简并PCR结合RACE技术克隆马尔尼菲青霉未知基因

目的寻找高效克隆马尔尼菲青霉新基因的方法。方法从生物信息库中找出已知的酿酒酵母、白念珠菌、新生隐球菌、烟曲霉、构巢曲霉SKN7氨基酸保守序列,设计简并引物,PCR扩增获得部分马尔尼菲青霉SKN7 cDNA片段,随后应用RACE技术分别扩增其5′端和3′端未知序列。结果简并PCR扩增可产生多个条带,以预期大小1100bp处条带最清晰。5-′RACE得一约900bp大小产物,无非特异性扩增。3-′RACE扩增产物为多条片段,其中以700bp,400bp和200bp条带相对较清晰,纯化、克隆、测序、比对分析后证实700bp大小产物为目的片段。将上述产物序列进行对位拼接,获得一全长约为2.5kb的序列,它编码的蛋白与其他物种Skn7蛋白高度同源,为马尔尼菲青霉SKN7 cDNA。结论简并PCR结合RACE技术是一种高效、简单、有效的克隆马尔尼菲青霉新基因的方法。     

须癣毛癣菌烯醇化酶基因的克隆、原核表达与纯化

目的克隆须癣毛癣菌烯醇化酶(Enolase)基因全长c DNA,制备具有高免疫原性的须癣毛癣菌烯醇化酶重组蛋白。方法选用须癣毛癣菌肉芽肿株(774),提取总RNA,采用c DNA快速末端扩增法(RACE)克隆Enolase基因的全长序列,并对该片段进行序列测定和分析。同时对该片段进行了克隆、原核表达及纯化。结果获得须癣毛癣菌Enolase基因全长序列1 491bp,拥有一个1 317bp的开放阅读框,编码438个氨基酸,5'非编码区为106bp,3'非编码区为68bp;同源比对与断发毛癣菌Enolase同源性达100%,与红色毛癣菌同源性达98%。构建了p ET-16b-Enolase表达质粒,重组质粒都经过测序鉴定正确,p ET-16b-Enolase诱导表达后能抑制宿主菌生长,但经过条件优化后表达质粒能在BL21(DE3)菌中经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导大量表达和纯化,Western blot证实了表达的结果。结论克隆出须癣毛癣菌Enolase基因c DNA全长序列,原核表达和纯化成功,为进一步研究重组须癣毛癣菌Enolase的作用奠定了基础。     

PCR法扩增角鲨烯环氧化酶鉴定白念珠菌的研究

目的：通过扩增角鲨烯环氧化酶基因的开放读框,进行PCR来鉴定白念珠菌。方法：根据白念珠菌角鲨烯环氧化酶基因的开放读框中编码1MSSVKY^6的序列设计上游引物5‘－ATGAGTTCAGTTAAGTATG－3‘,编码^492NEIVR^496的序列设计下游引物5‘-CTATCTTACAATCTCGTTC-3‘,对白念珠菌ATCC11006,22株临床分离株,7株其它致病性念珠菌,8株致病性丝状真菌,1株新生隐球菌及1份人的基因组DNA进行了PCR扩增,并对PCR产物用酶切方法鉴定,结果：所有23株白念菌均可获得约1．5kb大小的PCR产物,16株其它致病性真菌及人的DNA标本均无扩增产物,PCR产物经BamHI酶切,产生两个大小分别约为1．0kb和500bp的片段。结论：利用设计的引物,扩增角鲨烯环氧化酶基因的开放读框,可以特异地鉴定白念珠菌。     

HSV-2型糖蛋白G基因免疫优势表位片段的克隆和表达

目的:通过基因工程技术,克隆和表达单纯疱疹病毒2型糖蛋白G(HSV-2 gG)基因的免疫优势表位片段。方法:用PCR技术扩增HSV-2 gG基因的免疫优势表位片段;将PCR产物与质粒表达载体pGEX-4T-1连接;然后鉴定含有目的基因的重组表达载体;并转化大肠杆菌DH5α,诱导表达目的蛋白;以免疫印迹法检测表达的目的蛋白。结果:PCR法扩增出1 242 bp的DNA片段;通过PCR法及测序法证实重组质粒中含有1 242 bp的DNA片段,其中99.5%序列与目的基因序列一致。SDS-PAGE和免疫印迹法证实重组蛋白在大肠杆菌中的表达。结论:HSV-2 gG基因的免疫优势表位片段的成功表达,为制备HSV-2血清诊断试剂奠定了基础。     

