、IL6/JAK/STAT3信号通路等基因集，影响鼻咽癌的生物学过程。结论:HOXC6基因的表达与鼻咽癌患者的预后存在密切相关性，可作为其独立预后危险因素。     

术前脂蛋白水平与胃癌淋巴结转移的相关性及其对胃癌预后的预测价值

目的:探讨胃癌患者术前脂蛋白水平与淋巴结转移的相关性及其对胃癌预后的预测价值。方法:收集徐州医科大学附属医院于2015年8月至2018年8月期间收治的220例经病理学确诊的胃癌患者为胃癌组，另选取同期健康体检者或胃息肉患者100例作为对照组，对比两组血清脂蛋白（HDL-C、LDL-C、ApoA1等）水平差异，分析胃癌患者术前脂蛋白水平与胃癌淋巴结转移及临床病理参数的相关性，采用Kaplan-Meier法分析术前脂蛋白水平与生存的关系，利用Cox比例风险回归模型探讨其在胃癌预后中的预测价值。结果:与对照组相比，胃癌组LP(a)明显较高，HDL-C明显较低（P<0.05）；胃癌患者的血清HDL-C水平与肿瘤长径、淋巴结转移和肿瘤浸润深度显著相关（P<0.05），而LDL-C则与性别和肿瘤分化程度显著相关（P<0.05），ApoB与淋巴结转移有关（P<0.05）。生存分析结果显示，术前HDL-C水平≥1.40 mmol/L，ApoB水平≥0.90 g/L时，患者的生存期显著较长（P<0.05）。Cox比例风险回归模型结果显示，术前HDL-C和ApoB水平为胃癌患者预后不良的独立危险因素（P<0.05）。结论:胃癌患者血清ApoB和HDL-C水平异常，且与淋巴结转移有关。检测胃癌患者术前HDL-C和ApoB等指标有助于预测患者预后。     

基于TCGA数据库分析FTH1在头颈部鳞状细胞癌中的表达和临床意义

目的 探究重链多肽亚基由铁蛋白重链多肽1(ferritin heavy chain polypeptide 1,FTH1)在头颈部鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC）中的表达和临床意义。方法 基于癌症基因图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库分析FTH1在HNSCC组织和癌旁组织中的差异表达情况，并分析其表达与肿瘤分期的关系和对总生存的影响。采用Cox比例风险模型评估影响HNSCC患者预后的因素。使用GSEA软件预测FTH1可能参与调控的信号通路。结果 FTH1在HNSCC中高表达，且与肿瘤分期有关（均P<0.05）。FTH1高表达的HNSCC患者总生存率降低（P<0.05）。单因素Cox分析结果显示，高表达的FTH1和肿瘤分期均是影响HNSCC患者的预后因素(均P<0.05)。多因素Cox分析结果显示，肿瘤分期和性别均是影响HNSCC患者的预后因素(均P<0.05)。FTH1的通路富集分析显示，FTH1的高表达样本显著富集到溶酶体、谷胱甘肽代谢、磷酸戊糖途径及癌症通...     

TPD52L2基因在肝癌组织中的表达及其价值:基于TCGA数据的分析

目的:探讨TPD52L2（TPD54）基因在肝细胞肝癌（HCC）组织中的表达及价值。方法:下载癌症基因组图谱(TCGA)的公开数据，评估TPD52L2在HCC中的作用。采用Wilcoxon signed-rank检验和Logistic回归分析TPD52L2表达与HCC临床病理特征的关系。采用Cox回归和Kaplan-Meier生存分析HCC患者的临床病理特征与总生存期的关系。利用基因集富集分析(GSEA)方法预测调控通路。结果:HCC组织中TPD52L2的高表达与高分期、高分级、T分期及致癌因素相关（P＜0.05）。Kaplan-Meier生存分析显示，TPD52L2高表达的HCC患者预后比低表达的差（P=0.002）。单因素分析提示，TPD52L2高表达与较差的总体生存率（OS）显著相关（HR:1.04，95%CI:1.02~1.06，P=0.000）;多因素分析显示TPD52L2表达和伴瘤生存是OS的两个独立预后因子。GSEA预测出剪接体通路、嘧啶代谢、RNA降解、细胞周期、WNT信号通路和凋亡通路在TPD52L2高表达中均有不同程度的富集。结论:TPD52L2可能是HCC不良预后的潜在生物标志物，而剪接体通路、嘧啶代谢、RNA降解可能是HCC中TPD52L2调控的关键通路。     

