两例发作性运动诱发性运动障碍患者的PRRT2基因变异分析

目的对两例发作性运动诱发性运动障碍患者进行PRRT2基因变异分析,明确其致病原因。方法采集两例患者及其父母外周血DNA,设计特异性引物覆盖基因全外显子及其侧翼,通过PCR扩增PRRT2基因,再对PCR扩增产物进行测序。结果测序结果显示例1的PRRT2基因第2外显子存在c.282dupA重复变异,例2的PRRT2基因第2外显子存在c.715_716dupCC重复变异。两例患者的母亲均检测到与患者相同的变异。结合该变异的人群频率、遗传模式、文献报道及蛋白功能影响信息,预测这两个变异为未报道过的新致病性变异。结论PRRT2基因第2外显子c.282dupA重复变异和c.715_716dupCC重复变异为患儿的致病原因。     

三例CHARGE综合征患儿的临床表型和CHD7基因变异分析

目的对3例CHARGE综合征患者进行基因变异检测,明确其可能的遗传学病因。方法先证者及父母进行全外显子测序检测相关致病基因,对检出致病变异进行Sanger测序验证。结果3例患儿均有程度不同的眼部病变,包括小眼球、小角膜、虹膜缺损、晶状体混浊、视神经视网膜脉络膜缺损等。测序结果示例1的CHD7基因第2外显子存在c.1447delG(p.Val483Leufs*12)杂合移码变异;例2的CHD7基因第36外显子存在c.7957C>T(p.Arg2653*)杂合无义变异;例3的CHD7基因第2外显子存在c.1021_1048delAATCAGTCCGTACCAAGATACCCCAATG(p.Asn341Leufs*2)杂合移码变异,其中c.1447delG(p.Val483Leufs*12)和c.1021_1048delAATCAGTCCGTACCAAGATACCCCAATG(p.Asn341Leufs*2)变异未见报道,根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,这两个均判定为致病性变异(PVS1+PM2+PM6);c.7957C>T(p.Arg2653*)变异为已报道的可能致病性变异(PVS1+PM2+PP4)。Sanger测序结果验证例1和例3的变异为新发变异(de novo),例2的变异为可疑新发变异。结论CHD7基因变异可能为3例CHARGE综合征患者的致病原因。     

Dravet综合征患者SCN1A基因变异分析

目的分析Dravet综合征(Dravet syndrome,DS)患者的临床特征和基因变异特点,明确其致病原因。方法采集患者及其父母外周血并提取基因组DNA,应用高通量测序技术进行检测,对疑似致病变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析。结果高通量测序显示例1 SCN1A基因第12外显子存在c.2135delC(p.Thr712Lysfs*1)杂合变异,例2 SCN1A基因第10外显子存在c.1522 G>T(p.Glu508*)(杂合变异),生物信息学分析预测为致病性。Sanger测序验证结果显示患者父母未检测到相同变异,均为新发变异(de novo)。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,SCN1A基因c.2135delC和c.1522G>A变异均为致病性变异(PVS1+PS2+PM2+PP3)。结论SCN1A基因变异可能为两例Dravet综合征患者的致病原因,新变异的检出丰富了基因变异谱,为家系的遗传咨询提供了依据。     

一例Rotor综合征患儿的基因变异分析

目的探讨1例Rotor综合征患儿的遗传学病因。方法收集患儿的临床资料,应用高通量测序技术对患者行全外显子组测序并进行Sanger测序验证。用单管三引物PCR分析法检测SLCO1B3基因第5内含子长散布元件-1(long-interspersed element-1,LINE-1)的插入情况。结果高通量全外显子组测序发现患儿携带SLCO1B1基因c.1738C>T纯合无义变异。SLCO1B3基因第5内含子中LINE-1的纯合插入,导致第5外显子或第5~7外显子跳跃,并在SLCO1B3转录本中引入了终止密码子。结论SLCO1B1基因c.1738C>T纯合变异以及SLCO1B3基因第5内含子LINE-1的纯合插入可能是该Rotor综合征患儿的致病原因。     

一例Rothmund-Thomson综合征患儿的 RECQL4基因变异分析

目的:探讨1例Rothmund-Thomson综合征(Rothmund-Thomson syndrome, RTS)患儿的临床表现和基因变异,明确其可能的致病原因。方法:采集患儿及其父母、妹妹的外周血,对患儿进行全外显子组测序进行基因变异分析,并用Sanger测序方法对变异基因的家系分布进行验证。结果:基因检测结果显示...     