犬小孢子菌丝氨酸水解酶FSH1全长cDNA的克隆及序列分析

目的克隆犬小孢子菌丝氨酸水解酶FSH1基因全长c DNA,为进一步研究FSH1的功能以及其在头癣中的致病机理打下基础。方法以犬小孢子菌的总RNA为材料,采用c DNA末端快速扩增(Rapid c DNA end amplification,RACE)方法扩增犬小孢子菌丝氨酸水解酶FSH1基因的全长c DNA。结合生物学软件对其序列进行了生物信息学分析。结果该全长c DNA大小为945bp,包含44bp的5’UTR、70bp的3’UTR、开放阅读框为831bp,编码276个氨基酸。Blast搜索结果显示,该全长c DNA与已报道的编码犬小孢子菌的结构域蛋白的基因序列同源性达100%,与编码石膏样小孢子菌的结构域蛋白基因序列同源性达78%。结论首次成功获得犬小孢子菌丝氨酸水解酶FSH1基因的全长c DNA,为进一步研究其在头癣发病中的功能奠定了基础。     

TOPO定向克隆和表达Ⅱ型单纯疱疹病毒gG基因的免疫优势表位片段

目的 通过基因工程技术,克隆和表达Ⅱ型单纯疱疹病毒gG基因的免疫优势表位片段。方法 以PCR法扩增HSV-2的gG基因的免疫优势表位片段;将PCR产物与TOPO定向表达载体连接;然后鉴定含有目的基因的重组表达载体;并转化BL21Star^TM菌株诱导表达目的蛋白;以免疫印迹法检测表达的目的蛋白。结果 PCR法扩增出616bp的DNA片段;通过PCR法及测序法证实重组质粒中含有616bp的DNA片段,其中99.5%序列与目的基因序列一致。SDS-PAGE结果显示重组蛋白在3h时的表达产量最高。免疫印迹法通过抗gG的单克隆抗体,证实重组蛋白在大肠杆菌中的表达。结论 Ⅱ型单纯疱疹病毒的gG免疫优势表位基因片段的成功表达,为制备国产的HSV-2血清诊断试剂提供资料。     

多重PCR-反向线点杂交技术在检测女性念珠菌和阴道毛滴虫感染中的应用

目的建立和评价多重PCR-反向线点杂交技术(mPCR-RLB)快速同时检测阴道毛滴虫和念珠菌感染的方法。方法分别选择阴道毛滴虫特异性DNA重复序列设计一对特异性引物,以念珠菌属28srRNA至5.8s rRNA间隔序列Ⅱ(ITS2)为靶基因设计一对检测念珠菌的通用引物,构建二重PCR同时扩增阴道毛滴虫、白色念珠菌、热带念珠菌、克柔念珠菌、光滑念球菌、近平滑念珠菌、都柏林念株菌DNA,然后与通过氨基标记固定在尼龙膜上的各特异性寡核苷核探针杂交,并对女性阴道试子标本进行检测。结果多重PCR可同时扩增阴道毛滴虫、白色念珠菌、热带念珠菌、克柔念珠菌、光滑念球菌、近平滑念珠菌、都柏林念株菌临床或标准菌株DNA,上述念珠菌标准菌株可扩增出302～441bp DNA片段,阴道毛滴虫临床株可扩增出262bp DNA片段。6种念珠菌和阴道毛滴虫的特异性寡核苷酸探针可分别与其相应的PCR产物杂交。通过对150例女性阴道试子进行检测,mPCR-RLB检测念珠菌的阳性率为47.33%,阴道毛滴虫的阳性率为6.67%,二者同时阳性率为1.33%。而培养法检测念珠菌阳性率为36.00%,阴道毛滴虫的阳性率为2.00%,二者同时阳性率为0.67%。明显高于培养法(P<0.05)。结论多重PCR-RLB可快速同时检测念珠菌和阴道毛滴虫,为女性阴道炎的临床诊断提供了一种可靠的方法。     

犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP基因全长cDNA的克隆

目的 克隆犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP(PQ-loop repeat protein)基因全长cDNA,探讨在头癣发病机制中的作用.方法 选用犬小孢子菌头癣株(A518)为实验株,采用cDNA快速末端扩增法(RACE),克隆PQ-LRP基因的全长序列.结合生物信息学方法对获得的序列进行初步功能分析.结果 获得犬小孢子菌PQ-LRP全长序列为1522 bp,拥有一个1080 bp的开放阅读框,编码359个氨基酸,5 '非编码区为49 bp,3 '非编码区为393 bp;同源性比对与断发毛癣菌的PQ-LRP同源性达到81％,与红色毛癣菌PQ-LRP同源性达到79％.结论 克隆出犬小孢子菌膜蛋白PQ-LRP cDNA全长序列,为研究膜蛋白PQ-LRP基因在犬小孢子菌病中的功能奠定基础.     