基于TCGA、THPA、GEO数据库挖掘PTTG1在乳腺癌中的表达及预后意义

目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas，THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus，GEO)数据库的数据挖掘，探索垂体肿瘤转化基因1（pituitary tumor-transforming gene 1，PTTG1）在乳腺癌中的表达及预后意义。方法:从TCGA、THPA和GEO数据库提取PTTG1在乳腺癌及正常组织中mRNA和蛋白水平的变化和患者临床病理资料，GEO在线预后分析数据库Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com)检索PTTG1乳腺癌预后的相关性。结果:在数据库中，PTTG1 mRNA和蛋白水平在乳腺癌队列中表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01)；PTTG1 mRNA在不同的分子亚型中表达存在显著差异(P<0.05)；PTTG1 mRNA在ER和PR阳性乳腺癌患者组织中表达显著低于ER和PR阴性乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA在进展期乳腺癌患者组织中表达显著高于早期乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA随着乳腺癌患者组织学分级程度升高而降低(P<0.05)。PTTG1低表达乳腺癌患者的预后显著好于其高表达患者(P<0.001)；PTTG1高表达的ER和PR阳性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后均显著差于其低表达者(P<0.05)。PTTG1高表达乳腺癌样本富集到细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期、自然杀伤细胞介导细胞毒性、Toll样受体信号通路和T细胞受体信号通路等相关基因集。结论:PTTG1 mRNA和蛋白在乳腺癌组织中高表达，PTTG1 mRNA表达与乳腺癌预后相关且在不同分子分型的乳腺癌中具有不同的预后监测意义，可以作为乳腺癌预后判断的标志物。     

基于在线分析的磷酸果糖激酶在肺癌中的预后意义探讨

目的:探讨磷酸果糖激酶1（phosphofructokinase 1，PFK1）不同亚型对肺癌预后的预测价值及其可能参与的生物学过程。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)数据库中下载表达PFK1不同亚型(PFKP、PFKL和PFKM)表达谱资料及临床信息资料。分别分析这三个基因的表达与肺癌临床病理学参数的相关性及对预后的影响。采用基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis，GSEA)方法预测关键基因的相关通路。结果:PFKP亚型与肺癌患者预后存在显著相关性（P<0.05），且高表达患者预后更差。PFKP表达水平与肿瘤浸润深度（T分期）、淋巴结转移数量（N分期）和性别相关。PFKP高表达样本富集了糖酵解、细胞周期、细胞黏附连接等基因集。结论:肺癌中PFKP高表达是预后不良因素，其表达水平可作为预测肺癌患者预后的潜在生物标志物。     

过氧化物酶1在卵巢上皮性浆液性肿瘤中的表达及其临床意义

目的:检测过氧化物酶1(peroxiredoxin 1,PRDX1)在卵巢上皮性浆液性癌中的表达,探讨并预测PRDX1参与肿瘤发生发展的机制及其临床意义。方法:采用免疫组化 SP 法检测55例卵巢上皮性浆液性乳头状癌、11例卵巢上皮性交界性肿瘤、21例卵巢上皮性良性肿瘤以及15例正常卵巢组织中 PRDX1 的表达情况,利用单因素和多因素Cox回归模型分析其与卵巢上皮性浆液性乳头状癌临床病理参数及预后的关系。从癌症基因组图谱（TCGA）数据库收集374个卵巢癌样本,并对PRDX1进行基因富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）。结果:PRDX1以胞浆着色为主。PRDX1 在卵巢上皮性浆液性乳头状癌中的阳性率(96.36%)明显高于卵巢上皮性交界性肿瘤(72.72%)、卵巢上皮性良性肿瘤(57.14%)及正常卵巢组织(20%) (P均＜0.05)。在卵巢上皮性浆液性乳头状癌中,PRDX1 表达随FIGO分期增加而增加(P＜0.05),PRDX1为影响卵巢上皮性浆液性癌预后的独立危险因素(P＜0.05)。基因富集分析发现PRDX1高表达样本富集到氧化磷酸化基因集,PRDX1低表达样本富集到Wnt信号通路、ErbB信号通路、Notch信号通路、癌症信号通路、黏附桥接等基因集。结论:PRDX1参与调控肿瘤Wnt、ErbB、细胞黏附、氧化应激等信号通路,其表达与卵巢癌的发生、发展及预后相关,可作为卵巢癌预后的标记物。     