一例Menkes病患儿的基因变异分析

目的对一例疑诊Menkes病患儿进行临床和遗传学分析。方法提取患儿及其父母基因组DNA,行家系全外显子测序及多重连接探针扩增技术检测ATP7A基因微重复、缺失,对疑似致病变异行生物信息学分析,并对患儿及其父母行一代测序验证变异位点。结果在受检者ATP7A基因发现c.1870-13T>G的核苷酸变异,为新发剪切变异。结论该患儿为ATP7A基因c.1870-13T>G变异而导致Menkes病,家系全外显子测序为表型异质性强的遗传性疾病提供了有力工具。     

一个 FBN2基因新剪接位点变异致先天性挛缩蜘蛛指畸形的遗传学分析

目的:对1例疑似先天性挛缩蜘蛛指畸形患者进行变异筛查,探讨其可能的分子遗传学发病机制,为临床诊断提供依据。方法:应用全外显子测序技术筛查基因变异。候选致病基因剪接位点变异经Sanger测序验证后,经RT-PCR、TA克隆测序确定新转录本序列。结果:患者 FBN2基因存在c.533-1G>C杂合变异,未见报道...     

三例Menkes病患儿的家系及基因变异分析

目的对3例Menkes病患儿家系的ATP7A基因进行变异分析,明确其致病原因,为临床诊断提供依据。方法应用二代测序(next-generation sequencing,NGS)对3个Menkes病家系的先证者进行Menkes病相关致病基因ATP7A基因外显子检测,发现可疑致病位点后,应用Sanger测序对家系成员和200名正常个体进行变异位点的验证分析,应用多重连接探针扩增技术(multiple ligation-dependent probe amplification,MLPA)对家系成员和20名正常个体进行基因缺失变异验证分析。结果3例Menkes病患儿家系均检出ATP7A基因变异,例1为c.1465A>T无义变异半合子,例2为c.3039_3043del移码变异半合子,均为未报道过的新变异,例3为第3~23外显子缺失变异半合子,文献已有报道。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,ATP7A基因c.1465A>T变异和c.3039_3043del变异均判定为可能致病性变异(PVS1+PM2)。结论ATP7A基因的变异可能为这3例患儿的致病原因,基因检测结果为临床诊断提供了依据,新变异的检出丰富了Menkes病的基因变异谱。     

一例视网膜色素变性患者 C2ORF71基因的变异分析

目的:分析1例视网膜色素变性(retinitis pigmentosa, RP)患者的基因变异,明确其可能的遗传学病因。方法:应用全外显子测序技术对先证者进行致病基因筛查,结合临床表型确定可疑变异,应用Sanger测序法验证检出的变异,分析双亲携带变异位点的情况。采用多种软件对所检出的变异进行致病性分析。结果:全外显子...     

KMT2A基因新发无义变异导致Wiedemann-Steiner综合征一例

目的对1例原因不明发育迟缓伴面部畸形患儿进行分子遗传学分析,明确其致病原因。方法二代全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)筛选符合表型并可能致病的基因变异,应用Sanger测序在患者及其父母中进行变异验证。结果WES结果显示患儿KMT2A基因(NM_001197104)存在第15外显子c.4906C>T(p.Arg1636Ter)杂合变异,患儿父母均未检测到该变异,经检索相关数据库及文献均未见报道,为未报道过的新变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,KMT2A基因c.4906C>T变异判定为致病性变异(PVS1+PS2+PM2+PP3)。结论KMT2A基因第15外显子c.4906C>T(p.Arg1636Ter)变异可能是这例Wiedemann-steiner综合征患儿的致病原因。新变异的检出扩展了KMT2A基因变异谱。     