白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因PCR-RFLP比较分析

目的通过对白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因限制性片段长度多态性分析,比较两相细胞在DNA水平的差异。方法分别抽提来自同一亲本、对氟康唑敏感性不同的白念珠菌(CA-1,CA-2,CA-4,CA-6,CA-7,CA-9,CA-11,CA-13~CA-17)菌丝相与酵母相基因组DNA,根据ERG11基因序列设计一对引物,对其进行PCR扩增(包括部分上游和下游非编码区),扩增产物分别用AccⅠ和MunⅠ消化、琼脂糖凝胶电泳后观察。结果各株白念珠菌菌丝相与酵母相均能扩增出约1 734bp大小的目的片段,CA-7,CA-14,CA-16和CA-17株两相细胞ERG11基因RFLP图谱存在差异,其余受试菌株未见差异。结论从DNA全貌来看,白念珠菌菌丝相与酵母相ERG11基因存在差异。     

沙眼衣原体多形外膜蛋白PmpG的克隆、表达、纯化及鉴定

目的 克隆、表达、纯化E型沙眼衣原体多形外膜蛋白（PmpG）,并鉴定其免疫原性。方法 用PCR技术扩增从E型沙眼衣原体中提取的PmpG基因片段,再将其定向插入到原核表达载体PET30a（+）中,构建重组表达质粒,将其转化入E.coli DH5α中,并用酶切分析、PCR扩增及基因序列测定等对重组质粒进行鉴定,诱导表达后用SDS-PAGE及Western印迹进行鉴定,然后进行蛋白纯化,并免疫BALB/c小鼠鉴定其免疫原性。结果 PCR扩增出约1092 bp DNA片段,序列测定证实与基因库的E型沙眼衣原体一致;表达产物的相对分子质量为55 000,与预期分子量相符,Western印迹证实表达产物为特异性蛋白,纯化后的蛋白免疫小鼠获得抗原特异性抗体。结论 构建的PmpG原核表达载体在大肠杆菌中得到了表达,且具有免疫原性。     

ERG11和ERG3基因突变与念珠菌对氟康唑耐药的关系

目的探讨热带念珠菌、白念珠菌的ERG3、ERG11基因突变与其对唑类抗真菌药物耐药的关系,以初步探讨热带念珠菌对唑类药物耐药的机制。方法收集本院2015年3月-2016年10月期间临床分离的念珠菌52株,经体外药敏试验得到耐氟康唑的热带念珠菌6株、白色念珠菌1株;提取基因组DNA,通过PCR分别扩增6株热带念珠菌与1株白色念珠菌ERG11、ERG3基因,将扩增后的产物分别进行双向测序;将测序结果与热带假丝酵母菌标准菌株、白色念珠菌标准株的序列通过BLAST比对分析,找出突变基因。结果 6株热带念珠菌ERG11基因序列共发现3个同义突变与2个错义突变,ERG3基因共发现4个同义突变,6个错义突变;1株白色念珠菌耐药株ERG11基因共发现2个同义突变与2个错义突变,ERG3基因共发现2个同义突变,未发现错义突变。结论耐药菌株ERG11或ERG3存在不同程度的突变,这些突变可能参与热带念珠菌、白念珠菌耐药性的形成。     

高通量GLGI鉴定及分析白念珠菌LongSAGE标签

目的鉴定并初步分析白念珠菌长片段基因表达序列分析(LongSAGE)标签。方法建立了一种高通量鉴定LongSAGE标签的技术,应用该技术可批量扩增白念珠菌LongSAGE标签,使其由17bp扩增至相应的3'cDNA末端,扩增产物TA克隆后进行测序及序列分析(GLGI)。结果30条多重匹配标签中28条得到稳定有效的扩增,40个无匹配标签中30条得到有效扩增,其中21条证实为新表达序列标签(EST),可能代表新的基因,9条和已知基因有一定同源性,可能是已知基因或其同一家族基因。结论应用高通量GLGI技术成功鉴定了白念珠菌LongSAGE标签,为进一步研究白念珠菌菌相转换机制奠定了基础。     