LncRNA TCF7在胃癌中的表达及与临床病理参数和预后的关系

目的:探讨长链非编码RNA TCF7（LncRNA TCF7）在胃癌中的表达及其与患者临床病理参数和预后的关系。方法:选取2015年2月至2016年8月本院收治的86例胃癌患者的癌组织标本为胃癌组，另选取其癌旁组织为正常组。采用实时荧光定量PCR（RT-PCR）检测胃癌组织及癌旁组织中LncRNA TCF7的相对表达量，根据检测结果中位值将其分为高表达组（57例）与低表达组（29例），观察LncRNA TCF7表达与患者临床病理参数的关系。采用Kaplan-Meier法分析LncRNA TCF7表达与患者预后的关系，并将影响胃癌患者预后的相关因素进行单因素分析及COX多因素分析。结果:胃癌组LncRNA TCF7表达水平显著高于正常组（P＜0.05）；LncRNA TCF7表达与淋巴结转移、临床分期、分化程度及浸润深度显著相关（P＜0.05）；Kaplan-Meier法分析显示LncRNA TCF7高表达组患者PFS与OS均显著低于低表达组（P＜0.05）；单因素分析显示淋巴结转移、临床分期、分化程度、浸润深度及LncRNA TCF7表达水平均为影响胃癌患者预后的危险因素；COX多因素分析显示淋巴结转移与LncRNA TCF7表达水平高低均为胃癌患者预后不良的独立危险因素。结论:LncRNA TCF7在胃癌中高表达，并与胃癌发生发展有关，同时可有效预测患者预后情况。     

ANGPT1基因在肺腺癌组织中的表达及其预后价值分析

目的:探索血管生成素1（angiopoietin 1,ANGPT1)在肺腺癌组织中的表达及预后意义。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集肺腺癌和肺鳞癌数据，并下载ANGPT1基因表达谱资料及临床信息资料。采用t检验明确ANGPT1在肺癌组织和正常组织中的表达差异，χ2检验分析ANGPT1基因表达与肺腺癌患者临床病理特征的相关性，Log-rank检验进行生存分析；利用基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis,GSEA）方法，预测肺腺癌中可能受ANGPT1调控的相关通路。结果:ANGPT1基因在肺癌组织中低表达；其表达水平与T分期（P=0.013)呈负相关；ANGPT1低表达的肺腺癌患者预后明显差于高表达患者（P=0.006），是影响肺腺癌预后的独立保护因素(P＜0.05)。GSEA结果显示，ANGPT1可能通过调节G2M检查点、DNA损伤修复、凋亡、mTOR信号、MYC信号、有丝分裂纺锤体等细胞增殖相关通路影响肺腺癌的发生发展。结论:ANGPT1是肺腺癌的独立预后保护因素，可能成为肺腺癌的潜在预后标志物和治疗靶点。     

