原发性骨质疏松症肾阳虚证骨组织全基因表达谱研究

目的通过检测原发性骨质疏松症不同中医证型患者骨组织基因表达谱的差异,探讨原发性骨质疏松症肾阳虚证相关基因的信息学特征。方法随机选择原发性骨质疏松症患者,中医辨证分型为肾阳虚证组3例,肾阴虚证组3例,无肾虚证组3例,并选择正常骨密度人群3例设为正常对照组。用人全基因组表达谱芯片检测4组人群骨组织基因表达谱,筛选共同的差异表达基因,并对这些差异表达基因进行基因通路等相关功能分析。结果肾阳虚证组与正常对照组、肾阴虚证组、无肾虚证组的差异表达基因分别为2631条、3976条、6184条;肾阳虚证组与其他3组比较共同的差异表达基因有1037条。这些差异基因参与补体与凝血级联反应、Hedgehog、TGF-beta、细胞周期等22条信号通路。结论原发性骨质疏松症肾阳虚证的相关基因主要与免疫调节、TGF-beta、细胞周期等信号通路相关。     

绝经后骨质疏松症肾阳虚证差异表达基因分析

目的通过基因表达谱的差比性分析,探讨绝经后骨质疏松症肾阳虚证相关基因的信息学特征。方法随机选择绝经后骨质疏松症受试者,分为肾阳虚证组3例,肾阴虚证组4例、非肾虚证组3例,并选择健康绝经后妇女3例设为正常对照组。用人全基因组表达谱芯片检测4组基因表达谱,肾阳虚证组分别与其他3组比较,筛选共同的差异表达基因,并对这些差异表达基因进行相关功能分析。结果肾阳虚证组与正常对照组、肾阴虚证组、非肾虚证组的差异表达基因分别为348,355,76条;肾阳虚证组与其他3组比较共同的差异表达基因有46条:与正常对照组相比,表达上调基因有4条,表达下调基因有42条。结论绝经后骨质疏松症肾阳虚证主要与免疫、细胞信号转导、钙离子活性和神经内分泌等方面相关。     

原发性骨质疏松症肾阴虚证骨组织基因表达谱研究

目的：通过检测原发性骨质疏松症患者骨组织基因表达谱的差异,探讨原发性骨质疏松症肾阴虚证相关基因的信息学特征。方法随机选择骨质疏松症患者,中医辨证分型为肾阴虚证组3例、肾阳虚证组3例、无肾虚证组3例,并选择正常骨密度人群3例设为正常对照组。用人全基因组表达谱芯片检测4组人群骨组织基因表达谱,筛选共同的差异表达基因,并对这些差异表达基因进行基因通路等相关功能分析。结果肾阴虚证组与正常对照组、肾阳虚证组、无肾虚证组的差异表达基因分别为2378、4026、4071条,肾阴虚证组与其他3组比较共同的差异表达基因有344条,这些差异基因参与免疫调节、矿物质吸收、激素合成、组氨酸代谢等11条信号通路。结论原发性骨质疏松症肾阴虚证的相关基因主要与免疫调节、激素合成、组氨酸代谢、矿物质吸收等信号通路相关。     