单纯疱疹病毒2型抗原DNA的克隆及在大肠杆菌中的表达

目的：在大肠杆菌中表达重组单纯疱疹病毒2型(HSV-2)抗原。方法：用PCR方法从单纯疱疹病毒中扩增HSV-2DNA片段，约500bp，克隆到pMD18T载体并对克隆的DNA片段进行序列分析。用限制酶EcoRI和BamHI消化pMD18T／HSV-2重组质粒，分离HSV-2片段，并插入质粒表达载体pBV220的相应限制酶位点，酶谱分析鉴定重组表达载体pBV220／HSV-2。转化菌株经42℃诱导，用SDS-PAGE和Western blot鉴定表达的重组蛋白。结果：PCR扩增的DNA片段与HSV-2的目的片段大小一致。重组质粒pMD18T／HSV-2的DNA序列分析显示克隆的DNA序列与文献报道的HSV-2 DNA序列一致。SDS—PAGE表明重组蛋白相对分子量为18000，表达量达菌体总蛋白的20％左右，Western blot分析显示重组蛋白能特异地与抗HSV-2抗体结合。结论：已成功构建了表达具有功能的重组HSV-2抗原的工程菌株。     

白念珠菌菌丝相和酵母相ERG11基因部分序列差异性的探讨

目的 研究白念珠菌菌丝相和酵母相细胞ERG11基因碱基序列上的差异，探讨两相细胞之间的差异性。方法 分别抽提从同—HIV阳性患者体内分离到的7株对氟康唑敏感程度不同的白念珠菌菌丝相和酵母相的DNA，此系白念珠菌经染色体水平及DNA水平证实来源于同一亲本。根据ERG11编码序列设计一对引物，对ERG11的近3’端的310bp的碱基序列进行PCR扩增，引物序列为：上游引物5’-GGGAAAGTTTCTAAAGGGG-3’：下游引物5’-TATGrITAATCCAACTAAGTAA-3’。经PCR产物直接测序比较两相细胞ERG11基因碱基序列上的差异。结果 1株氟康唑剂量依赖性敏感和2株氟康唑耐药白念珠菌的菌丝相与酵母相细胞间均出现ERG11基因1547位点、1587位点和1617位点的不一致。结论 白念珠菌的菌丝相和酵母相ERG11基因的部分序列存在差异。     

耐药淋球菌差异DNA消减文库的构建及初步筛选

目的 克隆和研究耐药性淋球菌相关基因。方法 从耐药淋球菌株RSM292C4和淋球菌标准参考菌株WHO-A细胞中提取DNA,经RsaⅠ酶切后,应用抑制性消减杂交技术构建耐药性淋球菌差异DNA消减文库并进行初步筛选。结果 耐药淋球菌差异DNA消减文库经扩增获得约2500个白色克隆,随机挑取96个白色克隆,进行PCR扩增鉴定,发现克隆中插有100~600bp大小的片段。分别以RsaI酶切样本和参照DNA为探针,与随机挑取的96个白色菌落质粒作点杂交,有5个克隆仅能与样本DNA探针杂交,而不能与参照DNA探针杂交,表明它们为RSM292C4基因组DNA所特有,可能代表某些淋球菌新基因。对这5个克隆插入的DNA片段进行测序,经送基因库和淋球菌基因组部分测序基因库检索分析,发现5个片段均为未知新序列。结论 淋球菌耐药菌株DNA消减文库的构建为进一步筛选、克隆淋球菌耐药的新基因奠定了基础。     

拓扑异构酶Ⅱ基因区PCR-RFLP法鉴别常见皮肤癣菌

目的：探讨拓扑异构酶Ⅱ基因区PCR～RFLP法鉴别常见皮肤癣菌的可行性。方法：用真菌拓扑异构酶Ⅱ基因区通用引物dPsD1、dPsD2，先后对6种34株临床常见皮肤癣菌和2株白念珠菌以及4株曲霉的DNA进行巢式PCR（nested PER）扩增，扩增后的阳性产物分别用限制性内切酶HincⅡ和HinfⅠ酶切，进行限制性片段长度多态性（RFLP）分析，根据结果来鉴定皮肤癣菌并在种的水平上区分这6种常见皮肤癣菌。结果：通用引物dPsD1对6种皮肤癣菌均能扩增出3390bp、dPsD2能扩增出2380bp的片段，而白念珠菌和曲霉则未见阳性扩增条带。扩增出的产物分别经HincⅡ和HinfⅠ酶切后表现为58—1670bp长短不等的片段组合，根据这些特异性条带谱可以区分这6种临床常见皮肤癣菌。结论：拓扑异构酶Ⅱ基因区的巢式PCR—RFLP方法，是鉴定和区分常见皮肤癣菌的有效方法。     