Identification of pathogenic mutations in two Chinese families affected with primary localized cutaneous amyloidosisCSCD

Objective: To identify potential mutations in two Chinese families affected with primary localized cutaneous amyloidosis. Methods: Peripheral blood samples of the family were collected with informed consent. Genomic DNA was extracted with a phenol-chloroform method. All of the 17 exons and their flanking splicing sites of the OSMR gene were amplified with PCR and subjected to Sanger sequencing. Suspected mutations were verified with PCR-restriction fragment length polymorphism and high-resolution melting assays. Results: A missense mutation (c. 1538G>A) was found in exon 10 of the OSMR gene in all of the six patients from family 1. A missense mutation (c. 2081C>T) was found in exon 14 of the OSMR gene in all of the four patients from family 2. The same mutations were not found among the healthy controls. Conclusion: Two missense mutations (c. 1538GG>A and c. 2081C>T) were detected in the OSMR gene in two Chinese families affected with primary localized cutaneous amyloidosis. Our findings have further confirmed the pathogenicity of such mutations. © 2018 West China University of Medical Sciences. All rights reserved.     

COL7A1基因复合杂合变异所致的隐性营养不良型大疱性表皮松解症家系的遗传学分析

目的对1个隐性营养不良型大疱性表皮松解症家系进行基因检测及产前诊断。方法利用PCR-Sanger测序技术检测患者COL7A1基因的全部外显子及其侧翼区的潜在变异,之后进行家系验证及产前基因诊断。结果Sanger测序显示患者COL7A1基因存在c.7289delC(p.Pro2430Glnfs*36)及c.7474C>T(p.Arg2492*)复合杂合变异,分别遗传自其母亲和父亲,在100名健康对照中未检测到上述变异。产前诊断胎儿COL7A1基因c.7289位置未见变异,c.7474位置存在C>T杂合变异,判断为携带者。结论明确了1例隐性营养不良型大疱性表皮松解症家系COL7A1基因的致病性变异,并成功进行了产前诊断。     

α1，3半乳糖基转移酶基因721C〉T突变导致Bw亚型

目的研究红细胞ABO血型系统Bw亚型的分子基础. 方法通过标准血型血清学方法明确鉴定2个家庭3例Bw亚型,PCR扩增Bw亚型ABO糖基转移酶基因的增强子、启动子和第1～7外显子及侧翼内含子序列,PCR产物经割胶纯化后直接测序.同时将第6和7外显子克隆到pcDNA3.1(-)质粒,转化DH5α后进行序列分析.采用序列特异性引物-聚合酶链反应方法证实测序所发现的突变.结果直接测序发现3例Bw亚型的基因型为B/O杂合,其中糖基转移酶基因的第261位G杂合缺失,第721位C/T杂合.克隆证实一条染色体上为正常的O等位基因,另一条染色体上B等位基因(α1,3半乳糖基转移酶基因)存在第721位C>T突变,导致多肽链Arg241Trp替换.序列特异性引物-聚合酶链反应检测140份随机样本未发现此突变. 结论α1,3半乳糖基转移酶基因第7外显子721C>T突变可能是Bw亚型分子遗传基础之一.     