lncRNA在绝经后骨质疏松症肾阴虚证中的表达特征 及调控网络分析

目的探讨绝经后骨质疏松症肾阴虚证中lncRNAs的表达特征及基因调控网络。方法随机选择绝经后骨质疏松症 受试者,分为肾阴虚证组3例和肾阳虚证组3例,并选择健康绝经后妇女3例为正常对照组,采用基因芯片技术检测外周血单 个核细胞lncRNAs的表达水平。肾阴虚证组分别与其他2组比较,筛选共同差异表达lncRNAs,并构建lncRNA调控网络;实 时荧光定量PCR检测LINC00334、LINC00189和LOC101929378的表达,验证基因芯片结果。结果肾阴虚证组与正常对照组 和肾阳虚证组比较,筛选出 8 个共同差异表达 lncRNAs： LINC00334、LINC00189、L0C101929378、XLOC _013921、 ENSG00000237489. 2、ENSG00000225278. 2、AK125437 和 RNA95672;这些差异 lncRNAs 参与 Jak/STAT、MAPK、胰岛素通路和 钙离子代谢等12条信号转导通路的调控;实时荧光定量PCR证实,与正常对照组比较,LINC00189在绝经后骨质疏松症肾阴 虚证表达下调（FC =4. 71,P =0. 007) ;LINC00334(FC =6. 83,P =0. 005)和L0C1019293"78绝经后骨质疏松症肾阴虚证表达上 调（FC = 4.51,P = 0.035 ),变化趋势与芯片结果相一致。结论 LINC00334、LINC00189、L0C101929378、XL0C_013921、 AK125437、ENSG00000237489. 2、ENSG00000225278. 2 和 RNA95672 等 8 条 lncRNAs 可能通过调控 Jak/STAT、MAPK、胰岛素通 路和钙离子代谢等信号通路参与绝经后骨质疏松症肾阴虚证的发生发展过程。     

Illumina高通量测序技术研究肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织microRNAs差异表达谱及差异分析

目的采用高通量测序技术筛选"肌少-骨质疏松症"(sarco-osteoporosis,SO)与骨质疏松症(osteoporosis,OP)患者骨组织标本中miRNA差异表达谱,并对差异显著的miRNA进行生物信息分析。方法运用Illumina Hiseq 2500测序技术筛查2017年至2019年期间福建省老年医院SO组与OP组患者的6对骨组织样品中miRNA表达谱;差异显著表达的miRNA运用层次聚类图和火山图分析,并结合基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析探讨miRNA参与成肌细胞、成骨细胞增殖和分化的生物过程。结果 SO组与OP组进行组间对比,12份骨组织中共鉴定到3 064个(P0.05;|log2 Fold Change|0.0)差异表达的miRNAs,其中上调的1 432个,下调的1 632个,筛选出其中差异表达显著的22个miRNAs︱log2 Fold Change︱≥2且P 0.05包括15个在SO组骨组织中表达上调的miRNAs和7个表达下调的miRNAs;层次聚类图和火山图分析提示,SO和OP骨组织中的miRNA差异表达谱具有统计学意义; GO分析结果显示,miRNA的靶基因富集于成肌细胞与成骨细胞的生物过程,还参与细胞的氧化代谢、增殖和分化以及凋亡等生物过程。KEGG通路分析显示,hsa-miR-382-3p、hsa-miR-27a-5p、hsa-miR-1226-5p、hsa-miR-3934-5p和hsa-miR-451a的靶基因集合显著富集于NF-κB、Wnt、MAPK和P53等信号通路中。结论 Illumina高通量测序技术能有效筛查出肌少-骨质疏松症骨组织中差异表达的miRNA;通过分析5个差异显著基因的下游靶基因,并结合分子生物学相关数据库与查阅大量文献发现这些差异miRNA可能参与肌少-骨质疏松症疾病状态下成骨细胞和成肌细胞多种生物活性过程。这一研究结果为后续深入研究miRNA及其靶基因调控机体骨髓间充质干细胞增殖与成骨分化的机制提供了新思路和理论依据。     