pEGFP/MOMP真核表达重组体的构建及表达

目的：克隆沙眼衣原体主要外膜蛋白(MOMP)基因，构建pEGFP／MOMP真核表达重组质粒，为沙眼衣原体核酸疫苗的研制提供依据．方法：用PCR方法从D型Ct基因组中扩增MOMP全基因片段，克隆人真核表达载体pEGFP相应的酶切位点中，阳性重组子经BanH I、Kpn I双酶切、PCR扩增及测序鉴定；并经脂质体介导转染HeLa细胞，36h后观察瞬时表达情况。结果：PCR扩增得到约1．2kb的特异性MOMP基因片段；序列测定证实与GenBank卺录的D型沙眼衣原体一致；筛选鉴定出真核表达重组体pEGFP／MOMP。结论：成功地构建了pEGFP／MOMP真核表达重组体，并在HeLa细胞中表达了MOMP。     

沙眼衣原体主要外膜蛋白在大肠杆菌中的表达与鉴定

目的 克隆沙眼衣原体主要外膜蛋白(MOMP)基因,构建原核表达重组载体,并通过E.coli BL21实现MOMP的融合表达.方法 用PCR法扩增MOMP基因,克隆插入到pUCm-T载体中,序列测定正确后,将其亚克隆到原核表达载体pET-22b(+)中,采用Ni-NTA亲和层析法纯化表达产物,对表达产物进行SDS-PAGE和蛋白质印迹鉴定.结果 PCR扩增出约1200bpDNA片段,序列测定证实与基因库登陆的D型沙眼衣原体一致;表达产物的相对分子质量为47000,与预期分子质量相符,蛋白印迹证实表达产物为特异性蛋白.结论 沙眼衣原体MOMP基因可以在大肠杆菌中得到表达,其表达产物能与相应的抗体结合,为沙眼衣原体核酸疫苗的研究奠定了基础.     

拓扑异构酶II基因区PCR-RFLP法鉴别常见皮肤癣菌

目的:探讨拓扑异构酶II基因区PCR-RFLP法鉴别常见皮肤癣菌的可行性。方法:用真菌拓扑异构酶II基因区通用引物dPsD1、dPsD2,先后对6种34株临床常见皮肤癣菌和2株白念珠菌以及4株曲霉的DNA进行巢式PCR(nested PCR)扩增,扩增后的阳性产物分别用限制性内切酶Hinc II和Hinf I酶切,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析,根据结果来鉴定皮肤癣菌并在种的水平上区分这6种常见皮肤癣菌。结果:通用引物dPsD1对6种皮肤癣菌均能扩增出3 390 bp、dPsD2能扩增出2 380 bp的片段,而白念珠菌和曲霉则未见阳性扩增条带。扩增出的产物分别经Hinc II和Hinf I酶切后表现为58~1 670 bp长短不等的片段组合,根据这些特异性条带谱可以区分这6种临床常见皮肤癣菌。结论:拓扑异构酶II基因区的巢式PCR-RFLP方法,是鉴定和区分常见皮肤癣菌的有效方法。     

沙眼衣原体E型MOMP基因原核表达载体的构建和纯化

目的:构建沙眼衣原体E型主要外膜蛋白(MOMP)基因的原核表达载体,并在大肠杆菌(BL-21)中融合表达,为沙眼衣原体疫苗的研究提供材料。方法:用PCR技术扩增E型沙眼衣原体MOMP基因片段,再将其定位插入到原核表达载体pGEX中,构建重组表达质粒。然后将重组表达质粒转化入大肠杆菌(BL-21)中,并用酶切分析、PCR扩增及部分序列测定等方法对重组质粒进行了鉴定。然后诱导表达,用SDS-PAGE及蛋白印迹进行鉴定,然后进行蛋白纯化。结果:PCR扩增出约1202bp DNA片段,序列测定证实与GenBank登陆的E型沙眼衣原体一致;表达产物的相对分子量为66KD,与预期分子量相符,蛋白印迹证实表达产物为特异性蛋白,并纯化获得大量蛋白。结论:成功的构建了原核表达载体pGEX/MOMP,在大肠杆菌中得到了表达,并得到了纯化后的蛋白。