温州地区汉族正常人群CYP1A2基因多态性分布特征

目的检测CYP1A2基因多态性在温州地区汉族正常人群的分布特征。方法采用聚合酶链反应（PCR）产物直接测序法检测108例随机血液样本DNA中CYP1A2基因序列单核苷酸多态性位点（SNP）的分布。对检测到的3个多态位点2159G〉A、3613T〉C、5347C〉T,进一步采用PCR技术分析472例正常人位点的基因型频率和等位基因频率。结果 （1）2159 G〉A位点：G和A等位基因的频率分别为93.8%,6.2%,GG、GA、AA基因型频率分别为87.7%、12.1%、0.2%（χ2=0.325,P〉0.05）;（2）3613 T〉C位点：T和C等位基因的频率分别为97.9%、2.3%,TT、TC、CC基因型频率分别为95.3%、4.4%、0.3%（χ2=0.298,P〉0.05）;（3）5347 C〉T位点：C和T等位基因的频率分别为87.9%、12.1%。CC、CT、TT基因型分布频率分别为77.8%、20.3%、1.9%（χ2=0.742,P〉0.05）;（4）2159 G〉A、5347 C〉T组成的单倍型频率为3.2%。结论温州地区汉族正常人群CYP1A2基因存在2159G〉A、3613T〉C、5347C〉T多态位点。     

Novel RS1 mutations associated with X-linked juvenile retinoschisis

To identify mutations in the retinoschisin (RS1) gene in families with X-linked retinoschisis (XLRS). Twenty families with XLRS were enrolled in this study. All six coding exons and adjacent intronic regions of RS1 were amplified by polymerase chain reaction (PCR). The nucleotide sequences of the amplicons were determined by Sanger sequencing. Ten hemizygous mutations in RS1 were detected in patients from 14 of the 20 families. Four of the ten mutations were novel, including c:176G>A (p:Cys59Tyr) in exon?3, c:531T>G (p:Tyr177X), c:607C>G (p:Pro203Ala) and c:668G>A (p:Cys223Tyr) in exon?6. These four novel mutations were not present in 176 normal individuals. The remaining six were recurrent mutations, including c:214G>A (p:Glu72Lys), c:304C>T (p:Arg102Trp), c:436G>A (p:Glu146Lys), c:544C>T (p:Arg182Cys), c:599G>A (p:Arg200His) and c:644A>T (p:Glu215Val). Our study expanded the mutation spectrum of RS1 and enriches our understanding of the molecular basis of XLRS.     

中国人膜联蛋白A1基因单核苷酸多态性及其与2型糖尿病的相关性

目的　筛查上海地区汉族人群中膜联蛋白 A1(annexin A1,ANXA1)基因的单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphisms,SNPs) ,并通过关联分析研究其与 2型糖尿病的相关性。方法　选取2 4例 2型糖尿病患者的 DNA样本 ,采用直接测序法对 ANXA1基因的启动子区、全部外显子及其临近内含子区作 SNPs筛查 ,并在其余的 171例 2型糖尿病和 189名正常对照间作进一步的基因分型。结果ANXA1基因测序长度 6 798bp,共检出 7个 SNPs,其中启动子区 2个 (- 7974 C>T,- 70 4 0 G>T) ,内含子区 3个 ( 90 5 9A>G, 92 0 4 C>T, 10 4 86 A>G) ,5′-非翻译区 1个 (- 6 6 14 A>G) ,编码区 1个( 1784 A>G)。进一步的基因分型后显示这些 SNPs的等位基因频率在 2型糖尿病和正常对照组之间差异无显著性 (P>0 .0 5 )。结论　ANXA1基因多态性与上海地区汉族人群中 2型糖尿病无显著相关性。     

中国南方汉族和苗族人群hPARP1基因遗传多态性

目的检测人类聚腺苷二磷酸核糖聚合酶1[poly（ADP-ribose）polymerase 1，PARP1]基因的基因型和基因频率在中国南方汉族和苗族人群中的分布。方法收集187名中国南方汉族和210名苗族人的血液DNA，用PCR法扩增hPARP1基因4个外显子，并进行单链构象多态性分析。结果用PCR成功扩增出第12、13、16、17外显子，片段长度分别为253bp、313bp、175bp、362bp，在187名中国南方汉族和210名苗族人群中，分别有3人和9人检测出hPARP1基因第12、13、16和17外显子上各有1种基因突变，分别为Phe548Ser、Ala683Ser、Asp798Tyr、His808Arg。结论中国南方汉族和苗族人群中hPARP1基因第12、13、16和17外显子上存在突变型等位基因。     