基于Illumina高通量测序技术研究肌少-骨质疏松症与骨质疏松症患者骨组织microRNAs差异表达谱及差异分析

目的 采用高通量测序技术筛选“肌少-骨质疏松症”（sarco-osteoporosis,SO）与骨质疏松症（osteoporosis,OP）患者骨组织标本中miRNA差异表达谱,并对差异显著的miRNA进行生物信息分析。方法 运用Illumina Hiseq 2500测序技术筛查2017年至2019年期间福建省老年医院SO组与OP组患者的6对骨组织样品中miRNA表达谱;差异显著表达的miRNA运用层次聚类图和火山图分析,并结合基因本体论（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书 (KEGG)信号通路分析探讨miRNA参与成肌细胞、成骨细胞增殖和分化的生物过程。 结果 SO组与OP 组进行组间对比,12份骨组织中共鉴定到 3 064个（P<0.05;| log2 Fold Change |>0.0）差异表达的miRNAs,其中上调的1 432个,下调的1 632个,筛选出其中差异表达显著的22个miRNAs︱log2 Fold Change︱≥2 且P <0.05包括15个在SO组骨组织中表达上调的 miRNAs 和 7个表达下调的 miRNAs;层次聚类图和火山图分析提示,SO和OP骨组织中的miRNA差异表达谱具有统计学意义;GO 分析结果显示,miRNA的靶基因富集于成肌细胞与成骨细胞的生物过程,还参与细胞的氧化代谢、增殖和分化以及凋亡等生物过程。KEGG通路分析显示,hsa-miR-382-3p、hsa-miR-27a-5p、hsa-miR-1226-5p、hsa-miR-3934-5p和hsa-miR-451a的靶基因集合显著富集于NF-κB、Wnt、MAPK和P53 等信号通路中。结论 Illumina高通量测序技术能有效筛查出肌少-骨质疏松症骨组织中差异表达的miRNA;通过分析5个差异显著基因的下游靶基因,并结合分子生物学相关数据库与查阅大量文献发现这些差异miRNA可能参与肌少-骨质疏松症疾病状态下成骨细胞和成肌细胞多种生物活性过程。这一研究结果为后续深入研究miRNA及其靶基因调控机体骨髓间充质干细胞增殖与成骨分化的机制提供了新思路和理论依据。     

生信分析肾阴虚型绝经后骨质疏松症分子机制及熟地黄靶向治疗

目的基于生信数据挖掘探究肾阴虚型绝经后骨质疏松症的病理机制及熟地黄的治疗靶点。方法通过GEO数据库挖掘阴虚型绝经后骨质疏松症患者差异表达基因,运用GeneCards及OMIM数据库预测骨质疏松症相关基因,采用R软件对阴虚靶点与骨质疏松靶点映射匹配。借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建。分子对接预测熟地黄治疗阴虚型骨质疏松症的靶点。采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过分析得到差异表达基因1 272个,骨质疏松症靶点662个,阴虚型骨质疏松症相关靶点45个,主要涉及细胞凋亡调节、雌激素应答、骨骼肌系统发育等生物过程,并由PI3K-Akt、Wnt信号通路、MAPK信号通路、卵巢类固醇生成等信号通路调节。熟地2种有效成分能够作用于核心蛋白IGF1、VEGFA等。结论熟地黄可能靶向IGF1、VEGFA等核心蛋白,通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路调节细胞凋亡及雌激素应答过程,从而实现防治阴虚型骨质疏松症的疗效。     

六味地黄丸对绝经后骨质疏松症肾阴虚证JAK/STAT信号通路基因的影响

目的通过观察六味地黄丸对绝经后骨质疏松症肾阴虚证JAK/STAT信号通路基因的影响,探讨六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症肾阴虚证的分子机制。方法随机选择绝经后骨质疏松症肾阴虚证组6例,健康绝经后妇女对照组3例。六味地黄丸治疗肾阴虚证组3个月后,用JAK/STAT信号通路芯片检测其基因表达的变化。结果治疗前肾阴虚证组与正常对照组相比,差异表达基因:PRLR、JUN、JUNB、INSR,表达均下调;肾阴虚证组治疗后与治疗前相比,差异表达基因有25条,上调11条,下调14条,其中JUN、JUNB疗后明显上调。差异表达基因生物学功能分析,免疫相关基因:PRL、PRLR、OSM、ISG15、IL4R;细胞生长增殖与细胞周期相关基因:F2、SOCS3;与STAT蛋白相互作用的转录因子和共同活化基因:JUN、JUNB、SMAD3、SMAD5、SMAD4、SP1、YY1;JAK/STAT信号通路的负反馈调节基因:PIAS1、SOCS4;衔接蛋白基因:SRC、STAM。结论六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症肾阴虚证的机制可能与其调控JAK/STAT信号通路的相关基因有关,这些基因的功能与免疫调节、细胞生长增殖及成骨生长关联。     