利用GEO及TCGA数据集分析SMARCA1在胃癌中的表达及其临床意义#br#

目的探讨基因表达汇编（GEO）及癌症和肿瘤基因表达图谱（TCGA）数据集中胃癌组织的SMARCA1表达情况及其与胃癌临床病理特征和预后的关系。 方法利用GEO和TCGA数据集汇总胃癌相关数据,下载胃癌组织SMARCA1表达数据及临床病理参数。分析SMARCA1表达与胃癌临床病理学特征和总生存期（OS）的关系;采用基因集富集分析（GSEA）预测SMARCA1相关的基因通路。 结果在GSE62254数据集中,SMARCA1表达与T分期有关（P=0022）,而与TNM分期、性别、年龄和N分期均无关（P＞005）。在TCGA数据集中,SMARCA1表达与T分期、性别、年龄、N分期、TNM分期和组织学分级均无关（P＞005）。GSE62254数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为364个月、894个月和未达（P=0001）;TCGA数据集中,SMARCA1高、中及低表达组胃癌患者的中位OS分别为237个月、294个月和562个月（P=0033）。GSEA结果显示,SMARCA1高表达样本富集了K Ras、Akt、BMI 1和mTOR通路等基因集。 结论胃癌组织中SMARCA1的表达与T分期有关,高表达患者的预后不良,可作为潜在评估胃癌预后的分子标志物。     

基于生物信息学分析ITGA2在胰腺癌组织中的表达及机制

目的:探讨整合素亚基α2（integrin alpha-2,ITGA2）在胰腺癌组织中的表达及作用机制。方法:从GEO基因芯片数据库下载GSE28735的芯片数据分析ITGA2的表达；从TCGA数据库搜索有关ITGA2临床样本表达的数据，分析不同ITGA2表达与胰腺癌临床病理参数的相关性；利用GEPIA在线数据库分析ITGA2对胰腺癌预后的影响；最后，运用基因富集分析探究ITGA2在胰腺癌中的可能作用机制。结果:ITGA2基因在胰腺癌组织中的表达量高于癌旁组织（P＜0.000 1），ITGA2基因的表达与胰腺癌患者年龄、T分期、肿瘤的恶性程度G分级具有相关性（P＜0.05）。ITGA2高表达胰腺癌患者的总体生存期（P＜0.05）和无病生存期（P＜0.05）较差。GSEA结果表明:ITGA2基因主要与顶端连接（P=0.021）、E2F转录途径（P=0.036）、mTORC1信号通路（P=0.018）、糖酵解途径（P=0.032）、PI3K/AKT/mTOR信号通路（P=0.028）、G2/M细胞周期检查点（P=0.034）等信号通路有关。结论:ITGA2在胰腺癌组织中表达上调并且与胰腺癌不良的预后相关，其可以作为胰腺癌有效的预后标志物和潜在治疗靶点。     

基于数据挖掘分析PTGER3在肠型胃癌中的表达及临床意义

目的:探讨PTGER3在肠型胃癌中的表达及临床意义。方法:从GEO数据库的GSE29272数据集中下载58对肠型胃癌组织和癌旁组织的基因表达谱数据,筛选出差异表达基因,并利用DAVID数据库进行基因的功能富集分析。采用WGCNA软件对差异表达基因进行权重基因共表达网络分析,以挖掘出肠型胃癌发生发展过程中的关键调控基因。分析关键调控基因表达水平与肠型胃癌预后的相关性,并在Kaplan-Meier Plotter数据库中验证其预后意义。结果:共获得393个差异表达基因,DAVID 功能富集分析显示它们主要涉及ECM受体相互作用、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路和癌症信号通路等。PTGER3是癌症信号通路上的一个重要成员,在肠型胃癌组织中的表达明显上调。差异基因的共表达网络分析发现PTGER3是模块枢纽基因,与胃癌的发生发展关系密切。GSE29272数据集和Kaplan-Meier Plotter数据库的生存分析均显示PTGER3高表达与预后不良显著相关（P=0.034;P<0.001）。结论:PTGER3表达上调可能参与了肠型胃癌的发生发展,而且其高表达提示患者预后不良。     