Analysis of NFU1 gene mutation in a Chinese family affected with multiple mitochondrial dysfunction syndrome北大核心CSCD

Objective To detect potential mutation of NFU1 gene in a Chinese family affected with multiple mitochondrial dysfunction syndrome (MMDS). Methods For a mother with two children died of MMDS, next-generation sequencing (NGS) was used to scan her exome. Suspected mutation was validated with PCR and Sanger sequencing. Potential mutation of exons 1 to 8 and flanking regions of the NFU1 gene was also detected in the father by PCR and Sanger sequencing. Results A novel deletional mutation c. 90delC(p. Tyr30Ter) of the NFU1 gene was found in the mother, while the father was found to have carried a heterozygous c. 572A>T (p. Aspl91Val) mutation. The same mutations were not found among 100 healthy controls. Conclusion The novel mutations c. 90delC (p. Tyr30Ter) and c. 572A > T (p. Aspl91Val) of the NFU1 gene probably underlie the pathogenesis of MMDS in our case. Combined NGS and Sanger sequencing may provide efficient and accurate diagnosis for this disease.     

中国汉族群体RhD阴性个体D基因外显子多态性研究

目的 研究中国汉族RhD阴性[RhD(-)]个体Rh血型系统D基因8个外显子的构成情况。方法 应用聚合酶链反应－序列特异性引物（PCR－SSP）方法,对50名汉族人RhD(-)个体RHD基因及RHCE基因进行了研究。扩增RHD基因的第2,3,4,5,6,7,9,10外显子和内含子4,以及RHCE基因的第1,2,4,5外显子和内含子4。结果 50名RhD(－）供者的Rh表型为ccdee 22人,ccdEe 3 w ,CE3w ,在表型为ccdee或ccdEe的25人中,D基因8个外显子全部缺失,在表型为Ccdee或CcdEe的25人中,RHD基因则表现出多态性：9人存在全部基因8个外显子,7人缺失全部D基因8个外显子,5人存在D基因第2外显子,3人存在D基因第6外显子,1人存在D基因第2,6,10外显子,结论 中国汉族RhD(-)个体D基因外显子具有多态性,Rh表型为cc的个体D基因8个外显子全部缺失,在表型为Cc的个体中观察到5种D基因多态性,中国汉族人D基因结构不同于高加索人,故在应用RHD基因定型结果时,应慎重对待。     

一例罕见的新的TCIRG1基因杂合性突变引起的婴儿恶性石骨症

目的:研究1例婴儿恶性石骨症患者的致病基因及其突变。TCIRG1和CLCN7是婴儿恶性石骨症最常见的致病基因。前者被认为是纯合性致病基因,国外只有6例其杂合性改变也致本病的报导,而我国无杂合性突变导致本病的报道。方法:通过骨组织X线检查结合临床症状及体征确诊1例散发性婴儿恶性石骨症患者。提取患者及其父母的外周血基因组DNA,PCR扩增TCIRG1和CLCN7基因外显子及其剪切位点序列,对PCR产物直接测序。用TCRIG1基因附近的微卫星标记和SNP构建患者及其父母的单倍型。用染色体微阵列分析技术对患者及其母亲进行TCIRG1基因拷贝数目变异的检测。结果:患者TCIRG1基因第5号外显子内发现一个4个碱基的缺失突变c.449_452del AGAG(p.Gln149Glnfs16),该突变使得基因3’端编码的666个氨基酸被截断,失去了整个ATP酶V0复合结构域。患儿双亲TCIRG1和CLCN7基因的突变检测及单倍体构建证实该突变来源于患者父亲。染色体微阵列分析未发现患儿及其母亲携带有任何累及TCIRG1及CLCN7基因的拷贝数目变异。结论:本研究发现了1例TCIRG1基因新的杂合性突变所致的婴儿恶性石骨症。这是我国TCIRG1基因杂合性突变引起婴儿恶性石骨症的首例报道。这个发现可用于婴儿恶性石骨症的分子诊断。