慢性乙型肝炎免疫清除相关微RNA分子的筛选及其生物信息学分析

目的 筛选并分析与慢性乙型肝炎(CHB)免疫清除相关的微RNA(miRNA)分子.方法 连续收集2011年6月至2012年8月江苏省泰州市人民医院住院的12例CHB患者和9名健康体检者,采用miRCURYTM芯片对外周血单个核细胞(PBMC)中miRNA分子的表达差异进行检测,利用生物信息学方法分析差异表达miRNA分子调控的靶基因、分子通路及功能.结果 与健康体检组比较,CHB患者PBMC中存在52个差异表达的微RNA,其中33个上调,19个下调.应用TargetScan、miRBase及miRanda数据库预测上调和下调miRNA分子的靶基因,其中上调miRNA分子调控的靶基因有354个,下凋miRNA分子调控的靶基因1 935个.基因本体(GO)及分子途径(Pathway)分析表明,上调miRNA分子和下调miRNA分子可调控多个分子信号途径,其调控的靶基因具有多种分子功能.miRNA-mRNA网络分析显示,上调的hsa-miR-520d-5p、hsa-miR-106a-5p等和下调的hsa-miR-30a-5p、hsa-miR-29b-3p等可调控多个靶基因,构成复杂的分子网络.结论 CHB患者PBMC存在多个异常表达的miRNA分子,可能通过调控多个靶基因和分子途径,参与CHB的免疫清除.     

六味地黄丸对绝经后骨质疏松症肾阴虚证差异表达基因的影响

目的 探讨六味地黄丸对绝经后骨质疏松症肾阴虚证(POP)差异表达基因的影响。方法 用基因芯片技术比较POP肾阴虚证组与POP肾阳虚证组、POP无肾虚证组、健康对照组受试者外周血基因表达谱,筛选出差异表达基因;六味地黄丸治疗 POP肾阴虚证组3个月后,用基因芯片检测六味地黄丸对这些差异表达基因的影响。结果 ①基因芯片筛选POP肾阴虚证组与其他3组比较均有显著性差异的差异表达基因：ASB1、CLCF1、PROK2、GPR27、C3orf35、GSTM5、MUC12,其中ASB1、CLCF1、 PROK2、GPR27和C3orf35表达下调,GSTM5和MUC12表达上调。②六味地黄丸治疗POP肾阴虚证组3个月后,基因芯片检测 ASB1、CLCF1的表达显著上调,CLCF1参与JAK-STAT信号通路中JAK1、CBP显著下调、STAT4显著上调,而PROK2、GPR27、 C3orf35和GSTM5表达水平治疗前后比较无显著性差异。③六味地黄丸治疗POP肾阴虚证组3个月后,与治疗前相比,共有5701个差异表达基因,其中上调基因3072个,下调基因2629个。结论 六味地黄丸上调POP肾阴虚证差异基因ASB1、CLCF1 的表达,其治疗POP肾阴虚证的机理可能与其上调CLCF1介导JAK-STAT信号通路调控下游CBP表达有关。     