胃癌中miR-146a和LIN52表达及其与化疗敏感性和预后的关系

目的:研究胃癌组织中微小RNA-146a（miR-146a）、LIN52的表达关系，并对其与患者化疗敏感性和预后的关系进行探讨。方法:选取2012年8月至2015年6月进行手术治疗的87例胃癌患者的癌组织标本为胃癌组，另选取距癌组织边缘＞5 cm的对应癌旁组织标本为癌旁组织组。采用qRT-PCR法检测miR-146a、LIN52 mRNA相对表达量，免疫组化法检测LIN52蛋白表达，采用MTT法检测胃癌细胞对5-FU、DDP、ADM、MMC敏感性，应用Pearson法对miR-146a与LIN52表达的相关性进行分析，采用Kaplan-Meier对胃癌患者3年的生存情况进行分析。结果:与癌旁组织组相比，胃癌组miR-146a表达水平降低（P<0.05），LIN52 mRNA表达水平升高（P<0.05），LIN52蛋白阳性表达率升高（P<0.05）；miR-146a、LIN52表达均与年龄、淋巴结转移、临床分期、组织分化程度、浸润深度相关（P<0.05）；药敏试验表明，miR-146a、LIN52表达情况与肿瘤细胞对5-FU、DDP的敏感性有关；Pearson法分析显示miR-146a与LIN52呈显著负相关（r=-0.898，P<0.05）；Kaplan-Meier法分析显示miR-146a高表达组3年内总生存率远高于低表达组（58.8% vs 18.9%）。LIN52阴性患者3年内总生存率远高于阳性患者（74.1% vs 16.7%）。结论:胃癌组miR-146a低表达，LIN52高表达，miR-146a、LIN52与胃癌细胞对化疗药物敏感性及预后相关，检测其表达对化疗药物的选择具有一定参考价值。     

结肠癌患者循环miR-630的表达及其临床意义

目的:探讨结肠癌患者外周血中microRNA-630(miR-630)的表达，进一步分析其表达对评估结肠癌进展及预后的价值。方法:使用实时荧光定量PCR（Real time PCR）检测55例结肠癌及21例正常对照者外周血中miR-630的表达，采用统计学方法分析miR-630在结肠癌外周血中的表达及其与肿瘤进展和预后的关系。结果:分析Real time PCR检测结果发现，结肠癌患者外周血中miR-630的表达显著高于正常对照（P<0.05），外周血中miR-630表达与结肠癌的侵袭、转移和分期显著相关（P<0.05），单因素和多因素生存分析发现外周血中miR-630的表达上调与结肠癌预后不良显著相关（P<0.05）。结论:结肠癌患者循环miR-630表达显著上调，与结肠癌侵袭和转移密切相关，并可作为结肠癌的独立预后标记分子。     

基于TCGA数据库挖掘揭示高表达KIF20A是肺腺癌患者预后的独立风险因素

目的:探讨KIF20A在肺腺癌中的表达状态，进一步分析KIF20A表达水平与临床病理资料和预后的关系。方法:从癌症基因组图谱（the cancer genome atlas，TCGA）下载肺腺癌RNA-seq表达和临床数据，纳入515例肺腺癌肿瘤组织样本和59例癌旁组织样本，此外，从GEO(Gene Expession Omnibus)数据库下载GSE10072数据集作为验证集，该数据集包括58例肺腺癌肿瘤组织样本和49例癌旁组织样本。分析KIF20A mRNA高低表达与临床病理特征之间的相关性通过2检验；采用Kaplan-Meier法分析临床变量与患者预后的关系；采用Cox比例风险模型探索KIF20A对肺腺癌患者预后的独立作用。结果:KIF20A 在肺腺癌组织中的表达高于癌旁组织；KIF20A mRNA表达水平与年龄、吸烟、临床分期、T分期及N分期差异显著相关，而与性别、种族、残余瘤无明显相关；高KIF20A组在总生存率和无病生存率方面较低KIF20A组差，且在校正了相关变量后，KIF20A表达仍与总生存率和无病生存率显著相关。结论:KIF20A mRNA表达水平与年龄、吸烟、临床分期、T分期及N分期显著相关；KIF20A mRNA表达水平可作为影响肺腺癌患者预后不佳的独立因素。