卵巢功能减退患者卵泡液外泌体miRNA表达谱分析研究

目的利用高通量测序技术筛选卵巢储备功能减退(DOR)与卵巢功能正常卵泡液外泌体中差异表达的miRNAs,探讨其对DOR的发病影响。方法收集DOR患者和卵巢功能正常者(对照组)的卵泡液各15例,各组每5例卵泡液混合为均一样本提取外泌体,共进行3次生物学重复。使用Illumina HiSeq4000测序平台对DOR组和对照组卵泡液外泌体中的miRNAs进行测序分析,使用miRanda和TargetScanS软件、GO以及KEGG数据库对差异显著的miRNAs进行靶基因预测、生物学功能富集以及信号通路预测。结果与对照组相比,DOR卵泡液外泌体有80个显著差异表达的miRNAs,其中31个表达上调(包括hsa-miR-4792、hsa-let-7c-3p和hsa-miR-184等),49个表达下调(包括hsa-miR-136-3p、hsa-miR-296-3p和hsa-miR-337-5p等)(P<0.05);通过miRanda和TargetScanS的算法预测所有差异表达miRNA的靶基因共17159个,经GO和KEGG分析发现,这些靶基因主要富集的生物学功能有电离型谷氨酸受体信号通路、氨基酸转运调节、脂多糖介导信号通路及发育相关的凋亡过程等,主要参与调节的信号通路有趋化因子信号通路、环磷酸腺苷信号通路、肿瘤坏死因子信号通路及丝裂原活化蛋白激酶信号通路等。结论来源于DOR和卵巢功能正常者的卵泡液外泌体的miRNAs表达谱存在显著差异,差异表达的miRNAs可能在DOR的发生中起到重要的调控作用,这些miRNAs可能经过靶基因参与调节多种生物学功能以及信号通路进而影响DOR的病理生理过程。     

绝经后骨质疏松症肾阴虚证关联LincRNA uc431 +的表达研究

目的探讨lincRNA uc431+与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,POP)肾阴虚证的关系及其二级结构特征。方法在前期研究证实了CLCF1是POP肾阴虚证的重要关联基因,并在血液lncRNA芯片检测中筛选了POP肾阴虚证的特异lincRNAs,本文采用blat软件对靶基因为CLCF1的lncRNA进行分析;采用分析软件RNAfold对lncRNA及其二级结构进行预测;随机选择绝经后骨质疏松症患者,中医辨证分型为肾阴虚证组25例,健康绝经后妇女25例设为正常对照组。用定量PCR技术检测绝经后骨质疏松症肾阴虚证组、对照组外周血lincRNA uc431+及CLCF1的表达水平。结果 blat软件预测lincRNA uc431+的靶基因为CLCF1,相关系数为-0.8192(P=0.0069);RNAfold软件预测发现lincRNA uc431+有多个茎环结构;实时荧光定量PCR结果表明,POP肾阴虚证组CLCF1 mRNA表达水平明显低于对照组(P0.01),lincRNA uc431+在POP肾阴虚证组中表达出现降低,与对照组相比,差异具有统计学意义(P0.01)。结论 lincRNA uc431+的表达下调可能与绝经后骨质疏松症肾阴虚证相关联。     

随机森林算法预测绝经后骨质疏松症与2型糖尿病关联microRNA及其靶向基因调控作用

目的 借助随机森林算法筛选绝经后骨质疏松症与2型糖尿病关联microRNA,通过生物信息学分析其调控作用.方法 从GEO数据库获取绝经后骨质疏松症与2型糖尿病患者基因芯片数据,使用随机森林算法筛选与两疾病关联性较高的miRNA,通过表达量差异分析、ROC验证筛选出关键miRNA;通过Targetscan、miRWalk...     

绝经后骨质疏松症肾阴虚证关联基因CLCF1 mRNA的表达研究

目的研究绝经后骨质疏松症肾阴虚证差异表达基因CLCF1、ASB1和PROK2的mRNA表达水平。方法随机选择绝经后骨质疏松症患者,中医辨证肾阴虚证组30例,27例健康绝经后妇女为对照组,RT-PCR法检测外周血CLCF1、ASB1和PROK2 mRNA的表达。结果肾阴虚组CLCF1 mRNA表达水平明显低于对照组(Z=-2.621,P=0.009);肾阴虚组ASB1mRNA表达与对照组比较,有降低趋势,但差异无统计学意义;与健康对照组比较,肾阴虚组PROK mRNA表达差异无统计学意义。结论骨质疏松症肾阴虚证与CLCF1 mRNA表达下调关联。     

基因差异表达谱及WGCNA构建骨质疏松症miRNA-mRNA调控网络

目的 通过基因差异表达谱及加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法构建并分析骨质疏松症相关的miRNA-mRNA调控网络,全面阐释骨质疏松症的发病机制。方法 首先在GEO数据库中获取微阵列数据集,进行差异分析及WGCNA分析,获取差异miRNA和临床相关性最高的模块基因,并取交集。预测潜在上游转录因子及下游靶基因。同时,获取差异表达mRNA并与预测靶基因取交集得到关键miRNA目标靶基因,进行目标靶基因GO和KEGG通路富集分析。通过String获取目标靶基因PPI关系文件,然后通过Cytoscape构建并分析miRNA-mRNA网络。结果 共得到6个与骨质疏松症疾病相关的关键miRNA,其中2个差异性上调、4个差异性下调,其主要转录因子为SP4、LHX3、NFIC、MYC和VSX2。通过将预测得到的关键miRNA靶基因和差异表达mRNA取交集,获得目标靶基因52个。GO和KEGG富集分析显示目标靶基因涉及多个生物学进程及通路,其中趋化因子信号通路、P53信号通路值得关注。结论 骨质疏松症miRNA-mRNA表达是通过多途径、多靶点进行调控的,hsa-mir-4500、CDKN1A、MAP2K7组成其核心调控网络。本研究为深入探讨骨质疏松症的分子机制提供了新的思路,发现了新的潜在靶点,对阐明其发病机制及防治药物的开发具有重要的指导意义。     

骨质疏松症关键基因的筛选及生物信息学分析

目的通过生物信息学的方式筛选骨质疏松症关键基因,并进一步分析其与骨质疏松症的联系及作用机制。 方法从公共基因表达数据库下载基因表达谱数据集,通过R软件筛选差异表达基因并进行功能与通路分析。使用在线工具String构建蛋白质互作网络,导入cytoscape软件筛选关键基因并构建集簇模块。 结果共筛选出1 334个差异表达基因,其中上调基因722个,下调基因612个。GO分析显示功能主要富集在细胞外基质结构成分,信号受体激活剂活性,跨膜转运蛋白结合及细胞因子结合等方面。KEGG通路富集中显示差异基因主要参与PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Rap1信号通路以及Ras信号通路等通路。根据蛋白质互作网络筛选出AKT1、EGF、VEGFA、PROM1、TP53、NES、CD21、SNAI1、FGF13、LIF共十个关键基因,以及一个集簇模块。 结论筛选并分析了关键基因与集簇模块的功能、作用及其与骨质疏松可能存在的联系,为揭示骨质疏松症潜在的的分子机制和药物靶点提供新的思路。     

结直肠癌奥沙利铂耐药关键基因的生物信息学分析及意义

目的筛选与结直肠癌（CRC）中奥沙利铂（OXA）耐药性相关的基因和通路。 方法首先通过GEO数据库分析GSE76092的基因表达谱,筛选出CRC的OXA敏感和OXA耐药细胞系之间的差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库进行基因本体论（Go）分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过STRING工具构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。经MCODE插件选择关键基因,并利用GEPIA工具进行生存分析。最后使用miRWalk数据库预测相关的miRNA。 结果通过数据分析总共获得474个DEGs,并筛选了相关的信号通路和PPI网络。筛选出15个中心基因,其中7个显著参与NF-κB和趋化因子信号等通路。对7个关键基因的生存分析表明,CXCL8、IL-1β和PTGS2表达水平与CRC患者的总体生存相关。预测hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-7851-3p和hsa-miR-96-3p是OXA耐药相关核心miRNA。 结论基于生物信息学筛选出来的OXA耐药关键基因和信号通路,为CRC中OXA耐药的潜在机制提供更深入的了解。